Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1e0ba- ---CCCCCCCCCC-----------------CEEE---EEEEEECC----------------------------CC--CEEEEEEECC---CC---EEEEEHHH---HHHH---CHHHHHHHHHCCC------- >P1;d1g6za1 ---------CCCCCC--------------CCCCC---CCEEEECC-----------------------------CCCEEEEEECCCCCCCCC---CEEECCHH---HC-C---CCHHHHHHHHHHCCCCCCCC >P1;d1pfba- ---------CCCC-----------------CEEE---EEEEEEEC-----------------------------C--EEEEEEEECCCCHHH---CEEEEHHH---CC-----CCHHHHHHHCCC-------- >P1;d2buda1 CCCCCCCCCCCCCCCCEEEECC----CCCEEEEC---CCCCC--CCC--------------------------CCCCCCCEEECCCCCCHHH---CEEECCCCEEC-------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d2dy7a1 ------------------------CCCCCCCEEE---EEEEECCCCC----------CCCCCCCCCCCCHHHHHH--HCEEEEEECCCCCCC---CEEECHHH---HCC--CCHHHHHHHHHHCCCCC----- >P1;d2dy8a1 ---------CCCCCC--------------CCEEE---EEEEEEEECC--------------------------CCCEEEEEEEEECCCCCCC---CEEEEHHH---HHHH---CHHHHHHHHHHHCCCC---C >P1;d2fmma- ---CC---CCHHHHC--------------CCEEE---EEEEEEEC-----------------------------C--EEEEEEEECCC--CC---CEEEEHHH---HHHH---CHHHHHHHHHCCCCCCCCCC >P1;d2huga2 ---------------------------CCCCCCCCCCCCCC-----C--------------------------CCCCCCCCEECCCCCC-----CCEECCCC------CC---CHHHHHHHHHHHC------C >P1;d2m2la1 ----------CCCCC--------------CCCCC---EEEEEEEC-----------------------------C--EEEEEECCCCCCCCC---CEEEEHHH---HCCC---CHHHHHHHHHHHCC------ >P1;d2xiwa- -------------CEE------EEEECCEEEEEEHHHEEEEEEE-------------------------------CCEEEEEEEECC-----EEEEEEEEHHH---CCC----CCC-CHHHHHHC-------- >P1;d3m9qa- CCCCCCCCC---CCCEEEEECCCCCCCCCEEEEE---EEEEEEEECC--------------------------CCCEEEEEEEEECCCCHHH---CEEECHHHEEECCHH---HHHHHHHHHHHHHC------ >P1;d3svma- ---------C-CC-----------------CEEE---EEEEEEEC-----------------------------C--EEEEEEEECCCCHHH---CEEEEHHH---CCC----CHHHHHHHHHHHH---CCCC >P1;d5afwa1 ---------------------------CCCCEEE---EEEEEEEECCCCCHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCC--CCCEEEEEEEEECCCCHHH---CEEECHHH---HHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC-- >P1;d5afwa2 CHHHHHHHHHHHHHC--------------CCEEE---EEEEEEEECC--------------------------CC--CEEEEEEECCCCHHH---CEEEEHHH---HHHH---HHHHHHHHHHC--------- >P1;d5in1a- ------CCC---CCCEEEEEEC-----CEEEEEE---EEEEEEE-----------------------------CC--EEEEEEEECCCCHHH---CEEEEHHHEEECCHH---HHHHHHHHHHCC-------- PSA >P1;d1e0ba- ---b89b647229-----------------6046---0471665c----------------------------77--6300302159---87---64525195---0571---0372067157878------- >P1;d1g6za1 ---------768b2a--------------a5044---00424408-----------------------------775364030514565a79---453232a8---08-b---28614331667378289b5f >P1;d1pfba- ---------9876-----------------7055---0453447a-----------------------------a--722020227b66865---04214593---06-----578114615795-------- >P1;d2buda1 279381112a685a53020348----50102403---04715--36a--------------------------9660414020305a39983---16315373025-------829804757956786a49a9 >P1;d2dy7a1 ------------------------a857684026---047153328b----------9897b3a5a055283044--400020125376847---232321a5---008--5604740490047503a----- >P1;d2dy8a1 ---------999289--------------86054---0352777949--------------------------9c6464202023668b9a4---17234065---0463---049307906984a69b---c >P1;d2fmma- ---b9---681171a--------------37146---0352887a-----------------------------9--541040304b2--a8---12503093---0685---148205515776695b985b >P1;d2huga2 ---------------------------77247213c63656-----8--------------------------130310500267682a-----b5872709------77---2674166256389------a >P1;d2m2la1 ----------92879--------------64045---0162667a-----------------------------8--921010046491397---14626484---0546---12a10673167568------ >P1;d2xiwa- -------------850------8053b7794414294048143a-------------------------------b840605044a8-----86340403486---02a----049-05733767-------- >P1;d3m9qa- 364374607---76130001145a8676204404---0361654738--------------------------6725102050214c67774---144051940342669---25542772587284------ >P1;d3svma- ---------8-a5-----------------7144---0164456c-----------------------------a--621130216b49595---15322475---05a----48a1267165565---879b >P1;d5afwa1 ---------------------------a552036---036124035a0059700652377994227c0669--6370360020116c57672---11111473---066870632940762478366777a-- >P1;d5afwa2 8ba758757746853--------------84053---02443ca66b--------------------------77--405030114626585---04536047---0177---15920761576--------- >P1;d5in1a- ------217---7844000329-----8203403---0371539-----------------------------aa--644030002c37696---1330488303634a9---247426726775-------- Translating the sequences ---**********-----------------CEEE---EEEEEE**----------------------------*C--*EEEEEEECC---**---*EEE*HHH---****---C*HHHHHHHH***------- ---------******--------------*C***---**EEEE**-----------------------------C***EEEEE**CCCC***---CEEE**HH---**-*---C*HHHHHHHH********** ---------****-----------------CEEE---EEEEEE**-----------------------------C--*EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH---**-----C*HHHHHHH***-------- **********************----*****EE*---*****--***--------------------------*C*****EEE**CCCC***---CEEE*******-------C******************* ------------------------******CEEE---EEEEE*****----------******************--**EEEEEECCCC***---CEEE*HHH---***--****HHHHHHHH*****----- ---------******--------------*CEEE---EEEEEE****--------------------------*C***EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH---****---C*HHHHHHHH******---* ---**---*******--------------*CEEE---EEEEEE**-----------------------------C--*EEEEEEECCC--**---CEEE*HHH---****---C*HHHHHHHH********** ---------------------------***C**********-----*--------------------------*C******EE**CCCC-----*CEE****------**---C*HHHHHHHH***------* ----------*****--------------*C***---EEEEEE**-----------------------------C--*EEEEE**CCCC***---CEEE*HHH---****---C*HHHHHHHH****------ -------------***------*********EEE***EEEEEE*-------------------------------***EEEEEEECC-----****EEE*HHH---***----C**-*HHHHH**-------- *********---*******************EEE---EEEEEE****--------------------------*C***EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH*******---**HHHHHHHH****------ ---------*-**-----------------CEEE---EEEEEE**-----------------------------C--*EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH---***----C*HHHHHHHH***---**** ---------------------------***CEEE---EEEEEE****************************--*C***EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH---*******C*HHHHHHHH********-- ***************--------------*CEEE---EEEEEE****--------------------------*C--*EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH---****---**HHHHHHHH*--------- ------***---**********-----****EEE---EEEEEE*-----------------------------*C--*EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH*******---**HHHHHHHH**-------- 54160.tem _________________________________ ---**-*********------------***CEEE---EEEEEE****--------------------------*C***EEEEEEECCCC***---CEEE*HHH---****---C*HHHHHHHH********-* Structural block scores 0 2 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 75.0 10.0 75.0 3 4 * 4.0 M 9.8 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 10.2 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 6.0 75.0 6 14 * 3.3 M 21.3 30.0 45.0 5.4 75.0 30.1 20.5 75.0 37.2 59.8 28.0 52.6 75.0 5.8 28.2 15 26 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 27.1 58.2 75.0 75.0 75.0 75.0 39.8 3.8 75.0 75.0 75.0 32.8 27 29 * 3.0 P 75.0 53.5 75.0 0.3 7.0 52.7 51.0 5.3 52.0 7.7 2.7 75.0 6.8 52.7 3.3 31 33 E 4.4 M 3.3 2.7 3.3 2.3 2.7 3.0 3.7 3.3 3.0 3.0 2.7 3.0 3.0 2.7 2.3 34 36 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.2 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 37 42 E 4.6 H 4.0 2.3 3.3 15.3 3.3 4.0 4.3 28.3 3.5 3.3 3.5 3.3 2.7 4.2 3.2 43 46 * 2.8 P 41.9 39.5 41.9 23.6 6.1 7.2 41.9 58.2 41.9 58.9 5.5 42.1 4.6 8.5 58.5 47 72 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 32.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 10.3 75.0 75.0 75 77 * 2.7 P 52.0 5.0 52.3 3.3 51.3 5.3 51.7 1.3 53.0 7.8 2.7 52.0 3.3 51.3 52.0 78 84 E 4.6 H 1.3 2.7 1.4 1.4 0.7 1.9 1.7 2.9 1.1 2.7 1.4 1.4 1.4 1.4 1.6 85 88 C 4.8 H 41.0 5.0 7.6 6.9 5.2 7.9 23.1 6.6 5.0 42.1 7.4 7.6 7.6 4.5 6.1 89 91 * 1.9 P 30.0 8.8 6.3 6.7 6.3 7.8 31.2 75.0 6.3 75.0 6.0 6.3 5.0 6.0 7.0 92 94 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 53.8 75.0 5.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 96 98 E 4.9 H 3.7 3.3 2.3 3.3 2.7 4.0 2.3 5.7 4.0 1.3 2.7 3.3 1.0 4.0 2.0 100 102 H 4.6 H 5.0 6.8 5.7 4.3 5.5 3.7 4.0 28.0 5.3 6.0 4.7 5.3 4.7 3.7 6.3 103 105 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 2.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.3 75.0 75.0 75.0 3.0 106 109 * 2.0 P 3.2 23.6 39.0 75.0 20.8 3.2 4.8 41.0 3.8 21.9 5.8 22.6 5.0 3.8 6.6 110 112 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 28.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 75.0 115 122 H 4.7 H 4.4 3.8 4.1 6.1 3.5 5.4 4.1 4.6 4.3 13.6 5.0 4.8 4.9 4.6 5.1 123 130 * 3.0 P 49.8 6.9 58.0 6.9 31.3 24.9 7.7 49.4 40.8 57.9 40.1 32.0 6.8 66.4 57.8 >>>>>>