Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1jixa- -------------------------------CEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC-------CEEEEEECCCC--------------------CCEEE--HHHCCHHHCC-EEEEECCCCCCCC------CCCCHHHHHHHHH-----HHHCC-----------------------------------CCEEEEECCCCCCCCCCHH--------HHCCCCCHHHCCHHHHCCCCCEEEEECCCC--HHHHHHHCCCCC---------CEEEEEECCHHHHHHHCCCCCCCC-------------C-CCCC---EEEEEECCCHH-H------CCHHHHHHHHCCC---------CCCEEEECCCCHHHCCCC-------CCCCCCCCEEEC-CCCHHHHHHHHCCEEEEEECCCHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEEE--HHHCCCC-CCCCCHHHEEC--CH--------------HHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHCC-HHHHHHHHHHHCCC----------------- >P1;d1pswa- --------------------------------CEEEECCC-------CCCC--CHHHHHHHHHHC-----C--CCCEEECC-----------------------------HHHHHHHCCC----CEEEECCC---------------HHHHHH-----HHHHCCCCCCC-----EEEECCCCCHHHH--HHHHC---CCCEEEEECCCCC---------------------------------CCCCEEECCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCHHHC---CCCCCCCCCCCC--------------HHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHC----------CCCEEECCCHHHHHHHHHHH--CCCCHHHHCCEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEEC---------CCC-CHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCCCC---CCCEEEEECCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------------------------------------------- >P1;d2bfwa1 CCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCC--CCCCHHHHHHHHHHHCCC----HHHHHEEEEEECCCCH--HHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCHHHHHHHHCC---------CCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHHH---HCCCC-CCEEECCCCHHHH--HHHHHHHHHCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- >P1;d2ex0a1 --------------------------------CEEEEEEECC-----CHHHHHHHHHHHHCCC------CCCCEEEEECCCCC-C--HHHHCCCC-CEEECCCC--CCCCCHHHHHCCCC---C--CEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHH----------CCC---CEEE-EEEEEECCC--HHH--HHHHHCCCCC--------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCHHHCCCEEEEECCHHHHHH-CCCHHHHHHHH-----HH--EEECCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHCCC-HHHHHHCC-CCCEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--CCCCCCEEEEEECC-CCC------HHHHHHHHHC-C-CEECCCCCCHHHHHHCCCCCCEEEEECC--------HHHHHCCHHH-EEEEEECCCC-----------------------------------------------------------------------CCCCHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCHHHEEEHHHCCCC-- >P1;d2f9fa1 -CCCCCCCCCCCC-------------------CCEEEECCCC---HHHCHHHHHHHHHHCC----------CCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCEE-EEECCCHHHHHHHHHH---------CCEEEECCCCCCCCHHHHHCCC-CCCEEEECCHHHHH---HCCCCCCEEEECC-CHHHH--HHCC-HHHH---------CCCCCHHHHHHHHHCC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- >P1;d2nzya- -------------------------------------------------CHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCC------------------------------------------------------------HHHHHHHHC-----CHHHHHHHCCC-----EEEEECCCCCCCCEECCCCCC--CCCCEEECCCCC---CCCCC--------CCCEEEECCCCCC-----HHHEEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC-------------CCHHHCC---CCCCCHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCH------HHHHHHHH-HHC----------CCCEEECCCCCCCCC---------------------C-CCC--CHHHHHCCEEEEEEECCC-CCCCCCCHHHHHHHHCCCEEEEE-CCCCHHHHCC----HHHCEE--HHHCC---------CHHHHHHHHHHHHCC----HHHHHHHHCCCCCEEECCEEECHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC------C >P1;d2zwia- ------------------------------CCEEEEEEEECC-----CHHHHHHHHHHHHHCC-------CCEEEEEECCCCCCC--HHHHHHC--CEEECC-----CHHHHHHHHHHHHHCCC--EEEEEEEEECCCHH-HHHHHHHHHHH----------CCC---CCEE--EEEEECCC--HHH--HHHHHHHHHCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCHHHHCCHHHCCCEEEEECCHHHHHCCCCCHHHHHHHC-----CC--EEECCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCC-------CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCC-------CHHHHHHHH-C-CEEECCCCCHHHHHHCCCCCCEEEEECC--------CHHHHCCCCCEEEEEEECC-------------------------------------------------------------------------------CCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHEEEHHHC----- >P1;d4fkza1 -----------------------------CCEEEEEEECC-------HHHHHHHHHHHHHHCCCC-----C-EEEEEEECCCCC--------------------------HHHHHHHHHH-CC-CCCEECCCCCC-CCC---HHHHHHHHHHH-----HHHHHHHCCCC-----EEEEECCCHHHHH--HHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCC----------------CCCCCHHHHHHHHHHHCCEEEECC----HHHHHHHHHC-----CCCHHH---EEECCCHHHHHHHHHCC----C-----CCCCHHHHH-HCCC-EEEEEECCCHHHC--CHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CEEEEEECCCC--HHHHHH-HHHHHCCC--CCEEEEC-CCCHHHHHHHHHHCCEEEECC---------HHHHHHHHHHCCCEEECC-CCCCCHHHHH---CCCEEECC-------------CCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCC--C----------CHHHHHHHHHHHHCCCC------CCCCCCCCCC >P1;d4fzra1 --------------------------------CEEEECCCC-------HHHCCCHHHHHHHHHCC-------CCEEEEEECCCHHHHH-----CCCCEEEEECCCCCC--CCCCCCCCCC-CCCC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----CHHHHHHHHHH----------------------------CCCEEEEECCCCHHHHHHHH--------H-----------------CCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCHHHHHCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHH-CCCC---CCEEECC---C-C------CHHHHHHH-HHHH---------CCEEEECCCC-----CCC-------------CEEEEC-CCC---CCC-CCCCCEEEECCC--------HHHHHHHHHCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEE--CC---------------CHHHHHHHHHHC----CHHHHHHHHHHH---------CCCCCCHHHHHHHHCC--------------------- >P1;d4hwga1 ------------------------------CCEEEEEECC--------CHHHHHHHHHHHHHH-------H-CEEEEEECCCCC----------------------------CCCCC----CCCCCCEECCCCCC-CC-----HHHHHHHHHH-----HHHHHHHHCCC-----EEEEECCCHHHHH---HHHHHHCCCCEEEECCCCCCCCC----------------CC--CHHHHHHHHHHHCCEEEECC----HHHHHHHHHC-----CCCHHH---EEECCCCHHHHHHHHCC----CCC-------CCCCC-CCCCCCEEEEECCCC---------CCHHHHHHHHC-CC---------CCEEEEECCCCCCCCC--------------CCEECCC---CHHHHHHHHHHCCEEEECC---------CCHHHHHHHCCCCEEECC-CCCCCCHHHH---HCCCEECC-------------CCHHHHHHHCCCCCCCCCCCC---CCCCHHHHCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------- >P1;d4nesa- --------------------------------CEEEEECC-------HHHHHHHHHHHHHHCCCC-------CCEEEEECCCCCC-------------------------CCCHHHHHHC-CCCCCCEECCCCC---CC---HHHHHHC-CHH-----HHHHHHHHCCC-----EEEEECCCHHHHH--HHHHHHHCCCEEEEECCCCCCCCC----------------C---CHHHHHHHHHHCCCEEEECC----HHHHHHHHHC-----CCCHHH---EEECCCHHHHHHHHHHH----HHHCCHHHH-HHHHH-HCC--CEEEEECCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------CCEEEEECCHHHHHHHHHCCCHHHHHHC--CCEEEEC-CCCHHHHC-CCCCCCEEEECC---------HHHHHHHHHHCCCEEECC-CCCCCCHHHH---CCCEEECC-------------CCHHHHHHHHHCC-------CCCCCCCCCCCC--C----------CHHHHHHHHHHHC-------------------- >P1;d4r9va1 ---------------------------------CEEEEEECC-----CHHHHHHHHHHHHHHH----HCCCCEEEEEECCCCC-C--HHHHHHC--CEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC--CEEEEEEEECCCHHHHCHHHHHHHCC-----------CC---CEEE-EEEEEECCC--CHH--HHHHHHHCCCC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCCCHHHHCCEEEEECCCCHHHHCHHHHHHHHHHH-----HH--EEECCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--CCCCCCCEEEEECCCCCC------HHHHHHHCCCCC-CEEECCCCCCHHHHHCCCCCCEEEEECC--------HHHHCCCHHH-EEEEEECCCC-----------------------------------------------------------------------CCCCHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCHHHEEECC------- >P1;d4zhta- ----------------------------CCCEEEEEEECC-------HHHHHHHCCC-CCCCCCC-----CCEEEEEEEEHHHHCHHH----------------------CCCC-CCHHH-CC-CEEEEECCCCC-CCCCCCC-HHHHHHHHH-----HHHHHHHHCCC-----C-CEECCCHHHHH--HHHHHHC-CCCCEEECCCCCCCC---------------------HHHHHHHHHHHHCCEEEECC----HHHHHHHHC------CCCHHH---EEECCCCHHHHHCCCC--------CCCCCCCCCCCC-CCCCCCCEEEECCCCHH--HHHHHHCCHHHHHHHH-HHC---------CCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHH-CC-CEEEEC-CCCHHHHHHHHHCCC-EEECC---------HHHHHCHHHHCCCEEEEC-CCCCCCCCC-----CCEEEEC-----------CCCCHHHHHHHHHHHCCC------CCCCCCCCCC--C----------CHHHHHHHHHHHCCCC-------CCCCCCCCCC >P1;d5zlra1 ------------------------------CEEEEEEECC-------HHHHHHHHHHHHHHHHCC-----C-EEEEEEEEHHHHCHHH----------------------CCCHHHHHHC-CC-CCCEEECCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHCCCC-----EEEEECCCHHHHH--HHHHHHHHCCCEEEECCCCCCCC--------------------CCHHHHHHHHHHCCCEEEECC----HHHHHHHHHC-----CCCHHH---EEECCCHHHHHHHHCC--------CCCHHHHHHHHC-CCCCCCEEEEECCCCCC--CC--CCCCHHHHHHHH-CCC--------CCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECC-CCCHHHHHHHHHCCCCEEECC---------HHHHCHHHHCCCCEEEEC-CCCCCCCCC-----CCEEEEC-------------CCHHHHHHHHHCCCCC-----------CCCCC--C----------CHHHHHHHHHHHCCCC--------CCCCCCCC- PSA >P1;d1jixa- -------------------------------350000000540642875300300102300330a-------18020002867--------------------82050--0a61603704-200000050608b------a925610020030-----00608-----------------------------------6200000211322021015--------505938118517593030714000000055--39205520770b---------206414401001010007a19329-------------8-2916---11000054118-1------5005200400030---------a06010027055820848-------73729700714a-72405513720030100000008501400211100100000000000--2500482-300a2730006--63--------------83037106504946921550083026305---------62387-47802750380041----------------- >P1;d1pswa- --------------------------------30002015-------6115--120002003542-----7--a0400013-----------------------------a516121617----10541177---------------898258-----50370594907-----3000028465201--10420---8056000142606---------------------------------b0053116277a115301120000285c7841930---468134251807--------------9a4277028418059924000000048535120035100500330094----------61100000689249106602--7407982473030002507132001000114000002---------101-2000006200000002212965211---0930421124abba2470035061650073047008627c----------------------------------------------------------- >P1;d2bfwa1 b06391042840a76167116610671a0a5320000246027--562001000500450195----9408600000014128--8117305703a72c10301167175651150000---------0000000037148042002000000000003271068---003a7-0012171142740--08001500626-----7851772164037307739---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- >P1;d2ex0a1 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-------------------------------**EEEEECC*********HHHHHHHHHHHH****-------*EEEEE*CCCC--------------------*****--*****H****-*************------****HHHHHHHH*-----**H**-----------------------------------CC*******CC********--------********************C*EEE*CC**--HH*HHHH*****---------*******CC***************-------------*-*CCC---*E****CC***-*------**HHHHHHHH***---------CC*EEE*CC*********-------********EE*C-CCC*HHHHH***C***EEE*C**********HHH***H*****EEE*--*******-***********--**--------------*****************************---------*****-H**HHHHHHH****----------------- 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