Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1e8ca2 -CCCC-CEECCC----CCCEEEEE-CCCCHHHHHHHHHHHHHCC-CCCEEEEECCCCCCCC-CCCCC-CHHHHHHCCEEEECCCCCCC--CCHHHHHHHHHCCCCHH---HCCC-CCHHHHHHHHCC-CCCCCEEEEECCCCCCEEEECCEEEEC-CHHHHHHHHHCCCC------- >P1;d1j6ua2 CCCCCCEEEEEE--CCCCEEEEEE-CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCC--------CHHHHHHC-CCCEEEECCCCC---------CCC-CHHHHHHCCC-CEEECCCHHHHHHHC--CCCCCEEEEEECC---------------CCHHHHHHHHHHHHHHHC---- >P1;d1o5za1 ---CCCEEEEEC-----CEEEEEC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCC----CHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHC--CCEECCCHHHHHHCCC------CEEEEECC---------------HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHC >P1;d1p3da2 CCCCCCEEEEEEEECCEEEEEEEE-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEE-EECCCCHHHHHHCHHHHHHHHC-CCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECC---------------CCHHHHHHHHHHHC-------- >P1;d2gc6a1 -CCCCCEEEEC------CCCEEEC-CCC-CHHHHHHHHHHHHHCC-CCCEEEECC----------CCCCC-CCCCCCEEEECCCCCCCCC---------------------CCCCCCHHHHHHHHHHH-CCCCCEEEECC---------------HHHHHHHHHHHHC--------- >P1;d2wjpa3 CCCCCCEEEEEE----CCEEEEECCCCCCHHHHHHHHCC--CCC-CCCEEEEEECCCC--C-CCCHH-HHHHCCCCCEEEEEEC----------CCHHHHHC-CCHH---HEEECCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHC------- >P1;d4cvka3 --CCCCEE-EECC---CCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHC--CCCCEEEEEECCC---CHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECC-----------CHHHHHHHHCC-----CCCCCCHHHHHHHHCCCC--CCEEEEECC---------------CCCCCCHHHHC----------- PSA >P1;d1e8ca2 -9504-160609----84010202-3055284137106613890-9270000001104586-a2036-14103720411100100025--2845500640272a75b---8161-470571057007-086700000000041821257a865a1-103520383094a1------- >P1;d1j6ua2 c79262233231--6913010011-40432740660055028508924000000017--------a9206005-504200003237---------906-1373048286-605115726500640--a157600000001---------------040150064017405965---- >P1;d1o5za1 ---29132364a-----9130001-01353950350073077609b5500000000362----6045005204c1052000030109607-----4096017205711--4042156016008209------40000000---------------640071042403577259729a >P1;d1p3da2 c69353452741826535020000-31240840370076038919a5200-0000141320563296006100-503100-050442b2963b70407301830493861704105639603920282077300000000---------------03018208901970-------- >P1;d2gc6a1 -8504325048------9420000-027-7a8079025206851b-660000108----------a9338-0183154013020353959---------------------b5728405501730396-56a10000000---------------4700420386249--------- >P1;d2wjpa3 d76033431266----8804000003027194038107c--181-7620000000305--a-48074-0471089a71400000----------72076026-1268---10442840360043006407650000000001063208-----51450083026006511------- >P1;d4cvka3 --924455-460b---8503001106607595047004502a--3b54000000209---8563047006404c3040010148-----------3043019308a-----8032a6386038306916--900000001---------------a2707019402----------- Translating the sequences -CCCC-*EE***----*C*EEEE*-CCCCHHHHHHHHHHHHH*C-CCCEEEEECCCC****-*****-*HHH***CCEEEECCCCC**--******HHHHH****H*---*C**-CCHHHHHHHH**-CCCCCEEEEECC***************-*HHHHHHHHH****------- *CCCCCEEEEE*--***C*EEEE*-CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC*EEEEECCCC--------*H*HHHHC-CCCEEEECCCCC---------C**-*H****H***-****CCCHHHHHHH*--*CCCC*EEEEECC---------------**HHHHHHHHHH******---- ---CCCEEEEE*-----C*EEEE*-CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCCEEEEECCCC**----***H*HHHHC*CCCEEEECCCCC****-----CHHHHH****H**--*C**CCCHHHHHH***------CEEEEECC---------------**HHHHHHHHHH********** *CCCCCEEEEE********EEEE*-CCCCHHHHHHHHHHHHH**CCCCEE-EECCCC*********H*HHHHC-CCC***-CCCCC*********CHHHHH****H*****C**CCCHHHHHHHH***CCCCCEEEEECC---------------**HHHHHHHHHH**-------- -CCCCCEEEE*------C**EEE*-CCC-*HHHHHHHHHHHH*CC-CC*EEEECC----------*****-*C*CCCEEEECCCCC****---------------------C**CCCHHHHHHHH***-CCCC*EEEECC---------------**HHHHHHHHHH*--------- *CCCCCEEEEE*----*C*EEEE**CCCCHHHHHHHH**--**C-CCCEEEEE*CCC*--*-****H-HHHHC*CCCEEEE**C----------*CHHHHH*-**H*---****CCCHHHHHHHH***CCCCCEEEE*CC********-----****HHHHHHHHHH***------- --CCCCEE-EE**---*C*EEEE**CCCCHHHHHHHHHHHH*--CCCCEEEEE*CCC---******H*HHHHC*CCCEEEE*CC-----------CHHHHH*****-----C**CCCHHHHHHHH***C--CCEEEEECC---------------******HHHH*----------- 53244.tem _________________________________ *CCCCCEEEEE*----*C*EEEE*-CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCCEEEEECCCC**-*-****H*HHHHC*CCCEEEECCCCC****----*CHHHHH****H**--*C**CCCHHHHHHHH***CCCCCEEEEECC---------------**HHHHHHHHHH***------- Structural block scores 1 5 C 4.7 H 18.6 5.2 32.4 5.2 4.0 3.8 18.8 6 10 E 4.6 H 2.6 2.6 3.6 4.4 3.8 3.2 19.0 12 15 - 4.3 M 75.0 41.2 75.0 5.2 75.0 75.0 59.1 19 22 E 4.9 H 0.8 0.5 0.8 0.5 0.5 1.0 1.0 25 28 C 4.9 H 3.2 2.8 2.2 2.5 21.0 3.0 4.8 29 41 H 4.8 H 3.8 3.5 3.8 3.5 5.0 15.1 4.0 43 47 C 4.6 H 18.6 4.6 6.1 5.5 19.9 18.2 19.7 48 52 E 4.8 H 0.0 0.0 0.0 15.0 0.2 0.0 0.0 53 56 C 4.6 H 0.5 2.0 0.8 1.2 39.5 0.8 2.8 57 58 * 3.4 M 4.5 75.0 4.0 2.0 75.0 40.0 75.0 62 65 * 2.3 P 3.9 58.9 21.2 5.0 58.9 4.8 3.2 68 71 H 4.5 M 1.5 1.5 1.8 1.8 21.5 3.0 2.5 74 76 C 4.9 H 2.0 3.0 2.0 2.7 3.0 8.8 2.3 77 80 E 4.6 H 0.8 0.5 0.5 19.0 2.0 1.2 0.2 81 85 C 4.5 M 0.2 3.0 0.8 2.6 2.0 30.0 32.6 86 89 * 3.4 M 39.2 75.0 5.5 6.1 6.5 75.0 75.0 90 93 - 4.2 M 4.8 75.0 75.0 6.9 75.0 75.0 75.0 96 100 H 4.4 M 2.4 17.0 3.2 2.2 75.0 3.0 1.6 101 104 * 2.0 P 6.6 3.5 3.5 3.8 75.0 21.0 5.0 106 107 * 3.1 M 43.2 5.0 1.0 5.5 75.0 41.5 75.0 108 109 - 4.4 M 75.0 40.5 75.0 3.5 75.0 75.0 75.0 112 113 * 1.0 P 3.5 3.0 3.0 2.5 6.0 4.0 1.5 114 116 C 4.9 H 28.7 4.3 4.0 3.7 4.7 4.7 6.2 117 124 H 4.9 H 3.1 2.9 2.1 4.0 2.6 2.0 3.9 125 127 * 2.3 P 27.3 53.5 53.0 4.0 6.0 3.3 5.3 128 132 C 4.5 M 4.2 3.8 60.8 3.4 19.5 3.6 33.0 133 137 E 4.8 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 138 139 C 5.0 H 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 140 154 - 4.3 M 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 26.7 75.0 155 156 * 1.4 P 38.0 2.0 5.0 1.5 5.5 4.5 6.2 157 166 H 4.7 H 3.3 2.4 2.1 3.8 2.9 2.5 10.5 167 169 * 2.5 P 5.2 3.0 6.3 27.3 53.0 2.3 75.0 170 176 - 4.4 M 75.0 45.7 6.4 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>