Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1c3pa- ---------------------------------------CEEEEEC--HHHHHCCCCC--CCHHHCCCHHHHHHH-HHHC------CCCC---HHH---EEECCCCC---HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CEEEECC-CCCCCCC---CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC--CEEEEECCCCCCHHHHHHHC----CCCCEEEEEEEECCC-CCCCC-CCCCCCCCCCHHHCCCEEEEEEC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCC-----CCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHH-C-CCEEECCCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCH-HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCC---HHHHHHHHHCC----------- >P1;d1gq6a- ----------CCCCCCC-CCHHHCCCCC----C----CCCEEEEEECCCCCCC-------CCCCHHHHHHHHHHH-HCCCCCC---CCCCCCHHHH-CCEEEEEEC--CCCCC-----------CHHHHHH---HHHHHHHHHCC-CCEEEEEECCHHHHHHHHHHHCC--C-------CEEEEEECCCCCCCCCCC---CCCCCCCCHHHHHHHC-----------------------------CCEE---EEEEEEEEECCC----------CHHHH---H--CCCEEEE---HHHH-CCHHHHHHHHHHC-CCC----CEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHC-CHHH---C-CCEEEEECCCHHHC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------------------------------------------------------------- >P1;d1woha1 -------CCCCCCCCCC-CCHHHCCCCC----CCCCCCEEEEEEEECCCCCCC-------CCCCHHHHHHHHHHH-HCCCCCCEECCCCCEECC-C-CCEEEEEEC--CCCCC-----------CHHHHHH---HHHHHHHHHHCCEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHC-CCC-------CEEEEEECCCCCCCCCCC---CCCCCCCCHHHHHHHHC----------------------------CCEE-----EEEEEEECCCC----CCHHHHHHHH---H--CCCEEEE---HHHHHH-CHHHHHCCC---CCC---CEEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH--HCEEEEEEEECCCHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------------------------------------------------------------------- >P1;d1xfka- -----CCCCCCCHHHHHHCCCHHHHEEECCHHHHHHCCCCEEEEEEECCHHHH----HCCCCCCHHHHHHHHHHH-HHCC-CCC-----------CCCCEEEEEEEECCC-------------CCHHHHHH---HHHHHHHHHCC-CCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHH-----H---------------------CCCC----EEEEEEECCCC----CCHHHHHHHH---H--CCCEEEE---HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHC--CCEEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEEEECCCHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------------------------------------------------- >P1;d2ef5a- -------------------------------------C-EEEEEEECCCC-------------CHHHHHHHHHHCCHHHHHH------------HCCCEEEEEEECCCC-----------CCHHHHHHHHH---HHHHHHHCCCC-CEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCEEEEECCCCCCCCC--CCC--CCHHHCHHHHHCCCCC---------------HHHHHHH-----CCCCHHH---EEEEEEC--C----CCHHHHHHHH---H--HCCEEEE---HHHHHHHCHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH--CCEEEEEEECCCCCCCC----CCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC------------------------------------------------------------------------ >P1;d3gmza- -------------------------------------CEEEEEEECCCCCCCC--------CCCHHHHHHHHHHCCHHHHHH------------CCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHCC-------CCEEEEECCCCCCCCC--CCCCCCCHHHCHHHHHCHHHCC-----CC-----CCCCCCCCCC----CCCCHHH---EEEECCC--C----CCHHHHHHHH---H--HCCEEEC---HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH--CCEEEEEEECCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC--------------------------------------------------------------CCCCC >P1;d3lhla- ----------------------------------CCCCCCEEEEEECCCCCCC-------CCCCHHHCCCC-CCC-HHHCCCEEC--CCCEEHHH--CCEEEEEECCCCC-------------CCHHHHHH---HHHHHHHHHHHCCCEEE-EECCHHHHHHHHHHHHHHCC-------CEEEEEECCCCCCCCCCC---CCCCCCCCHHHHHHHHHCC----------------------------------CCEEEEEEC--C----CCHHHHHHHH---CCCCCEEECC---CCCHHH--HHCCC-----C------CEEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCHHHHHHHCCCC-EEEEEEEECCCHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------------------------------------------------------------------- >P1;d3nioa- CCCCCCCCCCCCCCCCC-CCHHHCCCCCCHHHHC---CCCEEEEECCCCCCCC-------CCCCHHHHHHHHHHH-HHHCC-CCCCCCC-CCHHHC-CCEEEEEEC--CCCCC-----------CHHHHHH---HHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHCC-C---------CCEEEEECCCCCCCCCCC---C-CCCCCCHHHHHHHC-----------------------------CCCCHHH---EEEEEECCCC----CCCHHHHCCC------CCCEEEE---HHHCCC-CCHHHHHHHH-CCCC---CEEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCC-C--CCEEEEEEEECCCHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-------------------------------------------------------------------- >P1;d3pzla- ----------------CHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHCCEEEEEECCCCCCC-------CCCCHHHHHHHHHHH-HCCCCCEEC--CCCEEHHH---CCCEEECCCCC---------------CHHHHHH---HHHHHHHH-CCCCCEEE-EECCHHHHHHHHCCCC---C-------CEEEEEECCCCCCCCCC----CCCCCCCCHHHHHHHHHCC----------------------------------CCEEEEEEC--C----CCHHHHCC-----HHHHHCEEEE---HHHHHHHCCHHHHHHHHHH------CCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH----EEEEEECCCCHHHCC------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--------------------------------------------------------------------- >P1;d4g3ha- ----------------------------------------CEEEEEEECCCHH----H----CHHHHHHHHHHHH-HHHCCCCEECC---------EECCCEEEEEEECCCC------HHHCHHHHHHHHH--HCHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEEEECCCCCCCCCC--------CCCCHHHHHCCCCCCCCHHHHH-----HHHHHHCCCCCCCCCCCCHHH---EEEECCC--C----CCHHHHHHHH---H--HCCCEEC---HHHHHH-CHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCHHHCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHCC------------------------------------------------------------------------ >P1;d4myla- -----C------------CCCHHHHCCC---CCHHH--CCEEEEEECCCCCHH----HHCCCCCHHHHHHHHHHH-HCCCCCCEECCCCEE---CCCCCEEEEEECCCC---------------CHHHHHH---HHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCC------CCCEEEEECCCCCCCC------------CCHHHHHHCCC-----------------------------CCCHHH---EEEEEECCCC----CCHHHHHHHH---H--CCCEEEE---HHHHHHH---CHHHHHHHHHHHH-CCCEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC--CCEEEEEEECCCCCCCC----C-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------------------------------------------------------------------- >P1;d5vi6a- ---------------------------------------CCEEECC--HHHHHHHC----CCCCCCCHHHHHHHH-HHHC------CHH----HHC---EEECCCCC---HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC--------CCCCC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECC-CCCCCCC---CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCC-CC--CEEEEECCCCCCHHHHHHCC----CCCCEEEEEEEECCC-CCCCC--CCCCCCCCCHHHCCCEEEEEEC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHCC-----CCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHCCC-C-EEEEECCCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHCC---------------CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC------- >P1;d5zeea- -----------------------------------CCCCEEEEEEECCCCCCC--------CCCHHHHHHHHHHCCHHHHHH------------CCCCEEEE-EECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH---HHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCC----CCCEEEEEECCCCCCCCC--CCCCCCCHHHCHHHHHCCCCC---------------HHHHCCCC----CCCCHHH---EEEEEEC--C----CCHHHHHHHH---H--CCCEEEE---HHHHHHHCHHHHHHHHHHHCC--CCCEEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCC--CCEEEEEEECCCCCCCC-----HHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------------------------------------------------------------- >P1;d6thva- --------------------------------------CCEEEECC--HHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH-HHHC------CCH----HHCE--ECCCCCCC---HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC---HHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCCC---CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHCC----CCCCEEEEEEEECHHHCCCCCCHHHCCCCCCCHHHCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCC-----CCCCCCC-CCCHHHHHHHHHHHCCCHHH-CEEEEECCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-------------------------------------CCC---HHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHC >P1;d7lola- ----------C--CCCCCCCHHHCCCCC---CHH-HCCCCEEEEECCCCCC---------CCCCCCCHHHHHHHH-CHHHHCCCCCCCCCCCHHHH-CCEEEEEEC--HHHHC-----------CHHHHC----CHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCEEEEECCCCCCCCCC------CCCCCCHHHHHHHC-----------------------------CCCCHHH---CEEECCCCC----------CC--C---C--CCCEEEC---HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCC---CCEEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCC---CCEEEEEEECCCHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------------------------------------------------------------------- PSA >P1;d1c3pa- ---------------------------------------8210000--5511823037--801140110000050-0700------9008---aa2---34703607---49102100467006104500745532a6058612003530011500140001000000000412369--2200000-0010001---54401121000000000210275926--40000000010000006002----915400000000107-11306-8304182507c907620000101-55020500120064006305750803000000000003-----0042060-500010015003102820-9-40000002000------------010000000000030092a1296069-702710670b1a286b837165017404084118a13---8705720880a----------- >P1;d1gq6a- ----------9549399-5200307446----0----c240000002005006-------736204600820153-0251616---b9aa710284-070000430--b0339-----------4167008---4048305a018-05000000000000000010005--6-------60000000021006627b---9150212000200053-----------------------------8105---27300000015b----------2b205---a--4804003---1a40-9383a40172039-088----400000000002283030003218a00438302600-0004---0-01000000001930-----c1500300030002004100404---------------------------------------------------------------------- >P1;d1woha1 -------ba96629439-3100207628----165b19020000002004105-------636004600810150-0061304359b7872307-b-170000430--901a8-----------6484006---4006105302920500000000000000002005-907-------701000000301014439---a4530120001000630----------------------------8204-----200000012a9----3486027205---8--4903003---095078-728602650---15a---330000000000228302000532790062620060023002--607010000000015208----64401430050002000100444---------------------------------------------------------------------- >P1;d1xfka- -----9082761885ab943200320551818604838600000001001007----139443104700530172-0053-507-----------16120010720609c-------------56059004---60051036003-4020000000000010001000210454a3960400000001301054182a969351000000000152067-----3---------------------a080----200000015a3----0787008206---8--0a02101---164058a239813450360066--052000000000024a501001621a60064a404300830161-362010000000016407----84500510060023001100511457------------------------------------------------------------------- >P1;d2ef5a- -------------------------------------8-40000002032-------------2045006002805025305------------829280730830819-----------55166017003---50375048168-a0100000000000000000002c8--------6000000002010002--817--4603500000000404---------------7401520-----6206270---0000000--4----1581066109---7--2804103---163087280760063018207---a1300000000002283010057428b00769301400310172--92030000010015506----a340061005000000655ac------------------------------------------------------------------------ >P1;d3gmza- -------------------------------------8220000002014004--------471035007102723017406------------716060430741809827b085266043030005004---200620050074a2000000000000000010005236-------7000000002000000--540960101400000005407b-----71-----2b0350b108----2102072---0000001--5----1495068005---5--1903202---1620963916400730173007867010000000000226301001332ab00548201300120261--62010000000016309697127300700020010000534985779--------------------------------------------------------------676a8 >P1;d3lhla- 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_________________________________ ----------*--****-**********---*********EEEEE**CCC***----*--CCCCHHHHHHHHHHH-HH*C*******************EEEEEEC**C****************HHHHHH---*HHHHHHHH**CCC*EE*E*CCHHHHHHHHHHHH*****----**C*EEEEECCCCCCCCC*****C*CCCCCCHHHHHHH****------*-----**********----*******-**EEEEEEC***----CC*HH*****---H**CCCEEEE---HHH*HH**HHHHHHHHHHH******C*EEEEEEHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH****C*EEEEEEECCC***CC----**HHHHHHHHHHHHHHHHH*******------------------------------------------------------------------- Structural block scores 0 9 - 4.7 H 75.0 75.0 55.6 40.1 75.0 75.0 75.0 6.1 75.0 75.0 68.8 75.0 75.0 75.0 75.0 11 12 - 4.2 M 75.0 4.5 4.0 4.5 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 13 16 * 4.0 M 75.0 7.5 6.2 8.8 75.0 75.0 75.0 7.4 58.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.5 18 27 * 3.5 M 75.0 3.1 2.9 2.4 75.0 75.0 75.0 2.3 7.5 75.0 3.4 75.0 75.0 75.0 3.1 28 30 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 3.3 75.0 75.0 75.0 7.3 1.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 31 39 * 3.2 M 67.6 43.7 12.3 4.8 59.7 51.3 28.3 27.9 5.2 75.0 20.7 67.0 36.8 59.9 12.4 40 44 E 4.8 H 0.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.2 0.0 0.0 0.4 0.0 0.0 0.0 45 46 * 1.6 P 37.5 1.0 1.0 0.5 1.0 1.0 1.5 1.0 1.0 2.0 1.0 37.5 0.5 38.5 0.0 47 49 C 4.4 M 28.3 1.7 1.3 0.3 1.7 1.7 2.0 0.7 1.3 4.0 3.0 30.0 0.3 29.3 0.7 50 52 * 1.6 P 3.3 2.0 2.0 2.3 75.0 1.3 2.7 2.3 3.7 6.0 1.0 2.7 1.3 2.7 53.8 53 56 - 4.5 M 2.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 19.8 75.0 1.8 75.0 58 59 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.8 75.0 75.0 7.0 75.0 60 63 C 4.6 H 2.5 4.5 3.8 3.0 56.8 21.8 5.1 4.8 3.2 38.0 3.2 5.2 21.5 3.5 5.9 64 74 H 4.6 H 1.0 2.6 2.3 2.6 2.3 2.5 9.8 3.0 2.2 2.3 2.5 1.2 1.7 2.3 3.2 76 77 H 4.5 M 3.5 1.0 0.0 0.0 1.0 0.5 5.5 1.0 4.0 2.5 2.5 1.5 2.0 3.5 1.5 80 98 * 3.0 P 49.5 20.2 12.6 48.5 49.2 48.7 19.0 14.3 22.6 38.3 15.1 52.3 48.8 48.9 7.1 99 104 E 4.5 M 3.8 1.2 1.2 1.7 3.5 3.0 3.5 1.3 2.2 2.7 2.5 3.5 15.5 3.2 0.8 106 107 * 2.8 P 41.0 75.0 75.0 3.0 4.5 4.0 5.8 75.0 3.5 2.5 4.0 41.0 5.0 41.0 75.0 109 124 * 3.3 M 7.2 52.8 53.2 62.4 53.0 4.1 62.6 53.1 70.7 30.8 70.7 8.0 4.9 8.2 52.9 125 130 H 4.9 H 2.7 3.7 3.7 3.0 1.8 1.5 3.8 3.3 3.2 1.8 4.0 3.1 2.2 3.7 14.8 131 133 - 4.5 M 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 52.0 75.0 28.3 75.0 28.7 75.0 135 142 H 4.7 H 4.8 3.8 1.9 1.9 3.5 1.6 2.2 2.8 12.8 2.1 2.5 57.6 2.2 13.0 2.6 143 144 * 1.0 P 1.0 4.5 5.5 1.5 7.0 3.5 2.5 5.5 4.0 2.5 2.0 2.0 2.0 3.5 3.5 145 147 C 4.6 H 2.7 26.7 2.3 26.3 28.5 5.5 3.7 3.7 6.5 5.8 3.7 30.2 5.0 4.7 3.7 149 150 E 4.5 M 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 0.0 0.0 0.0 154 155 C 4.8 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 3.0 0.0 2.0 0.0 156 167 H 4.8 H 0.5 0.1 0.6 0.2 0.0 0.1 0.5 0.8 0.7 0.3 0.3 0.7 0.0 0.3 0.2 168 172 * 2.3 P 1.0 47.2 33.2 2.4 34.5 18.2 19.0 61.0 61.8 16.8 17.6 1.2 4.4 1.4 19.0 173 176 - 4.2 M 5.0 75.0 75.0 6.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.8 75.0 2.8 75.0 177 178 * 3.9 M 75.0 75.0 75.0 3.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 40.0 2.0 4.5 3.5 75.0 181 185 E 4.8 H 0.0 0.0 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7.8 8.5 6.0 6.0 5.0 8.0 2.0 5.5 301 302 * 2.0 P 0.0 5.5 41.0 6.2 5.0 6.0 75.0 40.5 6.0 40.5 39.5 1.0 5.0 0.0 5.0 303 313 H 4.6 H 2.0 10.4 23.1 3.8 3.0 2.9 36.0 10.6 3.3 3.4 16.3 2.3 3.3 1.6 3.8 314 319 * 2.8 P 4.2 40.2 40.2 27.0 40.4 4.7 75.0 39.9 75.0 27.5 16.1 3.3 27.7 2.5 40.8 322 327 E 4.9 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 328 330 H 4.5 M 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 331 348 C 4.9 H 26.1 2.6 2.7 3.1 3.4 2.8 3.0 3.0 2.5 2.5 2.3 26.3 2.8 27.1 3.1 349 360 H 4.8 H 1.1 8.1 1.8 3.1 2.3 1.9 2.6 8.3 1.8 2.3 1.6 1.6 2.1 1.2 2.5 361 364 * 2.8 P 21.2 57.2 39.5 21.2 39.8 39.2 3.2 41.5 38.5 2.8 39.0 22.9 39.2 4.0 57.8 367 373 E 4.7 H 0.6 0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.0 0.1 0.4 0.6 0.4 0.0 0.1 0.4 0.0 374 376 C 5.0 H 0.7 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.3 0.3 0.0 1.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.3 377 379 * 1.7 P 50.0 4.3 2.7 3.7 3.7 3.3 3.3 3.3 3.7 3.3 1.7 51.7 2.7 51.3 5.0 380 381 C 4.5 M 75.0 37.5 4.0 3.5 3.0 4.5 5.2 5.8 7.2 3.5 3.5 75.0 2.5 75.0 3.5 382 385 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 23.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 386 387 * 2.9 P 75.0 6.8 5.0 6.0 6.8 4.5 7.0 3.5 75.0 41.0 41.5 75.0 41.0 75.0 7.8 388 404 H 4.7 H 9.1 1.1 1.2 1.4 1.9 1.2 1.1 1.1 1.5 2.1 0.9 9.2 2.4 9.9 0.6 405 411 * 2.6 P 4.8 33.3 33.9 3.3 56.9 7.0 23.7 15.4 24.7 55.1 33.9 4.8 75.0 5.2 33.4 412 478 - 4.6 H 20.4 75.0 75.0 75.0 75.0 70.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 27.6 75.0 46.2 75.0 >>>>>>