Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1j93a- -------------------CCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCCHHHHHHHCCC---CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH-HHCCCEEECCC-----CCCHHHHHHCCCEEEEC-C-------------------------------CEEEECCCCCCHHHHHHCCCC-CHHHH--CHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECHHHHH--CC---HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEECC-CCCCCHHHHH----HHCCCEEECCCCC---CHHHHHHHCCCCCEEECCCCHH--HHHCCHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCEECCCCCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHHCCCC---------------------- >P1;d1r3ra- ---------------CCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCHHHHHHHHCC----CHHHHHCCHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEECCC-----CCCHHHHHCCCCCEEEC-C-------------------------------CEEECCCCCCCHHHHHHCCCHHHHHHH--CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCHHH--CC---HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEC-CCHHHHHHHC----CCCCCEEECCCCC---CHHHHHHHHCCCCEEEEEECHH--HHHCCHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCEEEEECCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------ >P1;d2ejaa- ------------------CCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCHHHHHHHCCCC---CHHHHHHCHHHHHHHHHHHHH-HHCCCCEECCC-----CCCHHHHHHCCEEEEEC-C-------------------------------CEEEE-ECCC---CHHHCCCC--CHHH--HHHHHHHHHHHHHHCC-CCCEEEEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCHHH--CC---HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHC------CCCEEEEEC-CHHHHHHHHC----CCCCCEEECCCCC---CHHHHHHHC--CCEEECCCCHH--HHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEECCCCCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHHCCCCC--------------------- >P1;d4ay7a- -----------------CCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCC-H-HHHHHH---CC---CCCHHHHCHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCEEECC------CCHHHHHCCCEEECCCCC-------------------------------CCCEEEECCCCC-CCCCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECHHHHHHHHHC------HHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHCCCCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------CEEEEECCCCCHHHHHHHH----CCCCCEEECCHHHC--CHHHHHHHHCCCCEEEEEECIIIIICCCCHHHHHHHHHHHHHC----CCCEEEECCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHC----C------------------ >P1;d4l6ha1 ----------------------------------CCEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHH--HHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEECCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEECCCCCCCEECCEECCC------CCCCC-------CCHHHHHHHHHHHC-C--CCCEEEEECHHHHHHCC---EECCC-----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECHHHHCCCC-----HHHHCHHHHHHHHH---CC-------CCCCEEEEECCCC---CCHHHCCCCC-CCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCC---CCEEEECCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCC >P1;d4l6ha2 CCCHHHHHCCCCHHHCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----CCCC-----CCCCCCCCC--CCCHHHHHHHHH-HCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCEEEECCC-----CCCCCCC-----C-----------------CCCCCCEEEE------EEECC-------CCCCHHHHHHHHHCCC--CCCEEEEECHHHHHHCC---CCCC------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------CC-CEEEEECCCC---CCCCCCEEEE-CCCCCEEECCCCCCC-CCCCC--CCHHHCCCCCCCCCCC-CCCCHHHHCCHHHHHCC--------------------------------------------------------------------------- PSA >P1;d1j93a- -------------------b50200200316a07100000051104-1373148328895---347030341a10150000106-41500001020-----41010063060503067-b-------------------------------761305930367830880750-40672--0510060054038509470000020000000001000116197074024004554a1035005300500030021007120100002003004--06---382045001310540064048525-----900000002-9049005302----7070300000360---50440272068a0000010305--00468485027305501930-873300000040058----------------9046700510082038251---------------------- >P1;d1r3ra- ---------------23a1844101300416609100000050026-004304931873----911400533620040010005-30600001010-----31000020030805249-c-------------------------------752304710456820840461850384--07002700520255061600000100000000010000272a7075036007644a0046004100400010013006100100001021003--07---5a004700130053008303340685a49310000001-5061008400----8090200000351---6177018508880000001304--10436595047506700320-525100000020036----------------8051720310071028105621b------------------ >P1;d2ejaa- ------------------173310130051490c200000060145-105515902a509---620400341700040020016-10500001010-----21000031040604056-b-------------------------------77250-3156---706507a0--5375--0410150054027317-4000000000000000101040619617602510475493065005300600030022006060200001021032--06---69103710241045003301633------b11000002-5055018301----6050200000341---400610551--a1000000405--005474940484028106502373300000020036----------------6072810430071028170c--------------------- >P1;d4ay7a- -----------------44326002000445915310000000000-1-500662---90---303600553720050000015-50801000010------400002008080620546-------------------------------740705621249-609c0702b50375410410150052029605761000000000010001002------591057007764920450061006001400200280501000010210005406---39104700261046008308----------2000000317045005100----40a02000005507--5076027408b30100010103800340739402740670052----8020000033032----------------603170050015006633----d------------------ >P1;d4l6ha1 ----------------------------------905000000006138630561053116980738605--73067015710306280420000200130300100110701140573b274231000004137a6a63a204730170b2500200015a------100b3-------82201600520583-a--04000100000000310---52190-----------a08126006600610250033038170640001000004b05-----99017304500550---26-------b500600000002---3026011067-0302000000360470055007104bb040000003026232121881172066005164---b010000030110513264a47b7250101023007001100420095906539807803638829638 >P1;d4l6ha2 5915941860899206051806804950941b134000000040298-----b548-----a81886358--122057004202-71401000001100963031005307205239-----964565a-----a-----------------9563103055------10304-------940016104303620b--32000000000000440---541b------------73644400000000013004501a3801000000006041a97a8936513910020020000106-------22-000000337a---2604000315-4c6501070113c5b-06b01--55172100003320aa-39020850000671295--------------------------------------------------------------------------- Translating the sequences -------------------C**HHHHHH*CCCCCCCCCCCCCCCCC-CC*HHHHHH**C*---CC*****CHHHHHHHHHHHHH-H*CCC*EECCC-----CCCHHHHH*CC*EE**C-C-------------------------------C*EE*C*CCCC******CCCC-**HH*--CHHHHHHHHHHHHH*C*CC*EEEEEECHHHHHHHHH**CCCCC*HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEC**HH*--CC---HHHHHHH*HHHHHHHHHH******-----CC*EEEECC-C****HHHH*----**CCCEEECCCCC---CHHHHHHHCCCCCEEE***C**--***CCHHHHHHHHHHHH***-**CC*E***CCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHH**C*---------------------- ---------------***CC**HHHHHH*CCCCCCCCCCCCCCCCC-CC*HHHHHH**C----C**HHH*CHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEECCC-----CCCHHHHHCCC**E**C-C-------------------------------C*EE*C*CCCC******CCC****HH*--CHHHHHHHHHHHHH*C*CCCEEEEEECHHHHHHHHH**CCCCC*HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEE***HH*--CC---HHHHHHH*HHHHHHHHHH***********CC*EEEE*C-C****HHHHC----*CCCCEEECCCCC---CHHHHHHH*CCCCEEE***C**--***CCHHHHHHHHHHHH***-**CC*E***CCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHH********------------------ ------------------CC**HHHHHH*CCCCCCCCCCCCCCCCC-CC*HHHHHH**C*---C**HHH*CHHHHHHHHHHHHH-H*CCCCEECCC-----CCCHHHHH*CC*EE**C-C-------------------------------C*EE*-*CCC---****CCCC--*HH*--*HHHHHHHHHHHHH*C-CCCEEEEEECHHHHHHHHH**CCCCC*HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEE***HH*--CC---HHHHHHH*HHHHHHHHHH*****------CC*EEEE*C-C****HHHHC----*CCCCEEECCCCC---CHHHHHHHC--CCEEE***C**--***CCHHHHHHHHHHHH******CC*E***CCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHH**C**--------------------- -----------------*C***HHHHHH*CCCCCCCCCCCCCCCCC-*-*HHHHH---C*---CC*HHH*CHHHHHHHHHHHHH-*CCCCCEE*CC------CCHHHHHCCC*EE**C*C-------------------------------C**E***CCCC*-****CCCC***HH****HHHHHHHHHHHHH*C*CCCEEEEEECHHHHHHHHH*------*HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCEEEEEC**H****CC---HHHHHHH*HHHHHHHHHH**----------C*EEEECC*C****HHHH*----*CCCCEEECC****--CHHHHHHH*CCCCEEE***C*******CCHHHHHHHHHHHH**----CC*E***CCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHH**C----*------------------ ----------------------------------CC***CCCCCCC*CC*HHHHHH*******CC*HHH*--HHHHHHHHHH****CCCCC*E*CC********HHHHHCCC*****C*C*******************************C*EE*C**CCC------CCCC*-------C*HHHHHHHHHHH*-C--CC*EEEEECHHHHHH**---**CCC-----------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCEEEEEC**HH***C-----HHHH*H*HHHHHHH---**-------**CC*EEEECC*C---**HHHC****-CCCCEEE**CCC****HHHHHH*CCCCCEEE***********CCHHHHHHHHHHH*****---C*E***CCC*******************CC*HHHHHHHHHHHH**C*********************** ******************CC**HHHHH**CCCCCCCCCCCCCCCCC*-----****-----**CC*****--***HHHHHHHHH-HCCCCC**CCC*****CC*HHH**C***E***-----*******-----*-----------------****C*****------***C*-------C***HHHHHHHHH**C--CC*EEEEECHHHHHH**---CCCC------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEC*******CC***HHHHHHH*HHHHHHHH****-------**-C*EEEECC*C---*****C****-CCCC*EE*CCCC***-*****--CC*********C****-**CCHHHH**HHHHH**--------------------------------------------------------------------------- 51726.tem _________________________________ -----------------*CC**HHHHHH*CCCCCCCCCCCCCCCCC-CC*HHHHHH**C*---CC*HHH*CHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCEECCC-----CCCHHHHHCCC*EE**C-C-------------------------------C*EE*C*CCCC*-****CCCC***HH*--CHHHHHHHHHHHHH*C*CCCEEEEEECHHHHHHHHH**CCCCC*HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEC**HH***CC---HHHHHHH*HHHHHHHHHH*****----**CC*EEEECC*C****HHHHC----*CCCCEEECCCCC*--CHHHHHHHCCCCCEEE***C*******CCHHHHHHHHHHHH***-**CC*E***CCCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHH**C**--*------------------ Structural block scores 0 16 - 4.5 M 75.0 66.5 75.0 75.0 75.0 4.8 18 19 C 4.2 M 43.2 4.5 4.0 3.5 75.0 4.5 20 21 * 1.9 P 2.5 4.0 3.0 4.0 75.0 3.0 22 27 H 4.5 M 0.7 0.8 0.8 0.3 75.0 4.3 29 45 C 4.8 H 2.1 2.1 2.6 1.6 23.2 2.3 47 48 C 4.2 M 2.0 0.0 0.5 38.0 5.5 75.0 50 55 H 4.5 M 3.5 3.3 3.7 14.8 2.5 29.8 56 57 * 2.7 P 8.0 7.5 7.8 75.0 4.0 75.0 60 62 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 7.7 31.2 63 64 C 4.5 M 3.5 5.0 4.0 1.5 3.5 4.5 66 68 H 4.1 M 1.0 1.3 1.3 2.0 4.7 4.7 71 83 H 4.8 H 2.0 1.6 1.6 1.8 8.8 7.7 86 90 C 4.7 H 1.2 1.2 1.0 1.8 3.2 1.2 91 92 E 4.3 M 0.5 0.5 0.5 0.0 0.0 0.0 93 95 C 4.7 H 0.7 0.3 0.3 0.3 0.7 0.3 96 100 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 0.8 3.2 101 103 C 4.3 M 1.7 1.3 1.0 26.3 1.0 2.0 104 108 H 4.8 H 2.0 0.4 0.8 0.4 0.6 1.8 109 111 C 4.4 M 2.0 1.0 1.3 2.7 2.3 3.0 113 114 E 4.1 M 1.5 2.5 2.0 3.0 2.5 3.5 115 116 * 1.0 P 3.0 3.0 2.5 1.0 2.5 6.0 120 150 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 3.7 57.5 153 154 E 4.3 M 2.0 2.5 3.5 3.5 0.0 5.5 158 161 C 4.3 M 3.0 2.5 21.8 2.2 4.1 3.2 164 167 * 2.7 P 4.8 3.5 4.5 6.9 75.0 75.0 168 171 C 4.5 M 3.0 2.8 4.4 2.2 3.1 1.0 172 174 * 2.9 P 26.3 4.3 51.7 5.5 51.0 51.3 175 176 H 4.3 M 6.5 5.5 5.0 5.0 75.0 75.0 178 179 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 2.5 75.0 75.0 181 193 H 4.8 H 2.8 2.7 2.5 2.7 2.6 2.3 197 199 C 4.6 H 2.3 2.0 1.3 2.3 26.3 26.7 200 205 E 4.9 H 0.3 0.2 0.0 0.0 0.2 0.0 207 215 H 4.7 H 0.1 0.1 0.2 0.2 8.8 9.2 216 217 * 3.0 P 0.5 0.0 2.0 38.5 75.0 75.0 218 222 C 4.3 M 4.8 5.7 4.4 75.0 3.4 19.3 224 232 H 4.3 M 2.9 3.8 3.6 4.0 75.0 75.0 234 257 H 4.9 H 2.1 1.9 2.2 2.2 2.9 2.2 258 261 C 4.8 H 1.0 0.5 2.0 1.5 3.5 3.0 262 266 E 5.0 H 0.4 0.2 0.2 0.2 1.0 0.0 268 269 * 1.0 P 1.5 1.5 1.5 1.5 0.0 0.0 270 271 H 4.3 M 0.0 0.0 1.5 0.0 0.0 3.0 272 274 * 2.6 P 51.3 51.0 50.7 3.0 5.2 5.2 275 276 C 4.8 H 3.0 3.5 3.0 3.0 40.0 8.0 277 279 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9.2 280 286 H 4.9 H 3.1 3.8 3.9 3.4 14.9 4.0 288 297 H 4.8 H 2.4 2.3 2.2 3.0 24.4 0.5 298 302 * 2.4 P 3.8 2.0 2.6 46.6 46.6 46.2 303 306 - 4.4 M 57.5 7.4 75.0 75.0 75.0 75.0 307 308 * 3.4 M 75.0 6.5 75.0 75.0 8.2 2.0 309 310 C 4.7 H 4.5 2.0 6.2 38.5 0.0 37.5 312 315 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 316 317 C 4.5 M 1.0 0.5 1.0 1.5 0.0 3.0 320 323 * 2.3 P 3.2 1.8 2.5 2.2 57.0 56.8 324 327 H 4.4 M 2.0 3.0 3.0 1.5 2.0 2.5 329 332 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 2.2 334 337 C 4.9 H 2.5 2.8 1.8 3.1 1.2 6.9 338 340 E 4.8 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 341 345 C 4.4 M 1.8 1.8 1.6 2.0 1.8 2.4 347 348 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 8.2 350 356 H 4.5 M 2.7 4.1 2.4 3.7 2.6 24.1 357 361 C 4.4 M 4.9 4.8 32.5 4.5 5.4 4.0 362 364 E 4.5 M 0.0 0.0 0.0 0.3 1.3 0.3 365 367 * 1.0 P 0.3 0.3 0.0 0.3 0.0 1.0 369 375 * 1.8 P 22.7 22.7 22.9 2.6 2.6 15.7 376 377 C 5.0 H 7.0 4.5 5.5 3.5 1.5 1.0 378 389 H 4.8 H 3.3 4.0 3.7 3.5 3.3 3.2 390 392 * 1.9 P 4.0 1.7 3.7 27.3 4.0 51.7 394 395 * 3.4 M 7.5 3.5 5.0 75.0 75.0 75.0 396 397 C 4.4 M 3.0 3.0 3.0 4.0 43.2 75.0 400 402 * 1.9 P 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 75.0 403 408 C 4.3 M 2.8 1.8 1.8 1.8 0.8 75.0 409 424 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 425 427 C 4.4 M 4.3 4.3 4.3 3.0 0.3 75.0 428 439 H 4.5 M 2.7 2.0 2.3 2.1 1.5 75.0 440 441 * 1.9 P 5.0 4.5 4.5 4.5 1.0 75.0 443 444 * 3.0 P 38.0 5.5 6.2 75.0 7.0 75.0 445 446 - 4.1 M 75.0 1.5 75.0 75.0 4.5 75.0 448 465 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.3 75.0 >>>>>>