Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1kzyc1 ------------------CHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCC-EECCC---CCCCCCCC-CCEEEEEECC---CC-CCHHHHHHHHH---CCCEEECHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCCCEEEC-----------CCCEEECCCCCC >P1;d1kzyc2 -------------------------------CCCCCCEEEEEECCC-CCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHCCEEEECC-----CCCHHHHHHHHHH---CCCEECHHHHHHHHHHCCCCCCC--------------CCHHHCCCCCCC------- >P1;d1t15a1 -----------------------------------CCEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHHCC-EECCC---CCC------CCCEEEECCCCCCEECCCHHHHHHHHC---CCEEEECHHHHHHHHCCCCCCHHHHCCCEECCCCCCCCHHHHHHCCC--------C >P1;d1t15a2 ------------------------------CCCCCCCEEEECCCCCC-CCHHHHHHHHHHCCC-EECCC---HHHCCCCCCCCEEEEECH--HHC----CCCCCCCCCC--CCCEEEHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCC------------------------- >P1;d1wf6a1 CCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCHHHCCCCCCCCCCCEEEEEC-CCC-HHHHHHHHHHHHCCC-EECCC---CCC------CCCEEEECC---CC----HHHHHHHCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCC----------------------------- >P1;d2ebua1 ------------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCC-CCCHHHHHHHHHHCCC-EECCCCCC---------CCCEEEECC-----CCCHHHHHHHHHH---CCEEEEHHHHHHHHHHCCCCCCC----------CCCCCCCC--------------- >P1;d3pc7a- -------------------------CCCCCCCCCCCCEECCCCCCC---CHHHHHHHHHHCCC-EECCC---CCC------CCCEEEC----------------CCCCCC-CCEEECHHHHHHHHHHCCCCCCC--------------------------------- >P1;d3pc8a- ---------------------------CCC-CCCCCCEEEECCCCCC-CHHHHHHHHHHHCCC-EECC----CCC------CCCEEECCC---CC----HHHHHHHHHCC-CCEEECHHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCC-CC------------------------- PSA >P1;d1kzyc1 ------------------98984405509596006720000143a937053820160054040-40095---15683078-5250000024---20-84620530183---701001030004004547227168220213529-----------94864392975b >P1;d1kzyc2 -------------------------------520680400000456-9700540183047230360540209759790818604000025-----3037703860984---a0310143003303758630839--------------6555061648ac------- >P1;d1t15a1 -----------------------------------9210011706--88136505600762a0-60498---159------804000040687100733820550276---01200004003303748732616710040055575733304621565--------b >P1;d1t15a2 ------------------------------a5108b1100033506b-274750062056030-70177---0950698ca262000012--a02----a824402561--a040031600240386563192891408179------------------------- >P1;d1wf6a1 97877c6ab776722142031041840c048700871301003-08a-522410560093050-502c9---056------504100004---62----8407703b83a4805103030002003446217195254----------------------------- >P1;d2ebua1 ------------------462ca180272341004b2200013809-3083950440044040-6028b047---------706100315-----916b942850672---80732628401710642725838----------a3a8682b--------------- >P1;d3pc7a- -------------------------c998746006a0303026a08---43970574053140-51078---849------505110b----------------649916-a054021800320176674293a--------------------------------- >P1;d3pc8a- ---------------------------c74-6106a2202014906c-934840581073060-620b----149------505100025---22----86088237917-9020030600010376563153872508-5b------------------------- Translating the sequences ------------------*************CCCCC*EEEE*CCCC****HHHHHHHHH*CCC-EECCC---CCC*****-CC*EEEE*C*---**-**HHHHHHH**---CC*EE**HHHHHHHHHCCCCC************-----------************ -------------------------------CCCCCCEEEE**CCC-***HHHHHHHHHHCCC*EE******CCC*******CCEEEECC-----****HHHHHHH**---CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC**--------------************------- -----------------------------------CCEEEE*CCC--***HHHHHHHHHH*CC-EECCC---CCC------CCCEEEECC*********HHHHHHH**---CC*EE**HHHHHHHH*CCCCC**************************--------* ------------------------------*CCCCCCEEEE*CCCC*-**HHHHHHHHHHCCC-EECCC---*********CC*EEEEC*--***----**********--CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC**********------------------------- *******************************CCCCCCEEEE*C-CC*-**HHHHHHHHHHCCC-EECCC---CCC------CCCEEEECC---**----HHHHHHH*****CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC******----------------------------- ------------------*************CCCCCCEEEE*CCCC-***HHHHHHHHHHCCC-EECCC***---------CCCEEEECC-----****HHHHHHH**---CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC**----------********--------------- -------------------------******CCCCCCEE***CCCC---*HHHHHHHHHHCCC-EECCC---CCC------CCCEEE*----------------******-CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC**--------------------------------- ---------------------------***-CCCCCCEEEE*CCCC*-**HHHHHHHHHHCCC-EECC----CCC------CCCEEE*CC---**----HHHHHHH****-CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC*******-**------------------------- 52113.tem _________________________________ ------------------*************CCCCCCEEEE*CCCC****HHHHHHHHHHCCC-EECCC---CCC*****-CCCEEEECC---******HHHHHHH****-CC*EE*HHHHHHHHHHCCCCC**********------****---***--------- Structural block scores 0 17 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 18 30 * 3.5 M 5.8 75.0 75.0 70.0 3.5 4.8 44.2 59.5 31 36 C 4.8 H 3.5 3.5 51.8 4.4 3.8 3.1 3.8 4.2 37 40 E 4.8 H 0.0 1.0 0.5 0.2 1.0 0.5 1.5 1.0 42 45 C 4.8 H 6.6 3.8 22.0 3.5 21.5 5.0 6.1 4.8 46 49 * 2.4 P 3.8 22.8 23.0 23.9 23.1 21.5 57.2 24.9 50 59 H 5.0 H 2.9 3.2 3.8 3.5 3.0 3.3 4.3 4.0 60 62 C 4.9 H 1.3 1.7 4.2 1.0 1.7 1.3 1.7 2.0 64 65 E 5.0 H 2.0 3.0 3.0 3.5 2.5 3.0 3.0 4.0 66 68 C 4.6 H 4.7 3.0 7.0 5.0 7.8 7.2 5.0 28.8 69 71 - 4.3 M 75.0 3.7 75.0 75.0 75.0 3.7 75.0 75.0 72 74 C 4.4 M 4.0 7.0 5.0 4.7 3.7 75.0 7.0 4.7 75 79 * 3.9 M 5.2 5.0 75.0 7.1 75.0 75.0 75.0 75.0 81 83 C 4.7 H 4.0 3.3 4.0 3.3 3.0 4.3 3.3 3.3 84 87 E 4.8 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 1.0 3.4 0.2 88 89 C 4.4 M 1.0 3.5 2.0 1.5 2.0 3.0 75.0 3.5 90 92 - 4.4 M 51.3 75.0 7.0 53.5 75.0 75.0 75.0 75.0 93 98 * 3.4 M 27.3 27.2 2.3 50.3 51.3 29.6 75.0 50.7 99 105 H 4.4 M 2.4 4.7 3.1 4.4 4.1 4.9 55.0 5.0 106 109 * 2.3 P 40.2 40.5 40.8 21.8 8.2 39.8 6.2 6.0 111 112 C 5.0 H 3.5 5.2 0.5 5.2 4.0 4.0 5.2 4.5 114 115 E 5.0 H 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 2.5 2.0 0.0 117 126 H 4.9 H 1.6 2.8 2.4 3.0 1.2 3.3 2.8 2.3 127 131 C 5.0 H 4.4 5.0 5.2 4.8 4.0 4.8 5.6 4.0 132 141 * 2.8 P 3.0 61.2 2.4 4.9 32.6 61.1 61.4 12.4 142 147 - 4.3 M 51.8 75.0 5.3 75.0 75.0 30.3 75.0 75.0 148 151 * 3.9 M 75.0 5.2 2.5 75.0 75.0 6.9 75.0 75.0 152 154 - 4.3 M 75.0 2.3 3.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 155 157 * 3.9 M 7.0 6.0 5.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 158 166 - 4.6 H 6.3 60.9 67.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>