Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1edqa3 CEEEEECCCCCCCCCHHHCC-CC---------EECC-CCC-----CCCEECHHHHHHHCCCC----------CCEEEEECCC-CEEEEEEC-----CCCEEEECC >P1;d1goia3 CEEEEECCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCEECHHHHHHHHHCCC---------CEEEEEECCC-CEEEEEEC-----CCCEEEEC- >P1;d1itxa2 CEEEEECCC--CHHHHCCCCCC----------EECCCCCC-----CCCEECHHHHHHHCCCCC---------CEEEEEECCC-CEEEEEEC-----CCCCEEEC- >P1;d1jnda2 CEEEEECCHHHCCCCCCCCCCCC---------CCCCCCCCC---CCCCEECHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHCCCEEECCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCEEEEE- >P1;d1kfwa2 CEEEEECCC----CCCCCCC-CC---------EECC-CCC-----CCCEECHHHHCCCC---------------EEEEECCC-CEEEEECC-------CCEEEE- >P1;d1vf8a2 CEEEEEECCCC--CCCCCCC-EE---------EECCCCCCC---CCCCEECHHHHHHHHH----------C-CCEEEEECCC-CEEEEEEC-------CEEEEC- >P1;d1w9pa2 CEEEECCCC------CCCCC-CC---------CCCC-CCC-----CCCEECHHHCCC----C----------CCEEEEEHHH-CEEEEEEC-----CCCEEEEC- PSA >P1;d1edqa3 606043506b278a504409-17---------5509-028-----7922035830386238c----------50655448a6-74010032-----75010030a >P1;d1goia3 606033707--5a710181a3602a889035972104202067673013046800550275b4---------80544427a6-66110105-----94201041- >P1;d1itxa2 616043306--95940282a08----------97075017-----853204661056512658---------a0543427a5-66100007-----95511050- >P1;d1jnda2 60604404780869073905614---------750642a82---6751204771068423489149482371006621485676a31001115a9277001042- >P1;d1kfwa2 606052607----6573a25-17---------9306-038-----78321567504824---------------75374697-85310147-------621051- >P1;d1vf8a2 60604103458--6164b15-36---------760542862---865110277004612a----------7-8065352675-7511024b-------611041- >P1;d1w9pa2 606042606------24c59-49---------a468-028-----770113785033----b----------90744647a7-95310118-----97510051- Translating the sequences CEEEEECCC****CC***CC-CC---------**CC-CCC-----CCCEECHHHHHHH***C----------C*EEEEECCC-CEEEEEEC-----CCCEEEEC* CEEEEECCC--**CCCCCCC*CC***********CC*CCC*****CCCEECHHHHHHH***C*---------C*EEEEECCC-CEEEEEEC-----CCCEEEEC- CEEEEECCC--*****CCCC*C----------**CC*CCC-----CCCEECHHHHHHH***C*---------C*EEEEECCC-CEEEEEEC-----CCC*EEEC- CEEEEECC*****CCCCCCC*CC---------**CC*CCC*---*CCCEECHHHHHHH***C**********C*EEE**CCC*C*EEEEEC*****CCCEEEE*- CEEEEECCC----CCCCCCC-CC---------**CC-CCC-----CCCEECHHHH****---------------EEEEECCC-CEEEEE*C-------C*EEE*- CEEEEE*CC**--CCCCCCC-**---------**CC*CCC*---*CCCEECHHHHHHH**----------*-C*EEEEECCC-CEEEEEEC-------CEEEEC- CEEEE*CCC------CCCCC-CC---------**CC-CCC-----CCCEECHHH***----C----------C*EEEEE***-CEEEEEEC-----CCCEEEEC- 54556.tem _________________________________ CEEEEECCC****CCCCCCC*CC---------**CC*CCC*---*CCCEECHHHHHHH***C*---------C*EEEEECCC-CEEEEEEC-----CCCEEEEC- Structural block scores 1 5 E 4.9 H 2.6 2.4 2.8 2.8 2.6 2.2 2.4 6 8 C 4.7 H 3.7 4.7 3.0 3.7 4.3 2.3 4.0 9 12 * 3.4 M 7.1 41.4 41.0 5.5 75.0 40.8 75.0 13 19 C 4.6 H 4.6 4.1 5.1 4.7 5.5 4.9 26.1 21 22 C 4.4 M 4.0 3.0 41.5 2.5 4.0 4.5 6.5 23 31 - 4.6 H 75.0 6.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 32 33 * 1.0 P 5.0 4.5 8.0 6.0 6.0 6.5 7.2 34 35 C 5.0 H 4.5 0.5 3.5 3.0 3.0 2.5 7.0 37 39 C 5.0 H 3.3 1.3 2.7 6.8 3.7 5.3 3.3 41 43 - 4.6 H 75.0 6.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 45 47 C 5.0 H 6.0 1.3 5.3 4.3 6.0 4.0 4.7 48 49 E 5.0 H 1.0 1.5 1.0 1.0 1.5 0.5 1.0 51 57 H 4.6 H 4.7 3.4 4.1 4.7 4.6 3.6 14.4 58 60 * 2.5 P 4.3 4.7 3.0 3.0 51.3 29.2 75.0 63 71 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 67.4 75.0 74 78 E 4.8 H 4.8 3.8 3.6 3.8 5.2 4.2 5.0 79 81 C 4.6 H 8.2 7.8 7.5 6.3 7.3 6.0 8.2 84 89 E 4.9 H 1.3 1.5 1.2 2.6 2.3 2.2 1.8 91 95 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 96 98 C 4.6 H 4.0 5.0 6.3 4.7 52.0 52.0 7.0 99 102 E 4.8 H 1.0 1.2 1.8 1.2 2.0 1.5 1.5 >>>>>>