Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1b3ob4 ---------------------------CCCCC---CCCCCCCCCCC---------------CCCEEEECCCCCCCCEEEEE------------------------------------------------CCCCCC----CCCCEECCCCHHHHHHHCCCCCCCCEEEECC-----CCCCCEEECCCCCCC-----------------CC >P1;d1o50a3 ------------------CCHHHHC--CCC-CC--CCEEECC-CCCHHHHHHHHHHCC--CCCEEEECC-----CCCCEEEEHHHHHHHHHH--HHHCCCCCCCCCCCCCHH---HHC-------C-------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHHCCCC----------- >P1;d1pbja3 -------------------CHHH-----CC--C--CCCEEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEE---C-CEEEEEEEHHHHHH-HHHHC---------CCCCCCCHH---HCCC--------------------HHHEECCCCCHHHHHHCC-CCCCCEEEEEEC------CEEEEEEEHHHHHHHC----------------- >P1;d1pvma4 ----------------CCCCHHH-----CC-CC--CCCEEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEC---CCCCEEEEEEHHHHHHHCHHHC---------CCCCCCCHH---HCCCC-------------------CCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC >P1;d1vr9a3 -------------------CHHHHCCC--------CCCC-CC-CCCHHHHHHCC---CCCC-CEEEEEC--C-CCCEEEEEEHHHHC---------------------------------CCCCCCCCH-----HHCCCCCCCEECCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEECC------CCEEEEEEHHHHHHHHHHCCC------------ >P1;d1y5ha3 ------------------CCHHHCC--C-------CCCCEEC-CCCHHHHHHC-CCCC---CCEEEEEC-------CCEE-EHHHHHHCCHHH---------CCCCCCCCCC---CHHH--------------------CCCCEECCCCCC--CCCC----CCCEEEEC--------CCCEEECHHHHHHCCC---------------- >P1;d1zfja4 ---------------------------CCCCC---CCCCCCC-----CCCCCCCCCCCC---CEEEEECCCC-CCCEEEEEECCC----------------------------------CCCCCCCCCCCCCCC-----CCCCEECCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHCCCC-------CCCCC >P1;d2d4za3 -----------------CCCCCCCCCC--------CCCCEEC-CCCHHHHHHHHHHCCC---CEEEEECCCC-CCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCC--------------CCC--EECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEC------CEEEEEEEHHHHHHHHHC--------------- >P1;d2ef7a1 ----------------CCCCHHHCC--C-------CCCEEEC-CCCHHHHHHC-CCCC---CCEEEEEEC----CEEEEEEEHHHHHHHHHC----------CC-CCCCCHH---HCC-------C-------------CCCCEECCCCHHHHHHC-CCCCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHCC-------------- >P1;d2j9la1 -----------------CCCHHHHCCCCCCCC---CCCCEECCCEEHHHHHHHHHHCCC---CEEEEECCCC-CCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCEECHHHEECCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEC------CEEEEEEEHHHHHHHHHHHCC-------CC--- >P1;d2nyca1 -------------CHHHHCCHHHC---CCC-CCC-CCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEC---CCCCEEEEEEHHHHHHHHHCC-------------CCCCHH---HHHHHCC-------------------CEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHH--------------C >P1;d2o16a3 -----------------CCCHHHCC------EE--CCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEECCC---CCEEEEEEHHHHHHHHHH--H-------C-C-CCCCHH---HHC-------C--C----------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEEE--C--C--EEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHC-------- >P1;d2ouxa2 ------------------CCHHHC-CC--------CCCEECC-CCCCCCCCHHHHHCCCCCCCEEEEEC--C-CCCEEEEEEHHHHC---------------------------------CCCCCCCHH-----HHCCCCCCCEECCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHH-------C---- >P1;d2p9ma- ---------------CCCCCHHHCC--C-------CCCCEEC-CCCHHHHHHC-CCCC---CCEEEEECC---CCCEEEEEEHHHHHHHHCC----------CCCCCCCCCC---CCC-------C-------------CCCCEECCCCHHHHHHC-CCCCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHHC-------------- >P1;d2qrde1 CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHH-----HC-CCCCCCCCEEC-CCCHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEE-C-CCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCHH---HHHHHHHHCCCCCC----------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCCCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHCHHHHHCC------ >P1;d2riha- ------------------CCHHHHC--C----C--CCEEEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEECC-EEEEEEEEEEHHHHHHHHHC-----------CCCCCCCCH---HHC-------C-------------CCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHCCHHHHHHHHHC-------- >P1;d2uv4a1 ---------CCCCHHHHCCCHHHH---CCC-CCC-CCCCEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEC---CCCCEEEEEEHHHHHHHHHCC---------CCCCCCCCHH---HHHHCCCHH---HH----------CCCEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHC---------------- >P1;d2v8qe2 ------CCCCHHHHHHHHCCHHH-----HC-CCCCCCCCEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEE-C-CCCEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCHHHCCHH---HHHHHHCCCCCC------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEC--CCCC--CEEEEECHHHHHHHHHHHCCC----------- >P1;d2yzia1 ----------------CCCCHHHCC--C-------CCCEECC-CCCHHHHHHC--CCC---CCEEEEECC---CCCEEEEEEHHHHHHHCCCC---CCC-------CCCCHH---HCCC--------------------CCCEEECCCCHHHHHHC-CCCCCCEEEEEEC------CEEEEEEEHHHHHHHHHCCCCCC---------- >P1;d2yzqa1 ---------------CCCCCCC-----CCC-CC--CCCCEEC-CCCHHHHHHHHHCCC---CCEEEEEC---CCCCEEEEEEHHHHHHCHHHC------------CCCCCHH---HCCCC-------------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEC-----CCEEEEEEEHHHHHHHHC---------------- >P1;d2yzqa2 ------------------CCHHHHCEE--------CCCCEEC-CCC---------------CCEEEEEC--C-CCCEEEEEECCCC------------------------------------------------CCCCCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHCCCCCC-------C---- >P1;d3ctua1 ------------CHHHHHHHHHCCH--HHHEECHHHCCCCCC-CCCHHHHHHHHCC------CEECC--------CCCCCEECCCC-CCCCCCCCC--------CCCCCCCC---CCC---------------------CCCCCCCCCCHHHHHHHCC--CCCEEECCC---------CCCEEECCC-CHHHHHHCCC----------- >P1;d3ddja1 -----------------CCCHHHCC--C-------CCCCEEC-CCCHHHHHHC-CCCC---CCEEEEECC---CCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHCCC----HHHHCCCHH---HCCC--------------------CCCCCCCCCCHHHHHHC-CCC-CCEEEEECC------CCEEEEEEHHHHHHHHHHHHCCC--------CC >P1;d3ddja2 -------------------CHHHCC--C-------CCCEECC-CCCHHHHHHHCCHHH---CCEEEECC-------CCEEEEHHHHHCCCCC--C----HHHHHHHHCCCHH---HCC-------C-------------CCCCEECCCCHHHHHHC-CCCCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHHHCC----C-------- >P1;d3fhma1 ----------------CCCCHHHHH--HHH-CC--CCCEECC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEECCC---CCEEEEEEHHHHHHHHHH--H-------HHHHHCCCHH---HCC-------CC------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEC------CEEEEEEEHHHHHHHCCC--------------- >P1;d3fv6a- --------CHHHHHHHCCCCHHHCC------CC---CCEEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEECCC---CCEEEEEEHHHHHHHHCC--C-------C-CCCCCCHH---HCC-------EECC----------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECC--CCEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHCCCCC-------- >P1;d3kpba- ------------------CCHHHHC--C----C--CCCCEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCCEEEECC---CCCEEEEECHHHHHHHHHC-----------CCC---CHH---HCC-------CC------------CCCCEECCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-----CCCEEEEEEHHHHHHHHC---------------- >P1;d3sl7a1 -----------------CCCHHHCC-------CHHHCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEECC---CCCEEEEEEHHHHCCCCC---CHHHHHHHHHCCCCCCHH---HCC-------C-------------CCCCEECCCCHHHHHHHHCCCCCCEEEEEC--C--CC-CEEEEEEHHHHHHHHHHHHC------------ >P1;d4o9ka- -------------CCCCCCCHHHCC--C-----HHHCCEEEC-CCCHHHHHHC-CCCC---CC-CEEECC---CCCEEEECCHHHHHHHHCCC-----------CCCCCCHH---HCCC--------------------CCCCEECCCCHHHHHHC-CCC-CCCEEEEEC------CEEEEEEC-CCCCCCCCC--------------- >P1;d5ks7a- ----------------CCCCHHHHC------C---CCCEECC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEECC---CCCEEEEEEHHHHHH-------------HHHHCC--CHH---HHC-------CC------------CCCCEECCCCC-CHHHHHHHHCCCCEEEEC--C--CC-CEEEEECCHHHHHHHHHCC------------- >P1;d6yj9a- ---------CCCHHHHHHCCHHHCC------EEHHHCCCEEC-CCCHHHHHHHHHHHC---CCEEEEECC---CCCEEEEEEHHHHHHHHC---CCCC--CCHHHCCCCCHH---HHC-------CC------------CCCEEECCCCHHHHHHHCCCC--CEEEEEC--H--HH-CEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHC---------- PSA >P1;d1b3ob4 ---------------------------a1538---81701239688---------------a8330004628173604015------------------------------------------------b34635----9140073a2537502540866240200003a-----63305000225a438-----------------a8 >P1;d1o50a3 ------------------4405400--933-a0--7203075-915195046417926--40300001b-----a50400004520741432--3786773b2981765203---302-------4-------------a124044715095046207648060000039-----77314500024006414878899----------- >P1;d1pbja3 -------------------5047-----16--8--a043162-710053044357678---41100024---9-97331001270066-06779---------471471306---4363--------------------980105051538505639-829252000359------9803010236217859----------------- >P1;d1pvma4 ----------------8834056-----00-56--a233152-523055035306748---43000031---696712000073017540654b---------674550303---50005-------------------8004041542066008201820021000128-----6670200021820373089932650660275541 >P1;d1vr9a3 -------------------50671127--------8101-32-61305602446---5291-8000052--8-75304000268408---------------------------------928575406-----930326903042837184066008547131000038------74040001383065038779a------------ >P1;d1y5ha3 ------------------3315606--8-------c391071-8330420663-965a---24210012-------0400-387116540565---------a463772300---1056--------------------351527083629--5a36----b2310013--------b031011850176558---------------- >P1;d1zfja4 ---------------------------2c214---8031102-----830550619643---5000005559-725031113739----------------------------------90a85a240673397-----a222185a2728303720684936100014c-----8640300012511664967594-------a6885 >P1;d2d4za3 -----------------d440171056--------a041004-52202501601562a3---8300003259-53404020328104300743288489674560247069450808--------------706--1495628054a2407803520683927201014a------85020001384057237a--------------- >P1;d2ef7a1 ----------------b74305718--6-------a122174-6350560473-965b---35300004c----8502130488118605a7----------a4-7760405---507-------9-------------58321627230660372-874b486010016-----85304110238106505859-------------- >P1;d2j9la1 -----------------642044104139b47---a120001370206503521882a6---800000356a-135110003173046206713869--------69054702010369319268a22511303a1064916317071207501430775a08200015a------b50401045710571579489-------9b--- >P1;d2nyca1 -------------98527320271---b02-478-5122053-924065036207608---05100022---88540442034710891898a-------------892203---600953b-------------------6404784404602530783926100013a-----5650400013720772598--------------c >P1;d2o16a3 -----------------b4403500------55--a062154-64304404620673a---4410000498---740302025920573378--8-------9-8-784303---601-------8--a----------a2322417371990365097492a000024--a--8--303000168137726665767888-------- >P1;d2ouxa2 ------------------860451-58--------6102053-92206307318560c04136200014--a-85304010229607---------------------------------728783404-----720799132123745057005205659240000039-----7630510004750670477389-------7---- >P1;d2p9ma- ---------------2893505617--8-------c151045-9510271265-6759---270000149---7540311123970263395----------a608893302---62a-------9-------------a1420425130760484-7555451000028-----88203110369018605786-------------- >P1;d2qrde1 96943890577155116642064-----00-6b939223040-53507503630874b---37000023-7-a556020102560074046317752988942861462506---40171056192059----------85351305630250251067363730000376ca79217021002476074116640a238626------ >P1;d2riha- ------------------2504611--6----8--8102162-603056037308749---500000006a-57650201016611840686-----------949263603---600-------6-------------912305282304302540764a341000138-----78303010258103879604941894-------- >P1;d2uv4a1 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------------------CCHHH**--***-**--CC**E*C-CCCHHHHHH*****C--*CCEEEE*C-----CC**EEEEHHHHHH****--**************CC**---***-------*-------------CCC***CCCCHHHHHHH****CCCEEEEE**-----***EEEEEEHHHHHHHH******----------- -------------------CHHH-----**--*--CCC*E*C-CCCHHHHHH*****C---CCEEEEE*---*-C*EEEEEEHHHHHH-*****---------*****CC**---****--------------------******CCCCHHHHHH**-**CCCEEEEE**------**EEEEEEHHHHHHH*----------------- ----------------**CCHHH-----**-**--CCC*E*C-CCCHHHHHH*****C---CCEEEEEC---**CCEEEEEEHHHHHH******---------*****CC**---*****-------------------CCC***CCCCHHHHHHH****CCCEEEEE**-----***EEEEEEHHHH********************* -------------------CHHH****--------CCC*-*C-CCCHHHHHH**---C***-CEEEEEC--*-*CCEEEEEEHHHH*---------------------------------*********-----*****CCC***CCCCHHHHHHH****CCCEEEEE**------**EEEEEEHHHHHHHH*****------------ 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75.0 53.5 7.7 31.8 4.7 18 19 C 4.7 H 75.0 4.0 40.0 3.5 40.0 3.0 75.0 4.0 3.5 3.0 2.5 4.0 7.0 4.0 3.0 3.5 2.5 4.5 1.5 4.5 4.0 4.5 3.0 39.5 5.0 2.0 5.0 4.5 1.5 5.5 1.5 20 22 H 4.7 H 75.0 3.0 3.7 3.7 4.3 4.0 75.0 2.7 4.0 2.7 3.0 2.7 3.0 3.7 3.3 3.3 4.7 3.7 2.3 26.7 3.3 4.3 3.7 4.3 3.3 3.7 3.3 3.0 3.3 3.0 2.7 23 24 * 2.4 P 75.0 0.0 75.0 75.0 1.0 3.0 75.0 0.5 4.5 0.5 38.0 0.0 38.0 4.0 75.0 1.0 38.5 75.0 2.0 75.0 0.0 3.5 4.0 1.5 0.0 1.5 1.0 1.0 2.5 0.5 1.5 25 26 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 5.5 75.0 2.5 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 27 29 * 3.5 M 5.5 5.0 27.3 25.0 75.0 52.7 5.5 75.0 52.0 7.8 4.5 75.0 75.0 52.7 25.0 52.0 3.0 25.3 53.0 2.3 75.0 5.7 52.3 52.7 4.3 75.0 52.7 75.0 52.3 75.0 75.0 31 32 * 3.3 M 41.5 5.2 41.5 5.5 75.0 75.0 39.5 75.0 75.0 41.0 5.5 5.0 75.0 75.0 8.8 41.5 4.0 6.8 75.0 3.0 75.0 4.0 75.0 75.0 6.0 6.0 40.5 40.0 75.0 41.0 4.5 33 34 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 41.5 75.0 75.0 75.0 6.0 75.0 41.5 6.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 12.0 75.0 4.5 35 37 C 4.8 H 5.3 3.0 4.8 5.2 3.0 8.2 3.7 4.8 4.5 4.5 2.7 5.5 2.3 6.2 4.3 3.0 4.8 3.0 2.7 4.7 6.5 8.0 4.5 3.8 4.8 25.7 4.7 3.3 2.3 3.3 3.0 43 45 C 4.8 H 7.3 5.0 2.7 3.3 3.3 4.7 75.0 3.0 4.7 3.0 5.0 4.3 4.3 5.0 4.3 3.0 3.7 4.3 3.7 3.0 8.2 5.7 4.3 5.0 4.7 3.7 5.0 5.0 3.7 5.7 5.0 46 51 H 4.7 H 75.0 4.2 2.7 3.0 2.8 3.0 16.0 2.3 3.7 3.2 3.3 3.0 3.2 3.0 3.5 3.5 3.5 3.3 3.5 4.0 75.0 3.5 2.7 3.3 3.7 3.2 3.8 3.2 3.3 3.8 3.0 52 56 * 1.7 P 75.0 4.6 5.6 4.0 47.0 19.6 4.4 2.8 19.6 4.2 3.0 3.6 4.0 19.6 4.4 4.4 4.6 4.0 32.6 4.0 75.0 18.4 18.8 5.5 4.8 4.4 4.4 4.0 18.6 4.4 4.2 58 60 - 4.7 H 75.0 51.3 75.0 75.0 4.0 75.0 51.0 51.0 75.0 52.0 75.0 75.0 1.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 61 62 C 4.8 H 9.2 1.5 2.5 3.5 41.5 3.0 40.0 41.5 4.0 41.5 2.5 4.0 4.5 4.5 5.0 2.5 4.5 3.0 3.0 3.0 6.0 43.2 5.5 1.5 2.0 1.5 4.0 5.0 4.0 4.5 7.5 63 67 E 4.8 H 1.2 0.2 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3.2 3.2 4.5 5.6 3.2 4.5 3.8 5.0 3.5 5.2 3.2 4.5 4.5 149 155 H 4.8 H 3.7 3.7 4.3 3.1 3.6 25.6 3.6 3.6 3.4 2.9 2.9 4.7 2.7 4.1 2.1 2.6 3.1 2.4 3.8 3.1 3.7 4.0 4.1 3.7 4.0 3.1 3.4 3.9 3.4 13.4 3.1 156 159 * 1.5 P 5.0 4.2 23.5 2.8 4.2 57.8 4.5 4.2 23.5 4.8 4.5 5.0 4.0 23.0 4.0 4.2 4.5 4.2 23.2 4.5 4.2 39.8 24.2 23.2 6.4 5.0 5.0 3.0 24.0 4.2 5.4 160 162 C 4.9 H 2.0 4.7 5.3 0.7 3.7 29.5 6.0 6.0 7.8 6.2 5.7 7.2 5.0 4.7 5.3 5.8 5.3 6.7 5.7 4.7 5.8 5.0 26.3 5.8 5.3 6.7 6.5 4.7 30.2 6.8 52.0 163 167 E 4.9 H 0.4 0.0 1.0 0.4 0.2 1.0 0.4 0.8 1.4 0.6 0.4 0.4 0.0 0.2 0.6 0.4 0.2 0.4 0.8 0.0 0.4 0.6 0.2 0.0 0.8 0.0 0.0 0.2 0.6 0.4 0.4 168 169 * 1.6 P 6.8 6.0 7.0 5.0 5.5 39.0 8.2 7.2 3.5 7.8 6.8 39.5 6.0 5.0 5.0 5.5 6.0 38.5 7.8 9.2 6.5 43.2 5.5 4.5 7.8 6.0 5.0 39.5 8.2 39.0 39.5 170 174 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 48.7 75.0 75.0 9.0 75.0 75.0 20.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 34.1 75.0 48.2 75.0 48.0 48.2 175 177 * 2.1 P 4.0 5.7 30.7 6.3 28.7 53.8 6.0 29.3 5.3 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