Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1e19a- ----------------------------------------CCEEEEECCHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------------------------------------------CCCCC----------CHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCEEEECCCCHHHCCCCEEEEEEEC-HHHHHHHHHHHCCEEEECCCCCEE--EEECCCCEEEECC--------HHHHHHHHHC-CCEEECCHHHCEEEEEE-CCEEEECCCCC---CHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC-CCCCEECCCCCC----CEECCEEEHHHHHHHHHC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC--EEEEEEHHH---HHHHHCC-C--CCEEEEC----- >P1;d1gs5a- ---------------------------------------CCCCEEEEECHHHHHC----------HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHH-------------------------------------------------------------CCCCCEECCEECCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHCC------CCEEEECC---------CHHHCEEEEEC---C--------------------H---HHCCC--EEEEECC---------CHHHHHHHHC-CCEEEEC---CEEECC------CCCEEEC---CHHHHHHHHHHHHCC-EEEEEEC-CCCCCC-C---C----CCCCCEEC-HHHHHHHHHCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHC--CCEEEEECCCHHHHHHHHCC-C-CCCEEECC----- >P1;d2akoa1 -----------------------------------------CEEEEEECHHHHCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHCC--C-CEEEEEECC---HHHHHHHHCCC-CCC------------------------------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHH------CCCEEEEEECC--HHHHC-----------------------------------------------------HHHHH--HHHHHHC--CCC-CCEEEEE---ECCCCCCHHH---------HCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC-CCCCCCCCCC--CCCCCCCCCEEC---CCCHHHCCCCCH----HHHHHHHHHHHHHCCC--E-EEEECCCCHHHHHHHHCCCCCCCCEEC------ >P1;d2brxa1 -----------------------------------------CEEEEEECHHHHCCC------CCCHHHHHHHHHHHHHHHH-H-CEEEEEECC---HHHHHHHHHHHHCCC-----------------------------------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH-------HCCCCCCC-----------------------------------------------------------------------CHHHHHHHHHC-CCCCEEC----CC-CC--------------CCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECC-CCCCCCCCCC--CCCCC-CCCEEC----HHHHHH--HHC-----CCCHHHHHHHHHHCC--CEEEECHHHHCCHHHHHC-CCC-CCEEECC----- >P1;d2cdqa1 ---------------------------------------CCCCEEEEECCHHHC----------CHHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----CC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HCCCCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCC------CCEEEEC----------HHHCCCEECCCCC--------------------------------CCCCC---CCHHH--HHHHHHHHHHHHCCCEEEEEC--CEEEE--CCC---CCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEC-CCCCCCCCCC--CCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHH-------HCCCCCHHHHHHHHHHCC--CEEEEECCCC---CC--------CCEEEECCCCCC >P1;d2j0wa1 -----------------------------------------CCEEEEECCHHHC----------CHHHHHHHHHHHCCCC---CEEEEEECCCCCHHHHHHHHCCCC----CHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHC-CCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------CCCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCCC------CCEEECC----------HHH-CCCCCCCCC--------------------------------CCCCC--HHHHHH--HHHHHCHHHHHH--CEEEEEC--CEEEC--C-C---CCEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC-CCCEECCCCC--CCCCCCEECEEEHHHHHHHHHC-------CCCCCCCCCHHHHHHHCC--CEEEEECCCC---CC--------CCEEEECCCC-- >P1;d2j4ja- -----------------------------------------CEEEEEECCHHHHC--------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CEEEEEECC---HHHHHHHHHHHHHCC-----------------------------------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHCC-------CCCCCCCC-----------------------------------------------------------------------CHHHHHHHHCC-CCCEEEC----CC-CC--------------CCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC-CCCCCCCCCC--CCCCCCCCCEEE----HHHHHH--HHC----CCCCHHHHHHHHHCCC--EEEEEEHHHHHHHHHHHC-CCC-CCEEEEC----C >P1;d2ogxa- --------------------------------CCCCCCCCCCEEEEEECCCCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHCCCC-EEEEEECCC----HHHHHHHHHHHH----------------------------------------------------------------CC-CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHC-CHHHC--------CCCCC------------------------------------------------------------------HH--HHHHHHHHHHHHCC-EEEEEC--CC-CC--HHHCCCCCCCCCCC--HHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEC-CCCEECCCCCCCCHHHCCEECEEEHHHHHCC--C-------CCCCCCHHHHHCCCCCCCC-EEEEEECCCCCHHHHHHCC--CCCCEEEECCCCCC >P1;d2va1a- ---------------------------------------CCCEEEEEECHHHHCCCC---CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC-C-CEEEEEECC---CCCCC--HHHHHHCC-----------------------------------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCC------CCCEEEEECCC--CC----------------------------------------------------------CCCEECCHHHHHHHHHC-CCEEEEE---CCCCCC--------------CCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCC-C---------CCCCEEE----HHHHHH--HCC----CCCCHHHHHHHHHCCC--EEEEEECCCCCHHHHHHC-CCC-CCEEEEC----- >P1;d2w21a- ---------------------------------------CCCEEEEEECHHHHCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CEEEEEECC---HHHHHHHHCCCCCCC------------------------------------------------------------------CCCCCCHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHC------CCCEEEEEEC---CCCCC-----------------------------------------------------HHHHH--HHHHHHHHHHHC-CCEEEEE---ECCCCCCC-------------CHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC-CCCCCCCCCC---CCCCCCCCEEE---HHHHHCCCC-CC----HHHHHHHHHHHHCCCC--EEEEEECCCCCHHHHHH-CCCC-CCEEEEC----- >P1;d3c20a1 ------------------------------------------CEEEEECCCCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------HCCCCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCC------CCCCEEC----------HHHHCEEECCCCC--------------------------------CCCEEEE--------CHHHHHHHHHHC-CCCCEEEC--CEEEE--C-C---CCEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEC-CCCCCCCCCC--CCCCCCCCCEECHHHHHHHCCC-------CCCCCCHHHHHHHHHHCC--CEEEEECCCC---CC--------CCEEECCCCC-- >P1;d3zzha- CCCCCCHHHHHHHHCCCCC-----HHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECHHHHHH------------CHHHHHHHHHHHHHCC-CCEEEEECCHHHHHHHHHHC-------------------------------------------------------------CCCCCEECCEECCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCC------CCEEEECC------------CCEEEEEC---CH-------------------H---HHCCC--EEEEEEC---------CHHHHHHHHH-CCEEEEC---CCEECC------CCCEECC---CHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECC-CCCCEE-CC--C----CEECCEEEHHHHHHHHHCCCCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEC---HHHHHHHHHC-CCCCCEEEECC---- >P1;d4a7wa- ----------------------------------------CCEEEEEECHHHHHCCC---CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CEEEEEECC---CCCC----------C-----------------------------------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHC------CCCEEEEECCC--CC----------------------------------------------------------CCCEECCHHHHHHHHHC-CCEEEEE---CCCCCC--------------CCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECC-CCCEEC-CCC--C-CCCCEECEEE----HHHHHH----C----CCCCHHHHHHHHHCCC--CEEEEC-CCCCHHHHHHHHCCC-CCEEEE------ >P1;d7nloa- -----------------CCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHCC-CEEEEEECHHHHCC----------HHHHHHHHHHHHHHHCCC-CEEEEEECCHHHHHHHHHHC-------------------------------------------------------------CCCCCEECCEECCCHHHHHHHHHHHHHCCC-CCHHHHCCCC------CCEEEECC---------CHHHCEEEEECCEEEC-------------------CEEECCCCE--EEEEEEC---------HHHHHHHHHC-CCEEEEE---CEEECC------CCCEEEE---CHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEC-CCCEECCCC--C----CCEECEEEHHHHC-CHHH---CCC-CHHHHHHHHHHHHHCCCC--EEEEEECCCCCHHHHHHHC-CCCCEEEEECC---- PSA >P1;d1e19a- ----------------------------------------751000001910015ab3a066830240055005200300149-140000031a50164216714745868------------------------------------------------------87724----------40240244007-30050034103520474a2846041250302054a1822981552111318-59504622655a160541796421--1001503043022--------2a60383048-90000000000100144-ab633022030---31010001002208040000017-3300014496a7----284187060750372385-8107ab710110300020053804--100003054---0240023-6--2000035----- >P1;d1gs5a- ---------------------------------------3550000000560044----------8910450040037027639210000020612046409b4-------------------------------------------------------------b373744b01020379109302900276006401710861a------07030020---------14680070753---4--------------------8---60510--0406404---------3940561067-a400000---00031a------9763010---300300000010070-3000012-540033-4---9----68317605-594076037682069-4241107000500550a--34010000454830530078-6-51002042----- >P1;d2akoa1 -----------------------------------------510000022500069-----8700491066005001608--4-050000010---01000134594-739------------------------------------------------------------------83832250084005-3016003710683------b3807422005--940a5-----------------------------------------------------a8417--7126704--0a8-a410000---0308724701---------42010040003002306050000004-2501154639--65b808236517---805882079409----42100501310163b2--5-000204807204210177705200103------ >P1;d2brxa1 -----------------------------------------420000040300046------9439810550061055007-7-140000000---13416463661578a-----------------------------------------------------------------288660452218102-50074018207a-------30177005-----------------------------------------------------------------------32730550056-8400000----11-71--------------a261200002002409050000017-1500164616--94890-228606----074048--218-----203630060015320--400002582064026008-670-9001046----- >P1;d2cdqa1 ---------------------------------------b30400000537003----------407204400700532682--30000020019037203500650373-63a6038071065036105500840a-----07--57605720850272048006-------767076523040000000-0001000310443a------1503201----------0260201032717--------------------------------70704---87016--403840572179550100000--20040--783---62100017030000000002008071010023-4300165339--8798074256010740294049-------608102330060036270--3020010652---73--------71020469396a >P1;d2j0wa1 -----------------------------------------7100000334002----------517002300610374b---503000020056028203300711----779517--721450383026007-506---8286048403620660462065018---------9366323030000000-0001000200523a------2a03301----------025-003057506--------------------------------60606--492057--205740434086--1000000--00000--9-8---95000026a00010000001109053000123-2200154527--75a8082284010960373057-------a2a302420060054460--2020000554---93--------800302583b-- >P1;d2j4ja- -----------------------------------------62000101030033--------a477024104600540385a-230000000---06415742770567a-----------------------------------------------------------------4a7670343105000-71035006308b-------40334004-----------------------------------------------------------------------53940580174-7500000----00-73--------------a041000002002109080000011-1300155616--659b08126603----054047--229----9202830060016360--300001061045024006-462-5002041----4 >P1;d2ogxa- --------------------------------b915935044020000004025----------86a0374016103700531-400000001----640682075039----------------------------------------------------------------67-461220024007102-51056007-06929--------08017------------------------------------------------------------------28--20686068307724-000000--00-53--37a078a6540213--0000003201700043000012-1400132527187699073254121770385--a-------7602004000816904002-6000010246720210059--64300205061869 >P1;d2va1a- ---------------------------------------787000010306001579---965129720550050025016-8-210000010---60215--b831985a-----------------------------------------------------------------184761254405010-5003302700673------a1701000136--47----------------------------------------------------------a4074069a40760175-6000000---042072--------------63531000030034060520000237530037-8---------b138604----074098--390----9004960162028590--400001045840012016-764-5103024----- >P1;d2w21a- ---------------------------------------c4300000035300027-----7704784037004100711869-120000020---042005443833a27------------------------------------------------------------------a6771350053017-4025105610463------9080432211---92095-----------------------------------------------------98637--714650362068-8100000---132372a9-------------661040001003005051000017-370013683a---38807317306---73a506439-da----1930040012007390--30000208489005300-8665-0003032----- >P1;d3c20a1 ------------------------------------------100000425000----------50940240050036108638400000100380153027005503685669605--81076026203700650085892186048403520730372027006-------606066533030000000-0000000000202a------3705112----------0150000047616--------------------------------7061551--------205840552087-52000000--00020--4-5---65100045a00100000002106082000034-6103244448--657908326401086028508b-------a09202420051036340--2020110363---81--------9003018768-- >P1;d3zzha- 3b4926a705732677186-----9725610672175969520000103030046------------4283003200001100-20000001055203830585-------------------------------------------------------------a4916445010105961060046005-4007500510483a------05043035------------a0040733---55-------------------a---40410--0505706---------3830540194-4000000---00021a------a653010---40020002004305052000024-610043-56--6----8832730305841981174a1058-732010310360044056a2300003---0620241001-71a30020421---- >P1;d4a7wa- ----------------------------------------c31000014062003b9---a841478204710720330263a-020000010---3023----------b-----------------------------------------------------------------586453354317010-6003202700482------a0602000046--27----------------------------------------------------------85042166950261054-8200000---040161--------------645310000300230a051001136-440014-729--7-a907238505----166028----8----2004760053038590--300001-637701240044774-520205------ >P1;d7nloa- -----------------c6598367768841652374075-50000001640166----------771361003001503726-03000004098312720874-------------------------------------------------------------a1a18557b422048600600360037511-5019103744------81040000---------358900306444082a-------------------987250211--0404805---------4930482076-3400000---00012a------9751020---7004000300430a010000004-240010656--7----b043761409605-3276---04b-c13310500080053904--0000000444400230003-69120020367---- Translating the sequences ----------------------------------------*C*EEEE*C*HH*C***********HHHHHHHHHHHHHH***C-CEEEEE*CC***HHHHHHHH*******------------------------------------------------------*****----------*HHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH********CCEEE*C************************-************************--*************--------HHHHHHHHHC-CCEEE*****C******-***********---*HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCCC**CCCC**----C**CCEEE****HHHHH*-************HHHHHHHHH*CC--*EEEEE***---HHHHH**-C--CCEEEEC----- ---------------------------------------**C*EEEEEC*HHH**----------HHHHHHHHHHHHHH***C*C*EEEE*CC***HHHHHHHH-------------------------------------------------------------***********CC*HHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHH**------CCEEE*C*---------***********---*--------------------*---*****--*******---------*HHHHHHHHC-CCEEEE*---C***C*------*******---*HHHHHHHHHHH*CC-EEEEEEC-CCCC*C-C---*----CC*CCEE*-***HHHHH*******-******HHHHHHHHH*C--**EEEEE*CC***HHHHH**-C-*CCEEE*C----- -----------------------------------------C*EEEEEC*HHHC**-----***CHHHHHHHHHHHHH**--C-CEEEEE*CC---HHHHHHHH***-***------------------------------------------------------------------C*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH*------*CCEEE*****--*****-----------------------------------------------------*****--**HHHH*--**C-CCEEEE*---****C*****---------*****HHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCCC*CCCCC--****CC*CCEE*---***HHH******----****HHHHHHHHH*CC--*-EEEE*CC***HHHHH***C**CC*EE*------ -----------------------------------------C*EEEEEC*HHHC**------**CHHHHHHHHHHHHHH**-*-CEEEEE*CC---HHHHHHHH*******-----------------------------------------------------------------CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH-------*CC****C-----------------------------------------------------------------------*HHHHHHHHHC-CC**EE*----**-C*--------------***HHHHHHHHHHH*CCCEEEEE*C-CCCC*CCCCC--****C-*CCEE*----HHHHH*--***-----***HHHHHHHHH*CC--*EEEE*******HHHHH*-*C*-CCEEE*C----- ---------------------------------------**C*EEEEEC*HHHC----------CHHHHHHHHHHHHH****--CEEEEE*CC***HHHHHHHH******-**************************-----**--********************-------***CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH**------CCEEE*C----------*************--------------------------------*****---*****--**HHHHHHHHH**CCEEEE**--C****--***---**********HHHHHHHHHHH*CCC*EEEEEC-CCCC*CCCCC--****CC*CCEEE****HHHHH*-------******HHHHHHHHH*CC--*EEEEE*CC*---**--------CCEEEEC***** -----------------------------------------C*EEEEEC*HHHC----------CHHHHHHHHHHH****---**EEEEE*CC***HHHHHHH****----******--***************-***---*************************---------*CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH***------CCEEE*C----------***-*********--------------------------------*****--******--**HHH*HHHHH*--CEEEE**--C***C--*-*---**********HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCC**CCCCC--****CC**CEEE****HHHHH*-------*********HHHHHH*CC--*EEEEE*CC*---**--------CCEEEEC***-- -----------------------------------------C*EEEEEC*HHH**--------*CHHHHHHHHHHHHHH***C-CEEEEE*CC---HHHHHHHH*******-----------------------------------------------------------------CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHH**-------*CC****C-----------------------------------------------------------------------*HHHHHHHH*C-CC*EEE*----**-C*--------------***HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCCC*CCCCC--****CC*CCEEE----HHHHH*--***----****HHHHHHHHH*CC--*EEEEE******HHHHH*-*C*-CCEEEEC----* --------------------------------*********C*EEEEEC****C----------CHHHHHHHHHHHHHH***C-*EEEEE*CC----HHHHHHH*****----------------------------------------------------------------**-CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHH*-*HH**--------****C------------------------------------------------------------------**--**HHHHHHHHH**C-EEEE**--C*-*C--**************--HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCC**CCCCC******CC**CEEE****H**--*-------******HHHHH*****CC*-*EEEEE*CC***HHHHH**--**CCEEEEC***** ---------------------------------------**C*EEEEEC*HHHC***---****CHHHHHHHHHHHHHH**-C-CEEEEE*CC---*****--H*******-----------------------------------------------------------------CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH**------*CCEEE*****--**----------------------------------------------------------*******HHHHHHHHHC-CCEEEE*---C***C*--------------***HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC*CCCC*C-C---------C*CCEEE----HHHHH*--***----****HHHHHHHHH*CC--*EEEEE*CC***HHHHH*-*C*-CCEEEEC----- ---------------------------------------**C*EEEEEC*HHHC**-----***CHHHHHHHHHHHHHH***C-CEEEEE*CC---HHHHHHHH*******------------------------------------------------------------------C*****HHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH*------*CCEEE****---*****-----------------------------------------------------*****--**HHHHHHHHHC-CCEEEE*---****C***-------------**HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCCC*CCCCC---***CC*CCEEE---*HHHH****-**----****HHHHHHHH**CC--*EEEEE*CC***HHHHH-**C*-CCEEEEC----- ------------------------------------------*EEEEEC****C----------CHHHHHHHHHHHHHH***C*CEEEEE*CC***HHHHHHHH*************--***********************************************-------***CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH**------CC**E*C----------*************--------------------------------*******--------**HHHHHHHHHC-CC**EE**--C****--*-*---**********HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCCC*CCCCC--****CC*CCEE*****HHH***-------******HHHHHHHHH*CC--*EEEEE*CC*---**--------CCEEE*C***-- *******************-----*****************C*EEEEEC*HHH**------------*HHHHHHHHHHH***C-C*EEEE*CC***HHHHHHH*-------------------------------------------------------------***********CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH**------CCEEE*C*------------********---**-------------------*---*****--*******---------*HHHHHHHH*-CCEEEE*---C***C*------*******---*HHHHHHHHHHH*CCCEEEEE*C-CCCC**-CC--*----C**CCEEE****HHHHH*******-******HHHHHHHHH*CC***EEEE*---***HHHHH**-C**CCEEEEC*---- ----------------------------------------*C*EEEEEC*HHH****---****CHHHHHHHHHHHHHH***C-CEEEEE*CC---****----------*-----------------------------------------------------------------CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH*------*CCEEE*****--**----------------------------------------------------------*******HHHHHHHHHC-CCEEEE*---C***C*--------------***HHHHHHHHHHH*CCCEEEEE*C-CCC**C-CCC--*-**CC**CEEE----HHHHH*----*----****HHHHHHHHH*CC--*EEEE*-CC***HHHHH***C*-CCEEEE------ -----------------***********************-C*EEEEEC*HHHC*----------HHHHHHHHHHHHHH***C-CEEEEE*CC***HHHHHHH*-------------------------------------------------------------***********CC*HHHHHHHHHHHH****-**HHHH****------CCEEE*C*---------****************-------------------*********--*******---------HHHHHHHHHC-CCEEEE*---C***C*------*******---*HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCC**CCCC--*----CC**CEEE*****-*HH*---***-******HHHHHHHH**CC--*EEEEE*CC***HHHHH**-C**C*EEEEC*---- 53633.tem _________________________________ ---------------------------------------**C*EEEEEC*HHHC**-----***CHHHHHHHHHHHHHH***C-CEEEEE*CC***HHHHHHHH*******------------------------------------------------------*-------***CC*HHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHH**-----*CCEEE*C**---**---*************---------------------------------********-***--**HHHHHHHHHC-CCEEEE**--C***C*-*-*--***********HHHHHHHHHHH*CCCEEEEEEC-CCCC*CCCCC-*****CC*CCEEE****HHHHH*-****--******HHHHHHHHH*CC--*EEEEE*CC***HHHHH***C**CCEEEEC*---- Structural block scores 0 38 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 62.7 75.0 75.0 75.0 14.2 75.0 35.9 39 40 * 3.2 M 41.0 4.0 75.0 75.0 7.2 75.0 75.0 2.0 7.5 8.2 75.0 7.0 43.8 40.0 43 47 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.4 0.2 0.0 0.0 0.2 0.2 0.0 50 52 H 4.5 M 0.3 2.0 1.7 1.0 2.3 1.3 1.0 2.0 2.0 1.0 1.7 1.0 2.7 1.7 54 55 * 3.1 M 7.8 39.5 7.5 5.0 75.0 75.0 39.0 75.0 6.0 4.5 75.0 40.5 7.2 40.5 56 60 - 4.6 H 6.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 48.6 75.0 75.0 75.0 48.9 75.0 61 63 * 3.7 M 5.7 75.0 5.0 29.3 75.0 75.0 53.5 75.0 4.0 4.7 75.0 75.0 4.3 75.0 65 78 H 4.9 H 1.9 2.9 2.7 3.2 2.4 2.4 2.9 3.5 2.9 3.0 2.4 12.3 3.1 2.4 79 81 * 1.8 P 1.7 5.0 52.7 27.3 5.3 53.8 5.3 2.7 27.3 5.0 4.7 0.7 3.7 4.0 85 89 E 4.9 H 0.8 0.2 1.0 0.8 0.0 0.6 0.6 0.0 0.2 0.4 0.0 0.0 0.4 0.6 91 92 C 5.0 H 2.0 1.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 1.0 0.0 0.5 0.5 2.0 93 95 * 3.4 M 5.2 3.0 75.0 75.0 3.3 3.7 75.0 75.0 75.0 75.0 3.7 4.0 75.0 6.7 96 103 H 4.6 H 3.5 4.8 1.1 3.5 2.5 2.2 3.6 12.6 21.9 2.4 2.2 4.0 38.5 3.9 104 110 * 2.8 P 6.0 75.0 16.0 6.2 14.1 44.1 6.1 24.9 6.4 5.2 4.6 75.0 65.9 75.0 111 164 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 12.9 11.7 75.0 75.0 75.0 75.0 6.3 75.0 75.0 75.0 166 172 - 4.3 M 35.0 5.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.7 75.0 5.4 173 175 * 3.7 M 75.0 0.3 75.0 75.0 6.7 53.0 75.0 29.3 75.0 75.0 4.0 0.3 75.0 5.8 176 177 C 4.7 H 75.0 1.0 41.5 5.0 3.5 4.5 7.2 5.0 4.5 42.8 3.0 0.5 6.5 1.0 179 190 H 4.9 H 8.5 3.5 3.1 3.1 1.2 0.9 2.4 1.7 2.9 3.2 1.2 3.1 3.0 2.7 192 203 H 4.7 H 2.0 3.2 2.9 3.7 1.1 0.8 3.7 9.5 2.8 2.8 0.2 2.8 2.7 9.0 204 205 * 2.5 P 1.0 5.8 39.0 75.0 6.8 6.8 75.0 5.5 39.0 39.0 6.2 6.8 38.5 4.0 206 210 - 4.8 H 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 212 213 C 4.8 H 5.0 3.5 5.5 0.5 3.0 6.2 1.5 75.0 4.0 4.0 5.0 2.5 3.0 4.5 214 216 E 4.3 M 1.7 1.0 3.7 4.7 1.7 2.0 2.3 2.7 0.3 2.3 2.0 2.3 0.7 1.3 219 220 * 3.5 M 1.5 37.5 0.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.0 1.0 75.0 40.0 2.0 37.5 221 223 - 4.6 H 0.7 75.0 51.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 52.0 75.0 75.0 75.0 52.0 75.0 224 225 * 3.9 M 4.5 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 5.5 75.0 75.0 4.5 75.0 226 228 - 4.4 M 6.5 75.0 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 229 241 * 3.6 M 3.2 14.7 75.0 75.0 2.4 8.3 75.0 75.0 75.0 75.0 2.3 31.0 75.0 3.5 242 274 - 4.6 H 10.5 59.8 75.0 75.0 72.9 72.9 75.0 75.0 75.0 75.0 72.9 57.7 75.0 49.4 275 282 * 3.6 M 1.8 11.6 66.9 75.0 30.5 21.9 75.0 75.0 75.0 66.8 21.0 12.2 75.0 12.0 284 286 * 3.5 M 75.0 75.0 4.0 75.0 2.3 4.0 75.0 28.3 4.8 5.3 75.0 75.0 4.3 75.0 287 288 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 3.0 75.0 289 290 * 2.8 P 75.0 75.0 4.0 39.0 2.0 1.0 40.0 1.0 3.0 4.0 1.0 75.0 3.5 75.0 291 299 H 4.8 H 4.1 3.8 19.9 3.0 4.1 3.9 4.1 4.9 4.9 3.6 4.1 3.7 3.8 4.1 302 303 C 4.8 H 4.5 7.2 7.2 6.0 2.5 38.0 6.0 39.5 3.0 4.5 3.5 2.0 5.0 3.5 304 307 E 4.7 H 0.0 0.0 0.2 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 308 309 * 2.5 P 0.0 37.5 37.5 37.5 0.0 0.0 37.5 0.0 37.5 37.5 0.0 37.5 37.5 37.5 310 311 - 4.8 H 0.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 313 315 * 1.4 P 0.3 1.0 3.7 25.7 1.3 0.0 25.0 26.7 2.0 2.7 0.7 0.7 1.7 0.3 322 323 - 4.6 H 4.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 324 334 * 3.0 P 21.6 23.1 48.4 56.2 8.6 9.8 55.9 17.2 55.8 62.5 9.7 23.1 55.9 23.3 335 345 H 5.0 H 0.6 0.4 1.1 1.0 0.2 0.3 0.5 1.2 1.3 0.8 0.4 1.0 1.1 1.3 347 349 C 4.9 H 4.0 27.3 3.7 4.7 5.0 4.7 5.7 1.3 3.7 3.3 4.7 3.3 5.2 3.8 350 355 E 4.9 H 0.2 0.7 0.0 0.2 0.7 1.0 0.2 0.7 0.7 0.3 0.8 0.7 1.0 0.0 358 361 C 4.8 H 1.5 2.2 2.0 1.5 1.8 1.0 1.0 1.2 2.0 2.5 2.5 1.8 2.0 1.5 363 367 C 4.7 H 4.8 46.4 5.4 4.6 5.2 4.6 4.6 3.8 48.0 6.1 4.8 32.8 19.4 18.4 369 373 * 3.1 M 61.4 61.8 21.1 21.0 21.4 21.1 21.3 7.8 75.0 33.8 20.4 61.2 35.3 61.4 374 375 C 4.7 H 5.0 7.0 4.0 37.5 3.5 4.0 4.0 3.5 43.2 3.5 4.0 8.0 3.5 5.8 377 378 C 4.6 H 4.5 4.0 4.5 5.0 3.5 5.0 4.0 3.5 5.5 4.0 4.0 4.5 5.5 5.0 379 381 E 4.7 H 4.3 3.7 4.3 4.0 2.3 1.7 3.0 2.3 3.3 3.0 1.7 2.0 3.3 3.7 382 385 * 3.0 P 3.0 23.2 58.2 75.0 2.8 3.8 75.0 3.8 75.0 58.0 3.5 4.2 75.0 3.8 386 390 H 4.6 H 4.6 3.2 4.6 3.0 3.8 3.6 2.6 33.2 4.0 4.9 4.6 4.0 3.0 18.4 393 396 * 3.1 M 4.0 4.0 5.5 21.5 75.0 75.0 22.0 75.0 21.8 27.0 75.0 4.1 58.2 38.5 397 398 - 4.5 M 11.0 42.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 41.5 75.0 43.2 399 404 * 1.8 P 1.7 2.0 26.2 38.3 2.8 4.7 27.2 2.5 27.2 27.2 3.9 2.2 26.0 3.4 405 413 H 4.8 H 1.4 2.4 1.9 2.3 2.3 2.3 2.7 3.1 3.8 1.6 2.3 2.3 3.6 2.3 415 416 C 4.9 H 2.0 42.8 6.8 1.0 3.5 3.0 3.0 0.0 4.5 4.5 2.0 5.5 4.5 2.0 417 418 - 4.6 H 75.0 39.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 38.5 75.0 75.0 75.0 6.2 75.0 75.0 420 424 E 4.8 H 0.6 0.2 15.4 0.4 0.6 0.4 0.2 0.2 0.2 0.4 0.8 0.6 0.2 0.0 426 427 C 4.3 M 4.5 4.5 6.0 5.0 5.5 5.0 3.5 3.0 4.5 6.0 4.5 75.0 4.5 4.0 428 430 * 2.1 P 75.0 5.0 3.0 3.3 50.7 51.3 3.0 5.0 4.0 5.7 51.0 2.7 4.7 2.7 431 435 H 4.5 M 1.2 1.6 1.4 1.6 47.0 47.4 1.2 0.6 0.8 1.6 46.8 1.4 1.4 1.0 436 438 * 3.1 M 26.7 30.0 5.0 29.7 75.0 75.0 28.3 29.7 29.3 29.7 75.0 25.3 5.0 26.0 440 441 * 3.3 M 75.0 40.0 2.5 37.5 75.0 75.0 38.5 5.0 39.5 40.0 75.0 5.8 39.5 5.0 442 443 C 4.9 H 1.0 0.5 1.0 4.5 4.0 4.0 2.5 1.5 3.0 0.0 4.5 1.5 3.5 1.0 444 447 E 4.8 H 0.8 1.5 1.0 1.2 1.5 1.2 1.5 1.8 1.2 1.5 1.0 1.5 1.8 1.2 450 453 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 7.1 41.1 57.2 6.0 75.0 75.0 41.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>