Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1e48p- -----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCCCEEEEEEC-----------------------------CEEEECCC-CCCHHHCC---HHHCEEECC---CCCCCC------CCCCCCCHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHHHHCC------------CCCCCCHHHHHHCCC--------CCCEECCCC------CCCHHHHHHHHHHCC-------CCCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHC---------- >P1;d1k0wa- ------CCHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCCCEEEEEECC---------------------------CCEEEECCC-CCCCCCCC---HHHCEEEEC--CCCCEEEC-----CCCCCCCHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEECCC-HHHHHHHHHCC------------CCCCCCHHHHCCCCC--------CCCCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHCC--------- >P1;d1pvta- ------CCCHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCCEEEEEECC----CCCCCCCCC--EEEEEEEEECCC--CCEEEECC-C-CCCCCCCC-HHHEEEEEECC-EEEEEEEECC---CCCCCCHHHHCCHHHHHCCC---CCCEEEEECC-HHHHHCCC------CCCCCCCCC---CCCHHHHHHCCC--------CCEEECCCC------CCCHHHHHHHHHHCCC-------CCEEEEC----CCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----CCCCC------------------- >P1;d2irpa- CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCHHHCCEEEEECCC----------------------------CEEEEECC-CCCHHHCC---HHHEEEEEC---CCCCCC------CCCCCHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHHHHCCCC----------EEECCCHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCC------C-HHHHHHHHHHHHHHCCC----CCCEEEC----CCEEEEEECC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---C-------------------------- >P1;d2opib- ------CCHHHHHHHHHHHHHHHHC---CC-CCCCCEEEEEEC-----------------------------CEEEEECC-CCCCCCCC---CCCEEEEEC--CCCCCCC------CCCCC-CHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHHCCCCCC----------CCCC-CCHHHHHCCC--------CCCEECCCC------CCCHHHHHHHHHCCC--------CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHCC---CCCCCCHHHHHHHHHHHHHC------- >P1;d2pb9a1 ------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCC---------------------CHHH-EEEECCCEEECC--------------------CCEEECCCEEECCCCHHHHHHHHC-CCCC-----CCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCC-------------------------------CCEEEECCHHHCCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHC----CCEEEEECCCCCCCCCCEEEECCC-CHHHHHCCC------------------------------------------ >P1;d2phpa1 ----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-CC-CCCCCCCCCCEEECC--CCC---------------------CHHH-EEEECCCEEECCC-------------------CCEEECCCEEECCCHHHHHHHHHHHCCCC-----CCCEE-CCCCCHHHHHHHCC-----------------------------------CCCEEECCHHHCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHC---CCCCEEECCCCCCCCCCEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------------------------- >P1;d2v2ba- ---CCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHH---CCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCHHHCCCEEEEECC-CCCHHHCCCCHHHHEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECC-HHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHH----CCCCHHHHCCC--------CEEECCCCC------CCCHHHHHHHHHHCCC-------CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCC >P1;d4c24a1 ---------CCHHHHHHHHC-CCCC---CCCC-CCCEEEEEEC----------------------------CCEEEECCC-CCCHHHCC---HHHCEEEEC---CCCEEEC-----CCCCCCCHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-CHHHHHHHHCC------------CCCCCCHHHHHCC-C--------CCCEE-CCC------CCC-CCHHHHHHHHC-------CCCEEEEC----CCEEEEEE-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCCCC-HHHHHC--------- PSA >P1;d1e48p- -----97354206601700340363---8007b6200000317-----------------------------82000004-b3536706---4a3001025---a0843a------9260071130021007217-----7050000030-63024006553------------403004520010524--------202005506------735760172038207-------81200002----51000001560950150032015005402850885580844689507614984---------- >P1;d1k0wa- ------328a106500600320275---a00784500000033a---------------------------560000003-b0609706---291000021--96084341-----a482091130021004217-----7020000030-82015006505------------302017440033023--------400004707a9259894332004001400876a160540100002----620000018507300510310150055125358955947609794146105645--------- >P1;d1pvta- ------3578017301700440154---702975501000117----761a94838--45170a361934--30000004-8-03530365-52300100044-8650200408---7600a101000002503756---8120000020-81045074------b61760265---722751472057--------612107056------7024300620273096-------2100004----6400000053053005003001710640283266a----8466a------------------- >P1;d2irpa- 9862874376108500610650574---9104933000001029----------------------------63000024-95300906---680052022---60533c------a693642030000005007-----4041000030-7304500750a48----------3012428722720620a19643030000672a------7-37502730372068161----2000002----6300000047-8102500510050053017737---9-------------------------- >P1;d2opib- ------1889416600710430182---70-76441000112c-----------------------------83000004-a0602701---496002031--7919243------b3810-1180000105217-----7040000030-82026104ab21a----------4010-4340013064--------702306546------460760182037158--------3300001----6100000076084034105301-0045046496---a2a324886377167668b6------- >P1;d2pb9a1 ------768704340361065038250140008600000000347708---------------------6282-00006840446b--------------------b40415360510106700300100-5235-----712000203139600640563067-------------------------------92410402177059439--562121002300732----82000011522bc65201000540-300730405------------------------------------------ >P1;d2phpa1 ----a1767504600550162176-b0-500096000000013--808---------------------6372-0000452054299-------------------99060548161011660040011007244-----71100-10313550085049-----------------------------------61401205187249b-----333510053005649---40030000605bc6230100052023015206501612773----------------------------------- >P1;d2v2ba- ---6602506004401600240474---90077420100010669207516921899434360b6406502620000003-7240440366132000003028804004021005b9150092052001000111622b46030000010-72025005618252340022000----02750023016--------000007526------474b701420072045-------0200000----4200000116176017003100500540362277a41aa42629704710885a2a139701b >P1;d4c24a1 ---------76184017103-0475---9112-b800001053----------------------------753000004-c1704807---490001033---8073462-----a59105032000100351a-----6040000030-72025004655------------5020035200105-4--------30410-426------705-80054017207-------a1300000----31000000-807501500410150044114458a9-8094377a406-167728--------- Translating the sequences -----*C*HHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCCCEEEEE*C-----------------------------CEEEE*CC-CCC***CC---HHH*EEE**---CCC***------CCCCC*CHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHH**CC------------***CCC*HHH**CCC--------C**E*CCCC------C*CHHHHHHHHHH**-------*CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C**CCC***********---------- ------C*HHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCCCEEEEE*C*---------------------------*CEEEE*CC-CCC***CC---HHH*EEEE*--*CCC*EE*-----CCCCC*CHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEE*CC-HHHHHHH**CC------------***CCC*HHH**CCC--------C****CCCC******C**HHHHHHHHHH**********CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C**CCC************--------- ------C**HHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCC*EEEEE*C----*********--************--C*EEEECC-C-C***CC**-HHH*EEEE***-****EE****---CCCC*CHHHH**HHHH*C**---CCCEEEEECC-HHHHH***------*********---CCC*HHH**CCC--------C**E*CCCC------C*CHHHHHHHHHH***-------CCEEEEC----CC*EEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****----CCC**------------------- ********HHHHHHHHHHHHHHHHC---CCC***CCEEEEE*C*----------------------------CEEEEECC-CCC***CC---HHH*EEEE*---CCC***------CCCCC**HHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHH**CC**----------***CCC*HHH**CCC***********E*CCCC------C-*HHHHHHHHHH******----CC*EEEC----CCEEEEEECC-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH**---C-------------------------- ------C*HHHHHHHHHHHHHHHHC---CC-CCCCCEEEEE*C-----------------------------CEEEEECC-CCC***CC---****EEEE*--*CCC***------CCCCC-CHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHH**CC**----------***C-C*HHH**CCC--------C**E*CCCC------C*CHHHHHHHHH***--------CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHH*-*HHHHHHH**---C**CCC**************------- ------C*HHHHHHHHHHHHHHHHC***CCCCCCCC*EEEE*C*****---------------------****-EEEECC******--------------------C*EE*******CCCC**HHHHHH*-**CC-----CCCEEEE*CC*HHHHHHH***C**-------------------------------*****E*C*********--C*HHHHHHHHH****----****EEE*C****CC**EEEECC*-*HHHHH***------------------------------------------ ----**C*HHHHHHHHHHHHHHH*-**-CCCCCCCC**EEE*C--***---------------------****-EEEECC*******-------------------C*EE*******CCC***HHHHHHHH**CC-----CCCEE-**CC*HHHHHHH**-----------------------------------**C**E*C*******-----****HHHHHH*****---**CCEEE*C****CC**EE**CCHHHHHHHHHHHHHHHH**----------------------------------- ---******HHHHHHHHHHHHHHH*---CCCCCCCCEEEEE*C*****************************CEEEEECC-CCC***CC***HHH*EEEE****CC**EE******CCCCC*CHHHHHHHHHH*******CCCEEEEECC-HHHHHH***CC************----CC**HH**CCC--------C**E*CCCC------C*CHHHHHHHHHH***-------CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C**CCC********************* ---------**HHHHHHHH*-***C---CCCC-CCCEEEEE*C----------------------------*CEEEE*CC-CCC***CC---HHH*EEEE*---CCC*EE*-----CCCCC*CHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-*HHHHHH**CC------------***CCC*HHH**C-C--------C**E*-CCC------C*C-**HHHHHHH**-------*CCEEEEC----CCEEEEEE-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-C**CCC*****-******--------- 53639.tem _________________________________ -----*C*HHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCCCCCEEEEE*C*---*---------------------*-*CEEEEECC-CCC***CC---HHH*EEEE*---CCC*EE****--CCCCC*CHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECC-HHHHHHH**CC**----------***CCC*HHH**CCC--------C**E*CCCC------C*CHHHHHHHHHH****-----*CCEEEEC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-C**CCC************--------- Structural block scores 0 4 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 6.6 75.0 75.0 62.1 47.4 75.0 8 23 H 4.8 H 2.9 3.2 3.0 3.6 3.6 3.6 3.4 2.4 12.4 25 27 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.0 28.8 75.0 75.0 28 35 C 4.8 H 4.3 4.3 4.4 3.6 13.0 2.2 2.5 3.6 13.4 36 40 E 4.8 H 0.6 0.0 0.4 0.2 0.4 0.0 0.0 0.4 0.2 44 46 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.7 27.7 3.7 75.0 48 68 - 4.4 M 75.0 75.0 11.9 75.0 75.0 75.0 75.0 4.9 75.0 73 77 E 4.7 H 0.4 0.0 0.0 0.6 0.6 15.0 15.0 0.0 0.6 78 79 C 5.0 H 2.0 1.5 2.0 3.0 2.0 7.0 4.5 1.5 2.0 81 83 C 4.3 M 6.5 5.8 27.7 5.7 5.5 2.7 3.0 4.3 6.8 84 86 * 1.2 P 5.3 5.3 3.7 3.0 3.0 30.8 6.7 2.7 4.0 87 88 C 4.5 M 3.0 3.0 1.5 3.0 0.5 75.0 75.0 1.5 3.5 89 91 - 4.5 M 75.0 75.0 28.7 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 92 94 H 4.3 M 5.8 4.0 3.3 4.7 6.3 75.0 75.0 1.7 4.3 96 99 E 4.5 M 0.8 0.5 0.2 2.2 1.2 75.0 75.0 0.8 1.0 101 103 - 4.3 M 75.0 53.0 27.7 75.0 52.3 75.0 75.0 6.0 75.0 104 106 C 4.3 M 6.2 4.7 6.3 3.7 6.3 53.8 53.0 1.3 5.0 108 109 E 4.0 M 6.8 3.5 1.0 7.8 3.5 2.0 3.0 2.0 5.0 110 113 * 3.4 M 75.0 56.5 3.0 75.0 75.0 3.8 4.2 0.8 56.8 114 115 - 4.0 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.5 3.5 8.2 75.0 116 120 C 4.8 H 3.4 4.9 17.6 6.9 4.7 1.6 1.8 3.0 5.1 123 132 H 4.8 H 1.6 1.3 0.8 0.8 1.7 8.6 1.5 0.9 1.4 133 134 C 4.6 H 4.0 4.0 5.0 3.5 4.0 4.0 4.0 1.0 5.8 135 139 - 4.6 H 75.0 75.0 47.2 75.0 75.0 75.0 75.0 5.1 75.0 140 142 C 5.0 H 4.0 3.0 3.7 2.7 3.7 3.3 3.0 3.0 3.3 143 147 E 4.7 H 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.4 15.2 0.0 0.0 148 149 C 5.0 H 1.5 1.5 1.0 1.5 1.5 2.0 2.0 0.5 1.5 151 157 H 4.8 H 2.1 2.3 3.6 2.7 2.7 3.6 3.3 2.3 2.3 158 159 * 1.3 P 5.5 5.5 39.5 6.0 7.2 5.5 6.5 5.5 5.0 160 161 C 4.4 M 4.0 2.5 75.0 5.2 6.8 1.5 75.0 4.5 5.0 162 163 * 3.6 M 75.0 75.0 75.0 6.0 5.8 6.5 75.0 3.5 75.0 164 173 - 4.4 M 75.0 75.0 11.9 75.0 75.0 75.0 75.0 1.3 75.0 174 176 * 3.2 M 2.3 1.7 75.0 1.3 1.7 75.0 75.0 75.0 2.3 177 179 C 4.4 M 1.3 2.7 3.7 2.7 26.3 75.0 75.0 25.7 1.0 181 183 H 4.4 M 0.7 1.3 3.3 3.7 1.3 75.0 75.0 1.7 0.7 184 185 * 2.2 P 0.5 3.0 4.5 4.5 2.0 75.0 75.0 2.5 0.5 186 188 C 4.5 M 3.7 1.7 4.0 2.7 3.3 75.0 75.0 2.3 28.0 189 196 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 4.2 75.0 57.6 57.1 75.0 75.0 198 199 * 1.0 P 1.0 0.0 1.5 0.0 1.0 0.5 0.5 0.0 2.0 202 205 C 4.5 M 4.0 4.5 4.5 6.4 5.2 4.2 5.2 5.0 21.8 206 211 - 4.1 M 75.0 7.2 75.0 75.0 75.0 5.0 29.4 75.0 75.0 215 224 H 4.7 H 3.6 1.4 2.7 3.6 3.5 1.7 2.3 3.5 10.2 225 228 * 2.1 P 39.2 5.2 22.5 3.8 40.8 3.0 3.8 21.0 39.2 229 233 - 4.4 M 75.0 4.5 75.0 46.4 75.0 61.6 47.6 75.0 75.0 235 236 C 4.7 H 1.5 0.5 1.5 1.0 3.0 0.0 1.5 1.0 2.0 237 240 E 4.8 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 242 245 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.0 7.2 75.0 75.0 246 247 C 5.0 H 3.0 4.0 5.0 4.5 3.5 5.5 4.0 3.0 2.0 248 253 E 4.6 H 0.2 0.2 0.0 0.0 0.0 0.5 0.7 0.2 0.0 254 255 C 4.8 H 5.5 6.5 4.0 5.5 6.5 4.5 3.5 3.5 41.5 256 276 H 4.7 H 2.6 2.2 2.3 6.0 6.0 40.3 13.1 2.4 2.2 277 280 * 2.7 P 5.2 6.8 6.1 40.0 41.2 75.0 75.0 6.6 8.1 283 284 * 3.2 M 4.0 5.5 75.0 75.0 6.2 75.0 75.0 10.5 4.5 285 287 C 4.4 M 4.7 5.0 6.0 75.0 3.0 75.0 75.0 4.0 4.7 288 299 * 3.2 M 11.3 4.3 63.9 75.0 6.1 75.0 75.0 5.1 11.1 300 308 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 60.3 75.0 75.0 5.0 75.0 >>>>>>