Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1di6a- ------CCEEEEEEEEECC--------------------CHHHHHHHHHHHHCCC--CEEE-EEEEEECCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCC-CCCHHHHHHHCCCEEC---HHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHCCCCEEEEC----CEEEEEECC-CHHHHHHHHEEECCCCCEEEECHHHHHH------HHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d1mkza1 CCCCCCCCCEEEEEEECCC------------CHH-H--CHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHCCEEC----CHHHHHCC-HHHH--HHHHHHHCCCEEEEEC----CEEEEE-CCCHHHHHHHHH-----H------CHHHHHCCCCCCCCCHHHCC------------------- >P1;d1uuya- -----CCCEEEEEEEECHH--HHCC--------CCC--CCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHCCEEC---HHHHHHHHHHHHHH---CHHHHHCCCCEEEEC----CEEEEEECCCCCHHHHHHH------------HHHHHHH------HHHHHC-------------------- >P1;d1uz5a3 --------CEEEEEEECCCEECCCCCCCC-----CCEECCHHHHHHHHHHHH-----CCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH--HCCEEEEECCC-----CHHHHHHH-HHC-EEEEEC------CCCC--------CCC--CCEEEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH-----H------HHHHHHHHHCCCCC-C----------------------- >P1;d1wu2a3 ------CCCEEEEEEECCCEEC---CCCHHHHHCCCEECCCCC-CHHHHHHC-----CCEEEEEEEECCCHHHHC-CHHHHHH--HCCEEEECC-------CCCCCCC------CCCEEC------CCCC--------CCC--CCEEEC--------CEEE-CCCHHHHHHHHH-----H------CHHHHHHC-CCCCCC------------------------ >P1;d1y5ea1 ------CCCEEEEEEECCC--CCC-----------C--CHHHHHHHHHHHHH-----CCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEC---CHHHHHHCC-HHHH-CCHHHC-CCCCEEEEEC----CEEEEE-CCCHHHHHHC-C-----C------CHHHHHH------HHHHHC-------------------- >P1;d2g2ca1 -------CEEEEEEEECHH--HHHC--------CCC--CCHHHHHHHCC------CCCEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH-CCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEC---HHHHHHHHHHCC----------CCCCCEEECCCCCCCCEEEEECCCHHHHHHHHH------------HHHHHHH------HHHHHHHC------------------ >P1;d2pjka- -----CCCCEEEEEEECHH--HHHH---HHCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHCCEEC---CHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCEEEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH-----H------CHHHHHH------HHHHHHCC------------------ >P1;d3pzya- --------CEEEEEEECCC--CC----------------CCHHHHHHHHHHC-----CCEE-CCEEECCC-HHHHHHHC-CHHH-CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCEEC---HHHHHHHC-CCCC----CHHHHHCCCCEEECC-----CEEEEECCCHHHHHHHHH------------HHHCCHH------HHHHHHCC------------------ >P1;d3tcra- ------CCEEEEEEEECCC--HHHC---------CC--CCCHHHHHHHHHHC-----CEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH-CCCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHCCEEC---HHHHHHHHHHHHHCC--CHHHHCCCCCEEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH------------HHHHHHH------HHHHHHHC------------------ >P1;d6fgca2 --------CCEEEEEECCCEECCCCCCCC-----CCEECCHHHHHHHHHHHC-----CCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH--HCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEECC------CCCC--------CCC--CCEEEEEEECCEEEEEEEECCCHHHHHHHHH-----H------HHHHHHHHHCCCCCCC----------------------- PSA >P1;d1di6a- ------8403000000663--------------------8014004700760052--6151-2325150539503800330027370300000200358-6230030034006763---79017402602242---687166250200016----600000025-4750320030225a87835250000700------31026282110502692051706277 >P1;d1mkza1 9039724304000010459------------969-6--17003103510584-----706025121172538402830560173b60000000100348b6120040045205763----80186044-0685--4686087230100106----700000-157261050106-----6------10343020436980223801------------------- >P1;d1uuya- -----91613000000256--1279--------646--271155044208704a70270602343202162740161036005738020000010046797120040055006772---7a237403532465---47816513100011b----7000000247491053008------------0017803------630581-------------------- >P1;d1uz5a3 --------250000002551146c6a379-----b26407106600530592-----70603215106556930361057008--40600000179-----83206006-424-606443------2b49--------209--50020308----9330010027480075006-----6------2023301653856b-6----------------------- >P1;d1wu2a3 ------a624000002065149---8579a2678a25305118-01920671-----305035193055569516-4186037--606100107-------b725620------907436------2a29--------508--600207--------6011-218591062003-----5------30254009-3928b3------------------------ >P1;d1y5ea1 ------7604000000259--36a-----------6--07007013610893-----a15102342162547302900450374a40200000110567a9130170036107844---760167042-0685-445960-8130000118----820000-1383920511-5-----4------1114502------722882-------------------- >P1;d2g2ca1 -------614000000245--1177--------659--27013205729------c562422244114144a30381045028-690200000000497b3130040054205432---5a1175278529----------a430000013676900000002775a3043014------------1026304------71199048------------------ >P1;d2pjka- -----b6503000000158--3154---55795927--15006202710664-----a1612533010156840270055018488010000010035598130050047406732---8701750372068479367608611000001b----4000000166482042004-----5------1014707------62075038------------------ >P1;d3pzya- --------43020000373--19----------------2007204610673-----9090-73621414-94007005-0295-9050000010056798130052057106643---8b107502-3149----78726525120000b-----0000002375a3064009------------203a506------9318a28a------------------ >P1;d3tcra- ------8234010000538--116a---------69--25106103620462-----70613734303145840281058029-96030000010098696120050055107843---69006403840894a--175007030200108----7000000045560052008------------2015302------82068588------------------ >P1;d6fgca2 --------04000000184116393a579-----c36406107500710683-----90502605113154840281065017--404000002107a9952302700573080624427------3a19--------306--100200144ac75110000039580033005-----6------301330382593b628----------------------- Translating the sequences ------*C*EEEEEEE*CC--------------------CHHHHHHHHHHH****--C*EE-EEEEE*CCHHHHHHHHHHHHH**CCCEEEEECCCCCC-CCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH*******---******CCC*EEEEC----CEEEEEECC-*HHHHHHHH*************HHHHHH------**HHH********************* *******C*EEEEEEECCC------------***-*--C*HHHHHHHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH**CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC----*HHHHH**-****--*******CCC*EEEEC----CEEEEE-CCCHHHHHHHHH-----*------*HHHHH*********HHH**------------------- -----**C*EEEEEEEC**--****--------**C--CCHHHHHHHHHHH******C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH**CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH*******---******CCC*EEEEC----CEEEEEECCC**HHHHHHH------------*HHHHHH------**HHH*-------------------- --------*EEEEEEECCC**********-----*C**CCHHHHHHHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH--*CCEEEEECCC-----C*HHHHHH-**C-E*****------****--------***--CC*EEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH-----*------*HHHHHH*******-*----------------------- ------*C*EEEEEEECCC***---**********C**CC***-*HHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHH*-*HHHHHH--*CCEEEE*C-------CC*****------*C****------****--------***--CC*EE*--------*EEE-CCCHHHHHHHHH-----*------*HHHHHH*-******------------------------ ------*C*EEEEEEECCC--***-----------C--C*HHHHHHHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHH***CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH**-****-******-*CCC*EEEEC----CEEEEE-CCCHHHHHH*-*-----*------*HHHHHH------**HHH*-------------------- -------C*EEEEEEEC**--****--------**C--CCHHHHHHH**------**C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH-*CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH*****----------*CCC*EEE*C****C*EEEEECCCHHHHHHHHH------------*HHHHHH------**HHH***------------------ -----**C*EEEEEEEC**--****---*******C--C*HHHHHHHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHH***CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH****************CCC*EEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH-----*------*HHHHHH------**HHH***------------------ --------*EEEEEEECCC--**----------------C*HHHHHHHHHH*-----C*EE-**EEECCC-HHHHHHH*-*HH*-CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH*-****----******CCC*EEE*C-----*EEEEECCCHHHHHHHHH------------*HH**HH------**HHH***------------------ ------*C*EEEEEEECCC--****---------*C--CC*HHHHHHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH-*CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH********--******CCC*EEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH------------*HHHHHH------**HHH***------------------ --------**EEEEEECCC**********-----*C**CCHHHHHHHHHHH*-----C**EEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH--*CCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CC*E*****------****--------***--CC*EEEE******EEEEEECCCHHHHHHHHH-----*------*HHHHHH*********----------------------- 53218.tem _________________________________ ------*C*EEEEEEECCC--****---*----**C--CCHHHHHHHHHHH*-----C*EEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHH**CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHH**CCEEC---**HHHHH*******---******CCC*EEEEC----CEEEEEECCCHHHHHHHHH-----*------*HHHHHH*-******HHH***------------------ Structural block scores 0 5 - 4.7 H 75.0 5.0 64.0 75.0 75.0 75.0 75.0 64.4 75.0 75.0 75.0 9 15 E 5.0 H 0.4 0.7 0.4 0.7 0.9 0.6 0.6 0.4 0.7 0.7 0.6 16 18 C 4.4 M 5.0 6.0 4.3 4.0 3.7 5.3 3.7 4.7 4.3 5.3 4.3 19 20 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 1.0 2.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 1.0 21 24 * 2.6 P 75.0 75.0 4.8 7.1 58.5 23.6 4.0 3.2 40.0 4.6 5.2 25 27 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 6.8 6.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.5 29 32 - 4.3 M 75.0 41.2 75.0 75.0 6.4 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 33 34 * 3.2 M 75.0 42.0 5.0 43.2 9.2 75.0 5.5 5.5 75.0 40.5 43.8 36 37 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 5.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 38 39 C 4.4 M 41.5 4.0 4.5 3.5 2.5 3.5 4.5 3.0 38.5 3.5 3.0 40 50 H 4.8 H 2.6 2.4 3.4 3.2 10.0 3.2 16.3 2.7 3.0 2.6 3.2 52 56 - 4.5 M 31.4 75.0 4.7 75.0 75.0 75.0 48.5 75.0 75.0 75.0 75.0 59 66 E 4.9 H 11.8 2.2 2.5 2.2 3.2 2.2 2.5 2.6 12.9 3.4 2.5 67 69 C 4.9 H 3.3 4.7 3.0 5.3 5.0 4.3 3.0 2.0 3.0 2.7 3.0 70 82 H 4.9 H 2.8 3.6 2.7 3.7 10.1 3.4 3.7 3.5 14.3 4.0 3.5 83 84 * 3.0 P 5.0 7.2 5.0 75.0 75.0 7.2 40.5 6.0 40.0 42.0 75.0 85 87 C 4.7 H 3.3 2.0 3.3 3.3 4.0 2.0 3.7 3.0 4.7 3.0 2.7 88 92 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 93 102 C 4.7 H 10.4 3.6 3.7 40.3 55.0 4.3 3.9 3.5 4.0 4.2 4.8 103 108 H 4.8 H 1.0 1.3 1.5 2.3 15.0 1.8 1.5 1.5 2.0 1.7 2.3 109 110 * 1.8 P 2.0 3.5 2.5 39.5 75.0 3.5 3.0 5.5 4.0 3.0 5.0 111 112 C 4.7 H 3.0 2.5 3.0 3.0 75.0 3.5 2.5 3.0 3.0 3.5 4.0 113 114 E 4.6 H 6.5 6.5 7.0 40.5 42.0 6.0 3.5 5.0 5.0 6.0 3.0 116 118 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 4.7 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.3 119 120 * 1.9 P 8.0 41.5 8.8 39.0 40.5 6.5 7.8 7.5 9.8 7.5 41.0 121 125 H 4.5 M 2.4 3.0 3.2 75.0 75.0 2.8 3.2 2.6 2.6 2.0 75.0 126 132 * 2.0 P 2.6 14.6 4.0 35.9 35.5 14.3 25.9 4.3 24.1 5.1 35.5 133 135 - 4.4 M 75.0 51.3 75.0 75.0 75.0 27.7 75.0 6.3 75.0 53.5 75.0 136 141 * 2.2 P 5.7 5.8 5.2 39.3 39.7 17.2 64.2 5.5 5.8 3.3 39.0 142 144 C 4.8 H 2.3 1.7 1.7 26.7 27.0 1.3 2.3 0.7 2.7 1.0 25.3 146 149 E 4.8 H 0.2 0.2 0.5 1.2 21.0 0.5 0.2 0.2 0.0 0.2 0.8 151 154 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 8.5 156 161 E 4.8 H 0.0 12.5 0.0 1.2 26.3 12.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 162 164 C 4.9 H 27.3 4.3 4.3 3.0 3.7 4.0 5.3 4.3 4.0 3.0 4.0 165 173 H 4.9 H 2.7 2.3 3.3 3.3 2.9 11.2 3.4 2.7 4.2 2.9 2.7 174 178 - 4.8 H 3.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 180 185 - 4.8 H 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 187 192 H 4.9 H 1.2 2.0 3.2 1.5 1.8 2.2 2.5 3.2 4.1 1.8 1.7 195 200 * 3.0 P 50.7 4.7 51.5 18.1 6.1 51.5 51.3 51.3 52.0 51.7 6.1 201 203 H 4.4 M 2.7 4.3 4.3 52.0 75.0 6.0 6.3 4.0 6.5 4.7 52.7 204 206 * 3.1 M 4.0 25.3 50.3 75.0 75.0 50.7 4.0 3.7 6.8 7.0 75.0 207 224 - 4.8 H 3.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>