Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1pkxa1 ------CCEEEEECC--CC-CCCCCHHHHHCC--CCEEEECHHHHHHHHCC-CCCCEEHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCC-CHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >P1;d1t36a2 CCCCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCEEEECHHHHHHHHHC-CCCCEECCCCCC----------CC-CCHHHHHHC--------------CCCCEEEECCCC---------------HHHHHH-HHHHHHHHHHC--CCEEECCHHHHHHHHHHCC---------------CCCCCCCCCHHHHHHCC---C--- >P1;d1vmda1 ----CCCCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCEEEECHHHHHHHHHHHCC-CEECCCHHH----------CHHHHHHHHHHC--------------CCCCEEEEECCCC------------CCCCCCCC-C-CHHHHHHHC--CCCEECCHHHHHHHHHCHHHHCCCCC--------CCCC----HHHHHHHHC---CCCC >P1;d1zcza1 -------CEEEEECC--CCHHHHHHHHHHHHC--CCEEEECCCCC-CCHHH-CC-CEEHHHHCCCCCHHHHCC-CCCHHHHHHHHCC------------CCCCCEEEECCCCC----------------CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEECC----HHHHHHHHHCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---- >P1;d2xw6a1 ------CCEEEEEECHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCCEEECHHHHHHHHHHHCCCCEECCCHHH----------CHHHHHHHHHHC--------------CCEEEEEEECCCC------------CCCCCCCC-CHHHHHHHHHH--CCCEECCHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-------------------------------- PSA >P1;d1pkxa1 ------731000103--63-8a0400640482--b0600005900730472-a0a04203510a78356c36420326001400416948725751874a22020000103507921759c1639604532072114005100702720000052-20a800730584a20749105500830463078177316312674679b >P1;d1t36a2 d651557510000049a01a503600540492--90700006501630383-918045034483----------87-510311047--------------94020000015a---------------786357-26402700863--8022147097016107708---------------85a977a357a757877---a--- >P1;d1vmda1 ----285030000004621a3016003824c207603010016004303751a1-064163038----------602940261036--------------9601000003058------------644b6018-2-705720824--503103638405920848605691a2--------9467----486466675---9988 >P1;d1zcza1 -------64000206--538601900460577--90501036b00-10683-a0-05314711c837888683-3318502810358------------90403000010548----------------8337111300510082265000004----37006301727--76a2165019304740871765075379aa---- >P1;d2xw6a1 ------5510000005521950140055238202103000004004403730909053062038----------501750261036--------------8500000003049------------83685017-07604820764--a04003628403710640572b8066-------------------------------- Translating the sequences ------CCEEEEECC--**-*****HHHHH**--CCEEEECHHHHHHHH**-CCCCEE***HHC**********CC*HHHHHHHHC**************CC**EEEECCCC*****************CCCC*HHHHHHHHHHC**CCEEECC*-*HHHHHHHHHHCCCCC*****************HHHHHHHH******** ******CCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCEEEECHHHHHHHHH*-CCCCEECCC**C----------CC-**HHHHHHC--------------CCCCEEEECCCC---------------******-HHHHHHHHHHC--CCEEECCHHHHHHHHHH**---------------*********HHHHHH**---*--- ----**CCEEEEE*CHHHHHHHHHHHHH*HHH**CCEEEECHHHHHHHHHH*CC-CEECCCHH*----------C**HHHHHHHHC--------------CCCCEEEE*CCCC------------****CCCC-*-*HHHHHHHC--CC*EECCHHHHHHHHH*HHH*CCCC*--------****----HHHHHHHH*---**** -------CEEEEECC--**HHHHHHHHHHHH*--CCEEEEC****-**HHH-CC-CEE***H*C*********-CC*HHHHHHHHC*------------*CCCCEEEECCCCC----------------CCCC*HHHHHHHHHHC**CCEEECC----HHHHHHHHHCC--C*****************HHHHHHHH****---- ------CCEEEEE*CHHHHHHHHHHHHH*HHH**CC*EEECHHHHHHHHHH*CCCCEECCCHH*----------C**HHHHHHHHC--------------CC**EEEE*CCCC------------****CCCC-*HHHHHHHHH*--CC*EECCHHHHHHHHHHHH*CCCCC*-------------------------------- 52335.tem _________________________________ ------CCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCEEEECHHHHHHHHHH-CCCCEECCCHHC----------CC*HHHHHHHHC--------------CCCCEEEECCCCC------------****CCCC-HHHHHHHHHHC--CCEEECCHHHHHHHHHHHHHCCCCC*--------********HHHHHHHH*---*--- Structural block scores 0 5 - 4.3 M 75.0 5.9 51.7 75.0 75.0 6 7 C 4.8 H 5.0 6.0 2.5 40.5 5.0 8 12 E 5.0 H 0.4 0.2 0.6 1.2 0.2 13 14 C 4.4 M 1.5 2.0 0.0 3.0 0.0 15 31 H 4.4 M 16.5 4.1 3.8 12.4 3.4 32 33 - 3.8 M 75.0 75.0 3.5 75.0 1.0 34 35 C 5.0 H 5.8 4.5 3.0 4.5 0.5 36 39 E 4.9 H 1.5 1.8 1.0 1.5 0.8 41 50 H 4.5 M 3.7 3.5 2.9 11.1 2.5 52 55 C 4.8 H 5.2 4.5 21.6 21.4 4.5 56 57 E 5.0 H 3.0 4.5 5.0 4.0 4.0 58 60 C 3.8 M 2.7 2.3 3.3 4.0 2.7 61 62 H 4.2 M 0.5 6.0 1.5 1.0 1.5 64 73 - 3.9 M 5.7 75.0 75.0 13.4 75.0 74 75 C 4.4 M 1.5 7.5 3.0 3.0 2.5 77 84 H 4.9 H 1.9 1.9 3.1 3.4 3.0 86 99 - 4.4 M 6.0 75.0 75.0 65.5 75.0 100 103 C 4.4 M 1.5 3.8 4.0 1.8 3.2 104 107 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 108 112 C 4.6 H 1.8 18.3 3.2 3.6 3.2 113 124 - 4.5 M 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 125 128 * 2.5 P 3.8 41.2 6.4 75.0 6.2 129 132 C 4.5 M 3.0 5.2 3.8 5.2 3.2 134 143 H 4.8 H 1.9 3.5 10.8 1.9 4.0 145 146 - 3.8 M 4.5 75.0 75.0 4.0 75.0 147 148 C 5.0 H 1.0 4.0 2.5 2.5 5.2 149 151 E 4.6 H 0.0 1.7 1.3 0.0 1.3 152 153 C 5.0 H 2.5 5.5 4.5 2.0 4.5 154 166 H 4.6 H 9.3 9.3 4.4 25.2 3.6 167 171 C 4.3 M 4.7 75.0 6.3 33.2 5.5 173 180 - 3.8 M 3.5 75.0 75.0 4.3 75.0 181 188 * 2.5 P 3.9 7.5 40.8 4.1 75.0 189 196 H 4.4 M 3.6 7.1 5.9 4.2 75.0 198 200 - 3.8 M 5.7 75.0 75.0 10.0 75.0 202 204 - 3.8 M 9.2 75.0 8.3 75.0 75.0 >>>>>>