Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1i7qb- --------------CEEEEEECCCC----------------CHHHHHHHHHHCC-----CEEEEEECC---------------------------------CCHHHHHHHHHHC--------CCEEEEECCCCCCHHH------CC--CHHHHHHHHCC-CCCEEEEC-HHHHHHHH--HC-------------CCEEEEEE----EEEEEEEEEEEECC---CHHHCCCCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCEEEEEEC--CEEEEEEECCCCEEEECCCCCCC------CCCCHHHHHHHHHHHHHC-----------------------------C >P1;d1ka9h- --------------CEEEEECCCCC----------------CHHHHHHHHHHCC-----CEEEEEC------------------------------------CCCCCC--------------CCCEEEECCCCCHHHHC----CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEECC-HHHHCCCCEECCCCC-CCCCC--CCCCEEEECCCC--CCCEEEEEECEEC-----HHHHHHC-CCEEEEEECEECCCC-CCCCEEEEECCEEEEEEEEC--CCEEEECCCCCCC-------HHHHHHHHHHHHHHC-------------------------------- >P1;d1kwga3 ---------CCCCCCEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCEEEECCC--------------------------------C----------CCC--------CCCEEEECCCCCCC-----------HHHHHHHHCC---CCCEEECC-CCCCCC-CCCCCCCCCCCHHHHHCCCCEEEEEEECCC----CCCEEEEE-------------CCEEEEECCEEEEEECC--CCCCEEECC-CCEEEEEE--CCEEEECCCCC---------HHHHHHHHHHHHHHCCCC----------------------------- >P1;d1qdlb- -------------CCEEEEEECCCC----------------CHHHHHHHHHHCC-----CEEEEEECC--------------------------------CCCHHHHHHH------------CCCEEEECCCCCCCCCH---HHHC--CHHHHHHHHCC-CCCEEEEC-HHHHHHHH--HC-------------CCEEEEEE----EEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEECCCCEEEECCCCCCC------CCCCHHHHHHHHHHHC-------------------------------- >P1;d1sy7a1 ----------CCCCEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCC---CCEECCC-------------CCEECCC--EECCCC------------CHHHCCEEEECCCHHHHHHHHCC-----HHHHHHHHHHHHC-CCEEEEECCHHH-HHH--HHHCCC--------------------------CCCCCC--------------------------------------------CCCCEEEC--CEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCHHHCCC------------- >P1;d1wl8a1 --------------CEEEEEECCCC----------------CHHHHHHHHHHCC-----CEEEEEECC---------------------------------CCHHHHHHC------------CCCEEEECCCCCC-------CCCC--CHHHHHHCHHHCCCCEEEEC-HHHHHHHH--HH-------------CCEEEECC----CCCC-EEEEEEECC--C--CCCCCCCEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEC--CCCCEEEECCCCEEEECCCCCCC------CCCCHHHHHHHHHH-HHCC----------------------------- >P1;d1zl0a2 CCCCCCCCCCCCCCEEEEECCC--------CCC----C-HHHHHHHHHHHHH---CC--CCEEECC-------------CCCCCCC------------CCCCCHHHHHHHHHHHH----HCCCEEEEEECCCCCCHHHHCC------CCCHHHHHHCC---CCCEEECHHHHH-HHH--HHHHC---------------------------CCCEEECCCHHHHHCC--------------------------------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---------------------------- >P1;d2ab0a1 ------------CCEEEEEECC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCCCCCCEEECCC-------------CCEEECC--EEHHHHC--C--------C--CCCEEEECCCHHHHHHHHHC-----HHHHHHHHHHHHC-CCEEEEECCHHHHHCC--CCCCCC--------------------------CCCCCCC-HHHHHHCCC---------------------CCCC-C-------CCEEEECCCCEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCC------ >P1;d2fexa1 -------------CEEEEECCC-------------CCC-CCCCHHHHHHHHH--HCC--CEEEEEEC----CCCEECCCC--------------EECCC--EEHHHCCCC------------CCCEEEECCCC-CCCCC------CCCCCHHHHHHHHHC-CCEEEEECHHHH-HHH--HCCCCC--------------------------CCCCCCCCHHHHHCCCCCCCH---------------HHCCC---------CCCCEEE--CCEEEEC---C----------CCHHHHHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHH-------------CCC >P1;d2nv0a- -------------CCEEEEECC-CC----------------CCHHHHHHHHHCC-----CEEEEEC------------------------------------CHHHHH--------------HCCEEEECCC-CHHHHC----CCCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEEC-HHHHHHCCCCC------CCCC--CCCEEEEC-CCCCC--CCEEEEEECCC---------CCCCCEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEECC--EEEEEEE--CCEEEECCCCCCC-------C--CCHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------- >P1;d2rk3a- -----------CCCEEEEEECC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECC--CCCCEECCC-------------CCEECCC--EEHHHHH--C-------CC--CCCEEEECCCHHHHHHHHHC-----HHHHHHHHHHHHC-CCEEEEECCCHH-HHH--HCCCCC--------------------------CCEECCC-HHHHHHHCC-C-----------------CCCEEC-C-------CCEEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHHH--CHHHHHHHHHHHCC--------------- >P1;d2vpia1 -------------CCCEEEEECCCC----------------CCHHHHHHHHHCC-----CCEEECCCC---------------------------------CCHHHHHHH------------CCCEEEEEEC-------------C--CCHHHHCC----CCCEEEEE-HHHHHHHH--HC-------------CCCEEEEE----ECCC-EEEEEEECC--CCHHHCCCCCEEEEEECCEEEECCCCCCCEEEEEEC--CEEEEEEECCCCEEEECCCCCCC------CCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCC-----------------------CC >P1;d2vrna- C---------CCCCEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCC---CCEEEEECCC--------EEEEEE-CC--EEHHHC------------CHHHCCEEEECCCCHHHHHHCCC-----CCCC-CHHHHHHC-CCCEEEC-CCCH-HHH--HCCCCC--------------------------CCEECCC-HHHHHHHHH-------------------CCCEECC--------CCCEEEC--CEEECCC-------------CCHHHHHC-CHHHHHH------------------------CCCCCC >P1;d3l18a1 -------------CEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEEC--CC-EEEECCC-------------CCEEEEC--EEHHHC------------CHHHCCEEEECCC-CHHHHHCCC-----HHHHHHHHHHHHC-CCCEEEECCCHH-HHH--HCCCCC--------------------------CCEECCC-HHHHHHHHH-------------------CCCEECC--------CCCEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHCC------------------------------- >P1;d3l3ba- -------------CEEEEECCC--------CCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECC---CCCCEEECC--------------CEEECCCCCHHHHHHHHCCCCEEECCCCCCCEEEECCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHC--CCEEEECCHHH-HHH--HH-HCC--------------------------CCCCEE-CCCCCC-----------------------CCCEEC------CCCCCCEEECCCCEEEECHHHC----------CCHHHHHHHHHHHHH-----HHHHHC-------------------- >P1;d3mgka- ------------CEEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHCC---CCCCEEEEEECC---CCEEEECCC-------------CCEEEE---CCCC-------------CCCCCEEEEEECCCC-HHHHHCCC-----HHHHHHHHHHHHHC-CEEEECCCHHH-HHH--HCCCCC--------------------------CCEECCC-CCCHHHHHCCC-----------------CCCEECCC-------CCEEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHHH--CHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHCCC >P1;d3ttva2 ----------CCCCEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCC---CEEECCC-------------CCEEECC--EECCCC------------CHHHCCEEEECC---CHHHCCCC-----HHHHHHHHHHHHC-CCCEEEEHHHHH-HHH---HHCCC--------------------------C-----------------------------------------------------CCCC--CEEEEC-----------CCC---HHHHHHHHHHHHCCCCHHHHH--HHCCCCC------------- >P1;d4gdha- -------------CCEEEEEEC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CCEEEEEECCCCCCEEECCC-------------CCEEECC--EEHHHCCCHH-------HHHHHCCEEEECCCHHHHHHHHCC-----HHHHHHHHHHCCCCCCEEEEC-CCCH-HHH--HCCCCC--------------------------C-EECCC-HHHHHHHHH-C-----------------C-CEEC-C-------CCEEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHHHHHHHCCCC-------------- >P1;d4guda1 --------------CCEEEECCCCC----------------CHHHHHHHHHHCC-----CCEEEEC------------------------------------CHHHHH--------------HCCEEEECCCCCCCCCC----HHHHCCCHHHHHHC---CCCEEEEC-CC-CCCCCEECCCCCCEECCC--CCCCEEEECCCCCCCCCE-EEECCEEC--CCCHHHCCCCCCCCEEEEECEECCC--CCEEEEEEC-CCEEEEEEEE--CCEEEECCCHHHC-------HHHHHHHHHHHHC---------------------------------- >P1;d4k2ha- ------------CCEEEEEECC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCC--CCEEECCC-------------CCEEECC--EEHHHCC--C--------C--CCCEEEECCCHHHHHHHHCC-----HHHHHHHHHHHHC-CCEEEECCCHHHHCCH--HHCCCC--------------------------CCEECCC-CCHHHHCC---------------------CCEEC-C-------CCEEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHCCCCC------------- >P1;d4ogga1 -----------CCCEEEEECCC-------------CEE-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEECCCCCCCCEECEEEEECCCCCCCEEEECCCEECC--CCHHHC------------CHHHCCEEEECCC-CHHHHHCCC-----HHHHHHHHHHHHC-CCCEEEC-CCHH-HHH--HCCCCC--------------------------CCEECCC-HHHHHHHHH-------------------CCCEECCC----CCCCCEEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHCC------------------------------- >P1;d4xlla- ------------CCEEEEEECC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCC--CCEEECCC-------------CCEEECC--EEHHHHC--C--------C--CCCEEEECCCCCHHHHHHHC-----HHHHHHHHHHHHC-CCEEEEC-CHHHHCCC--CCCCCC--------------------------CCCCCCC-HHHHHHCC--------------------HHH-CC-C-------CCEEEEC--CEEEECC------------HHHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHHHHHHHHCCCC------------- >P1;d4y1ra1 ------------CCEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEEC--CCCCEEECCC-------------CCEEECC--EECCCC------------CHHHCCEEEECCC-CHHHHHCCCCC---CHHHHHHHHHHHC-CCCEEEC-CCHH-HHH--CCCCCC--------------------------CCEECCC-HHHHHHHHH-------------------CCCEECC--------CCCEEEC--CEEECCC------------HHHHHHHHHHHHHHHC------------------------------- >P1;d6lfka2 ----------CCCCEEEEECCC-------------CCC-HHHHHHHHHHHHH---CC--CEEEEEECCC---CEEECCC-------------CCEEECC--EECCCC------------CHHHCCEEEECCCHHHHHHHHCC-----HHHHHHHHHHHHC-CCEEEEECCHHH-HHH---CCCCC--------------------------------------------------------------------------------CCCC--CEEEEC-----------CH----HHHHHHHHHHHCCCCCHHHHH--HHCCCCC------------- >P1;d7ac8b- ---------C---CEEEEEECCCCC----------------CCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEC------------------------------------CCCC-C--------------CCCEEEECCCCCHHHHH---HHHHHCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEC-HHHHHCCCCCCCCCC-CCCCC--CCCCEEEECCCC--CCCEEEEEEEEEC-----CCCC--C--EEEEEEECEEEECCHHHEEEEEEECCEEEEEEEEE--CCEEEECCCHHHC-------HHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------------ PSA >P1;d1i7qb- --------------02000000519----------------306600920576a-----280212509---------------------------------4a09502630870--------85100000006b4058------16--10230075023-71200000-00000003--20-------------9070880c----84253720507044---6600690745040002031106802b50520064d--9110001058210000000001a------307607500820071037-----------------------------9 >P1;d1ka9h- --------------23000030720----------------4186015105606-----0701418------------------------------------736356--------------a0500000058501601----3078260271056009684000000-00000006202207b-49002--205640440656--a140645230707-----9505604-856020202110340-63030436159250000002--9400000000040-------a80043005204820-------------------------------- >P1;d1kwga3 ---------ba940300001182037008744618506077018103510683a-----080351621--------------------------------3----------807--------20200000000004-----------6801510370---41100000-000103-683860844100301710404036332167----a5532046-------------b2460501200030707--191503055-83000025--b4000000102---------680046004501762a19----------------------------- >P1;d1qdlb- -------------74100000041a----------------3075019104709-----051313406--------------------------------5172750583------------80500000007620466---9201--00130046104-81100001-00000003--01-------------80603805----75153630303042b8814006806840600030420037068304200203507010001037220000000001b------4093044004000431-------------------------------- >P1;d1sy7a1 ----------078350000003-------------103-3701720381057---26--0411000145---8604065-------------8633604--340662------------30450200000027701750473-----9202200310003-000000025004-003--800708--------------------------507207--------------------------------------------73613412--000003424981185a26238a0900002002102642367057550274093------------- >P1;d1wl8a1 --------------11000020727----------------1074046104818-----070610707---------------------------------151870282------------9050000010652-------a503--304500531a4081100002-00000004--31-------------80606709----6582-333403033--5--008a0566050201241103720670520050a--7500003159330100000000b------60440440051004-4086----------------------------- >P1;d1zl0a2 777447480270a630000000--------110----6-6920550054057---3a--0613209-------------2042556------------70004474014002400----4186040000050760043037------70519404817---802000552055-018--10981---------------------------a14116221002004a--------------------------------------------------------64b58972562404005001513845---------------------------- >P1;d2ab0a1 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55 56 * 2.6 P 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 6.8 4.5 5.8 75.0 5.2 75.0 4.0 6.8 6.2 4.5 5.5 4.5 75.0 4.5 7.0 4.5 5.5 3.5 5.5 57 58 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 10.5 60 64 E 4.9 H 2.6 2.6 3.4 2.6 1.2 2.8 2.4 2.0 2.0 2.0 1.6 3.2 1.8 2.0 3.2 2.4 2.2 1.4 3.7 2.0 1.4 1.6 1.8 1.8 3.0 67 68 * 3.3 M 42.0 75.0 38.0 40.5 4.5 41.0 75.0 3.0 75.0 75.0 42.8 41.5 7.0 75.0 40.5 75.0 5.0 6.0 75.0 7.5 7.2 5.2 75.0 6.0 75.0 69 70 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.2 75.0 75.0 40.0 75.0 75.0 7.5 75.0 42.8 75.0 6.5 75.0 75.0 5.5 75.0 5.5 75.0 75.0 71 78 * 3.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 13.0 75.0 75.0 3.8 4.6 75.0 4.2 75.0 12.6 13.4 3.5 2.8 13.3 3.8 75.0 3.9 2.6 3.9 4.0 12.5 75.0 79 91 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 36.5 75.0 69.8 75.0 75.0 75.0 48.9 75.0 70.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.2 75.0 75.0 75.0 75.0 92 98 * 3.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 65.3 5.0 24.6 75.0 4.6 75.0 13.9 4.9 26.5 14.1 4.3 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H 75.0 75.0 75.0 75.0 5.4 75.0 7.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 63.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 63.8 75.0 289 292 * 2.3 P 4.0 23.4 22.2 4.0 5.9 3.5 5.0 22.9 40.0 58.2 22.6 4.5 40.4 21.5 40.2 21.0 39.0 22.9 23.5 24.1 20.5 21.8 22.1 56.2 23.5 293 303 H 4.9 H 2.7 2.5 3.0 1.7 1.3 8.5 1.9 0.7 1.7 1.7 1.7 1.9 9.5 2.1 2.5 0.8 10.8 1.6 8.6 1.1 3.0 1.3 2.8 9.8 1.8 304 322 * 3.4 M 63.7 71.1 60.4 71.1 3.9 60.2 56.4 11.4 15.8 45.7 16.0 44.9 63.5 67.5 44.5 11.5 12.1 12.5 75.0 8.4 67.6 11.7 67.4 12.2 63.8 323 336 - 4.7 H 70.3 75.0 75.0 75.0 69.9 75.0 75.0 35.6 60.8 75.0 75.0 65.8 44.9 75.0 75.0 4.3 69.7 75.0 75.0 69.8 75.0 69.8 75.0 69.7 75.0 >>>>>>