Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1m3sa1 ----------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHC--CCC-----------------CCHHHHHHHHHHCC------CEEEECCH-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHCC------CCEEECCCC----------------------CCC-CCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCHHHH---------HC---CEEEECCCCC----CCCCCCCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCC---------------- >P1;d1nria- CCCCHHHCCCHHHCCHHHCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHH---HH-----------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEECH-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCEEEECCCHHHHCCC--CCCHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCC-CC---------CC---CEEEECCCCCCCC------CCCC----------CCHHHHHHC-CCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCC >P1;d1vima1 ------------------------CHHHHHHHHHHHHHHH--HCC-----------------HHHHHHHCCCCCCC------CEEEECCH-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHCC------CCEEECCCC----------------------CCC-CCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCHHHH---------HC---CEEEECCCCCCCCHHHHHHHCHH----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCHHHHCCCCC---------------- >P1;d1wiwa- -------------------CCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH----HHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCHHHHHHHHHC---CCEEEEECCC--CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCHHHHCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC--------------------- >P1;d2i2wa- ------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH-----------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEECC-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEECCCCCCHHHH--C-CCCCCCCHHHHHHHH-HCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCHHHCC---------CC---CEEEEECC--CCC--------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------------- >P1;d2yvaa- -------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCH-----------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEECC-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEECCCCHHHHHH--HCCCCCHHHHHHHHHHH-HCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCHHHHC---------CCCCCCEEEECCC--CC---------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------------------------- >P1;d5lu5a- -----------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHH-----------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEECCC-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEECCCCHHHHHH--HHHHHCHHHCCHHHHHH-HCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCHHH---------HC---CEEEECCC--CC---------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------------- PSA >P1;d1m3sa1 ----------------------59a756643781099046--518-----------------94155006302809------1000005c-------------------------------51162044006404104------150323a4a----------------------922-90877000000027054980282056037570200000263804007---------20---4030500039----932a2518b----------61001200351056007301744a3789808356989c---------------- >P1;d1nria- 7aa2203570770662772899347606516650661278---06-----------------6417500630162167--a020000006-------------------------------31031035007501351138-86020100399803868--3b614665930483058290567000000103150200110052058370200000004916-09---------10---3020304042028------3123----------740006005-005-0055056283167a1341528597156545717418b5b7 >P1;d1vima1 ------------------------a837711650473187--726-----------------8a118600204805------0000104b-------------------------------61280045007404002------150222b59----------------------914-91367000000026053870274067026360500000157904007---------20---4020104241927678049305a----------91001400240056007402844918-941784498aa---------------- >P1;d1wiwa- -------------------550479812720776016405601642250b5a054620030110061005008168356710001000041ab4a0b299279043040033980515064100010101100010073582062----0260046046402391429702007103202---8330000001--23300710470060002290410487038405661485874075000000058a5185038206930420250603175500200000100000000003041022858a9--------------------- >P1;d2i2wa- ------------------885966775774377047507768815-----------------5106600420061038--911000003c-------------------------------9037004400730173159a39a600300627774369--9-a49082400162057-3088a00000001405220043007104837060000003702703b---------50---31103031--68a--------------------6710330024005500730572088----------------------------- >P1;d2yvaa- -------------------98a967757533771475078--605-----------------9116500820160056--a21000004c-------------------------------50270053017005851519066140500046994286--15979653210052047-5076700000011606562011008006638020000001802701a---------4079a10104031--66---------------------45102500540045005400761355---------------------------- >P1;d5lu5a- -----------------8876676673874395037308859805-----------------7104600520280175--a12000003c-------------------------------60371064019106852649073040500055894286--02965876500050055-50896000000015073600120053057380300000055085058---------10---42102020--47---------------------5510240044003500330074223----------------------------- Translating the sequences ----------------------**HHHHHHHHHHHHHHH*--***-----------------**HHHHHHHHHH**------CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHCC------CCEEECCCC----------------------***-*CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEECCCC*HHH*---------*C---CEEEECCC**----*********----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC************---------------- ************************HH******HHHHHHHH---**-----------------HHHHHHHHHHHH***C--C*CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHH**C**-**C*EEECCC***H***--***********HHHHHH**CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEECCCC**-**---------*C---CEEEECCC**CC*------****----------**HHHHHH*-***-*********CCC**************************** ------------------------*HHHHHHHHHHHHHHH--***-----------------HHHHHHH*******------CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHCC------CCEEECCCC----------------------***-*CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEECCCC*HHH*---------*C---CEEEECCC**CC***********----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC-***********---------------- -------------------*****HHHHHH****HHHHHH**********************HHHHHHHHHH*****C**C**EEEE*C***********************************HHHHHHHHHHHHCCC******----******H****************HHHHHH**---CCEEEEECCC--C*HHHHHHHHHHH*CC******CCCC*HHH****************EEEECCC**************************HHHH*******HHHHHHHHHH*CCC*******--------------------- ------------------******HHHHHHHHHHHHHHHH*****-----------------HHHHHHHHHHHH***C--C*CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHH**C*****CCEEECCCC**H***--*-*********HHHHHH-*CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEE*CCC*HH**---------*C---CEEEE*CC--CC*--------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C----------------------------- -------------------*****HHHHHHHHHHHHHHHH--***-----------------HHHHHHHHHHHH***C--C*CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHH*CCC*****CCEEECCCC**H***--***********HHHHHH-*CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEECCCC*HHH*---------*C***CEEEECCC--CC---------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC---------------------------- -----------------*******HHHHHHHHHHHHHHH******-----------------HHHHHHHHHHHH***C--C*CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHH*CCC*****CCEEECCCC**H***--***********HHHHHH-*CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEECCCC**HH*---------*C---CEEEECCC--CC---------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C----------------------------- 53697-2.tem _________________________________ ------------------******HHHHHHHHHHHHHHHH*****-----------------HHHHHHHHHHHH***C--C*CEEEE*C*-------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHCCC*****CCEEECCCC**H***--***********HHHHHH-*CCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCEEEEEECCCC*HHH*---------*C---CEEEECCC**CC*-*********----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC************---------------- Structural block scores 0 17 - 4.6 H 75.0 4.9 75.0 75.0 75.0 75.0 71.3 18 23 * 2.5 P 52.3 5.8 75.0 16.0 7.0 19.6 6.7 24 39 H 4.7 H 5.3 4.5 4.9 4.1 5.2 5.2 5.1 40 44 * 2.2 P 32.8 46.2 33.0 3.4 5.6 32.2 5.4 45 61 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 3.4 75.0 75.0 75.0 62 73 H 4.7 H 3.6 3.2 4.0 1.8 2.5 3.2 2.9 74 76 * 1.5 P 28.0 3.0 26.7 5.7 1.3 1.7 2.7 78 79 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 83 86 E 5.0 H 0.0 0.0 0.2 0.2 0.0 0.0 0.0 90 120 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 4.6 75.0 75.0 75.0 121 135 H 4.9 H 2.5 2.1 2.7 0.4 3.0 2.9 3.5 136 138 C 4.3 M 26.3 2.3 25.7 3.3 3.0 3.7 4.3 139 143 * 2.6 P 75.0 20.0 75.0 4.2 8.4 4.4 4.6 144 145 C 4.4 M 3.0 1.0 3.0 38.5 3.0 2.5 2.0 146 148 E 4.6 H 1.7 0.3 1.3 75.0 1.0 1.7 1.7 149 152 C 4.5 M 7.0 5.2 6.9 2.0 3.8 2.5 2.5 153 154 * 2.5 P 75.0 4.0 75.0 2.0 7.0 9.0 8.5 156 158 * 2.5 P 75.0 7.3 75.0 3.3 6.0 5.3 5.3 159 160 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 161 171 * 2.6 P 75.0 5.0 75.0 3.5 11.0 4.4 4.4 172 177 H 4.3 M 39.7 4.7 39.8 2.2 3.5 3.0 2.5 180 184 C 4.8 H 4.4 3.6 3.4 47.2 5.3 4.0 4.6 185 189 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.6 0.0 0.0 0.0 190 195 C 4.9 H 3.0 1.7 2.7 25.5 2.0 3.2 2.7 196 207 H 5.0 H 4.2 2.0 4.1 2.6 2.4 2.5 2.4 209 210 C 5.0 H 3.5 3.5 3.0 0.0 3.5 4.0 4.0 211 216 E 4.6 H 0.3 0.3 0.8 3.0 1.0 0.3 0.5 217 220 C 4.9 H 4.8 3.2 5.5 4.8 2.5 2.2 2.5 222 224 H 4.3 M 1.3 27.0 1.3 5.0 3.3 2.7 3.3 226 234 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 5.6 75.0 75.0 75.0 237 239 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 8.8 75.0 241 244 E 5.0 H 2.0 1.2 0.8 0.0 1.2 1.2 1.2 245 247 C 4.9 H 0.0 1.3 2.0 4.3 1.3 1.3 0.7 248 249 * 3.1 M 6.0 3.0 2.5 7.8 75.0 75.0 75.0 250 251 C 4.3 M 75.0 1.0 5.5 4.5 7.0 6.0 5.5 254 262 * 3.4 M 5.8 42.7 5.2 3.9 75.0 75.0 75.0 263 272 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 2.6 75.0 75.0 75.0 274 294 H 4.6 H 2.2 9.2 2.3 0.5 2.6 2.5 2.1 296 298 C 4.5 M 6.8 3.3 6.0 1.7 30.3 4.3 26.7 299 310 * 3.4 M 7.1 5.2 12.5 35.0 75.0 75.0 75.0 311 326 - 4.6 H 75.0 5.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>