Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1jf8a- CCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCC-----CCEEEEEEECCCC-------CCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHCCC-CCC----CCEEEEC-------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------- >P1;d1u2pa- C-EEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCC---CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CCCCCCCHHHHC-CCEEEECCHHHHHHHHHC--CC-CHHH-EEE-HHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHC >P1;d1y1la- ---CEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCC------CCCEEEEECCCCC------CCCHHHHHHHHCCCCCCC-C-CCCCHHHCCHHHCCCEEEEECC--CCCCC-CC---CCC-CEEEE-------------ECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC--C------ >P1;d2gi4a1 -CEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCC---CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHCCCCEEEECCHHHHHHHHHHCC--HHHHH-EEC-CCCCCC--CCCCCCCCCCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----- >P1;d2myna- -CCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEEECCCC-------CCCCHHHHHHHCCCCCCC-CCCCCCHHHCCHHHCCEEEECCCC----CCC-CCHHHCCCCEEEEC-------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------ >P1;d3jvia1 --CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CEEEEEECCCC-----CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHCCH-HHHHH-EEE-HHHHCCC---CCCCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC >P1;d3rh0a- -CCEEEEE-CCCCCHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEECCCCCCC------CCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEEECCCC---CCC-CCCCC--CCEEEEE-------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------- >P1;d3rofa1 -CEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCEEEEEEECCCC---CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCCCCC--CCEEEECCHHHHHHHHHHCC---CCCCEEEE-HHHHCC---CCCCCCCCHHHHC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >P1;d4etna1 --CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCEEEEEECCCC----CCCCCCHHHHHHHHHCCCCC--CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHC-H-HHHHH-EEE-HHHHHHCC---CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----- >P1;d5gota1 -CEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHCCCCC----CCEEEEEEECCCC---CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHCCC-CCHHH-EEE-CCC---------CCCCCHHHHC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-- >P1;d6u1pa- -CEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHH-CC--CEEEEEEECCCCC----CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHCCH-HHHHH-EEE-HHHHCCCC---CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------ >P1;d7dhfa1 -CCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCC------CCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCC-CCCCCCCCHHHHCCCCEEEECCCCHHHHHHHHC-H-HHHHH-EEE-CCHHHC-----CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------- >P1;d7kh8a1 CCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHEEEEEEECCCC---CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEE-HHHHCCC---CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------ PSA >P1;d1jf8a- b461000003003010000101056104-----b723040002635-------8127403500852a0806-907056058930680500000187028604b-019----a083331-------------417505b69463034004403720481696-------- >P1;d1u2pa- 8-0000000630100000011002220574a24b404020001779---356580193015006639141b--0804407a6137-040000016502530465--90-6792-041-02200672ab616209404946864047006205400530171058-2387 >P1;d1y1la- ---300000430000000021004520a------8380300047728------7017104600664a1902-8-70222980a086052000002a--87138-08---0c3-52650-------------605403c668710460064038307931a--b------ >P1;d2gi4a1 -a52000004202000001033067106760378515020001809---9104051700560056527631-145736057930860550000076038703970a--a42a5-035-069106--a1907300017236--657204600440076038814a----- >P1;d2myna- -523000008750010000000034306-----a504030001642-------612720361064590804-a28054086280b50400000048----91d-03850580632310-------------706302a5669304502650462057017407------ >P1;d3jvia1 --4500000710311000010006300663937b-07040000675-----a6703840370087270806--1603306970076131000024902740284048-81371-012-0040068---239404606--d88404400400410051005304697085 >P1;d3rh0a- -1720000-4401230000110063308-----b707020002824b------7058501500533a1605-8380571577313304300002990---70b-13b70--6073430-------------90961c1a727204401620283057018--------- >P1;d3rofa1 -41300000540300000000004240753a0-8306020100409---a5345037203610873c052a-b05044047a13--14000002660155057316---b0825121-00610d---365840520575a--807300600430047005402831c1a >P1;d4etna1 --3100000470310000011005100673a1--d08040000607----6c460484046008549280--b06044055920640500000119027302841-6-81792-030-01220398---74405509a26273026006202800660064048----- >P1;d5gota1 -443000005101000000000044107a----a404030000167---2785603930371077390c06881406305980055042000026701660363175-633b1-032-039---------b103305849--5155005103700580296006a94-- >P1;d6u1pa- -4421000043010000300043246067-85--926040000683b----784029702640688a2909-03604307661056055020016702630475038-824a1-041-22394b6a---4433535566573888657898779677676878------ >P1;d7dhfa1 -484000004200000000120036307------9060200013079491466602a40150075590806-b0804105591066050000036b029402930-6-60862-030-00331a-----755054038584920660061034005301841------- >P1;d7kh8a1 396100000630100000000004430666a34a604020000338---15656019203600852a070a--17033067800340310000165036305640880a62506021-0040067---86520840493888503700400210062019827------ Translating the sequences *C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH**-----*C*EEEEEECCCC-------CCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHH***-CC*----***EEE*-------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------- *-*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH********C*EEEEEECCCC---**CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CCCCCCCHHHH*-CCEEEECCHHHHHHHHH*--**-****-EEE-************CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-**** ---*EEEEECCCCCHHHHHHHHHH****------C**EEEEECCCC*------CCCHHHHHHHH*CCCCCC-C-CCCC**H**HHHCC*EEE****--*****-CC---***-*EEE*-------------*CCCCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHH**--*------ -C*EEEEE*CCCCCHHHHHHHHHHHH********C*EEEEE*CCCC---**CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHH**CCEEEECCHHHHHHHHH*CC--*****-EE*-******--****CCCCCCCCCC--**HHHHHHHHHHHHHHHH****----- -C*EEEEEECCCC*HHHHHHHHHHHH**-----*C*EEEEEECCCC-------CCC*HHHHHHH*CCCCCC-CCCCCC**H**HHHCCEEEECC**----***-CC********EEE*-------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------ --*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH********-*EEEEEECCCC-----CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHH*CC*-*****-EEE-*******---**CCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH********* -C*EEEEE-CCCCCHHHHHHHHHHHH**-----*C*EEEE**CCCC*------CCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEE*C***---***-CC***--***EEE*-------------CCCCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--------- -C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH******-*C*EEEEEECCCC---**CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCC****--CCEEEECCHHHHHHHHH*CC---*****EEE-******---***CCCCC****C--*HHHHHHHHHHHHHHHHH********* --*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH******--C*EEEEEECCCC----*CCCCCHHHHHHHHHCCCCC--CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHH*C-*-*****-EEE-********---*CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****----- -C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHH*****----*C*EEEEEECCCC---**CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC*CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHH*CC*-*****-EEE-***---------CCCCC****C--*HHHHHHHHHHHHHHHHH*******-- -C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH***-**--C*EEEEEECCCC*----CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHH*CC*-*****-EEE-********---*CCCCC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------ -C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH**------C*EEEEEECCCC*****CCCCCHHHHHHHH*CCCCCC-CCCCCCCCHHHH**CCEEEECC**HHHHHHH*C-*-*****-EEE-******-----*CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------- *C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH**********EEEEEECCCC---**CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHH**C********EEE-*******---**CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------ 52788.tem _________________________________ -C*EEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHH******-*C*EEEEEECCCC---**CCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCCCCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHHH*CC*-******EEE-*******---**CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****----- Structural block scores 3 8 E 4.9 H 0.2 0.0 0.5 0.3 0.5 0.8 12.8 0.5 0.2 0.5 0.5 0.7 0.2 9 13 C 5.0 H 1.2 2.0 1.4 1.6 4.0 2.4 2.2 2.4 3.0 1.4 1.6 1.2 2.0 14 25 H 4.9 H 1.2 0.7 1.2 1.8 0.9 0.9 1.4 0.8 0.7 0.8 1.8 1.2 0.9 26 31 * 2.5 P 50.7 4.8 51.8 3.7 51.0 4.5 51.3 4.2 4.6 40.4 16.8 51.2 5.2 36 41 E 4.9 H 1.2 1.0 1.8 1.2 1.2 1.8 1.5 1.5 2.0 1.2 1.7 1.3 1.0 42 45 C 5.0 H 4.0 6.0 5.0 4.5 3.2 4.5 4.0 3.2 3.2 3.5 4.2 2.8 3.5 46 48 - 4.6 H 75.0 75.0 52.7 75.0 75.0 75.0 53.8 75.0 75.0 75.0 53.8 7.3 75.0 49 50 * 3.4 M 75.0 4.0 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 7.8 40.5 4.5 75.0 2.5 3.0 51 55 C 4.8 H 32.2 4.0 31.6 2.0 31.8 5.3 32.4 3.0 5.3 4.4 4.2 4.0 3.6 56 64 H 4.9 H 3.6 3.3 3.3 3.2 3.2 4.1 3.0 3.8 3.9 4.1 4.7 3.6 3.7 65 70 C 5.0 H 4.4 4.9 4.4 4.0 4.3 3.8 4.2 5.5 16.3 5.1 6.4 4.7 5.0 72 79 C 4.8 H 4.0 12.2 13.1 3.9 4.7 11.8 4.6 3.6 3.8 3.4 2.9 3.7 11.9 80 85 H 4.5 M 5.7 17.1 5.4 5.5 5.4 4.8 4.0 28.6 4.3 4.5 4.0 4.5 3.7 86 87 C 5.0 H 2.5 2.0 2.5 2.5 2.0 2.0 2.0 2.5 2.5 2.0 2.5 2.5 1.5 88 91 E 5.0 H 0.0 0.0 0.5 1.2 0.0 0.2 0.8 0.0 0.0 0.5 1.8 0.0 0.2 92 93 C 4.7 H 0.5 0.5 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.0 0.5 1.0 0.5 1.5 0.5 94 102 H 4.3 M 5.2 3.4 21.1 4.8 37.3 4.0 29.1 3.9 3.6 3.9 3.9 4.8 3.8 104 105 C 4.5 M 0.5 75.0 4.0 5.2 1.5 2.0 2.0 3.5 38.0 4.0 1.5 37.5 4.0 108 113 * 2.0 P 40.6 29.0 28.4 17.8 3.7 15.8 27.2 16.9 17.0 16.6 16.8 16.2 4.9 114 116 E 4.9 H 3.0 1.7 4.3 2.7 2.0 1.0 3.3 1.3 1.0 1.7 1.7 1.0 1.0 118 124 * 2.9 P 75.0 2.4 75.0 13.9 75.0 2.6 75.0 13.6 2.4 44.6 5.4 13.2 2.4 125 127 - 4.5 M 75.0 8.0 75.0 28.8 75.0 75.0 75.0 51.0 52.7 75.0 53.5 75.0 75.0 128 129 * 3.3 M 75.0 3.5 75.0 4.5 75.0 2.5 75.0 5.5 41.0 75.0 39.5 41.0 7.0 130 139 C 4.6 H 12.3 4.4 11.8 2.9 11.4 19.2 13.1 4.7 4.5 4.5 4.5 4.3 4.3 140 159 H 4.8 H 3.4 3.1 4.0 10.6 3.6 2.4 3.1 9.8 2.8 10.3 7.0 2.9 2.8 160 163 * 2.5 P 57.8 3.5 59.1 5.9 21.5 3.2 75.0 3.5 4.0 3.0 24.5 38.8 23.0 164 168 - 4.3 M 75.0 19.0 75.0 75.0 75.0 5.8 75.0 5.6 75.0 34.7 75.0 75.0 75.0 >>>>>>