Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1cbfa1 --CEEEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEECCCCCC------HHHHCCCCC----CCEEEEC--CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCC---CCCCH-HHCHHHHHCC----CCEEEEEC-----------CCCCHHHHHHHHHHCC-------CCCCCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEC-----HHHCC--------------------------------- >P1;d1ve2a1 CCCEEEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEEE-CCCC------HHHHCCCC------CEEEEE--C-CCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCC--CCCCCC-----------C----CCEEEEEC-----------------CHHHHHHCC--------CCCCCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHHCCCCCC--CCCCCEEEEEC-----HHHHHHHH-------------HCCCCCC---------- >P1;d1wdea- CCCEEEEEECCCCC-----CCCHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCHH-HHHHHHHHCC----CCEEECC--HHHHHCCHHHHCCCC-C-CCEEEEEECCCC-CCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCHHHHHHHH-CCCH-----HHEEEEEEECCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHC----CCEEEEEECCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCEEEEE-CCHHHCCEEEEECCHHHHHCC---CCCCCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCC >P1;d1wyza1 -CCCEEEECCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHCCCCCCEEC------CHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHC--CCCCEECC------CHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCHHHHHC-CCCCCC-----CC-EEEEEECCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEC--------HHHHCCCHHHHHHCCC------------CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHHHC----CCCCCCCEEEEEEC------------------------------------------ >P1;d2bb3a1 ----CEEEECCCCC----CCCCHHHHHHHHHCCEEEEC--------HHHHHHCCCCCCC----CEEECCCCC---HHHHHH-CCHHHH--CCEEEEECCCC-CCCCHHHHHCCC--CCCCCEEECCCCHHHHHHHHHCCCH-----HH-EEEEECC-----------CHHHHCHHHH-----CEEEEEEC--------CC--CCCHHHC-----------------CCEEEEEECCC-C-CCEEEEEE-CCCC------CCCCCCEEEEECCCC---------------------------------------- >P1;d2z6ra- ---CEEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHCC-----CCEEEC--HHHHHHHHHHHCHHHHC-CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHH-CCCH-----HHCCCCEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHC----CCCEEEEECEEHHHCEECCHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCCCCCCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHHHCCC---CCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCC-----------------C >P1;d3ndca1 --CCEEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEECCCCCC------HHHHHHCCC----CCEEEEC--CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEECCCC--CCCCCC-CCCHHHHHCC----CCEEEEEC-----------CHHHHHHHHHHHHHH--------HCCCCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHHCCHHHCCCCCC-CEEEEEC-----HHHCCCCC------------------------------ >P1;d6pr1a3 --CEEEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEEC-CCCC------HHHHCCCCC----CCEEEEC--C-CCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEECCCC-CCCCCC-----HHHHCCC----CEEEEEEC-----------CHHHHHHHHHHHHHCC-------CCCCCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHHHHHHHC--CCCCCEEEEEC-----HHHHHHHH-------------HCCCCCC---------- PSA >P1;d1cbfa1 --330100000014---29404950371046030000449500------680084049----b043250--9c1a39600720172066a320010141107242a07801620575a07033070413060018209170447b417611202023a---86068-9530252067----60000016-----------0073063017104609-------0666000000120228-92431412-0350181068450663000000-----50056--------------------------------- >P1;d1ve2a1 47020000000002---383049403500550400003-7502------75028407------273340--9-3619602750150056441000007010345a607601630771a04142060435041007319030449c309542222687--797713-----------7----14000017-----------------852550351--------1557020000030618-a3303245-05507a23a--a0483210000-----70063089-------------426a89b---------- >P1;d1wdea- 78010100001226-----a15a603420580530200221281b20-4810271088----8405606--463045417700358-9-631000002100-55180970264069570707615060417202a1-0049-----92014305010434b7202720250040025----63000010022-b7650070150052005005400950a05200240000002-036d7a240402320660082---b18c350100000606a8036400830a494708136700520550176910464 >P1;d1wyza1 -870002021125b06184104a602600580820002------54740371045028928385640360978146960342072059--74100037------a12750271068591703609004237401-50c034-----a4-333236039779----5137305600750376520000215--------4a30551520163046------------8050000140128-a3305121-07704----ba235650100014------------------------------------------ >P1;d2bb3a1 ----1200000117----a225a605710890400103--------5400400912a3b----204308639---292047-063077--47000024220-33217822881b--5838154060404050007318177-----86-0231549-----------b732653056-----41000104--------28--1517907-----------------92701000302-b-43442864-0671------905157000006368---------------------------------------- >P1;d2z6ra- ---30100000122---18205970252038055000020152011074450373093-----906305--58305740572004304-8340000003002341707704650873a070601704136720450-2035-----8002621504128cc8423900610450476----3200002011418785203025004102601683----7480056721000001021a-a0212002-0560083---a06822000000180676005400650803651372b-----------------b >P1;d3ndca1 --020100000003---3940497056205703000121a400------97018402a----c053240--6628274108104704857430000041107231719401730685b0526306042524001810a180406c2167122011508--53a16b-8450442066----71000015-----------001005501750263--------0677010000010219-63622523-04707481094a36-4000000-----40072aa5------------------------------ >P1;d6pr1a3 --130000000014---2a204a604710540300022-6504------a70083019----a083450--2-372650062016305574500000121053245094007308b3a0636207041305001610102153893095232120829-aa8617-----0760078----60000015-----------01b508402720365a-------0667110000040049-80401534-056027108--50863000000-----40070197-------------5162575---------- Translating the sequences --C*EEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEE**CCCC------HHHH***CC----*CEEEEC--C***HHHHHHH*HHHH**CC*EEEEECCCC*CCCC*HHHHHHHHHCCC*EEEECCCCHHHHHHHH*CCC*********EEEEE*CC*---CCC**-***HHHHH*C----CCEEEEE*-----------*****HHHHHHHH***-------***CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH*******CCCCCCEEEEEC-----HHH**--------------------------------- **C*EEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEE*-CCCC------HHHH***C------CEEEE*--C-**HHHHHHH*HHHH**CC*EEEEECCCC*CCCCHHHHHHHHHH*CCCEEEECCCC**HHHHHH*CCC*********EEEEE*CC--*CCCC*-----------C----CCEEEEE*-----------------*HHHHHH**--------***CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH******--CCCCCEEEEEC-----HHH*****-------------*******---------- **C*EEEEECCCCC-----*CCHHHHHHHHHCCEEEE**CCCC****-*HHHH***CC----*CEEE*C--****H**HHHH****-*-CC*EEEEECCCC-CCCCHHHHHHHHHHCCC*EEEECCCCHHHHHHHH-CCC*-----***EEEEE*CC***CCCC******HHHHH*C----CCEEEEE****-************HHHHHHHH**************C*EEEEE-CC***CCEEEEE**HHH****---CCCCCC*EEEEC*****HHH*********************************** -*C*EEEE*CCCCC***HHHCC*HHHHHH**CC**EE*------*****HHHH***CC*****C***E***C***HHHHHHH*HHHH*--C***EE*C------C*HHHHHHHHHHCCCCEEE*CCCCHHHHH*-**CCC*-----**-EEEEE*CC***C----*****HHHHH******CCEEEEE**--------*******HHHHHH***------------CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH**----*CCCCCCEEEEE**------------------------------------------ ----*EEEECCCCC----**CCHHHHHHHHHCCEEEE*--------***HHH****CC*----CEEE*C**C---HHHHHH-**HHH*--C*EEEEECCCC-CCCCHHHHH***--CCCC*EEECCCCHHHHHHHH*CCC*-----**-EEEEE*C-----------***HH*HH**-----CEEEEE**--------**--***HHH*-----------------CCEEEEEECCC-C-CCEEEEEE-****------CCCCCCEEEEEC***---------------------------------------- ---*EEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEE**CCCC******HHHH***CC-----C*EEEC--****HHHHHHH*HHHH*-CC*EEEEECCCC*CCCC*HHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHH-CCC*-----******EE*CC***CCCC******HHHHH*C----CC*EEEE*****************HHHHHHHH**----*******CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH****---CCCCCCEEEEEC*****HHH*****************-----------------* --C*EEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEE**CCCC------HHHH***CC----*CEEEEC--C***HHHHHHH*HHHH**CC*EEEEECCCC*CCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHH*CCC*********EEEEE*CC*--CCCC**-***HHHHH*C----CCEEEEE*-----------*****HHHHHHHH**--------***CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH*******CCCC-CEEEEEC-----HHH*****------------------------------ --C*EEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEE*-CCCC------HHHH***CC----*CEEEEC--C-**HHHHHHH*HHHH**CC*EEEEECCCC*CCCCHHHHHH****CCCCEEEECCCCHHHHHHHH*CCC*********EEEEE*CC*-*CCCC*-----HHHH**C----C*EEEEE*-----------*****HHHHHHHH***-------***CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH******--CCCCCEEEEEC-----HHH*****-------------*******---------- 53790.tem _________________________________ -*C*EEEEECCCCC---HHHCCHHHHHHHHHCCEEEE**CCCC-*****HHHH***CC----*CEEEEC--C***HHHHHHH*HHHH**CC*EEEEECCCC*CCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHH*CCC*********EEEEE*CC***CCCC******HHHHH*C----CCEEEEE**--------*******HHHHHHHH***-------***CCEEEEEECCCCC-CCEEEEEE-HHH*******CCCCCCEEEEEC***--HHH*****-------------*******---------- Structural block scores 4 8 E 4.9 H 0.2 0.0 0.2 0.8 0.6 0.2 0.2 0.0 9 13 C 5.0 H 1.0 0.4 2.2 4.1 1.8 1.0 0.6 1.0 14 16 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 2.3 75.0 75.0 75.0 75.0 17 19 H 4.4 M 5.0 4.7 53.5 4.3 29.2 3.7 5.3 4.8 20 21 C 5.0 H 2.0 2.0 3.0 2.0 3.5 2.5 2.0 2.0 22 30 H 4.9 H 3.9 3.4 4.3 4.2 5.2 4.0 4.6 4.2 31 32 C 5.0 H 1.5 2.0 2.5 4.0 2.0 2.5 1.5 1.5 33 36 E 4.8 H 0.0 0.0 1.2 0.5 0.2 1.2 0.2 0.5 37 38 * 2.2 P 4.0 39.0 1.0 38.5 39.0 1.0 1.5 38.5 39 42 C 4.5 M 3.5 3.5 3.2 75.0 75.0 2.0 3.6 3.8 44 48 * 3.7 M 75.0 75.0 18.5 4.0 31.8 2.6 75.0 75.0 49 52 H 4.9 H 3.5 3.5 2.8 2.8 1.0 3.0 4.2 4.4 53 55 * 1.0 P 4.0 4.0 2.7 3.0 4.0 3.3 4.0 3.7 56 57 C 4.8 H 6.5 41.0 8.0 5.0 6.8 6.0 6.2 5.0 58 61 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 5.5 59.1 75.0 75.0 75.0 64 67 E 4.5 M 3.5 4.2 2.8 3.2 1.8 2.2 3.5 5.0 69 70 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 4.5 4.5 75.0 75.0 75.0 72 74 * 2.1 P 8.0 28.0 3.0 4.3 75.0 3.7 5.3 28.3 75 81 H 4.9 H 3.9 4.3 4.0 4.3 14.1 4.3 3.3 3.0 83 86 H 4.6 H 2.5 1.5 22.8 3.5 4.0 1.8 3.8 2.5 87 88 * 2.2 P 6.0 5.5 42.0 42.0 41.0 39.5 6.5 5.0 89 90 C 4.8 H 6.8 4.0 4.5 41.0 39.5 5.5 5.5 5.5 92 96 E 4.8 H 0.4 0.0 0.0 0.8 0.4 0.0 0.0 0.0 97 100 C 4.8 H 1.5 2.0 0.8 58.0 2.0 0.8 1.5 1.0 102 105 C 4.8 H 4.6 6.4 4.8 40.4 2.2 3.8 3.2 3.5 106 115 H 4.6 H 3.6 3.7 4.3 3.8 19.8 4.4 3.9 4.2 116 119 C 4.8 H 5.6 3.9 4.8 5.5 6.0 5.1 5.4 4.9 120 123 E 4.8 H 1.5 1.8 3.5 2.2 2.5 1.8 2.8 2.8 124 127 C 5.0 H 3.0 3.2 2.8 3.2 2.5 3.0 3.0 3.0 128 135 H 4.8 H 2.5 2.5 3.4 12.1 2.4 3.4 2.6 2.0 137 139 C 5.0 H 5.7 4.0 1.3 5.2 5.3 1.7 6.5 1.0 140 148 * 2.5 P 4.9 5.2 43.9 52.1 52.3 43.1 4.3 4.8 149 153 E 4.8 H 1.2 2.4 2.6 2.8 2.2 3.2 1.2 2.0 155 156 C 4.8 H 2.5 7.5 0.5 1.5 42.0 2.5 2.5 5.0 157 159 * 3.0 P 53.5 52.3 3.7 7.7 75.0 7.5 52.7 31.5 160 163 C 4.5 M 22.2 6.0 5.1 58.5 75.0 6.6 4.9 6.4 164 169 * 2.7 P 17.7 63.0 3.0 15.7 41.1 3.2 18.2 63.7 170 174 H 4.6 H 1.8 75.0 0.8 2.2 3.2 2.6 2.0 2.6 177 180 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 181 182 C 4.7 H 3.0 2.5 4.5 3.5 39.5 2.5 4.0 3.0 183 187 E 4.9 H 0.2 0.2 0.2 0.4 0.4 0.4 0.2 0.2 188 189 * 2.2 P 40.5 41.0 0.0 3.0 2.0 0.5 40.0 40.0 190 197 - 4.4 M 75.0 75.0 13.6 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 198 204 * 2.4 P 22.9 75.0 1.9 4.1 23.9 1.4 21.6 23.9 205 212 H 4.7 H 2.8 12.9 2.1 2.6 40.4 2.5 3.1 3.2 213 215 * 2.6 P 5.0 27.0 1.3 52.0 75.0 28.7 28.0 7.2 216 222 - 4.5 M 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 34.9 75.0 75.0 223 225 * 2.3 P 4.0 3.7 0.7 75.0 75.0 3.7 4.3 4.0 226 227 C 4.8 H 3.0 3.5 2.0 4.0 5.5 4.5 3.5 4.0 228 233 E 5.0 H 0.2 0.3 0.3 1.0 1.3 0.2 0.2 0.2 234 238 C 4.8 H 2.8 3.6 19.5 3.0 18.3 2.9 2.6 3.4 240 241 C 5.0 H 5.5 6.8 6.2 6.8 3.5 5.2 4.5 4.0 242 247 E 5.0 H 2.5 2.8 2.2 2.0 4.7 1.2 3.3 2.8 249 251 H 4.7 H 2.7 3.3 4.0 4.7 4.3 3.7 3.7 3.7 252 258 * 2.6 P 3.4 15.4 33.6 45.1 64.4 33.7 4.1 13.3 259 264 C 4.9 H 4.0 16.8 6.8 5.2 4.5 4.8 17.1 16.2 265 269 E 4.9 H 0.0 0.6 0.2 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 271 273 * 3.7 M 75.0 75.0 2.0 51.3 5.7 3.0 75.0 75.0 274 275 - 4.3 M 75.0 75.0 8.2 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 276 278 H 4.5 M 1.7 2.3 3.7 75.0 75.0 2.0 1.3 1.3 279 283 * 2.7 P 47.2 5.2 3.6 75.0 75.0 3.0 7.0 4.8 284 296 - 4.3 M 75.0 75.0 4.8 75.0 75.0 9.7 75.0 75.0 297 303 * 3.9 M 75.0 7.3 2.4 75.0 75.0 75.0 75.0 4.4 304 313 - 4.7 H 75.0 75.0 3.8 75.0 75.0 68.7 75.0 75.0 >>>>>>