Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1fs0g- ------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------------CCHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCEEEEEEECHHHHHHHHHHC-CCEEEEECCCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCC-----CCC-------CCCCCCCCC-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------------------------- >P1;d2jdig- -------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------------------CCCCCCC--CCCCCCC----CHHHHHCC---------------CCCCHHHHHHC--------CCC--CCCCCCCCHHHHHHHH-HHC-----------CCCCCEECCCCCEECC----------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------- >P1;d5ik2g- CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH-EEEEEECHHHHHHHHHCC-CCEEEEECCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCEEEEEEEEECCCHHHHCCCC-------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >P1;d6rdps- -CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHCCCC------------CCCCCEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCCCEEEEEEECHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCHHHHHHCC-CCCCC----CCCEEEEEEEEECCCCCEEEEEEEEECIIIIICCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC PSA >P1;d1fs0g- ------a8766367735650660482178166605613830610276---------------5030058382720000000013560b3017700840484177256-7a0700000005401840774a-361234128033-80447506900640040035650010110107156774152305200005-----936-------a56491865-------5664135102410011023200300000001225249--------------------------------- >P1;d2jdig- -------b739705951851575277056125504831751574086049508-------------------c562200--022370a----6017301b---------------30002305547--------427--9206940739504712-874-----------a14103046484153b----------------------------------7751040120000010000010233037406805841781564347246566777678777a6887b-------- >P1;d5ik2g- 9a3a70685186157626715623560252056045336916561660222000004a49a151600682948300000000254705601630053036109840966a4-010000044026204849-120444218073-10628303a0053007205865003000000414438416221530010649802717-------54a4a2a6639430771024000030140003010000000242017318815851960595258247726877776867968899 >P1;d6rdps- -a596148506514652771763376036517633760582295253057205624------------70709300000000172507700640064055307813-65a06000000044055303731592153212600697064a305706-50373----80200000002046395171323000104510263148aa060585a2a288938630483045001000200000020001000152058328606642871574256457746676678877957788 Translating the sequences ------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**---------------******CCCCC*EEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*****-****EEEEEECHHHHHH****C-CCEEEEECCCCC-CCC*HHHHHHH*HH*******CCC*EEEEEEEE**CC*EEEEEEEEEC**-----CCC-------*CCCCCCCC-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--------------------------------- -------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------------------C******--CCCCCCC----*HHHHH**---------------***CHHHHHH*--------***--CCCC*CCCHHHHHHHH-HH*-----------*****EECCCCCEE**----------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-------- *******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****************CCCCC*EEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*********-EEEEEECHHHHHH****C-CCEEEEECCCCC-CCCHHHHHHHH*HH*******CCC*EEEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC*******CCC-------*CCCCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********** -******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****HHHH***HHHHHHH*****------------CCCCC*EEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH****-*****EEEEEECHHHH******C*CCEEEEECCCCC*CCCHHHHHH**-*****----CCC*EEEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC*******CCC********CCCCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********** 52943.tem _________________________________ -******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****------******CCCCC*EEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH**********EEEEEECHHHHHH****C-CCEEEEECCCCC*CCCHHHHHHHH*HH*******CCC*EEEEEEEECCCCCEEEEEEEEEC*******CCC-------*CCCCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********** Structural block scores 1 6 * 3.3 M 64.2 75.0 6.2 5.9 7 50 H 4.7 H 10.9 4.7 4.0 4.3 51 55 * 3.0 P 75.0 46.6 0.0 3.4 56 61 - 4.3 M 75.0 75.0 6.5 75.0 62 67 * 3.5 M 2.2 75.0 3.0 75.0 68 72 C 4.4 M 5.6 62.5 6.2 4.6 74 79 E 4.3 M 0.0 14.2 0.0 0.0 80 88 C 4.8 H 3.3 19.4 3.2 3.2 89 101 H 4.6 H 3.4 31.1 2.2 2.5 102 111 * 2.7 P 12.7 75.0 13.2 12.2 112 117 E 4.3 M 0.0 38.0 0.2 0.0 119 124 H 4.8 H 3.7 3.2 3.0 3.5 125 128 * 2.0 P 4.5 58.0 4.0 3.2 131 132 C 4.3 M 4.5 75.0 1.5 5.5 133 137 E 4.3 M 2.2 32.6 2.8 2.4 138 142 C 4.9 H 3.2 18.4 3.8 2.8 144 146 C 5.0 H 4.0 3.7 2.3 4.3 147 154 H 4.7 H 3.9 3.9 3.3 4.4 156 157 H 4.3 M 2.0 7.5 1.5 2.5 158 164 * 2.8 P 2.6 64.9 4.0 44.7 165 167 C 4.3 M 1.7 75.0 1.7 3.3 169 176 E 4.5 M 1.4 11.8 0.6 0.2 177 181 C 4.6 H 5.8 5.2 4.6 5.4 182 190 E 4.5 M 2.0 43.9 2.2 1.9 192 198 * 3.2 M 54.3 75.0 4.1 2.6 199 201 C 4.3 M 6.0 75.0 5.0 2.7 202 208 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 5.7 210 217 C 4.3 M 5.5 75.0 6.7 6.9 218 219 * 3.5 M 75.0 75.0 6.0 5.5 220 283 H 4.7 H 32.8 3.8 3.2 3.1 284 294 * 3.2 M 75.0 57.0 7.5 7.4 >>>>>>