Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1el0a- -CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCEEEECCC--CCCCCCEEEECC--CCCEEEECCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCC------- >P1;d1f2la- ---CC--CCCCCCCCCC-CCCCHHHEEEEEECCH--HHCCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHCC------------ >P1;d1g2sa- --CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEECCC--CCCCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCC--C-------CC >P1;d1m8aa- ----------CCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECC--CCEEEECCCCHHHHHHHHHHCC------------- >P1;d1nr4a- ---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEECCC--CCCCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHC------------ >P1;d1o80a- CCCCCCC--CCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCC-CCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCC----------- >P1;d1rjta- --CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCC-CCCEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCC---------- >P1;d1zxta1 ----CCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEECCC--CCCCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHCCCCC--C--------- >P1;d2hcca- -C-----CCCCCCCCCCCCCCCHHHCCEEEECCC--CCCCCCEEEECC--CCCEEEECCCCCCHHHHHHHCCC---CCC------- >P1;d2hdma- ---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCC----CCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCC---CCCCCC >P1;d2mgsa- -----CCCCCCCCCCCCC-CCCHHHEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECC--CCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHH-------CC >P1;d2mp1a- ---CCCCC-CCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEECHHHCCCCCEEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC--- >P1;d2ra4a- ---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEECCC--CCCCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHC-------------- >P1;d3gv3a- ---------CCCCCCCCCC-CCHHHEEEEEECC-CCCCCC-CEEEEECCC-CCEEECCC--CCHHHHHCCC--------------- >P1;d4hsva- ------CCCCCCCCCCCCC-CCCCCEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCC--CEEEEC-----HHHHHHHH-------CHHHHCCC >P1;d4xdxa- -------CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECC--CCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC-------- >P1;d5coya- ---C--CCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEECCC--CCCCCCEEEEEC--CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCC---C--------- >P1;d5ekia- ----------CCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHCCC--CCCC---CCC >P1;d5ltla- ------CCCCCCCCCCCC-CCCHHHCCEEEEECC---CCCCEEEEECC----CCEEECCCCHHHHHHCCC----------CCCCCC >P1;d7jnya1 CEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECC--CCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCC--CCC---CCC PSA >P1;d1el0a- -b9a9bb75a424b91059916394051135169--319b40010417--896320043617004604773861999ab------- >P1;d1f2la- ---b8--719453a922-a61648602525503b--50a750000215--967530011657004502840684------------ >P1;d1g2sa- --b9a7ab286509c15786254a706313502c--a0a570000115--998222032938206701670676--8-------bc >P1;d1m8aa- ----------c309721a980537503327604397a1a3501203277--8854303295a50650284277------------- >P1;d1nr4a- ---a869ab18309724a9803483055255039--40a470000307--779602041947605701830676------------ >P1;d1o80a- a99b557--7150a93278707262055144474582175300100058a-355310218271046038636769----------- >P1;d1rjta- --b9aa98970926626947153251000636620b91b43105030465-65800300792507715841763b9---------- >P1;d1zxta1 ----8994959008a04694066a4051236029--506780000106--a67603022747204511760555--a--------- >P1;d2hcca- -a-----a85520a712aa5021a8075238059--a3b640000508--88752105590930970188057---99c------- >P1;d2hdma- ---e54b9857229811b9715296065234177----9570000116--77722004192b1068006314447e5---83b8b8 >P1;d2mgsa- -----b986735078629-25608405606646b3841a4700103199--968200218275076119516878c9-------8e >P1;d2mp1a- ---dca96-37118827c602607406304305785938430000207--867540011a7720470074127907a36554a--- >P1;d2ra4a- ---c8aa8956107923b850739406517304b--806760000405--a47513021959106602971a-------------- >P1;d3gv3a- ---------b450884539-175930450442b-37a091-410020575-77421034--1209944678--------------- >P1;d4hsva- ------9a7a37099446a-166870674663944920873000030977--662103-----39445566-------6545764b >P1;d4xdxa- -------a79420984498525055056154284592099200002066--46431041858206701660455449a-------- >P1;d5coya- ---8--b9b462079239940639602614604c--808370000106--97661302285710551185068---a--------- >P1;d5ekia- ----------c107931987262830410261746bb2934002011578849633022949104901751479--6384---799 >P1;d5ltla- ------d89763097258-60438306012413c---0b340000019----942303184a20691239----------904448 >P1;d7jnya1 8322375789130aa33696036750430001377c3164300002159--845210309181067106526627--a69---879 Translating the sequences -******CCCCCCCCCCCCCCCHHH**EEEE*CC--CCCCC*EEEE*C--*CCEEEECCCC*HHHHHHHH*********------- ---**--CCCCCCCCCC-CCCCHHHEEEEEE*C*--**CCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH***------------ --*****CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC--CCCCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH***--*-------** ----------CCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC*--CCEEEECCCCHHHHHHHHHH**------------- ---****CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC--CCCCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH***------------ *******--CCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC**-CCEEEECCCCHHHHHHHHHH****----------- --*****CCCCCCCCCCCCCCC**********CC**CCCCC*EEE**C**-CC*EEECCCC**HHHHHHHH*****---------- ----***CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC--CCCCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHH*****--*--------- -*-----CCCCCCCCCCCCCCCHHH**EEEE*CC--CCCCC*EEEE*C--*CCEEEECCCC**HHHHHHH***---***------- ---****CCCCCCCCCCCCCCC***EEEEEE*CC----CCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH******---****** -----**CCCCCCCCCCC-CCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC*--CCEEEECCCCHHHHHHHHHH******-------** ---****C-CCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*C***CCCCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH************--- ---****CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC--CCCCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH*-------------- ---------CCCCCCCCCC-CCHHHEEEEEE*C-**CCCC-*EEEEEC**-CCEEE*CC--**HHHHH***--------------- ------*CCCCCCCCCCCC-CC***EEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC**--CEEEEC-----HHHHHHHH-------******** -------CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC*--CCEEEECCCCHHHHHHHHHH*******-------- ---*--*CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC--CCCCC*EEEEEC--*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH**---*--------- ----------CCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC***CC*EEECCCCHHHHHHHHHH***--****---*** ------*CCCCCCCCCCC-CCCHHH**EEEE*CC---CCCC*EEEE*C----C*EEECCCCHHHHHH***----------****** *******CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC*--CCEEEECCCCHHHHHHHHHH****--***---*** 54117.tem _________________________________ ---****CCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEEEE*CC**CCCCC*EEEEEC*-*CCEEEECCCCHHHHHHHHHH********-----** Structural block scores 0 2 - 4.5 M 31.8 75.0 53.8 75.0 75.0 9.5 53.8 75.0 53.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 3 6 * 3.0 P 10.6 42.4 9.2 75.0 8.4 7.1 9.8 25.2 75.0 8.8 42.6 11.4 10.4 75.0 58.5 75.0 42.4 75.0 59.6 4.2 7 21 C 4.9 H 5.6 10.1 5.9 19.5 5.8 14.4 5.4 5.0 5.3 5.7 9.9 9.6 5.4 19.4 10.8 5.8 5.4 19.4 9.9 5.3 22 24 H 4.6 H 5.3 6.0 7.2 5.0 5.0 3.3 3.3 6.8 6.5 5.7 4.0 3.7 5.3 5.7 7.0 3.3 6.0 4.3 4.7 6.0 25 30 E 4.8 H 2.5 3.2 3.0 3.5 3.7 3.2 1.7 2.8 4.2 3.3 3.8 2.7 3.7 2.8 4.8 3.5 3.2 2.2 2.2 1.2 32 33 C 4.8 H 7.5 7.2 7.2 3.5 6.0 5.5 4.0 5.5 7.0 7.0 8.8 6.0 7.8 43.2 6.5 6.0 8.2 5.5 7.8 5.0 34 35 * 3.4 M 75.0 75.0 75.0 8.0 75.0 6.5 5.8 75.0 75.0 75.0 5.5 6.5 75.0 5.0 6.5 7.0 75.0 8.8 75.0 9.8 36 40 C 4.9 H 5.7 5.5 6.6 6.0 5.1 3.6 5.7 5.2 7.0 34.2 5.3 5.4 5.4 19.1 4.0 4.4 5.2 5.9 18.7 3.4 42 46 E 4.9 H 1.2 0.6 0.4 1.6 0.6 0.2 1.6 0.2 1.0 0.4 1.0 0.4 0.8 0.6 0.6 0.4 0.2 0.8 0.2 0.6 51 52 C 4.9 H 7.5 6.5 8.5 8.0 8.0 4.0 5.5 6.5 7.5 7.0 7.5 6.5 5.5 7.0 40.5 5.0 6.5 6.5 42.0 6.0 53 56 E 4.9 H 1.2 2.0 1.5 3.0 2.0 2.2 2.8 2.2 2.0 1.0 2.5 2.2 2.2 1.8 2.2 2.0 2.5 3.0 2.2 2.0 57 60 C 4.9 H 3.5 3.2 4.2 4.8 4.5 3.2 4.0 3.8 4.8 4.0 3.2 4.9 4.2 39.2 57.0 4.5 4.2 4.2 4.0 3.2 61 70 H 4.8 H 3.8 3.0 3.7 4.2 3.7 3.8 4.0 3.3 4.5 3.6 4.2 3.2 4.1 5.0 19.2 3.6 3.3 3.7 11.8 3.6 71 78 * 3.3 M 8.0 49.1 40.9 58.0 49.2 41.0 32.7 40.7 33.4 23.6 25.1 5.6 66.9 75.0 66.4 14.6 49.9 23.4 75.0 23.4 79 83 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 21.1 75.0 19.9 75.0 75.0 5.4 75.0 75.0 47.2 18.4 48.4 84 85 * 4.0 M 75.0 75.0 12.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9.8 11.2 75.0 75.0 75.0 7.8 75.0 75.0 9.0 6.0 8.0 >>>>>>