Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1an8a1 ----------------CCHHHHHHHHHHHH---CC--C-CEEEEEEEEEEEC---------CCEEEEEC---HHHHC----CCCEEEEEC-------------CHHHHCCCC------CCCEEEEEECCCCCCCC-----CEEEEECCEEECCC------ >P1;d1c48a- ---------------------------------------CCEEEEEEEEEEEECC------CCCEEEEEC-------------CEEEEECCC-------------CHHHHHHHHHHH--CCEEEEECCCCCC----------CEECCEEEEE-------- >P1;d1enfa1 ----------CCCCHHHCCHHHHHHHHHHH------HC-CEEEEEEEE-CCEE-----C--CCEEEECC---CCH----HH--CEEEEECC------------CHHHHHHHC-------CEEEEEEECEECCCCCCCCC-CEEEEECCEEECC------- >P1;d1esfa1 CCCHHHHCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHH---H-CCC-EEEEEEECC-CCCC-----C--CCEEEECC---CCC----CC---EEEEECC------------CHHHHHHHC-------CCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEECCEEECCCCCC--C >P1;d1et9a1 ---------------CCCCHHHHHHHHHHH---HCHHH-EEEEEEECCCCCCC-----C--CCEEEEEC--------------CEEEEECC------------CCHHHHHHC-------CCCEEEEEEEEEC---------CEEEECCEEECC------C >P1;d1eu3a1 ----------------CCHHHHHHHHHHHC---CC--C-CEEEEEEEEEEEE---------CCEEEEC-----CCEEE-CCEEEEEEEEC-------------CHHHHCCCC------CCCEEEEEECEEEEECCCC-CEEEEEEECCEEECCC------ >P1;d1ty0a1 ---------------CHHHHHHHHHHHHHH---CC--C-CEEEEEEEEEEEC---------CCEEEEEC---HHHHC----CCCEEEEEC-------------CCCCHHHCC------CCCEEEEEECCCCCCCC-----CEEEEECCEEECCCCCC--- >P1;d2rdha1 ------------------CCHHHHHHHHHH---CC--C-CEEEEEEEEEEEC----------CEEEEEE---C---------CEEEEEECC------------C-CHHHHCCC----EEEEEEEEEECCC-----------CEEEECCEEECC-CCC--- >P1;d2z8la1 ---------------------CHHHHHHHH---CC--C-CEEEEEEEEEEECC-----C-C-CEEEEEE---C---------CEEEEEECC------------C-CHHHHCCC----CEEEEEEEEECCCEECC-----CCCEEEECCEEECC-CC---- >P1;d3ea6a1 -------------------CHHHHHHHHHH---HCCC--CEEEEEEECCCCC------C--CCEEEEEC----------CC--CEEEEECC------------CHHHHHHHC-------CCEEEEEECEEECC------CCEEEEECCEEECC------- >P1;d3r2ta1 -----------------CCHHHHHHHHHHH---HC--C-CEEEEEEEECCEEE-----C-CEEEEEECC---C---------CCCEEEECC------------C-CCCCCCCC-----CEEEEEEEECCCEECC-----CCCEEEECCEEECC-CC---- >P1;d3seba1 -CCCCCCCCCCCCCHHHCCCC-CHHHHHHH---C-CC--CEEEEEEEC-CCCC-----C--CCEEEECC---CCCCCC-CC--CEEEEECC------------CHHHHHHHC-------CCEEEEEECCCCCCCCCC--CCEEEEECCEEEC-------- >P1;d4fo2a- -------------------CCCHHHHHHHHCC----C-CEEEE-EECEEEEEEECCC---CCCEEEEEE--CC--------CCEEEECCCC---C--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCE-EEEEECCC----C-----CEEEEEEEECC------- >P1;d4ohja1 ------------------CCHHHHHHHHHH---CC--C-CEEEEEEEEEEEC---------CCEEEEEC---CC--------CCEEEEECC------------CCCCCCCCC------CCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCEECCCC------ >P1;d5elba- -------------------CC-CCHHHHHCCC----CCEEEEEEEEECCEEEEECCC---CCCEEEEEC--CC--------CCEEEECCCCCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCEEEEEEEECCC----C-----CEEEEEEEECC------- >P1;d5i4da1 ------------------CCC-CHHHHHHC---CC--C-CEEEEEEEEEECCC-----CCCCCEEEECC---C---------CCCEEEECC------------C-CHHHHCCC----CCEEEEEEEECCCCCCC-----CCCCEEECCEEECC-C-C--- >P1;d6lwta1 --------------------CHHHHHHHHH---CC--C-EEEEEEEEEEEEC---------CCEEEEEE---C---------CEEEEEECC------------H-HHHHHCCC----CEEEEEEEEEECCEECC-----CCEEEEECCEECCC-CC---- >P1;d6ro0b2 -----------------------------CEEECCCCCCCEEEEEEEEEEEECCC------CCCEEEEEEECC--------EEEEEEEECCC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCC- >P1;d6ro0d- ----------------------------------CCC-CCEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHC-EEEEEEEECCCCCCC-------HHHHHHHHHHHH--CCCEEEEEE-EEEEEEC---CEEEEEEEEEEECCCC-CCCC >P1;d6ro0f- ------------------------------------CCEEEEE-EEEEEEEEEEEEC---CEEEEEEEEECCC--------CCCEEEEEECCCCC--C--CCHHHHHHHHHHHHHHC--CCEEEEEEECCCC----CCC---CEEEEEEEECCCCC-CCC PSA >P1;d1an8a1 ----------------77786477658957---81--9-3140750403445---------97201010---46348----873200040-------------779515817------76350206142447b2a-----4013065507709b------ >P1;d1c48a- ---------------------------------------366014570640652b------771000208-------------824030769-------------812960570276--6430002093368----------9060350428-------- >P1;d1enfa1 ----------ba9789658a8447759637------68-205375140-6413-----b--94000048---206----98--10000108------------64a405603-------656020733135980605b4-7000076408429------- >P1;d1esfa1 c679865987b6877963b8955a756548---7-529-404456361-8424-----6--73000067---01a----45---0000309------------559406823-------46302064314197080138a5001076406528b67a--c >P1;d1et9a1 ---------------9a8697757776346---65993-105274250285a1-----8--85103082--------------35010308------------657306504-------7660206120774---------72207550843a------b >P1;d1eu3a1 ----------------99a97684767868---73--7-4062951302728---------6520305-----40544-b9340101031-------------96a506718------574502061504634596a-84010307550772a9------ >P1;d1ty0a1 ---------------89a666577869957---72--9-2051470205614---------94204030---39428----6b1400041-------------a59307608------58340206140367486-----52220655074087928--- >P1;d2rdha1 ------------------677854675647---a3--7-554166250518c----------5302064---9---------a54020605------------9-92485097----5717701050253-----------407043607819-99b--- >P1;d2z8la1 ---------------------788876647---47--a-35427722033247-----d-b-4103056---8---------b76130305------------b-a3376076----66062020502427349-----9411205570764a-bc---- >P1;d3ea6a1 -------------------99767576536---674a--4153773604629------5--75202046----------b8--4301022a------------65a507911-------1650206521471a------a933207540743a------- >P1;d3r2ta1 -----------------c987668678947---63--6-42806703350664-----8-b22003163---6---------c44000105------------9-a1666159-----637203060214644b-----8710104370894a-aa---- >P1;d3seba1 -b997a476868b58a75987-56866637---4-97--404175230-4722-----5--72000050---519652-60--34000208------------569405613-------666030733025a80707--c650006650864-------- >P1;d4fo2a- -------------------a057913440775----b-06134-1150371461a9b---a74221010--49--------7741202729---8--85736603504720550274--6350-00000489----6-----44105502228------- >P1;d4ohja1 ------------------789756868847---66--b-5162660302506---------84405040---77--------801040606------------479440828------7654010702436a0764b98431020354076297------ >P1;d5elba- -------------------92-9716640865----a60412405440641663a79---975103030--88--------9340100226b508--a934a716821620570366--7320320002363----a-----2300120346a------- >P1;d5i4da1 ------------------a78-79a78847---63--7-33626725020694-----43b52000050---5---------844020005------------c-a148607a----0535702050222b183-----a3921033607919-9-a--- >P1;d6lwta1 --------------------b9a7767747---67--7-428069060714a---------97204063---7---------734010503------------9-b3886087----96094030502236539-----761120436063a4-a7---- >P1;d6ro0b2 -----------------------------55590c4747635258030463266a------8203000024aa--------82200000035----635266326704740850355--835020100221105009b19060000140241a9c3b92- >P1;d6ro0d- ----------------------------------637-8324223000463362817738541000020235c27aa48316-030001234788a35-------920630670278--552020200-4531518---a860120450340999-a307 >P1;d6ro0f- ------------------------------------9635835-204056155776c---826103000439c--------6a315000334939--b--58517712840550574--9130001025177----9c3---305045051065b4-60b Translating the sequences ----------------*******HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE****---------CCEEEE**---*****----***EEEEEC-------------***HH****------*C*EEEEEE********-----**EEEEC*EEECC*------ ---------------------------------------**EEEEEEE*******------CC*EEE***-------------*EEEEECC*-------------*HHHH*******--C*EEEEE******----------*EE*C*EEE*-------- ----------*************HHHHHH*------**-*EEEEEEEE-****-----*--CCEEEE**---***----**--*EEEEECC------------***HHHH**-------C*EEEEEE************-**EEEEC*EEECC------- ***********************HHHHHH*---*-***-*EEEEEE**-****-----*--CCEEEE**---***----**---EEEEECC------------***HHHH**-------C**EEEEE***************EEEEC*EEECC****--* ---------------********HHHHHH*---*****-*EEEEEE*******-----*--CCEEEE**--------------*EEEEECC------------***HHHH**-------C**EEEEE*****---------*EEEEC*EEECC------* ----------------*******HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE****---------CCEEEE*-----*****-*****EEEEEC-------------***HH****------*C*EEEEEE**********-****EEEEC*EEECC*------ ---------------********HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE****---------CCEEEE**---*****----***EEEEEC-------------****HHH**------*C*EEEEEE********-----**EEEEC*EEECC****--- ------------------*****HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE****----------CEEEE**---*---------**EEEEECC------------*-*HHHH***----****EEEEEE***-----------*EEEEC*EEECC-***--- ---------------------**HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE*****-----*-*-CEEEE**---*---------**EEEEECC------------*-*HHHH***----****EEEEEE*******-----***EEEEC*EEECC-**---- -------------------****HHHHHH*---****--*EEEEEEE*****------*--CCEEEE**----------**--*EEEEECC------------***HHHH**-------C*EEEEEE******------***EEEEC*EEECC------- -----------------******HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE*****-----*-***EEEE**---*---------***EEEECC------------*-********-----***EEEEEE*******-----***EEEEC*EEECC-**---- -********************-*HHHHHH*---*-**--*EEEEEEE*-****-----*--CCEEEE**---******-**--*EEEEECC------------***HHHH**-------C*EEEEEE**********--***EEEEC*EEEC-------- -------------------****HHHHHH***----*-**EEE-EE*E*********---*CCEEEE**--**--------***EEE**CC---*--*********HHHH*******--C**E-EEE*****----*-----*EEE**EEECC------- ------------------*****HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE****---------CCEEEE**---**--------**EEEEECC------------*********------*C*EEEEEE***************EEEEC*EE*CC*------ -------------------**-**HHHHH***----****EEEEEEE**********---*CCEEEE**--**--------***EEE**CC****--*********HHHH*******--C*EEEEEE*****----*-----*EEE**EEECC------- ------------------***-*HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE*****-----***CCEEEE**---*---------***EEEECC------------*-*HHHH***----****EEEEEE*******-----****EEEC*EEECC-*-*--- --------------------***HHHHHH*---**--*-*EEEEEEEE****---------CCEEEE**---*---------**EEEEECC------------*-*HHHH***----****EEEEEE*******-----***EEEEC*EE*CC-**---- -----------------------------***********EEEEEEEE*******------CC*EEE******--------***EEEEECC*----**********HHHH*******--C**EEEEE***************EEEE**EE*CC******- ----------------------------------***-**EEEEEEEE***************EEEE***************-*EEEEE*********-------*HHHH*******--C**EEEEE*-*******---***EEEE**EEECC**-**** ------------------------------------****EEE-EEEE*********---***EEEE******--------***EEEEE*C****--*--******HHHH*******--C*EEEEEE*****----***---*EEE**EEECC***-*** 50203.tem _________________________________ ----------------*******HHHHHH*---*****-*EEEEEEEE*******---*-*CCEEEE**---***----*****EEEEECC------------***HHHH*******-*C*EEEEEE**********-****EEEEC*EEECC****--- Structural block scores 0 15 - 4.7 H 75.0 75.0 50.3 7.9 70.9 75.0 70.8 75.0 75.0 75.0 75.0 12.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 16 22 * 3.0 P 6.6 75.0 6.5 6.8 7.5 8.4 7.1 26.1 55.7 36.6 17.6 16.6 35.4 26.6 45.7 36.8 47.3 75.0 75.0 75.0 23 28 H 4.6 H 6.7 75.0 6.2 6.2 5.7 6.3 7.3 5.3 6.5 5.5 7.0 5.8 3.5 6.7 4.0 7.8 6.3 75.0 75.0 75.0 30 32 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 29.0 75.0 28.7 75.0 75.0 6.3 75.0 75.0 33 37 * 3.0 P 33.6 75.0 47.8 19.6 6.4 33.4 33.6 34.1 34.3 20.5 33.0 34.0 62.3 34.7 48.3 33.2 34.0 5.5 33.2 48.0 40 47 E 4.8 H 2.6 3.6 3.1 3.6 3.1 3.2 2.4 3.6 3.6 4.0 3.6 2.8 11.2 3.0 2.5 3.9 3.9 3.2 1.6 12.1 48 54 * 2.3 P 34.4 4.9 34.1 34.7 25.2 34.9 34.4 35.9 24.1 35.1 24.4 34.3 4.6 34.0 5.2 24.4 35.4 5.4 4.6 5.1 55 57 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 31.8 75.0 30.3 75.0 75.0 75.0 5.0 31.2 61 62 C 4.5 M 8.0 7.0 6.5 5.0 6.5 5.5 6.5 40.0 39.5 6.0 2.0 4.5 5.5 6.0 6.0 3.5 8.0 5.0 2.5 4.0 63 66 E 4.9 H 0.8 0.2 0.0 0.0 1.0 1.2 1.5 1.2 1.0 1.0 1.0 0.0 1.2 2.2 1.0 0.0 1.5 0.8 0.0 1.0 67 68 * 1.1 P 0.5 1.0 6.0 6.5 5.0 40.0 1.5 5.0 5.5 5.0 4.5 2.5 0.5 2.0 1.5 2.5 4.5 0.0 1.0 0.0 69 71 - 4.5 M 75.0 52.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 51.3 75.0 52.7 75.0 75.0 5.5 3.3 5.3 72 74 * 3.3 M 4.3 75.0 2.7 3.8 75.0 26.3 5.3 53.0 52.7 75.0 52.0 5.0 53.0 29.7 52.7 51.7 52.3 53.5 7.2 54.2 75 78 - 4.5 M 40.5 75.0 75.0 75.0 75.0 22.0 40.0 75.0 75.0 75.0 75.0 22.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.2 75.0 79 83 * 3.2 M 33.6 61.6 33.6 46.8 60.6 5.5 33.7 48.1 48.7 34.7 48.3 31.8 33.6 46.6 33.2 47.4 47.0 32.4 17.0 33.9 84 88 E 4.8 H 1.2 1.8 0.2 0.6 1.8 1.0 1.6 2.4 2.6 1.2 1.0 1.2 2.4 2.2 0.6 1.2 2.0 0.0 0.8 1.2 89 90 C 4.7 H 37.5 6.5 4.0 4.5 4.0 38.0 38.0 2.5 2.5 6.2 2.5 4.0 5.5 3.0 4.0 2.5 1.5 1.5 2.5 3.0 91 102 - 4.5 M 75.0 69.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 34.8 75.0 18.2 75.0 75.0 28.0 35.0 29.5 103 105 * 1.8 P 7.7 52.7 6.8 6.3 6.0 8.5 8.2 31.0 32.3 7.2 31.5 6.7 2.7 6.7 5.0 32.7 31.8 5.0 53.0 5.0 106 109 H 4.6 H 4.8 4.5 3.8 4.5 3.5 4.5 4.0 4.8 4.8 5.2 4.8 3.8 3.2 4.0 2.8 4.8 6.2 3.8 2.8 3.8 110 116 * 3.1 M 54.7 3.9 54.0 54.3 54.1 54.9 54.7 45.1 44.7 53.9 45.0 54.1 3.3 55.0 3.9 45.4 45.0 3.7 4.3 3.7 121 126 E 4.9 H 2.3 0.8 3.0 2.5 2.5 2.3 2.2 2.2 1.5 3.0 1.8 3.2 13.3 2.0 1.2 2.3 2.0 1.3 1.0 0.7 127 136 * 2.2 P 19.5 40.4 4.0 3.4 39.5 5.2 18.8 53.5 25.6 32.5 25.8 4.2 32.7 5.4 32.5 25.4 25.5 2.0 17.7 33.1 138 141 * 3.0 P 38.5 75.0 21.5 5.9 58.0 3.2 39.2 57.2 22.2 24.4 22.8 24.6 75.0 4.0 75.0 24.4 22.2 4.0 24.9 57.0 142 145 E 4.8 H 2.5 3.8 1.8 2.0 2.8 2.5 2.5 2.8 2.0 3.0 1.2 1.5 2.2 1.2 1.2 1.5 1.8 0.0 0.8 2.0 148 150 E 4.9 H 4.7 2.0 4.0 3.7 4.0 4.7 3.7 5.0 4.3 3.7 5.7 4.7 1.3 4.3 2.3 5.3 3.0 2.0 2.3 2.0 151 152 C 4.8 H 4.5 41.5 5.5 5.0 6.8 6.2 4.0 5.0 7.2 6.8 7.2 39.5 5.0 5.5 8.2 5.0 7.2 5.8 4.5 3.0 153 156 * 3.8 M 59.1 75.0 75.0 8.8 75.0 58.5 6.5 26.1 43.5 75.0 42.8 75.0 75.0 58.0 75.0 42.4 41.9 9.0 25.9 23.9 157 159 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 54.2 53.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 28.7 3.3 5.8 >>>>>>