Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1pdoa- --CCEEEEECCCC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCC-----CCEEEEECCCHHHHHHHHHHHCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC------ >P1;d2iaca- --CCEEEEC-CC--CCHHHHHHHC-CCCCCC--CCEECC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-C-CCEEEEECCCCCHHHHHCCC--------CCCCEEEEECCCCC-CHHHHHC--CCC--CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCC >P1;d3b48a1 --CEEEEEECCCC-CHHHHHC-CCCC-----CCEEEECCCCCCCCCCCCC-CHHHHHHHCCCC-CEEEEEECC--HHHHHHHHHHHCCC-HHHHCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHC----CCHHHHHHHHHCCCCCCC---------- >P1;d3ct6a1 -CCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCC---CCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCC--EEEEEECC--HHHHHHHHHHHHCC-C---CEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHC--CCCHHHHHHHHHHHCC-CC---------- >P1;d3ipra- --CCEEEEEEECC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHC--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCC-- >P1;d3lfha- -CCCEEEEEEECC-CC-CHHHHHHHHHCCC---CEEEEEECCCCCHHHHC--CHHHHCCCC-C-CCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH-------CCEEECCCCHHHHHHHHHCCCCC---CHHHHC-CHHHHHHHCC--------CC >P1;d3mtqa1 --CEEEEEEEECC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEEECC---CCCCC-CHHHHHHCCCCC-CEEEEEECCCCCHHHHHHH-HHHH-----CCCEEEEECCCHHHHHHHHHCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHC >P1;d4tkza- --CCEEEEEEECC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCC----CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHCCCC-CCC--EEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHC--CCCHHHHHHHHHHHHHCCCC---HHH-C >P1;d5t3ua1 -CCEEEEEEEECC-HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEECCCHHHHHHHHHCCCC---C---CCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHC-- >P1;d6fmga- CCCEEEEEEEECC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHC-----CCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-HHHCC PSA >P1;d1pdoa- --30000000437-6036215402851a91a--100303148b27174028305721870628-5000000278542016004501694-----951400180324001400530797--1709702830361087287899------ >P1;d2iaca- --7071000-68--6046215603-618aa0--804112-5991b6961574047307938-7-3300000279824117002e--------72640321291444-0230050--826--706702840562487286a89-a597b >P1;d3b48a1 --60000000425-5058137-0474-----c150200003883773233-5057005817a6-130000029--b5058105703608-9a22930230a030640062005209----573850236058115b8e---------- >P1;d3ct6a1 -792000000114950680385038408---a0201020035896820237201800560907--10000018--28037205503660-b---17040130205700330033127--9292930475087175-a0---------- >P1;d3ipra- --30000000478-6058238404843a808--10410216bc48596019504700550258-6000000176722025204711790869238504002a043300220061066a--1706700830585089278976-986-- >P1;d3lfha- -36000000055b-40-8018501951882---70521206bb3837813--049306247-8-230000017867301700430486-------21401280334002300511a63---608601-3057307658--------bb >P1;d3mtqa1 --61100000468-40690174027538918--302100054---85914-305810760669-2100000178745006205-5159-----2540300260333002201754b2---a719501770376077564769748799 >P1;d4tkza- --50000000486-40591274079527928--40300215bb27685037404830682----7000000177732026104601843-991--40301290433001200601962--94046019404621774758---a89-9 >P1;d5t3ua1 -640000000449-5069017402761980785001111048c386930355036204501830840000016881200710684069-----5b3041137033400250051166---a---1619613671773838799679-- >P1;d6fmga- a130000000457-40481383047529a18--204201138c26696025304a00730799-0400000177623016204404a44-----720200190233003100211675790309702960464076587486-79629 Translating the sequences --C*EEEEE**CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEE**CCCCCHHHHHHHHHHHH**CCCC-C*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH***-----CCEEEE*CCCHHHHHHHHH*****--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC**------ --C*EEEE*-*C--**HHHHHHH*-**CCCC--C*EE**-CCCC*HHHHHHHHHHHHH**C-C-C*EEEEECCCCCHHHHH***--------**CCEEEE*CCC**-*HHHHH*--***--CHHHHHHHHHHHHHHCCCC**-***** --C*EEEEE**CC-*HHHHH*-****-----***EEE***CCCCC*****-*HHHHHH*CCCC-C*EEEEECC--*HHHHHHHHHH***-****CCEEE**CC*HHHHHHHHH***----CCHHHHHHHHH*****CC---------- -*C*EEEEEE*C**HHHHHHHHHH***C---**CEEEEE*CCCCC****HHHHHHHHH*CCCC--*EEEEECC--*HHHHHHHHHH***-*---C*EEE**CC*HHHHHHHHH****--*CCHHHHHHHHHHH**-CC---------- --C*EEEEEE*CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEE*CCCCCHHHHHHHHHHHHH**CCC-C*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH********CCEEEE*CCCHHHHHHHHH*****--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC**-***-- -*C*EEEEEE*CC-**-*HHHHHHHHHCCC---CEEEEE*CCCCCHHHH*--*HHHH**CC-C-C*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH**-------C*EEE*CCCHHHHHHHHH*****---CHHHH*-*HHHHHHHCC--------** --C*EEEEEE*CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEE*CC---*****-*HHHHHH*CCCC-C*EEEEECCCCCHHHHHHH-HH**-----*CCEEEE*CCCHHHHHHHHH****---CCHHHHHHHHHHHHHH*CCC******** --C*EEEEEE*CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEE*CCCCCHHHHHHHHHHHH**C----C*EEEEECCCCCHHHHHHHHH****-***--*EEEE*CCCHHHHHHHHH*****--CC*HHHHHHHHHHHHHCCCC---***-* -*C*EEEEEE*CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC**CEEEEE*CCCCCHHHHHHHHHHHHH***CC*C*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH**-----*CCEEEE*CCCHHHHHHHHH****---C---**HHHHHHHHHHCCCC******-- **C*EEEEEE*CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEE*CCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-C*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH***-----CC*EEE*CCCHHHHHHHHH*******CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC**-***** 53062.tem _________________________________ -*C*EEEEEE*CC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEE*CCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-C*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH***-*-**CCEEEE*CCCHHHHHHHHH*****--CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC**-***** Structural block scores 4 9 E 4.8 H 0.0 13.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 11 12 C 4.8 H 5.0 41.5 3.5 2.5 7.5 8.2 7.0 7.0 6.5 6.0 14 26 H 4.6 H 3.3 8.8 14.9 3.8 4.2 9.0 3.7 4.2 3.7 3.8 27 30 C 4.6 H 7.8 7.2 75.0 58.2 6.6 23.2 6.5 6.5 6.0 7.1 31 32 - 4.1 M 75.0 75.0 6.8 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 34 38 E 4.7 H 1.2 1.6 0.4 0.6 1.4 2.0 0.6 1.0 0.8 1.4 40 44 C 4.8 H 6.5 7.1 5.8 6.2 8.4 8.0 46.8 7.4 7.1 6.3 45 57 H 4.5 M 3.7 4.5 8.8 2.9 3.9 14.9 9.7 4.2 3.5 4.0 59 62 C 4.4 M 4.0 23.2 6.1 4.0 3.8 23.5 5.2 56.8 3.0 6.2 66 70 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 71 75 C 4.7 H 5.2 5.6 34.5 32.2 4.6 5.8 5.4 5.0 4.8 4.6 76 85 H 4.8 H 1.9 17.9 3.4 3.3 2.4 2.2 9.9 2.2 2.8 2.4 86 88 * 2.0 P 6.3 75.0 4.7 4.0 5.3 29.7 29.7 5.0 30.0 6.2 92 93 * 3.6 M 75.0 4.5 2.0 75.0 2.5 75.0 38.5 38.0 40.0 75.0 94 95 C 4.5 M 7.0 5.0 6.0 4.0 6.5 38.5 4.5 39.5 7.2 4.5 96 99 E 4.8 H 1.2 1.5 1.2 1.2 1.0 1.5 0.8 1.0 1.5 0.5 101 103 C 4.8 H 3.7 4.7 1.0 0.7 4.8 3.7 3.0 4.3 3.3 3.7 104 112 H 4.9 H 1.8 10.3 2.6 2.3 1.8 1.9 2.0 1.7 2.1 1.3 113 117 * 1.7 P 5.2 32.0 32.2 17.6 4.7 4.3 19.5 3.6 17.8 4.0 118 119 - 4.5 M 75.0 40.5 75.0 42.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.0 120 121 C 4.7 H 4.0 41.0 6.0 5.5 4.0 40.5 8.8 6.5 42.8 1.5 122 135 H 4.7 H 3.9 4.2 4.2 9.5 4.2 8.6 4.3 3.6 14.6 4.3 136 139 C 4.6 H 6.2 6.6 43.1 40.1 6.5 40.8 5.5 6.0 5.5 6.0 140 141 * 3.0 P 9.0 8.5 75.0 75.0 6.5 75.0 7.5 75.0 8.0 7.0 143 147 * 3.2 M 75.0 8.6 75.0 75.0 34.6 49.6 7.4 22.3 34.4 6.6 >>>>>>