Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1buoa- ----C-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEEEEEC-----CCEEEECHHHHHHHCH-HHHHHCCCCC-----------CEEEE--CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHC----- >P1;d1fs1b2 -----------------------------------CEEEECCCC----CEEEECHHHHH-CCH-HHHHHHHHC----------CCCCEECC--CCCHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------------------------------- >P1;d1lqbb- ----------------------------------CEEEEECCCC----CEEEEEHHHHC-CCH-HHHHHCCCCC------------EEECC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC-------------------- >P1;d1nn7a- -----------------------------------CEEEEECC-----EEEEECHHHHHCCCCCCCCCHHHH-----HHCCHHHC-CEEEC---CCCCCHHHHHHHHHHC--CCCC-CC---------CHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHHC >P1;d1r29a- -------C-CCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHHCCCCCCCC-------CEEECC-CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCC------ >P1;d2ppia1 ----------CCCCCCHHHHHHHHHHCCC-----CCCEECC-------CCEECC-CHHHHHCC-CCCCC----------CCCC--------CCCCCCCCHHHHHHHHCCC------------------CCCCCCCCCC-CCCCCCCCCCC------------ >P1;d2q81a1 -----------CHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHHHH--CCCH------H-----HHHHCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCC------- >P1;d2vpka1 -------------CHHHHHHC-CHHHHHH-HCCCCCCCEEEC-----CEEE-CCHHHHHHHCH-HHHHHHCC--CCCC------C--EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHC-------- >P1;d2z8ha1 CCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHHCC--CCCC------CEEEECC-CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC >P1;d3drza- -------------------------------C--CEEEEEECC-----EEEEEEHHHHCCCCCCHHHHHHCCCHHHHHH-CCCCC-CEEEC---CCHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCC---------CHHHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHHHHC---- >P1;d3ga1a- C------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHHHH--CCCC--------EEECC-CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-------------- >P1;d3kvta- ----------------------------------CEEEEEECC-----EEEEEEHHHHCCCCCCCCCCCCCCC----CCEECCCC-EEEEC---CCCCCHHHHHHHHHHC-CCCCCCCC---------CHHHHHHHHHHHCCCHHHCCHHHCCCCC------ >P1;d3m4ta- ----CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHCCCCC-----------CEEEE--CCCCHHHHHHHHHHHCCC----------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCC------------- >P1;d3m5ba- -------CEEECCCCCCCHHHHHHHHHCC---CCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHCCCH-HHCCC----------------EEEECC-CCCCHHHHHHHHHHHCC-----------CCEEECHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHC--------- >P1;d4bgca1 ----------------------------------CEEEEEECC-----EEEEEEC-CC-CCCCCCCCCCCHH-----HHEECCCC-EEEEC---CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC---------CHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCC------- >P1;d5bxda- -------------------------------CCC-CEEECCC------CCEEECHHHHCCCCCCHHHHHHCC--CC-CCEECCCCCEEECC---CCHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCC--------CHHHHHHHHHHCCC--HHHHHHHCCCCC------ >P1;d5ftaa- -------------------------------C--CCEEEEECC-----EEEEECHHHHCCC-CCHHHHHHCCCCCC---EECCCC-CEEEC---CCCCCHHHHHHHHHHC-CCCCCCC----------HHHHHHHHHHHCCC--HHHHHHHHHHCC------ >P1;d5zb2b- ----------------------------------CEEEEECCCC----CEEEEEHHHHC-CCC-CCCC-----C------------EEECC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC-------------------- >P1;d6guwa- -------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHHHC-----C-------CEEEE--CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC------ >P1;d6i0qa- -------------------------------CCCCEEEEEECC-----EEEEEEHHHHCCCCCCHHHHHHCC--CCCCCCCCCCC-CEEEC---CCHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCC--------CHHHHHHHHHHCCC--HHHHHHCCC--------- >P1;d6n34a- -------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCEEEEEC-----CEEEEECHHHHHCCCH-HHHHHCCC-----C------CEEEEC--CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCC----- >P1;d6w67a- -------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEECHHHHHHHCH-HHHHHHCCCCCCCC------CEEEEE--CCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCC-CCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCC----- PSA >P1;d1buoa- ----a-b8969878866997376216316-765806010207-----a651501291029207-3056306996-----------95150--620516004100410047----------619-179801860160043050860264056636789----- >P1;d1fs1b2 -----------------------------------414030367----63150756028-239-805511676----------94940317--a3518607651661783587------------------------------------------------- >P1;d1lqbb- ----------------------------------7503000365----75251437103-004-30684186a6------------51605--703150031016306242624b1b5a45a17458915940870395082-------------------- >P1;d1nn7a- -----------------------------------41202038-----56121759105536a100039707-----92357a68-21408---1438006001500641--0601-82---------60650270053050683707a6258068449868 >P1;d1r29a- -------a-a998987a865276326417-754905010205-----a671401190027206-20661045884595-------751805-891427005100530047----------916-0699007501700630607a014506834986------ >P1;d2ppia1 ----------ba96969866376337439-----5133168-------b51511-a1058305-42659----------887b--------571d175106300310057------------------716580510a-06099095267------------ >P1;d2q81a1 -----------a97974875465204216-718805231527-----a561500491017305-00530176--8646------9-----52841225004100420037----------809-0469207402500610508801730673489------- >P1;d2vpka1 -------------aa977662-6138315-786714030205-----a670-003b0026307-20072177--5967------5--06066850607004400300046----------60a-07a830720250063050760154058428-------- >P1;d2z8ha1 ba58ba4998992a779675357215216-656804010305-----9570200291018306-1067506a--4a7a------8040604-a70235004100510026----------809-0769307300700830404905730765457959ab9b >P1;d3drza- -------------------------------7--750302058-----54250129103425802034005538909a4-32947-0040b---2417205000400454-7060a992---------51620160043050--77017403542675---- >P1;d3ga1a- b------7a8886796a965375326206-715806030205-----9661601191027203-20473079--3868--------51704-930328005100410017----------818-a1ab46a302700a3060480789-------------- >P1;d3kvta- ----------------------------------851301028-----64140669106527704006067b2----a4046968-00508---2439006200510456-50301892---------7173037008207062760267163379------ >P1;d3m4ta- ----b9888a997a978a8528614731b-806706020206-----a5715002a2028308-507820781a-----------95160--790405003100510037----------717917a7148400600550508602626------------- >P1;d3m5ba- -------6350605259685154127427---780603020c-----a76130129104a00b-50058----------------96170a-6c063800520030000-----------5205077c40740270084070a4035107624--------- >P1;d4bgca1 ----------------------------------871300037-----4416065-10-6277000036418-----82326979-01408---2444007000500513060513a80---------559403500710509980240441c58------- >P1;d5bxda- -------------------------------a75-7030503------56141235202427803002003a--62-91825a97450409---3408006100400445-70524a918--------43760250044040--630074067168------ >P1;d5ftaa- -------------------------------b--661104067-----4526044800343-901043015984b3---843977-1030b---3905104200600385-7082277----------31640061053070--760065055339------ >P1;d5zb2b- ----------------------------------960301066b----75260476007-205-4061-----a------------53507--915250071015305224746-----6591943a915931770387050-------------------- >P1;d6guwa- -------b8989798698653873162168c05706030309-----8440301291038204-30573168-----c-------54360--780435005000410037----------907-14771174038008404066027406625785------ >P1;d6i0qa- -------------------------------a05a60302037-----531507170031168020342025--a2da1852a77-11308---2408006000400465-70a159a17--------44950260033060--680175067--------- >P1;d6n34a- -------9977849a78853477417305-525803050505-----9751301392029105-30574078-----d------525150--580328004100220028----------717-177910730340064060760365036327757----- >P1;d6w67a- -------b997749668864397327316-56680400040528b296461201190016205-30683075d6a2ab------334170--880415004100410038----------81a-1a6840660280065060870377057438847----- Translating the sequences ----*-***********************-****CCEEEEEC-----**EEEECHHHH***C*-HHHHH*****-----------**EE*--**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC***************----- -----------------------------------CEEEE*C**----*EEEECHHHH*-*C*-HHHHH****----------****EE**--*CCHHHHHHHHHHHHH****------------------------------------------------- ----------------------------------C*EEEE*C**----*EEEE*HHHH*-*C*-HHHHH*****------------*EE**--*CCHHHHHHHHHHHHH********************HHHHHHHHHH*CC-------------------- -----------------------------------CEEEEEC*-----EEEEECHHHH***C******H***-----********-*EE**---CC***HHHHHHHHHHC--****-**---------*HHHHHHHHHH*CC******************** -------*-********************-****CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH*********-------**EE**-**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC**************------ ----------*******************-----CC*EE**-------**EE*C-*HH***C*-*****----------****--------***CC***HHHHHHHH**C------------------**********-*CC********------------ -----------******************-****CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH***--****------*-----****CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC*************------- -------------********-*******-****CC**EEEC-----*EEE-*CHHHH***C*-HHHHH***--****------*--EE*****CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC************-------- *****************************-****CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH***--****------***EE**-**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC******************** -------------------------------*--C*EEEEEC*-----EEEEE*HHHH***C**HHHHH**********-*****-*EE**---CCHHHHHHHHHHHHHC-********---------*HHHHHHHHHH*CC--**************---- *------**********************-****CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH***--****--------*EE**-**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC******-------------- ----------------------------------C*EEEEEC*-----EEEEE*HHHH***C***********----********-*EE**---CC***HHHHHHHHHHC-********---------*HHHHHHHHHH*CC**************------ ----*************************-****CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH*****-----------**EE*--**CCHHHHHHHHHHH**C----------*********HHHHHHHHHH*CC*******------------- -------**********************---**CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HH***----------------**EE**-**CCHHHHHHHHHHH**-----------*********HHHHHHHHHH*CC***********--------- ----------------------------------C*EEEEEC*-----EEEEE**-**-**C**********-----********-*EE**---CCHHHHHHHHHHHH*C*********---------*HHHHHHHHHH*CC*************------- -------------------------------***-CEEE**C------**EEECHHHH***C**HHHHH***--**-**********EE**---CCHHHHHHHHHHHHHC-*********--------*HHHHHHHHHH*CC--************------ -------------------------------*--CCEEEEEC*-----EEEEECHHHH***-**HHHHH*******---******-*EE**---CC***HHHHHHHHHHC-*******----------*HHHHHHHHHH*CC--************------ ----------------------------------C*EEEE*C**----*EEEE*HHHH*-*C*-****-----*------------*EE**--*CCHHHHHHHHHHHHH*****-----**********HHHHHHHHHH*CC-------------------- -------***************************CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH***-----*-------**EE*--**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC**************------ -------------------------------***C*EEEEEC*-----EEEEE*HHHH***C**HHHHH***--***********-*EE**---CCHHHHHHHHHHHHHC-*********--------*HHHHHHHHHH*CC--*********--------- -------**********************-****CCEEEEEC-----*EEEEECHHHH***C*-HHHHH***-----*------***EE*--**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC***************----- -------**********************-****CCEEEEEC******EEEEECHHHH***C*-HHHHH*********------***EE*--**CCHHHHHHHHHHHHHC----------***-*****HHHHHHHHHH*CC***************----- 54695.tem _________________________________ -------**********************-****CCEEEEEC*----*EEEEECHHHH***C**HHHHH*********-********EE**-**CCHHHHHHHHHHHHHC-********-***-*****HHHHHHHHHH*CC**************------ Structural block scores 0 6 - 4.8 H 56.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.7 75.0 65.9 75.0 46.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7 28 * 3.3 M 6.1 75.0 75.0 75.0 9.7 16.0 18.0 27.7 5.9 75.0 6.1 75.0 7.0 4.2 75.0 75.0 75.0 75.0 6.4 75.0 6.0 6.2 30 33 * 3.1 M 6.5 75.0 75.0 75.0 6.2 75.0 6.0 7.0 6.2 58.0 5.2 75.0 5.2 41.2 75.0 24.4 59.1 75.0 6.1 22.6 5.0 6.2 34 35 C 4.5 M 3.0 39.5 6.0 39.5 2.5 3.0 2.5 2.5 2.0 6.0 3.0 6.5 3.0 3.0 7.5 41.0 6.0 7.5 3.0 8.2 1.5 2.0 36 40 E 4.8 H 0.6 1.6 0.6 1.0 0.6 4.2 2.6 1.0 0.8 1.0 1.0 1.0 0.8 1.0 0.8 1.6 1.2 0.8 1.2 1.0 2.0 0.8 43 46 - 4.8 H 75.0 58.0 57.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 59.1 75.0 75.0 75.0 7.6 48 52 E 4.7 H 3.4 3.0 4.0 3.0 3.6 4.7 3.4 17.6 2.8 3.2 3.8 3.0 3.6 3.4 3.0 3.4 3.4 4.0 2.2 2.8 3.2 2.6 54 57 H 4.8 H 3.0 3.2 2.8 3.8 2.5 21.6 3.5 3.6 3.0 3.0 2.8 4.0 3.6 3.0 20.2 2.5 3.0 3.2 3.0 2.0 3.5 2.5 58 60 * 1.3 P 4.3 28.3 26.0 4.3 3.7 5.3 3.7 3.7 4.0 3.0 3.7 4.3 4.3 4.8 27.7 2.7 3.3 28.0 4.3 1.7 4.0 3.0 62 63 * 2.5 P 41.0 42.0 39.5 5.8 40.5 40.0 40.0 41.0 40.5 4.0 39.0 3.5 41.5 43.2 3.5 4.0 4.5 40.0 39.5 4.0 40.0 40.0 64 68 H 4.3 M 3.4 3.8 4.2 2.4 3.0 5.2 1.6 2.2 3.8 1.8 3.2 2.0 4.4 3.6 1.8 1.0 1.6 17.2 3.6 2.2 3.8 4.0 69 77 * 3.0 P 36.7 43.9 36.8 44.2 5.3 75.0 20.9 21.3 22.1 5.5 21.2 37.4 36.3 75.0 44.0 28.4 21.3 67.8 44.7 21.5 44.8 7.3 79 86 * 3.5 M 58.0 40.8 66.2 14.6 57.8 41.8 66.8 66.2 48.4 21.9 66.2 13.5 58.0 58.1 13.9 6.3 14.2 66.2 57.4 14.4 48.4 48.1 87 88 E 4.8 H 3.0 1.5 3.5 2.5 4.5 75.0 75.0 3.0 3.0 2.0 4.0 2.5 3.5 4.0 2.5 2.0 1.5 4.0 4.5 2.0 3.0 4.0 89 90 * 1.9 P 37.5 4.0 2.5 4.0 2.5 75.0 40.0 3.0 2.0 5.8 2.0 4.0 37.5 5.2 4.0 4.5 5.8 3.5 37.5 4.0 37.5 37.5 92 93 * 2.9 P 4.0 42.8 41.0 75.0 8.5 4.0 6.0 6.5 8.8 75.0 6.0 75.0 8.0 9.2 75.0 75.0 75.0 42.0 7.5 75.0 6.5 8.0 94 95 C 5.0 H 2.5 4.0 1.5 2.5 2.5 7.2 1.5 3.0 1.0 3.0 1.5 3.0 2.0 3.0 3.0 3.5 6.0 3.0 2.0 3.0 1.5 2.0 96 108 H 4.8 H 1.6 4.8 2.2 2.5 2.1 2.4 1.6 1.7 1.6 2.2 1.7 2.7 1.4 1.6 2.0 2.1 2.2 2.4 1.6 2.2 1.6 1.5 111 118 * 3.9 M 75.0 58.1 6.4 20.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.4 75.0 3.5 75.0 75.0 4.2 4.8 13.5 49.0 75.0 5.5 75.0 75.0 120 122 * 3.0 P 5.3 75.0 5.5 75.0 5.3 75.0 5.7 5.5 5.7 75.0 5.7 75.0 5.0 2.3 75.0 75.0 75.0 5.0 5.3 75.0 5.0 6.5 124 128 * 2.6 P 5.0 75.0 5.4 61.2 4.8 61.4 4.2 5.7 5.0 61.0 7.5 61.4 5.3 6.1 61.0 60.8 60.6 5.5 4.0 60.8 5.0 5.9 129 138 H 4.8 H 2.9 75.0 5.0 2.8 2.9 11.2 2.5 2.5 2.8 2.3 4.2 3.1 3.2 3.2 3.4 3.1 2.6 5.0 3.5 3.2 2.7 3.3 140 141 C 4.9 H 2.5 75.0 5.0 2.5 3.0 3.0 2.5 2.5 2.0 2.5 3.0 3.5 2.5 3.5 2.5 2.0 3.5 2.5 2.0 3.0 3.0 3.0 142 155 * 2.3 P 4.8 75.0 75.0 5.5 5.1 35.5 9.9 14.3 5.1 14.0 45.4 4.6 39.6 19.1 10.1 14.1 14.2 75.0 4.6 29.6 4.3 5.1 156 161 - 4.7 H 64.0 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 9.4 52.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 63.7 63.7 >>>>>>