Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1bd0a2 -------CCHHHHHHHHHHHHHHCCC-------CCEEEEECHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC------CCEEECCCC-C--HHHHHHHHHCC--EEEEECCHHHHHHHHHHCC-CC---CCEEEEEECCCCCC----------------------CCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCC---C-----CCCEEECCC---------------HHHHHHCC------------CCCCCEEEECHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCCCC- >P1;d1ct5a- CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCCEEEEECCC----C-CHHHHHHHHHHCCCEEEECCHHHHHHHHHHCCC-----CCEEEECCCCCHHHHHHHHHCC--CEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCC----------------------CCCCCC-HHHHHHHHHHHHCC--CCCCEEEEEECCCCCC----------------HHHHHHHHHHHHHHHHH------CCCCEECCCC----------------CHHHHHHC------------CCCEEEECHHHHC------------------- >P1;d1hkva2 --------CHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH-------CEEEHHH----CCCHHHHHHHHH-HCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC----HHH-EEECCCCCC--HHHHHHHHHHC-CCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEEEECCEEEEECEEEECC--------CCCCCCCEECCCCHHHHHHHHHHHC----CCEEEEEEECCC-----EEEEC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCHHHHCCCC---------------- >P1;d1knwa2 --------CHHHHHHHHHCCC-CCC----------EEEEEHHH----CCCHHHHHHHHH-CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC-EEEEECCCC--HHHHHHHHHHC-C-CEEECCHHHHHHHHHHCC-------CCEEEEEEECCCCCCCC--------CCCCCCCCCCCCCEEHH--HHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEECCC-----CC-CC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHH---CC-----CCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CEEEECCCHHHHHHHC---------------- >P1;d1rcqa2 -------CCHHHHHHHHHHHHHHH---------CCEEEEECHHHHHCCCHHHHHHHHCC-CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC------CCEEECCCCCC--HHHHHHHHHCC--EEEECCCHHHHHHHHHC--CCC---CCEEEEE-CCCCCC----------------------CCCCCHH--HHHHHHHHHHHC----CCEEEEEEECCCCCCCCC------CCCHHHHHHHHHHHHHC-----CC-----CC-CEECCC---------------HHHHHHCC------------CCCCCEECCCHHHHCCCCCCCCCCCHH-HCCCCC >P1;d1twia2 --------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEHHH----CCCHHHHHHHHH-CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC----HHH-EEECCCCCC--HHHHHHHHHCC-CCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHC---CCEEEEEEEECCCCC--------CCCHHHHHHHHHCCCCEECCCCHHHHHHHHHHHC----CCEEEEEEECCC-----CCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC--CCCCCEEEECCCHHHHCCC----------------- >P1;d1vfha2 --------CHHHHHHHHHHHHHHCC--------CCEEEEECHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC------CEEEECCCC-C--CCCHHHHHHCC--CEEECCCHHHHHHHHHHHHHHC---CCEEEEE-CCCCCC----------------------CCCCCHH--HHHHHHHHHHHHHHC-CCEEEEEEECCCCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCEEECCC---------------HHHHHHCH------------HHCCCEEEECHHHHCCCCCHHHCCHHHHCCCCC- >P1;d3anua2 ---------CCCCC-HHHHHHHHHHHH------CCEECCCCCC----CCCHHHHHHHCCCCCEEEEECCHHHHHHHHHCCCE---E----EEEEEECCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHHHHHHCCCC-CC---CCEEEEEEECC--C----------------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC--CCCCEEEEEEEECCHHHCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCEEEECC---------------HHHHHCCCHHHHH----------CCEECCCHHHCCCHHHHHCC---CCCHHHCC >P1;d3llxa2 --------CHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCCCCCCC-C----CCCHHHHHHHCCCCCCCEEECCHHHHHHHHHCCCC---E----EEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHC---CCCEEEECCCCCCC----------------------CCCCCCCCCHHHHHHHHH------HHH--EEEE-CCCHHHHHC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCEEEECC---------------HHHHHHCC-CCCC----------CCEECCCHHHCCCCC-CCCC---CCCHHHCC >P1;d7odca2 --------CHHHHHHHHHHHHHHCC--------CEEEEEEHHH----CCCHHHHHHHHH-HCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC-----CC-EEECCCCCC--HHHHHHHHHCC-CCEEEECCHHHHHHHHHHCC-------CCEEEEECCC-------------------------CCCCCHH--HHHHHHHHHHH-----CCCEEEEEECCC-----CCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEECCCCCCCCC--CCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH--CCEEEECCCHHHHCCC----------------- PSA >P1;d1bd0a2 -------363900330032036204a-------9050000037703813115005002705061000460820230085908------240001461-8--16305500636--0000016051066037608-07---44040000000338----------------------53006-----647205500710771720411000020220367------83940660173046018104---8-----606000003---------------00000032------------75022000003000040027a057502190570- >P1;d1ct5a- b53a289a248602741380474036128--959130000047----3-613000001536132000160730160076039-----70400002b0749304400505--20300010133920520170036224a3b4020001010094----------------------a40077-5850270070045b--7072060200050273----------------90065045138402851------a18060002a----------------40450053------------9040010384004------------------- >P1;d1hkva2 --------7482014305702810a5061-------0101073----604550051025-0501000465a20740391902----373-000112906--69206600928-06300004360054018100849---560200000100050554827359--------91a4720142977401500530070----940401000030-----24200--3270053006300200550195256850840620000010014679a271172860085066104720682a0840610000131004207---------------- >P1;d1knwa2 --------7583036017408-404----------10002063----327373041047-3a02000363a105402507050957531-000020908--76007302626-0-000003290036007516-------40300000001303a8a--------97b13028508200336--507602700750-----90601000020-----10-23--6191067006001710380---53-----6060000006040167ab576050740292026016602950939-050000015000240a---------------- >P1;d1rcqa2 -------35260031005003920---------a160000037603805027004002a-2010000331920350192808------33000140057--59109600636--01000226500610382--a09---5503000-010126----------------------6501628--504700740481----b20580001030240451------81530750284067108-----b1-----a4-420002---------------01000017------------a04050000040000641096828306-604705 >P1;d1twia2 --------76730340076046004306551a45000000052----528592041008-2800000341a10730460905----152-000043906--38204400618-01000004290053016006629---650200010004044--------8616a10651586640031667501600430491----830601000030-----65323--7141030005200500250374a0-----607000001100045a788b21607500710060016169--6080020000013000230----------------- >P1;d1vfha2 --------55700250054048404--------9040000037702834025006102804060000140720260182a09------830001608-6--a3205600334--0000025350053038106608---4401000-000827----------------------652065a--606800630270383-800500001030220454------c37307601740481054026470-----905120002---------------00000326------------601240000030000500196016297090560- >P1;d3anua2 ---------99214-006404620751------9060001052----05539204400166452000250600550063901---3----000063023a51a50070034093000001567017204850b-7c---34020000020--6----------------------620171a38602800430046--15930101000020360346--6595036204700630280175059490-----605200000---------------0000041082046----------04000002004048602707---00769131 >P1;d3llxa2 --------6584157018603620482------80500030-4----35659007300775723000440600460093704---2----000154055930740070178a06000102558105203621875a---07010001010096----------------------57007184a403600620------890--0100-030200491-87676027207500310260274059291-----905200000---------------00000206-6065----------040000020020577-3907---00677420 >P1;d7odca2 --------85920570074059005--------3040001073----576671052017-1700010444810420291a06-----23-000030507--47305202737-05100005570062028005-------7040001042-------------------------8200639--40570043049-----4a0500000030-----33d28--618303700220250062087070-----a0500000000104a--a49-16045007404600673048a4--b040001015000440----------------- Translating the sequences -------*CHHHHHHHHHHHHHH***-------C*EEEEE*HH****CC*HHHHHHHHH*CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC------**EEECCCC-C--HHHHHHHHH*C--*EEEECCHHHHHHHHHH**-*C---CCEEEEE**CCCCC----------------------CCCCC-----*HHHHHHHHH*****CCEEEEEEECCC*****C------C*HHHHHHHHHHHHHH****---C-----CCCEEECCC---------------HHHHHH**------------**C**EE**CHHHHCCC****************- *********HHHHHHHHHHHHHH******--**C*EEEEE***----C-CHHHHHHHHH*CCCEEEECCHHHHHHHHH*CCC-----***EEECCCCC***HHHHHH**--C***EEEECCHHHHHHHHHH****C***CCEEEEE**CCCCC----------------------CCCCC*-**HHHHHHHHHH**--**CCEEEEEE*CCC**----------------HHHHHHHHHHHHHHH**------CCC*EECCC*----------------*HHH****------------C**EE**CHHHHC------------------- --------CHHHHHHHHHHHHHH******-------*EEE*HH----CCCHHHHHHHHH-*CCEEEECCHHHHHHHHHCCCC----***-EEECCCCCC--HHHHHHHHH*C-***EEECCHHHHHHHHHH****C---CCEEEEE***CC************--------****CCC******HHHHHHHHHHH*----CCEEEEEEECCC-----*****--C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C*****CCCEEECCC***************HHHHHH****************C**E*CCCHHHHCCC*---------------- --------CHHHHHHHHH***-***----------EEEEE*HH----CCCHHHHHHHHH-CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC*******-EEE**CCCC--HHHHHHHHH*C-*-*EEECCHHHHHHHHHH**-------C*EEEE***CCCC****--------**********CCC****--HHHHHHHHHHH*-----C*EEEEEECCC-----C*-**--C*HHHHHHHHHHHHHHHHH---CC-----CCCEEECCC***************HHHHHH***************-C**EECCCHHHH****---------------- -------*CHHHHHHHHHHHHHH*---------C*EEEEE*HH****CC*HHHHHHH**-CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC------**EEECCCCCC--HHHHHHHHH*C--*EEE*CCHHHHHHHHH*--**C---CCEEEEE-*CCCCC----------------------CCCCC**--HHHHHHHHHHH*----CCEEEEEEECCC*****C------C**HHHHHHHHHHHHH*-----CC-----CC-*EECCC---------------HHHHHH**------------**C**EECCCHHHHCCC**********-****** --------CHHHHHHHHHHHHHH**********C*EEEEE*HH----CCCHHHHHHHHH-CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC----***-EEECCCCCC--HHHHHHHHH*C-**EEEECCHHHHHHHHHH****C---CCEEEEE***CCCC*--------*************CCC******HHHHHHHHHHH*----CCEEEEEEECCC-----C****--C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CCCEEECCC***************HHHHHH**********--****C**EECCCHHHHCCC----------------- --------CHHHHHHHHHHHHHH**--------C*EEEEE*HH****CC*HHHHHHHHH*CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC------**EEECCCC-C--***HHHHHH*C--*EEE*CCHHHHHHHHHH****C---CCEEEEE-*CCCCC----------------------CCCCC**--HHHHHHHHHHH****-CCEEEEEEECCC*****C------C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CCCEEECCC---------------HHHHHH**------------**C**EE**CHHHHCCC****************- ---------*****-HHHHHHHH****------C*EE******----CCCHHHHHHH***CC*EEEECCHHHHHHHHHCCC*---*----EEE***CC***HHHHHHHHH*C***EEEECCHHHHHHHH****-*C---CCEEEEE**CC--C----------------------CCCCC****HHHHHHHHHHH*--**CCEEEEEEE*CC*****C--******HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CCCEEE*CC---------------HHHHH********----------**EECCCHHH*CC*******---******** --------CHHHHHHHHHHHHHH****------C*******-*----CCCHHHHHHH***CCC*EEECCHHHHHHHHHCCCC---*----EEE***CC***HHHHHHHHH*C***EEEECCHHHHHHHHHH****C---CC*EEEE**CCCCC----------------------CCCCC****HHHHHHHHH------***--EEEE-CCC*****C-*******HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CCCEEE*CC---------------HHHHHH**-****----------**EECCCHHH*CCC*-****---******** --------CHHHHHHHHHHHHHH**--------C*EEEEE*HH----CCCHHHHHHHHH-*CCEEEECCHHHHHHHHHCCCC-----**-EEECCCCCC--HHHHHHHHH*C-**EEEECCHHHHHHHHHH**-------C*EEEE**CC-------------------------CCCCC**--HHHHHHHHHHH-----CC*EEEEEECCC-----C****--C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CCCEEECCC******--***-***HHHHHH*************--*C**EECCCHHHHCCC----------------- 51419.tem _________________________________ --------CHHHHHHHHHHHHHH****------C*EEEEE*HH----CCCHHHHHHHHH*CCCEEEECCHHHHHHHHHCCCC-----***EEECCCCCC--HHHHHHHHH*C-**EEEECCHHHHHHHHHH****C---CCEEEEE**CCCCC----------------------CCCCC****HHHHHHHHHHH*--**CCEEEEEEECCC*****C****--C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CCCEEECCC******--***-***HHHHHH**********--*-**C**EECCCHHHHCCC******---*******- Structural block scores 0 7 - 4.6 H 66.0 7.4 75.0 75.0 66.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9 22 H 4.8 H 2.4 4.1 3.2 8.9 2.2 3.3 3.1 8.7 4.0 3.8 23 26 * 2.2 P 22.4 2.5 3.9 38.5 56.2 1.8 38.5 3.2 3.5 38.8 27 32 - 4.4 M 75.0 29.0 51.2 75.0 75.0 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 35 39 E 4.5 M 1.0 0.6 15.4 0.6 1.2 0.0 0.8 1.4 1.6 1.0 41 42 H 4.2 M 5.0 5.5 5.0 4.5 5.0 3.5 5.0 3.5 39.5 5.0 43 46 - 4.1 M 4.5 75.0 75.0 75.0 4.2 75.0 4.2 75.0 75.0 75.0 47 49 C 4.6 H 1.7 28.0 3.3 4.0 1.7 5.0 2.3 3.3 4.7 6.0 50 58 H 4.8 H 2.2 1.1 2.6 3.2 2.8 3.2 2.7 2.6 3.4 3.2 60 62 C 4.7 H 3.7 3.3 1.7 4.5 1.0 3.3 3.3 5.0 4.7 2.7 63 66 E 4.9 H 0.2 0.5 0.2 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 0.8 0.2 67 68 C 5.0 H 5.0 3.5 5.0 4.5 3.0 3.5 2.5 3.5 4.0 4.0 69 77 H 5.0 H 2.6 2.7 4.5 3.4 3.3 3.6 2.9 2.4 2.8 3.3 78 81 C 4.8 H 5.5 4.5 3.0 3.0 4.5 3.5 5.4 3.2 3.5 4.4 82 86 - 4.5 M 75.0 75.0 60.6 5.2 75.0 60.2 75.0 60.6 60.4 75.0 87 89 * 3.1 M 27.0 3.7 28.3 26.3 27.0 27.3 28.7 75.0 75.0 26.7 90 92 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 93 98 C 4.4 M 15.8 4.1 3.2 3.2 2.8 3.7 16.0 2.3 3.3 2.5 99 100 - 4.1 M 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.8 6.0 75.0 101 109 H 4.8 H 2.9 10.3 4.2 3.4 4.0 3.0 3.3 2.9 2.9 3.3 113 114 * 2.0 P 37.5 1.5 3.0 37.5 37.5 0.5 37.5 1.5 3.0 2.5 115 118 E 4.8 H 0.0 0.2 0.8 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.2 0.2 119 120 C 5.0 H 3.5 2.0 2.0 1.5 2.0 2.0 3.5 3.0 3.5 2.5 121 130 H 4.9 H 3.4 2.9 2.8 3.2 3.1 2.6 2.8 4.0 3.2 3.0 131 134 * 2.0 P 20.8 2.8 3.0 39.2 40.1 3.5 3.0 23.4 5.2 38.8 136 138 - 4.7 H 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 139 140 C 4.8 H 4.0 7.8 5.5 39.5 5.0 5.5 4.0 3.5 3.5 41.0 141 145 E 4.8 H 0.8 0.4 0.4 0.6 0.6 0.4 0.2 0.4 0.2 0.8 146 147 * 1.6 P 0.0 0.5 0.0 0.0 37.5 0.5 37.5 0.0 0.5 0.5 148 152 C 4.5 M 2.8 2.8 1.2 0.8 2.0 1.6 3.4 31.6 3.2 46.2 153 174 - 4.5 M 75.0 75.0 30.6 30.8 75.0 30.3 75.0 75.0 75.0 75.0 175 179 C 4.6 H 2.8 4.3 2.8 2.6 3.6 2.6 3.8 3.2 3.8 3.2 180 183 * 2.6 P 75.0 23.8 6.2 39.8 40.0 5.0 41.4 5.6 5.9 40.5 184 194 H 4.9 H 10.1 2.7 2.3 3.5 3.5 2.9 3.5 2.5 15.5 3.3 196 197 - 4.5 M 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 198 199 * 3.8 M 4.0 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 39.0 3.0 41.5 75.0 200 201 C 4.6 H 4.5 4.5 6.5 42.0 6.8 5.5 4.0 6.0 4.5 7.2 202 208 E 4.8 H 0.9 1.1 0.7 1.0 2.0 1.0 0.9 0.3 32.3 0.7 209 211 C 4.9 H 0.7 2.3 1.0 0.7 1.0 1.0 1.0 0.7 1.0 1.0 212 216 * 3.2 M 2.6 47.0 75.0 75.0 3.0 75.0 2.6 3.2 3.0 75.0 218 221 * 3.4 M 75.0 75.0 1.5 20.0 75.0 3.2 75.0 40.2 24.0 6.6 222 223 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.0 6.5 75.0 226 244 H 4.8 H 7.1 18.7 2.4 10.5 18.7 1.9 3.4 3.4 3.2 2.9 246 247 C 4.5 M 41.5 38.0 3.5 4.0 6.2 5.2 3.5 4.5 5.0 3.5 248 252 - 4.7 H 75.0 75.0 5.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 253 255 C 4.9 H 4.0 6.5 3.3 4.0 29.8 4.3 4.7 3.7 4.7 5.2 256 258 E 4.8 H 0.0 2.0 0.7 0.0 2.0 0.0 1.0 0.7 0.7 0.0 259 261 C 4.8 H 1.0 0.7 0.0 0.0 0.7 0.3 0.7 0.0 0.0 0.0 262 267 * 3.7 M 75.0 64.2 2.0 2.8 75.0 1.7 75.0 75.0 75.0 2.6 268 269 - 4.1 M 75.0 75.0 8.0 8.8 75.0 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 270 272 * 3.8 M 75.0 75.0 6.5 7.8 75.0 9.2 75.0 75.0 75.0 7.8 274 276 * 3.8 M 75.0 75.0 3.3 1.7 75.0 2.3 75.0 75.0 75.0 2.3 277 282 H 4.8 H 0.0 27.2 4.5 4.0 0.2 3.3 0.5 0.7 0.3 3.3 283 292 * 2.8 P 60.5 45.8 3.2 3.2 60.8 2.9 60.8 24.6 32.3 3.0 293 294 - 4.1 M 75.0 75.0 5.0 2.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9.2 297 298 * 3.0 P 6.0 75.0 6.0 42.0 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