Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1dxya2 --------------------------------------------------------------------------CEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHC-CEEEECC--CCCCCC--HHHHHCCCCEEEECCCC---CCCHHHHHHH--HHCCCCEEEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCC------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HC------------CCCCEE-CC------------------------------- >P1;d1gdha2 ---------------------------------------------------------------------------CEEECCC---CCHHHHHHHHC--CCCEEECCCCCCCCHH--HHCCC-CCCEEEEEC-------CCCCCCCC--C---CCCEEEECCCCCCCC----CCCC-CCCCCEECCCCCC------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CC------------CCCCEE-E-------------------------------- >P1;d1j4aa2 --------------------------------------------------------------------------CEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECC--CCCCCC--CHHHHCCCCEEEECCCC---CCCHHHHHHH--HHCCCCEEEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCC-C---------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CC------------CCCCCC-CC------------------------------- >P1;d1l7da2 --------------------------------CEEEECCCCCC-----CCCCCC-CCHHHHHHHHHC------CCEEEEECCCCHHHCCCHHHHHHCC-CEEEC-----------CHHHHHCCCCEEEEEECCCCHHHCCCHHHHCCC-----CCEEEEECCHHHCH--HHHHHHHHCCCEEEEHHHCCCCHHHH-----HH---CHH--HHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC------CCCCCHHHHHHEEEECC-------EECCC-------------------- >P1;d1li4a2 ------------------------------CCCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCC-CEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCEEECCCCCHHHHHHHHHCCCEECCEECCEEEECCCHHHHHHHHHCHHHHHHCCEEEECCHHHHHHHCCHHHCCCCCEEEECCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCEEECCCHHHHHHHHHHH---HCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d1mx3a2 --------------------------------------------------------------------------CEEEECCC--CCCCCCHHHHCC-C-CEEEECC--CC-CHHHCCHHHHHHEEEEEECCCC---CCCHHHHCCC--C--CCCEEEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCCCC---------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CC-CC--------CCCCCCC-C-------------------------------- >P1;d1qp8a2 ---------------------------------------------------------------------------CEECCCC---CCHHHHHHHHC--CCCEECC-------------CCCCCCCCCCCC------CCCHHHHHCC-----CCCCEECCCCCCCCCC----CCCCCC-CCCEECCCCCCCC--------------------------CCHHHHH--CCCHHHHHHHHHC------CC------------CCCCCC-CHHHCC--------------------------- >P1;d1saya2 --------------------------------CEEEECCCCCC-----CCCCCC-CCHHHHHHHHCC------CCEEEEECCCCHHHCCCHHHHHHHC-CEEEC-----------CHHHHHC-CCEEECCCCCC-H----HHHHHCCC-----CCEEEECCCHHHCH--HHHHHHHHHCCEEEEHHHCCCCCC-------CC---CCC--HHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHH------HHHHCHHHHHHEEEECC-------EECCHHHHCCCCCCC---------- >P1;d1sc6a2 ----------------------------------------------------------------------CCCCCCEEECCC---CCHHHHHHHHHCCCCCEEECC--CCCCHH-HHHHHCCCCCEEEECCCC---CCCHHHHHHC--C--CCCEEEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCCEECCCCC-C----------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HC------------CCCCCC-C-------------------------------- >P1;d1ygya2 ------------------------------------------------------------------------CCCEEEECCC---CCHHHHCCCC--CCCEEEECC--CC-CHH-HHHHHHHHCCEEEECCCC---CCCHHHHHCC--C--CCCEEEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCCC----------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CC------------CCCCCC-CC--C---------------------------- >P1;d2naca2 CEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----------CCCCC------------------CCCCCCCCCCCCCCCC--CCHHHCHHHHHHCC-CEEEEEC--CCCCCCCHHHHHHCCCCEEEECCCCCC-CCCHHHHHHC--C--CCCEEEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEEECCCCCCC---------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCCCC--------HHHEEEE-CC--EEC-------------------------- PSA >P1;d1dxya2 --------------------------------------------------------------------------260000006a8037106503853a-1705328--65065a--105407a15000000a5---7055400630--662907100003591c304----2a00972a030010493------------------------------a98324210250061021015------76------------809222-78------------------------------- >P1;d1gdha2 ---------------------------------------------------------------------------5000023---02a40173059--418041285a760749--50330-804000006-------50030903--9---60000010765b106----1b30-93c0500002658------------------------------79362510400040042238------a7------------a05241-2-------------------------------- >P1;d1j4aa2 --------------------------------------------------------------------------32000010384034106503763890605318--650339--107407b0500002095---6033700420--261a04200001593a204----3a20771a0600103934-7---------------------------798004200240030011014------a6------------a06450-a1------------------------------- >P1;d1l7da2 --------------------------------21000040419-----b06200-0036006604a2------a060100530085080839406707-06117-----------53460067040000033011696b631043036-----40200040508838--60063028260000001201938908-----71---206--7218927-157003500400030044014a8606------066b4700740000271-------75258-------------------- >P1;d1li4a2 ------------------------------c4573404649419704720690294020025018724a7510b020000040211000001004302-0500000062730421000000639120001640689414300310050a654010000040500510067239108a04000003680074040488b505010000040201455881221000000001001001344a507410260415302504610---2935949696278950894a36360433598494 >P1;d1mx3a2 --------------------------------------------------------------------------50000003--75182056109a-1-0804505--09-5295058701460300003760---6064810440--7--407000003683a104----3900553a010000480598---------------------------67a134611320030042017------47-15--------7406402-9-------------------------------- >P1;d1qp8a2 ---------------------------------------------------------------------------201021b---01861275066--3170147-------------c90370500002------6064820866-----5150000023809201----093047-70400004b1548--------------------------a499436--6040071014315------98------------919440-627639--------------------------- >P1;d1saya2 --------------------------------2300004044a-----715200-001a00740363------a040101350054081538406716-06117-----------5483003-16000002102-7----801b2056-----a0000000605844--800300181001000012013898-------53---204--6018837-3650033009302510230054-448------00961900450100365-------804167038316716---------- >P1;d1sc6a2 ----------------------------------------------------------------------579711000001---027300720483706503128--720899-504710650100003890---8066800540--8--504000003871b104----3900383a010010290-7----------------------------787214600520051005213------66------------459312-1-------------------------------- >P1;d1ygya2 ------------------------------------------------------------------------b631000009---0669108407--a80523316--04-53a-602840360100003660---6057700640--5--606000102672b105----2a2047470200103908a----------------------------488236600430050041015------a6------------904422-1a--1---------------------------- >P1;d2naca2 31000002723b9822992a6b816a49507b-----------72620------------------6066330742310003--4020303810575a-1602011--60777a030161056010000023410-5044810750--6--405000000380b004----37202737010010330253---------------------------944001200100100000214------a4902--------a400204-73--764-------------------------- Translating the sequences --------------------------------------------------------------------------C*EEECCC*****HH*HHHHH**C-CEEEE*C--CC*C**--HHHHH*CCCEEEECCCC---**CHHHHH**--****CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCC------------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C------------******-C*------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------*EEECCC---**HH*HHHHH*--*C*EEE*C**CC*C**--HH***-CCCEEEE*C-------C******C--*---CC*EEE*CCCCCCCC----****-*CCC*EECCCCCC------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C------------******-*-------------------------------- --------------------------------------------------------------------------C*EEECCC*****HH*HHHHH**C*CEEEE*C--CC*C**--*HHHH*CCCEEEECCCC---**CHHHHH**--****CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCC-*---------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C------------******-C*------------------------------- --------------------------------***********-----******-************------*C*EEE*CC********HHHHH**C-CEEE*-----------*HHHHH*CCCEEEE**CC*****C**HHH*C**-----C*EEE**CC***C*--**HHHHHHCCCEEE****CC******-----**---***--*******-*HHHHHHHHHHHHHHHHHH*******------****************C-------*****-------------------- ------------------------------********************************************C*EEE*CC*****HH*HHHHH**C-CEEEE*C**CC*C****HHHHH*CCC*EEECCCC******HHHH**C******CC*EEECCC**********HHHHHHCC*EEECC**********************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************---*C******************************** --------------------------------------------------------------------------C*EEECCC--******HHHH**-C-CEEEE*C--CC-C*****HHHH****EEEECCCC---**CHHHH**C--*--*CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCC**---------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C-**--------*******-C-------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------*EE*CCC---**HH*HHHHH*--*C*EE**-------------****CCC****C------**CHHHHH*C-----*CC*EE*CCCCCCCCC----******-CC*EECCCCCC**--------------------------**HHHHH--***HHHHHHHHH*------*C------------******-C*****--------------------------- --------------------------------***********-----******-************------*C*EEE*CC********HHHHH**C-CEEE*-----------*HHHHH*-CCEEE*CCCC*-*----HHHH*C**-----C*EEE*CCC***C*--**HHHHHH*CCEEE****CC****-------**---***--*******-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-***------****************C-------***************---------- ----------------------------------------------------------------------****C*EEECCC---**HH*HHHHH**C*C*EEE*C--CC*C**-*HHHH**CCCEEEECCCC---**CHHHHH*C--*--*CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCC*EECCCCC-*----------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C------------******-C-------------------------------- ------------------------------------------------------------------------**C*EEECCC---**HH*H****--C*CEEEE*C--CC-C**-*HHHHH**CCEEEECCCC---**CHHHHH*C--*--*CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCC*----------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C------------******-C*--*---------------------------- ********************************-----------*****------------------********C****CCC--***HH*HHHHH**C-CEEEE*C--CC*C****HHHHH*CCCEEEECCCC**-**CHHHHH*C--*--*CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEE*CCCCC**---------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C***--------*******-C*--***-------------------------- 52283.tem _________________________________ ------------------------------------------------------------------*-----**C*EEECCC*****HH*HHHHH**C*CEEEE*C--CC*C**-*HHHHH*CCCEEEECCCC*--**CHHHHH*C--*--*CC*EEECCCCCCCCC----HHHHHHCCCEEECCCCCC**---------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*C-----------*******-C*--*---------------------------- Structural block scores 0 65 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 44.3 36.3 75.0 75.0 44.3 75.0 75.0 35.6 67 71 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 47.4 75.0 3.6 72 73 * 3.5 M 75.0 75.0 75.0 42.8 5.8 75.0 75.0 42.8 8.0 8.8 3.5 76 78 E 4.7 H 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.3 0.3 0.0 0.0 1.3 79 81 C 4.7 H 0.0 1.7 0.3 2.7 1.3 1.0 4.8 3.0 0.3 3.0 1.0 82 86 * 2.4 P 5.5 45.4 3.6 2.6 0.8 32.6 45.2 1.8 45.4 46.2 31.2 87 88 H 4.2 M 4.0 7.2 2.5 4.0 0.0 5.0 7.0 4.5 5.0 7.5 1.5 90 94 H 4.8 H 4.4 3.2 4.2 4.4 1.0 4.2 4.0 4.2 2.6 3.8 3.4 95 96 * 2.1 P 4.0 42.0 4.5 3.5 1.5 42.8 40.5 4.0 5.5 75.0 6.0 100 103 E 4.6 H 3.8 3.2 3.5 3.8 1.2 4.2 3.0 3.8 2.2 3.2 2.0 106 107 - 4.5 M 75.0 7.8 75.0 75.0 3.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 108 109 C 4.5 M 5.5 6.5 5.5 75.0 4.5 4.5 75.0 75.0 4.5 2.0 3.0 112 113 * 2.4 P 7.8 6.5 6.0 75.0 3.0 5.5 75.0 75.0 9.0 6.8 8.8 116 120 H 4.5 M 2.0 2.2 2.4 2.6 0.0 4.2 34.3 3.0 2.4 2.8 1.6 122 124 C 4.6 H 5.5 4.0 5.5 3.7 4.3 3.0 4.0 27.3 2.0 2.3 2.3 125 128 E 4.7 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 129 132 C 4.6 H 3.9 39.0 4.0 1.5 2.8 4.0 56.8 0.8 5.0 3.8 2.2 134 135 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 3.5 8.5 75.0 75.0 41.0 75.0 75.0 37.5 136 137 * 2.0 P 3.5 75.0 3.0 7.5 2.5 3.0 3.0 75.0 4.0 3.0 2.5 139 143 H 4.5 M 3.0 2.4 2.8 2.8 1.4 3.4 4.4 19.1 3.8 4.0 4.0 146 147 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 4.5 2.5 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 149 150 - 4.2 M 4.0 75.0 3.5 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 152 153 C 4.8 H 3.5 3.0 2.0 39.5 0.5 3.5 3.0 42.8 2.0 3.0 2.5 155 157 E 4.9 H 0.0 0.0 0.0 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 158 166 C 4.5 M 4.2 4.2 3.8 4.0 1.7 3.9 2.8 3.0 3.9 3.8 2.9 167 170 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 39.0 3.8 75.0 75.0 39.5 75.0 75.0 75.0 171 176 H 4.5 M 4.8 16.6 4.9 3.2 5.2 3.7 3.8 2.0 3.8 4.2 3.5 177 179 C 4.8 H 4.2 5.2 3.8 2.7 1.3 4.5 27.3 0.3 4.5 3.7 3.3 180 182 E 4.7 H 1.0 1.7 2.0 0.0 0.0 0.3 1.3 0.3 0.3 0.7 0.3 183 188 C 4.4 M 15.3 3.5 3.3 0.7 2.8 2.8 3.6 0.7 14.5 3.5 1.5 189 190 * 2.6 P 75.0 75.0 41.0 6.0 5.5 8.5 6.0 5.5 41.0 42.8 4.0 191 217 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 33.4 3.1 75.0 72.6 38.5 75.0 75.0 75.0 219 237 H 4.9 H 2.5 2.7 1.8 1.9 0.6 2.6 10.9 2.2 2.6 2.7 0.8 239 244 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 17.6 5.1 75.0 75.0 28.3 75.0 75.0 75.0 247 257 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 23.6 2.5 61.9 75.0 22.7 75.0 75.0 55.5 258 264 * 1.6 P 14.0 13.9 14.4 1.9 33.7 3.3 14.6 1.9 14.1 13.7 2.9 268 269 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 7.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 271 298 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 62.6 5.7 75.0 72.6 37.0 75.0 75.0 70.0 >>>>>>