Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1u7na- -----------------CEEEECCCCCCCHHHHHHC-CHHHHCCCCCEEEEECHHHHHCCCC----CCCCEEEEECCCCCC---------CCCCHHHHHH-------------HCCCCCCHHHHHHHCCCCCEEEECC-----------CHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCCCEECCCCCCCC------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCC-----------CCCHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECHHHHHH--------------CCCCEEEC-CHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCEECCCCCCCEEECCC----------CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHC >P1;d1vmia1 CHHHHHHHCCHHHCCCCEEEECCCC---CHHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEECCCCCCC-CC-CCCCCC-CCEEECCCC-CC---------CCHHHHHHHHHHHC-CCC--CHHHHCCCC-CCCCCCCCCCCCEECCCCC---------CCHHHHC-CHHHHCCCCCC-CCCEEEEEEECCCCCCCEECCCCCC------CCCHHHHHHHHHHHCCHH-HHHCC-CCEECC-CCCCC----CCCCCHHHHHHHHHC-CCC-CCC----CCEECCCCCHHHHHCC-CCC-CCCCCCCCCCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHH---------------------HCEEE----EEEEEECCCCC-CCCCC----------CCCHHHHHHHHHHHHCC------------- >P1;d4atya- ------------CCCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHH-------CCCCEEEECHHHHHHHHHHHCC---CCEECC---------CCCEEEEC--CCCCHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCC-CCC---CCHHHHHHHHCCCC--HHHCEEEEEEC---CEEEEECCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCEEEECCCHHHHCCCCCCCHHHHCHHHHHHHHHH-------CCCEEEEECHHHHCCCC-------------CCCEEEECCHHHHHHHHHHHHC-----------------------------CCEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCC--------- >P1;d4e4ra1 C-HHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCC---CHHHHHHHHHHHCC-CCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEECHHH-CC---------CHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCCCEEEECCCC-------CCCC-CHH-HHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCC-CCCEEECCCCCC------CCCHHHHHHHHHHHHHHH-HHCC--CCEEEC-CCCCC----CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEECCCCCHHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHC---------------------CCCCC----EEEEEECCCCCEEECCC----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHC----------- >P1;d6e85a1 ------------CCCCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHC--HHHCCCCEEEEECHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCHHHCCCCCCEEEEEEC--CCCCHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCC----CCCEEEEECC---CCEEEECCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCEEEEECCCHHHHCCCCCCCHHHHCHHHHHHHHHCC------CCEEEEEECHHHHHHHHH----------HCCCCEEEECCHHHHHHHHHHCCC-----------------------------CCCCEEEECCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC---------- >P1;d6xmya1 -------------CCCEEEECCCCCCCHHHHHHH-HHH-----CCCCEEEEECHHHHHHHHHHCC-CCCEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEC--CCCC--CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCC----CCCEEEEECC---CCEEEECCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHCCCCHHHHCHHHHHHHHHHC------CCEEEEEECHHHHCCCCC----------CCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHC-----------------------------CCCEEEEECCCCCEEEECCCCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC---------- PSA >P1;d1u7na- -----------------4000104086026000600-3018226915010025484056309----697207144065815---------8535356005-------------7356000200400458706000003-----------43500200034004407706200110021a58a60010002117------9062600130010022102301a379040000195-----------a078215504850483a-----804033105595056--------------23010000-10840542267259989694585087a78846762776575224302110000411001055----------605271022004103336370064039502 >P1;d1vmia1 1293077314037594140000003---14200400140465-91040000154a60a-23-83b169-806222078-56---------a0450184069439-019--814750063-1000001086040100005---------2359701-2146102458c-11000000107b5401010003216------907174001001200205-60045-703001-06008----574958604404701-405-427----9040100035400355-409-406a050706020-012329404731463278---------------------79241----00100001334-01086----------a0636500100100003------------- >P1;d4atya- ------------a705000000000010000001003-------7310200000400450073218---71343a---------98020331--82057a2161070553005001400320081046a403000000207900-60c---3d065200920926--74000100005---c0200000272b6a60484055500130031008004409a--602000000276004c27477405410320066049-------61503103019701638-------------8040000023610171059608-----------------------------a605400010c0000402a4072b50263717165025104001305276--------- >P1;d4e4ra1 8-90275029306958040000004---15200200150382-920300001448605710972a1918a05112057-1b---------31950074039228970758605840563120000032940400000038-------a0b7-017-1034003138a07500000035ca-442010002306------908271000000000311-3302--802000-06003----56495b606203401640272087491904000003550025692088406b1604050400102429405741563498---------------------58281----20300000431004086----------a064850220000000103----------- >P1;d6e85a1 ------------b4620000000000000000020006--b802112000000050042018581025080430840660626761000031--50872660530521520030011005300610478102000000026700460a1925413400161091----9420200018---700000022738786047606373023001001600441-538804000000175004b274762076104300740487------a03041114184005304----------685110000023600181038396-----------------------------9520100040400001062903194005070818102500410260036---------- >P1;d6xmya1 -------------250000000000000010004-007-----380100000128005800850a-4a071560359683806554020330--8063--9081272348008001500520031037850200000002480047193905000420193092----8100000008---5120000013267a604a3063730130042026003561a2980500000017610690955630563044006404a4------90606012327600777a----------83802000002371005503a315-----------------------------6400100010503000001803283006671634003300520371057---------- Translating the sequences -----------------*EE**CCCCC**HHHHHH*-******CCCCEEEEECHHHHH****----CCCC*EEE*C***CC---------*C******HH-------------H******HHHHHHHCCCCCEEEECC-----------C***HHHHHHH*CCCC***CCC****E*C***CCEE**CCCCCC------*CCHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC*CC*EEEECCC-----------***H*HHHHHHHHHHC*-----CC*EEEEECHHHHH*--------------CCCCEEE*-CHHHHHHHHHHHH**********************************EE**CCCCCEEECCC----------CCC*HHHHHHHHHHH***CC********** *************CCC*EEE*CCCC---*HHHHHHHH*****-CCC*EEEE*C*****-**-*CCCCC-C*EEECC**-CC---------*C******HHH**C-CCC--*HHHH****-*******CCCCCEE**CCC---------CC***H*-*HHHHCCCC**-CCCEEEEE*****CC**EECCCCCC------*CCHHHHHHHHHHH**HH-HH*CC-CCEE**-CCC**----CCCCCHHHH*HHHH*-***-C**----CCEE****CHHHHHC*-***-********CCCC*-**CCHHHHHHHHHHHH**---------------------*****----*EEEEECCCCC-**CCC----------CCC*HHHHHHHHHHH**------------- ------------*CCCEEEE*CCCCCC**HHHHHHHH-------CCC*EEEECHHHHHHHHH**CC---C*EE*C---------*******C--****HHH*CCCCCCHHHHHHH***HHHHHHHHHCCCCCEEEECCCC****-**C---*CHHHHHHHHCCCC--***CEEEEE*C---C*EEEECCCCCC*******CCHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--CC*EEEECCC******CCCCCHHHH*HHHHHHHHHH-------CC*EEEEECHHHH*C**-------------CCCEEE*CCHHHHHHHHHHHH*-----------------------------***EEEEECCCC*EEECCC**********CCC*HHHHHHHHHHHH**CC*--------- *-***********CCCEEEE*CCCC---*HHHHHHHH*****-CC**EEEE*CHHHHHHHHH*CCCCCCC*EEEC***-CC---------********HHH*CCCCCCHHHHHHH***HHHHH****CCCCCEEEECCCC-------CCC*-CHH-HHHHHCCCC***CCCEEEEE*C**-CC*EEECCCCCC------*CCHHHHHHHHHHHHHHH-HHCC--CCEEE*-CCC**----CCCCCHHHH*HHHHHHHHHH*******CCEE****CHHHHHC**************CCCCEEE*CCHHHHHHHHHHHH**---------------------*****----*EEEEECCCCCEEECCC----------CCC*HHHHHHHHHHHH**C----------- ------------*CCCEEEE*CCCCCC**HHHHHHHH*--***CCCCEEEEECHHHHHHHHH*CCCCCC**EEECC***CC**********C--****HHH*CCCCCCHHHHHHH***HHHHHHHHHCCCCCEEEECCCC*******CCC**CHHHHHHHH*CC----CCCEEEEE*C---CCEEEECCCCCC*******CCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CC*CCEEEEECCC******CCCCCHHHH*HHHHHHHHH*C------CCEEEEEECHHHHH****----------*CCCCEEE*CCHHHHHHHHHH***-----------------------------****EEEECCCC*EEECCC**********CCC*HHHHHHHHHHHH**CC---------- -------------CCCEEEE*CCCCCC**HHHHH-HH*-----CCCCEEEEECHHHHHHHHH*CC-CCC**EE*CC***CC**********C--****--**CCCCCCHHHHHHH***HHHHHHHHHCCCCCEEEECCCC*******CCC**CHHHHHHHHCCC----CCCEEEEE*C---CCEEEECCCCCC*******CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*CCEEEEECCC*******CCCCHHHH*HHHHHHHHHHC------CCEEEEEECHHHH*C***----------*CCCCEEE*CCHHHHHHHHHHHH*-----------------------------***EEEEECCCCCEEE*CC**********CCC*HHHHHHHHHHHH***C---------- 53659-2.tem _________________________________ ------------*CCCEEEE*CCCCCC**HHHHHHHH*****-CCCCEEEEECHHHHHHHHH*CCCCCCC*EEECC***CC---*******C******HHH*CCCCCCHHHHHHH***HHHHHHHHHCCCCCEEEECCCC****-**CCC**CHHHHHHHHCCCC***CCCEEEEE*C**-CCEEEECCCCCC*******CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*CCEEEEECCC******CCCCCHHHH*HHHHHHHHHHC*-----CCEEEEEECHHHHHC***----------*CCCCEEE*CCHHHHHHHHHHHH**---------------------*****--***EEEEECCCCCEEECCC**********CCC*HHHHHHHHHHHH**CC---------- Structural block scores 0 11 - 4.1 M 75.0 3.3 75.0 10.0 75.0 75.0 13 15 C 4.5 M 75.0 6.0 4.0 7.3 4.0 2.3 16 19 E 4.7 H 19.8 1.2 0.0 1.0 0.0 0.0 21 26 C 4.7 H 3.2 25.5 0.2 25.7 0.0 0.0 27 28 * 1.9 P 1.0 38.0 0.0 38.0 0.0 0.0 29 36 H 4.8 H 10.9 1.4 0.5 1.2 0.2 10.0 37 41 * 2.8 P 2.8 3.8 75.0 3.6 35.1 61.4 43 46 C 4.5 M 5.2 3.5 21.5 3.5 1.5 3.0 47 51 E 4.7 H 0.6 0.2 0.4 0.2 0.0 0.0 53 61 H 4.3 M 4.3 20.7 2.2 4.4 2.2 3.4 63 69 C 4.3 M 35.6 16.2 34.7 6.0 3.4 15.3 71 73 E 4.7 H 4.0 3.3 3.3 2.3 2.3 3.7 74 75 C 4.3 M 2.0 1.0 42.8 1.0 6.0 4.0 76 78 * 2.4 P 6.3 30.0 75.0 29.0 4.0 7.7 79 80 C 4.5 M 3.0 5.5 75.0 6.2 3.0 5.5 81 83 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 3.7 84 90 * 3.1 M 65.4 65.8 3.6 64.7 1.4 2.4 92 97 * 1.8 P 3.7 3.7 27.5 4.2 28.3 27.8 98 100 H 4.4 M 26.7 5.0 6.5 4.0 4.7 53.0 102 107 C 4.4 M 75.0 16.2 3.2 5.5 2.7 3.8 108 114 H 4.5 M 55.0 25.0 1.9 5.1 1.4 2.9 115 117 * 1.0 P 3.7 2.0 1.7 3.7 0.7 2.0 118 126 H 4.2 M 1.1 8.9 2.0 1.0 2.1 1.6 127 131 C 5.0 H 5.2 3.6 4.7 3.8 3.6 4.4 132 135 E 4.8 H 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 136 139 C 4.7 H 38.2 20.0 0.5 2.8 0.5 0.5 140 143 * 3.4 M 75.0 75.0 4.0 75.0 3.2 3.0 145 146 * 3.4 M 75.0 75.0 3.0 75.0 3.0 4.0 147 149 C 4.4 M 51.3 26.7 54.2 7.3 6.8 7.0 150 151 * 1.9 P 4.0 7.0 39.0 41.0 3.5 2.5 153 160 H 4.7 H 1.1 11.2 3.0 11.4 2.0 2.4 161 164 C 4.7 H 2.0 2.8 4.2 1.8 21.2 21.5 165 167 * 3.4 M 4.7 31.8 52.3 6.2 75.0 75.0 168 170 C 4.7 H 2.7 0.7 1.3 4.0 5.0 3.0 171 175 E 4.6 H 0.4 0.0 0.2 0.0 0.4 0.0 178 179 * 3.4 M 7.8 9.2 75.0 11.5 75.0 75.0 181 182 C 4.8 H 8.2 2.0 6.2 4.0 3.5 3.0 183 186 E 4.4 M 0.2 0.5 0.5 0.8 0.0 0.5 187 192 C 5.0 H 1.8 2.0 3.8 1.8 3.7 2.0 193 199 * 3.1 M 65.6 65.6 5.5 65.6 5.4 5.9 200 201 C 5.0 H 3.0 3.5 2.5 4.0 3.0 3.0 202 219 H 4.9 H 1.3 5.8 1.9 5.3 1.9 2.5 220 222 C 4.5 M 4.8 3.0 31.5 25.7 27.7 4.5 224 225 C 5.0 H 4.5 3.5 3.0 4.0 4.0 4.0 226 230 E 4.4 M 0.8 15.8 0.4 15.4 0.8 1.0 231 233 C 5.0 H 5.0 2.0 0.7 2.0 0.3 0.3 234 239 * 2.9 P 75.0 51.3 4.9 50.5 4.6 4.8 240 244 C 4.4 M 75.0 6.0 5.4 5.8 5.2 5.0 245 248 H 4.6 H 6.4 4.5 3.2 5.9 3.8 3.5 250 259 H 4.7 H 4.0 17.1 3.0 2.7 3.0 3.2 262 266 - 4.4 M 75.0 61.4 75.0 5.8 75.0 75.0 267 268 C 5.0 H 4.0 4.5 3.5 4.5 5.2 4.5 269 274 E 4.2 M 1.8 0.8 2.0 0.7 1.7 2.5 276 280 H 4.8 H 4.8 2.4 3.6 2.4 2.6 3.0 282 284 * 2.4 P 75.0 28.0 28.7 5.7 2.3 8.2 285 294 - 4.1 M 75.0 10.9 75.0 4.5 75.0 75.0 296 299 C 4.9 H 1.5 2.0 21.8 2.2 3.8 3.2 300 302 E 4.5 M 0.0 25.0 0.0 0.3 0.0 0.0 304 305 C 4.8 H 38.0 2.5 1.0 3.0 1.0 1.0 306 317 H 4.9 H 3.8 3.8 3.2 4.2 3.5 3.2 318 319 * 2.2 P 9.0 7.5 41.5 8.5 40.5 40.0 320 340 - 4.5 M 6.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 341 345 * 3.4 M 6.0 4.6 75.0 4.8 75.0 75.0 346 347 - 4.5 M 2.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 348 350 * 2.1 P 2.3 50.0 5.5 50.7 5.3 3.3 351 355 E 4.6 H 0.8 0.2 1.8 0.6 0.2 0.2 356 360 C 4.8 H 1.2 2.2 2.7 1.6 1.6 1.8 361 363 E 4.5 M 0.3 25.3 1.3 1.3 0.3 0.0 364 366 C 4.8 H 3.3 4.7 4.2 4.7 2.7 0.3 367 376 * 3.4 M 75.0 75.0 4.0 75.0 3.1 3.6 377 379 C 5.0 H 3.7 5.5 5.0 5.5 5.0 4.7 381 392 H 4.9 H 1.9 1.1 2.2 1.4 2.4 2.2 393 394 * 1.4 P 4.5 39.0 2.5 0.5 0.0 0.5 395 396 C 4.2 M 5.0 75.0 4.5 39.0 4.5 6.0 397 406 - 4.5 M 2.9 75.0 68.1 75.0 75.0 75.0 >>>>>>