Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1phza1 ----CCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEE---ECCCCHHHHHHHHHHCC-CCCCCCEEEEECC--CCC---CEEEEEECCC-------HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCC--CC------------- >P1;d1q5ya- ---------------CEEEEEEEEEEEC-C---HHHHC-CCC-CCC-HHH-EEEEEEEEC--CC----CEEEEEEEEE-----EE-HHHHHHHHC-CCC----CCEEEEEEEEECC-----------C---- >P1;d1sc6a3 ---------CCCCCCCCCCCEEEEEE----CCCCCHHHHHHHHHHHC-CCEEEEEEEECC-----C---CCEEEEEEE----------CCHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCC------------------- >P1;d1tdja2 -----------------CCEEEEEEEC---CCCCCCCHHHHHCCC---CCEEEEEECCCCC---CC---CCEEEEEEEC--C-----CCHHHHHHHHHHHCCC--CCEEECCCCC--HHHHH----CHHHCC >P1;d1tdja3 ----------CCCCCCCCCCEEEEEEC---CCCCCHHHHHHHHHCC--CCCCCEEECCCCC---CC---CCCEEEEECC--EEEECCCCHHHHHHCCC---------------------------------- >P1;d1u8sa1 ----------------CEEEEEEEEE----ECCCCHHHHHHHHHHHC-CCEEEEEEEEEE--C-----CEEEEEEEEE-----ECHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEE---CC-CC-C--------- >P1;d1u8sa2 -------------CCCCEEEEEEEEE----CCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEEEEEE--C-----CEEEEEEEEE-----ECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEE---EC-------------- >P1;d1y7pa2 ------------------CEEEEEEE----ECCCCHHHHHHHHCC-----CEEEEEEEEC--CCCCCCCEEEEEEEEC-----CC---CHHHHHHHHHCC----CCEEEEEEE---C--------------- >P1;d1ygya3 ---------C-------CCEEEEEEE----CCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEEEEEC-----CCCCCEEEEEEEC-----C---CCCHHHHHHHHHHH---CEEEEEEEE----C-C------------ >P1;d1zhva1 ---------CCCCCCCCCCCCEEEEEECCC-------CCCCCCCC-----CCCCCEEEECC--------CCEEEEEE-HHHCCC--------------------CCEEEC---------------------- >P1;d1zpva1 ------------------CEEEEEEC----CCCCCHHHHHHHHHHHC-CCEEEEEEEEEE--C-----CEEE--EEEE-----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEE-----H-HHCC--------- >P1;d1zvpa2 ----------------CCEEEEEECC-CC--CCCCHHHHHHHHHHHC-CCCC-EEEEC---------CC--CEEEEEE--------HHHHHHHHHHHCCCCC------------------------------ >P1;d2bj7a2 --------------CCEEEEEEEEEEECCC---CCHHHHHHHHHHHCC-CCEEEEEEEEC--CC----CEEEEEEEEE-----EE-HHHHHHHHHHHHCC--CCEEEEEEEEECCC-----------CC--- >P1;d2cdqa2 ----CCCCCCCCCCC---CCCEEEEECHHHCCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEEEE-------C---CEEEEEECCHHH--CCCCCCHHHHHHHHHHHCC--CCEEEEECC------------------- >P1;d2f06a1 --------------------CEEEEE----ECCCCHHHHHHHHHHHC-CCCEEE-EEEEE-------CCEEEEEEEEC-----C------CHHHHHHHHC------CCEEEC-----H-HHHCCC------- >P1;d2f06a2 -----------------CCCEEEEEE----CCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEEEEEC-------CCCEEEEEEEC-----C-----HHHHHHHHHHC------CCCEEEE----C-------------- >P1;d2f1fa1 ------------------CEEEEEEE----ECCCCHHHHHHHHHHCC-CCCCCEEEEEEC--C---CCCEEEEEEEEC-----CCHH-HHHHHHHHHHHC----CCEEEEEEC---C--------------- >P1;d2f1fa2 ------------CCCEEEEEEEEEEEECC----CHHHHHHHHHHHHC------CCEEEEE--CC----CEEEEEEEE-------C-HHHHHHHHHHHCCC--CEEEEEEECCCEEEEC-----CCCCCC--- >P1;d2fgca1 ------------CCCCCCCE-EEEEECC------CCHHHHHHHHHHC------CCE-EEE--CC-----CEEEEEEE-------C-HHHHHHHHHHCCHH--H-CCEEECCCCCCC-C-----CC------- >P1;d2j0wa3 ------------------CEEEEEEC-CCCCCCCCHHHHHHCCCC---CCCCCEEECC---------CCCCEEEEEEC--------HHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------------- >P1;d2nzca1 ---------------CCEEEEEEEEECC-C---HHHHHHHHHHHHHHHHH-EEEEEEECC--HH----HCCEEEEEEE-----EC-HHHHHHHHHHHHCC--CCE-EEEEEECC------------------ >P1;d2qmwa2 --------------------CEEEEECCCCC---CHHHHHHHHHHCC-CCCEEEEEEECCC--CCC---CCEEEEEECCCC--C------HHHHHHHHHHHH-CCCEEECCCC-----C------------- >P1;d2qswa1 C-CCCCCCCCC-------CCEEEEEEE---ECCCCCCCHHHHHHHHH-CCEEEEEEEEEEEECCEE---EEEEEEEEEC---------CHHHHHHHHHHHHH-CCCEEEECCCC------------------ >P1;d2wvfa2 ---------------CCEEEEEEEEEECCC---CCHHHHHHHHHHHCC-CEEEEEEEEEC--C-----CEEEEEEEEE-----EC-HHHHHHHHHHHHCC--CCEEEEEEEEEC------------------ >P1;d3c20a2 ----CCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEC-HHHCCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCCCEEECC---------CCCCEEEEEEE--------HHHHHHHHHHHHHHCCCCCC------C---CC-CCCEEEEECC--- >P1;d3c20a3 ------------------CEEEEEEC-CCC-CCCCCCCC-CHHHHHC-CCC-CEEEEC---------CCCCEEEEEEC--------HHHHHHHHHHHHHHHCCC---------------------------- >P1;d3ceda1 CHHHHHHHHCCCCC---CCCEEEEEEE---EEECCHHHHHHHHHHHH-CCCCEEEEEEEEEECCEE---EEEEEEEECC--------CCHHHHHHHHHHHHH-CCCE-EEEEEC------------------ >P1;d3dhxa1 CCCCHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEEE---EEECCCCCHHHHHHHHC-CCEEEEEEEEEEEECCEE---EEEEEEEEEC---------CHHHHHHHHHHHHH-CCCEEEEEEEE------------------ PSA >P1;d1phza1 ----e9a6b8975b1ab5070405030---567b6046503610672-a082840316708--94a---6232040602-------1714730a701720577161806360547--4b------------- >P1;d1q5ya- ---------------6515030201046-5---7b306-168-176-880-158172584--7a----7103130405-----25-096059107-138----2048071625479-----------f---- >P1;d1sc6a3 ---------61a091678a6310020----43597158306710872-909254242537-----a---802000006----------188a305701644807006717124------------------- >P1;d1tdja2 -----------------6400003031---437973476048408---b372222439676---77---5150000060--8-----545701740194069a--48062404a4--86026----651763 >P1;d1tdja3 ----------c9438983b05034040---806971378048616a--838422372617a---65---8700300143--8474319467157832a---------------------------------- >P1;d1u8sa1 ----------------5400502041----63485039304720560-809234264458--d-----8402060100-----3559-3065027404710981a09081834---87-4b-7--------- >P1;d1u8sa2 -------------9b33310504031----96685028502600672-a0a248351665--a-----b501040203-----068b28386047305720972a08070724---64-------------- >P1;d1y7pa2 ------------------34002000----454b10573047008-----8265363652--88b9169201010204-----ba---606513750572----a00340633---b--------------- >P1;d1ygya3 ---------9-------752003030----4538a06a404830792-a08255273673-----aa77103040303-----5---70599138403830---605516056----4-7------------ >P1;d1zhva1 ---------9897a89a6c5820505073a-------5951b208-----6b66141645a--------83020202-39203a--------------------917285---------------------- >P1;d1zpva1 ------------------50305152----7757a058403900771-a07248596668--9-----8502--0303-----1b9a37296059204720773a0606062-----1-7778--------- >P1;d1zvpa2 ----------------7843413145-87--a9b7468504620773-a080-62775---------98--4230303--------68228506700855a8------------------------------ >P1;d2bj7a2 --------------6770314040302365---c80573066117617-91148383684--69----5303020406-----35-28405400750282--a0057071726589-----------ab--- >P1;d2cdqa2 ----b9a79788648---8315040419806a5b5068603400872-a041273857-------9---510301011496--6a68366730550273057--309071666------------------- >P1;d2f06a1 --------------------310010----64797147704820585-607377-83a47-------ab422010514-----7------a505600784------908117-----7-751876------- >P1;d2f06a2 -----------------884302050----45563447503710793-b09257473468-------a7403050405-----5-----27503700565------9170926----7-------------- >P1;d2f1fa1 ------------------53200030----456b8048504710786-a05257192863--b---676105040205-----7869-406603730571----810470635---b--------------- >P1;d2f1fa2 ------------a6853550504030519----c7126105510671------9060375--49----631103062-------5-595065006405a3--0713727248584926-----ba65a8--- >P1;d2fgca1 ------------a7694560-0505005------a259704711881------808-466--8a-----10204060-------7-59304501760367--1-17727288484a-6-----ac------- >P1;d2j0wa3 ------------------53513275-881395aa1895026209---5071644725---------a4464020202--------68329506741556256----------------------------- >P1;d2nzca1 ---------------9574030304064-5---b7045406610881581-156356743--89----7823050304-----03-9a209502a50581--910-81826468------------------ >P1;d2qmwa2 --------------------1111010984a---a136303800762-a080453545417--97b---a53020305286--5------950660274059-4606055766-----b------------- >P1;d2qswa1 8-636747755-------924003030---50413938036404851-80805527193784a753---3521100035---------78730650050046-2705042117a------------------ >P1;d2wvfa2 ---------------8725030301032a3---970555046118819-07136173783--6-----8202040404-----22-47306802740390--82053071846a------------------ >P1;d3c20a2 ----a8b7a77889869920504040-87047b28069303700953-908227584b---------b7434030102--------49108603700682072788------7---c1-305615376a--- >P1;d3c20a3 ------------------51613357-9d0-d4a924a6-3600761-90b-57563b---------b8545030105--------781477057215652767---------------------------- >P1;d3ceda1 bb357606743909---8201002030---732a5086018403941-a0704524561864ab50---5520002037--------048832960772077-3908-641277------------------ >P1;d3dhxa1 6a0499149505a864aa120002040---21145a47027204751-a0805515391865c532---5430001034---------89921750171058-49060621020------------------ Translating the sequences ----****************EEEEEE*---***CCHHHHHHHHHH**-*C****EEEE***--***---**EEEEE***-------***HHHHHHHHH**********E******--**------------- ---------------*****EEEEEE**-*---**HH*-***-***-***-**EEEEE**--**----***EEEEEE*-----**-***HHHHH*-***----*****E*******-----------*---- ---------***********EEEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**-----*---**EEEEEE*----------**HHHHHHHH***************------------------- -----------------***EEEEEE*---***CC**HHHHH***---*C***EEE*****---**---**EEEEEE**--*-----**HHHHHHHHH*****--***E******--*****----****** ----------**********EEEEEE*---***CCHHHHHHHHH**--*C***EEE*****---**---***EEEEE**--********HHHHHH***---------------------------------- ----------------****EEEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**--*-----***EEEEEE*-----****-*HHHHHHHHH**********E****---**-**-*--------- -------------*******EEEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**--*-----***EEEEEE*-----******HHHHHHHHH**********E****---**-------------- ------------------**EEEEEE----***CCHHHHHHHH**-----***EEEEE**--*********EEEEEE*-----**---*HHHHHHHHH**----****E****---*--------------- ---------*-------***EEEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**-----******EEEEEE*-----*---***HHHHHHHH***---****E****----*-*------------ ---------************EEEEE****-------********-----*****EEE***--------**EEEEEE-******--------------------****E*---------------------- ------------------**EEEEE*----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**--*-----***E--EEE*-----******HHHHHHHHH**********E***-----*-****--------- ----------------****EEEE**-**--**CCHHHHHHHHHH**-*C**-EEEE*---------**--*EEEEE*--------***HHHHHHHH*****------------------------------ --------------******EEEEEE****---CCHHHHHHHHHH***-C***EEEEE**--**----***EEEEEE*-----**-***HHHHHHHHH**--******E*******-----------**--- ----***********---***EEEEE*******CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE-------*---**EEEEE*****--******HHHHHHHHH****--****E****------------------- --------------------*EEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***E-EEE**-------****EEEEEE*-----*------*HHHHHHH**------**E***-----*-******------- -----------------***EEEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**-------****EEEEEE*-----*-----HHHHHHHHH**------*******----*-------------- ------------------**EEEEEE----***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE**--*---*****EEEEEE*-----****-*HHHHHHHHH**----****E****---*--------------- ------------********EEEEEE***----C*HHHHHHHHHH**------**EEE**--**----***EEEEEE-------*-***HHHHHHHH***--******E*********-----******--- ------------********-EEEEE**------C*HHHHHHHHH**------**E-E**--**-----**EEEEEE-------*-***HHHHHHH****--*-****E*******-*-----**------- ------------------**EEEEE*-******CCHHHHHH****---*C***EEE**---------****EEEEEE*--------***HHHHHHHHH*****----------------------------- ---------------*****EEEEEE**-*---**HHHHHHHHHH*****-**EEEEE**--**----***EEEEEE*-----**-***HHHHHHHHH**--***-**E*****------------------ --------------------*EEEEE*****---CHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE***--***---**EEEEEE****--*------HHHHHHHH****-*****E****-----*------------- *-*********-------**EEEEEE*---***CC***HHHHHHH**-*C***EEEEE********---**EEEEEE**---------*HHHHHHHHH****-*****E*****------------------ ---------------*****EEEEEE****---CCHHHHHHHHHH***-C***EEEEE**--*-----***EEEEEE*-----**-***HHHHHHHHH**--******E*****------------------ ----****************EEEEE*-******CCHHHHHHHHHH**-*C***EEE**---------****EEEEEE*--------***HHHHHHHHH********------*---**-**********--- ------------------**EEEEE*-***-**CC****-*HHHH**-*C*-*EEEE*---------****EEEEEE*--------***HHHHHHHHH******---------------------------- **************---***EEEEEE*---***CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE********---**EEEEEE**--------**HHHHHHHHH****-****-E*****------------------ ********************EEEEEE*---***CC***HHHHHHH**-*C***EEEEE********---**EEEEEE**---------*HHHHHHHHH****-*****E*****------------------ 55021.tem _________________________________ ---------***********EEEEEE*******CCHHHHHHHHHH**-*C***EEEEE***-****-****EEEEEE**----**-***HHHHHHHHH**********E*****---*-------------- Structural block scores 0 8 - 4.5 M 39.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 38.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 13.7 75.0 38.6 75.0 6.3 5.8 9 19 * 3.3 M 6.9 42.5 5.9 55.5 13.0 48.5 30.0 62.0 49.8 8.6 61.8 49.7 36.3 25.2 75.0 56.4 62.1 24.3 24.8 62.1 43.2 75.0 49.6 42.9 6.6 61.9 23.6 5.7 20 25 E 4.8 H 2.0 1.0 1.0 1.0 2.7 2.0 2.2 0.3 1.0 3.3 2.7 3.0 1.8 2.3 0.8 1.7 0.8 2.0 14.2 3.8 1.7 0.8 1.7 1.2 2.2 4.2 1.0 1.0 26 32 * 3.2 M 34.7 45.0 44.6 34.3 34.1 44.7 45.9 44.7 44.6 35.1 45.6 37.1 34.4 5.6 45.3 44.9 45.0 45.0 54.3 15.6 45.0 25.9 33.4 34.8 16.1 27.1 33.9 32.7 33 34 C 4.6 H 8.8 9.2 8.0 8.0 8.0 6.5 6.5 6.2 9.2 75.0 8.8 9.2 10.2 8.2 8.0 4.5 9.8 9.8 42.8 10.5 9.2 42.8 2.0 8.0 5.0 9.8 7.8 4.5 35 44 H 4.6 H 3.1 18.2 3.9 4.4 4.4 3.3 2.9 3.4 4.2 19.1 3.6 4.2 3.6 3.5 3.8 3.8 3.6 2.7 4.4 4.2 3.4 3.1 4.5 3.5 3.7 11.3 3.9 4.3 45 46 * 2.0 P 4.5 40.5 4.5 75.0 42.8 3.0 4.5 75.0 5.5 75.0 4.0 5.0 3.5 4.5 6.5 6.0 7.0 4.0 4.5 75.0 4.5 4.0 3.0 4.5 4.0 3.5 2.5 3.0 50 52 * 1.7 P 6.0 27.0 5.3 3.7 4.7 4.7 5.5 5.3 5.0 7.8 4.3 27.7 2.0 2.3 5.7 5.3 4.0 75.0 75.0 4.7 27.0 4.0 4.3 3.7 4.0 30.5 3.7 4.3 53 57 E 4.6 H 2.8 4.6 3.4 4.0 4.0 4.0 4.6 4.6 4.6 3.6 6.8 5.4 5.6 6.0 20.7 5.0 5.4 3.6 19.0 4.4 5.4 4.4 4.8 4.8 7.1 6.5 4.4 4.6 58 60 * 2.7 P 5.0 29.0 28.3 6.3 6.2 29.3 28.7 27.3 28.3 6.5 29.7 75.0 29.0 75.0 28.7 29.7 28.0 29.0 29.0 75.0 27.3 4.0 6.0 28.7 75.0 75.0 5.0 5.0 62 65 * 3.8 M 24.6 41.9 58.9 41.0 40.2 59.6 58.9 9.1 58.9 75.0 58.5 75.0 41.2 58.5 75.0 75.0 59.1 40.8 42.1 75.0 41.8 25.6 6.4 57.8 75.0 75.0 6.8 5.6 67 70 * 2.3 P 39.5 20.8 39.5 39.0 41.2 21.8 22.9 4.2 3.8 40.2 22.0 41.8 20.8 39.0 7.0 5.4 3.5 21.2 37.8 6.1 23.0 41.4 39.5 21.2 6.4 7.1 40.0 39.8 71 76 E 4.9 H 2.5 1.8 0.3 0.8 0.7 1.5 1.2 0.7 1.7 1.0 25.8 2.0 1.5 0.8 1.5 2.0 1.8 2.0 2.0 1.3 1.8 1.3 0.7 1.7 1.3 1.5 0.7 0.7 77 78 * 2.8 P 1.0 40.0 40.5 3.0 3.5 37.5 39.0 39.5 39.0 39.0 39.0 39.0 40.5 2.5 39.5 40.0 40.0 75.0 75.0 38.5 39.5 3.5 4.0 39.5 38.5 40.0 5.0 3.5 79 82 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 58.2 40.5 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 75.0 41.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 41.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 83 84 * 3.3 M 75.0 3.5 75.0 75.0 5.5 4.0 3.0 11.0 40.0 42.8 6.2 75.0 4.0 8.2 41.0 40.0 7.5 40.0 41.0 75.0 1.5 40.0 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 75.0 86 88 * 2.5 P 3.0 5.0 50.3 28.0 4.7 29.0 7.2 52.0 27.3 75.0 6.8 5.3 4.7 5.7 75.0 75.0 29.3 6.3 5.7 5.7 7.2 75.0 52.3 4.7 4.7 5.3 26.3 52.7 89 97 H 4.7 H 4.4 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