Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1jz8a1 -CEEE--EEEEEEEEC-----CCCCEEEEEEEEEEECC---CCCC--EEEEEEEEECC--EEEEEEEEECCCCCCCC-------CCCCCCEEEEE-EEEECCCCCCC-----CCCCCEEEEEEEEEC----C--CCEEEEEEEEECCC----------- >P1;d1jz8a2 -------CEEEEEEC-------------CEEEEEECCCCCCC---CCCEEEEEEEE-CCEEE-EEEEEECC-----CCCC-C--------EEEEECCCCC--CC-----CCC-EEEEEEEEEEE---CCCCCCCCCCEEEEEEEEEEE----EECCCCC >P1;d1yq2a1 -------CEEEEEECCCC--------CCCEEEEEECCCCCCC---CCEEEEEEEEE-CCEEE-EEEEEECCCCCCCCCCC-C--------EEEEECCCCC--CC-----CC--CCEEEEEEEEE---CCCCCCCCCCCEEEEEEEECC----CCC--CC >P1;d1yq2a2 -CCCC--EEEEEEEEE-----CCCCCCEEEEEEEEECC----HHH--CCEEEEE--HHH---CEEEEECC-----------------HHHCCCEE-EC--CCCCCCCC-----CCCCEEEEEECC------------CCEEEEEECCCC---------- >P1;d2je8a1 CEEEE--EEEEEEEEEC------CCEEEEEEEEEEEEC---CCCCEEEEEEEEEEECC--EEEE-EEEE-EEEECC--------EEE---EEEEE-EEEECCCCCCCCCCCC--CCCEEEEEEEEEC-------CEEEEEEEEEECC------------ >P1;d2je8a2 ---CCCCCCEEEEEEEC---------CEEEEEEECC---CCE---EEEEEECCCC-------CCEECCCC----EEECCC-C--------CEEEEEECC--CCC-----CC----CCCCCEEEC---HHHHCC-------------------------- >P1;d2je8a3 --------CEEEEEEEC---------CEEEEEEEECCC-CCE---EEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEE----EECCC-E--------EEEEEEEECCCCCC-----HHHHCCEEEEEEEEC---C-------CCCEEEEEEEECCCHHHCC----- >P1;d2vzsa1 CEEEE--EEEEEE-EECCC----CCEEEEEEEEEEEEC---CCCCEEEEEEEEEC--C-----E-EEEE-EEEECCC-------CEE---EEECCCEEEECCCCCCCCCCCC--CCCEEEEEEEEEC-------CEEEEEEEEEECCC----------- >P1;d2vzsa3 -------CEEEEECCC-----------CCEEEEEECCC-CCE---EEEEEEEEEEECCCCEE-EEEEEEEE----EECCCCE--------EEEEEECCCCCCCC-----C----EEEEEEEEEC---C-------CCCEEEEEEEEEE--CCCCCCCCC >P1;d3hn3a2 -CEEE--EEEEEEEEE-----C----CEEEEEEEEEEE---CCCC--EEEEEEEECCCC-CEEEEEE---------------------CCEEEEE-EC--CCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEE----ECCEEEEEEEEEEECCCC---------- >P1;d4cu7a2 CEEEEEEEEEEECCC-HHH--HCCCEEEEEEEEEEEEC---CCCCEEEEEEEEEEECCC-CCCCCCEECCCEEECCC-------CEE---EEEEE-EEEECCCCCCC--CCC--CCCEEEEEEEEEC-------C-CCEEEEEEECCC----------- >P1;d4cu7a5 --CCC--EEEEEECC---CEEECCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEE--CEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEEEEEECC------------CCEEEEEEEECC-----------CCCCEEEEEEEEC---------- >P1;d4jkla2 -CCEE--EEEEEC-CC-----C--CCCCEEEEEEEEEC---C--C--CEEEEEEECCCC-CEEEEEC-----------------------CCEEE-EC--CCCCCCCC-----CCCCEEEEEEEEEC-------CEEEEEEEEEECCCC---------- >P1;d5c71a2 -CCEE--EEEEEEEEE-----C----CEEEEEEEEEE----CCCC--CEEEEEEECCCC-CEEEEEE---------------------CCEEEEE-EC--CCCCCCCC-----CCCCEEEEEEEEC------CCCCEEEEEEEEECCCC---------- >P1;d6bjqa2 -CEEC--CCEEEEEEE-----CCCCCCEEEEEEECCEE------------CEEECCCCC-CCCEEEC---------------------CCCCEEE-EE--CCCCCCCC-----CCCCEEEEEEEC------------CEEEEEEECCCC---------- >P1;d6jz2a2 -CCEE--EEEEEEEEE-----C----CEEEEEEEEEE----CCC---CCEEEEEECCCC-CEEEEEE---------------------CCEEEEE-EC--CCCCCCCC-----CCCCEEEEEEEEC------CC-CEEEEEEEEECCCC---------- >P1;d6u7ja2 -CCEE--EEEEEEEEE-----C----CEEEEEEEEEE----CCCC--CCEEEEEECCCC-CEEEEEC---------------------CCEEEEE-EC--CCCCCCCC-----CCCCEEEEEEEC------------CEEEEEEECCCC---------- PSA >P1;d1jz8a1 -1602--526170604-----a7546020203010676---35c5--020100034cb--7422354350527846a-------96047430105-08068054459-----975340503030132----a--87433351350107----------- >P1;d1jz8a2 -------7060719a-------------62010205269340---82020402010-6a662-33662807-----0526-5--------4250605914--71-----973-31030104020---3863a61a5644217542627----448699a >P1;d1yq2a1 -------507070744bc--------55030602041a8740---66000403014-78943-65653406099740519-2--------6262505608--21-----89--76030002000---4964c7076145194252401----299--89 >P1;d1yq2a2 -2208--706061228-----76aa4030505060607----a80--0603020--661---a1744076-----------------89305626-08--80534699-----85320703030b------------656393601067---------- >P1;d2je8a1 10805--6050443516------883040103040407---277717020303012ba--8432-5364-724053--------741---70507-05078063544cb888--613050303000d-------b631144447210------------ >P1;d2je8a2 ---2470a083817047---------4401020507---430---340304062a-------c0815516----130545-7--------735040408--606-----6c----680606050---52555a-------------------------- >P1;d2je8a3 --------06040418b---------630203030949-630---76010102010387832b95232581----60226-3--------4501263709c207-----883033020401023---7-------7584216261403898315----- >P1;d2vzsa1 30105--605061-805b7----454030202010305---49a71704046500--a-----3-8053-4260736-------444---405076130780713359c678--545170403032c-------b7613547551207----------- >P1;d2vzsa3 -------814030279-----------74101010647-972---76030203021589642-23354780----6062735--------6240250591ba05-----7----5040301032---7-------8874115241814--588b87b9b >P1;d3hn3a2 -0503--706080525-----a----a20004070606---73b9--170302010488-7511747---------------------8586406-06--70523348865a925250302020207----2aa674535643601066---------- >P1;d4cu7a2 603048a10507146-0a8--22775020303050105---1775050200020245d5-a421a3451a5540627-------532---40714-05066083338--97a--2220102030235-------a-432436251007----------- >P1;d4cu7a5 --923--20305264---85030428430404010028848227818330605075--40602103092a9193577328885120303605110203047------------86750101040a-----------908346120604b---------- >P1;d4jkla2 -1605--505071-04-----b--85720404070414---7--1--63220103148a-7433415-----------------------93617-07--90524589-----94250203020239-------b84333643711068---------- >P1;d5c71a2 -3605--704081517-----c----93010405050----3198--370403021587-7422726---------------------7464506-06--8064357a-----8614030302014------b8874236653401055---------- >P1;d6bjqa2 -8503--506060804-----585a5210405090636------------501021485-7443439---------------------7690508-16--7041457a-----65140403042c------------a34642520066---------- >P1;d6jz2a2 -2507--717180534-----c----95020306060----54a---460203012475-7421328---------------------7375508-07--90434599-----7524030000024------ab-84334545710054---------- >P1;d6u7ja2 -6602--70709071a-----9----61020406070----4188--580202012496-8332515---------------------7263515-07--7063467c-----85150200050b------------b34533511067---------- Translating the sequences -****--*EEEEEE**-----******EEEEEEEE***---C***--*EEEEEEE**C--*E*EEEE**********-------******EEEEE-E***CCCC***-----**CCCEEEEEEE***----*--****EEEEEEE*CC----------- -------*EEEEEE*-------------*EEEEEE******C---***EEEEEEE*-CC**E-EEEE****-----****-*--------EEEEE*****--CC-----***-****EEEEEEE---***********EEEEEEE***----******* -------*EEEEEE****--------***EEEEEE******C---***EEEEEEE*-CC**E-EEEE*************-*--------EEEEE*****--CC-----**--*C**EEEEEEE---***********EEEEEEE*CC----***--** -****--*EEEEEE**-----******EEEEEEEE***----***--**EEEEE--***---*EEEE***-----------------******EE-E*--CCCC****-----*CCCEEEEEE**------------**EEEEEE*CC*---------- *****--*EEEEEE***------****EEEEEEEE***---C******EEEEEEE**C--*E*E-EE**-******--------***---EEEEE-E***CCCC********--CCCEEEEEEE***-------****EEEEEEE*C------------ ---******EEEEE***---------*EEEEEEE**---***---***EEE****-------**EE****----******-*--------*EEEE*E**--CCC-----**----CC***EEE*---******-------------------------- --------*EEEEE***---------*EEEEEEEE***-***---***EEEEEEE**CC**E*EEEE****----*****-*--------EEEEE*E***CCCC-----*****C**EEEEEE*---*-------***EEEEEEE*CC******----- *****--*EEEEE-*****----****EEEEEEEE***---C******EEEEEE*--C-----E-EE**-*******-------***---EEE***E***CCCC********--CCCEEEEEEE***-------****EEEEEEE*CC----------- -------*EEEEE***-----------**EEEEEE***-***---***EEEEEEE**CC**E-EEEE****----*******--------EEEEE*****CCCC-----*----***EEEEEE*---*-------***EEEEEEE***--********* -****--*EEEEEE**-----*----*EEEEEEEE***---C***--*EEEEEEE**CC-*E*EEEE---------------------**EEEEE-E*--CCCC**********CCCEEEEEEE***----*******EEEEEEE*CC*---------- ********EEEE***-***--******EEEEEEEE***---C******EEEEEEE**CC-******E**********-------***---EEEEE-E***CCCC***--***--CCCEEEEEEE***-------*-**EEEEEEE*CC----------- --***--*EEEEE**---*********EEEEEEEE******C******EEEEEEE*--C**E*EEE*************************EEEE*E***C------------*C**EEEEEE**-----------****EEEEE****---------- -****--*EEEE*-**-----*--****EEEEEEE***---C--*--*EEEEEEE**CC-*E*EEE*-----------------------**EEE-E*--CCCC****-----*CCCEEEEEEE***-------****EEEEEEE*CC*---------- -****--*EEEEEE**-----*----*EEEEEEEE**----C***--*EEEEEEE**CC-*E*EEEE---------------------**EEEEE-E*--CCCC****-----*CCCEEEEEEE**------******EEEEEEE*CC*---------- -****--**EEEEE**-----******EEEEEEE****------------*EEE***CC-***EEE*---------------------****EEE-E*--CCCC****-----*CCCEEEEEEE*------------*EEEEEEE*CC*---------- -****--*EEEEEE**-----*----*EEEEEEEE**----C**---**EEEEEE**CC-*E*EEEE---------------------**EEEEE-E*--CCCC****-----*CCCEEEEEEE**------**-***EEEEEEE*CC*---------- -****--*EEEEEE**-----*----*EEEEEEEE**----C***--**EEEEEE**CC-*E*EEE*---------------------**EEEEE-E*--CCCC****-----*CCCEEEEEEE*------------*EEEEEEE*CC*---------- 49303.tem _________________________________ -****--*EEEEEE***----*-****EEEEEEEE***-**C******EEEEEEE**CC-*E*EEEE*************-*------**EEEEE*E***CCCC****-***-*CCCEEEEEEE***-----*-****EEEEEEE*CC*---------- Structural block scores 1 4 * 2.4 P 2.2 75.0 75.0 3.0 3.2 39.0 75.0 1.5 75.0 2.0 1.8 22.2 3.0 3.5 4.0 3.5 3.5 5 6 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 9.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8 13 E 4.8 H 3.7 3.8 3.5 2.5 2.7 4.5 2.3 14.5 1.7 3.2 2.8 2.7 14.7 3.0 3.3 3.7 3.8 14 16 * 2.3 P 26.3 53.5 6.5 28.3 4.0 3.7 6.8 4.3 30.3 27.3 27.0 51.3 26.3 27.7 26.3 27.3 28.8 17 20 - 4.7 H 75.0 75.0 59.4 75.0 75.0 75.0 75.0 42.1 75.0 75.0 42.1 22.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 23 26 * 3.1 M 3.8 75.0 57.5 6.2 4.8 57.2 57.8 3.2 75.0 58.9 4.8 4.5 23.8 58.5 5.6 58.5 57.8 27 34 E 4.8 H 1.0 10.8 2.0 2.4 1.5 1.5 1.4 1.0 1.8 1.6 1.6 1.5 2.1 1.6 2.4 2.0 1.6 35 37 * 1.5 P 6.3 4.3 5.2 4.3 3.7 52.3 7.3 2.7 5.7 4.0 2.0 3.3 3.0 26.7 5.0 27.0 27.3 39 40 * 3.9 M 75.0 3.5 5.5 75.0 75.0 3.5 4.5 75.0 8.0 75.0 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 42 47 * 2.8 P 28.8 39.2 39.5 28.1 4.8 38.7 39.7 5.8 39.7 29.1 4.0 4.8 51.2 28.5 75.0 40.6 28.7 48 54 E 4.8 H 0.9 1.3 1.1 12.3 1.3 3.6 0.7 2.7 1.4 1.9 0.9 3.0 1.6 2.3 22.6 1.7 1.9 55 56 * 2.2 P 8.2 37.5 39.5 40.5 6.8 75.0 1.5 75.0 3.0 2.0 4.5 40.0 2.5 3.0 2.5 3.0 3.0 57 58 C 4.5 M 43.2 8.2 7.5 3.5 42.8 75.0 7.5 42.8 8.5 8.0 9.2 39.5 9.2 7.5 6.5 6.0 7.5 63 66 E 4.6 H 3.5 4.5 5.5 4.0 21.2 3.5 4.8 21.5 3.2 4.8 4.6 1.0 3.2 4.2 4.8 3.5 3.2 67 79 * 3.5 M 21.2 31.2 4.4 58.7 31.2 25.4 25.5 25.8 26.2 75.0 20.8 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 82 87 - 4.5 M 28.2 75.0 75.0 63.8 39.5 75.0 75.0 39.5 75.0 75.0 39.2 1.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 88 89 * 3.5 M 5.5 75.0 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 4.5 75.0 5.5 6.5 5.0 4.5 90 94 E 4.7 H 1.8 3.4 4.2 3.8 3.8 3.8 2.4 3.2 2.8 4.8 3.2 1.4 5.2 4.2 4.4 5.0 4.0 97 99 * 2.4 P 4.7 4.7 4.7 52.7 4.0 27.7 5.3 3.3 5.0 52.0 3.7 2.3 52.3 52.0 52.0 52.3 52.3 100 103 C 4.8 H 4.2 39.5 38.2 4.0 4.2 21.8 5.4 4.0 6.8 3.5 4.2 58.0 4.0 4.5 3.0 4.0 4.0 104 107 * 2.9 P 23.2 75.0 75.0 7.0 6.4 75.0 75.0 5.0 75.0 4.5 22.2 75.0 6.5 6.4 6.6 6.8 7.4 109 111 * 3.6 M 75.0 6.3 30.7 75.0 8.0 31.2 6.3 7.0 52.3 7.2 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 114 116 C 4.3 M 4.0 1.3 3.0 3.3 3.3 29.7 1.7 4.7 3.0 4.0 2.0 6.0 3.7 3.7 3.3 3.7 3.7 117 123 E 4.8 H 1.6 1.0 0.3 1.9 1.6 2.4 1.4 2.1 1.3 1.0 0.9 0.9 1.0 1.1 1.9 0.4 1.0 124 126 * 3.3 M 2.0 75.0 75.0 53.8 4.5 75.0 75.0 5.8 75.0 3.0 3.3 53.5 4.7 26.7 54.2 27.0 53.8 127 131 - 4.4 M 62.1 6.1 7.1 75.0 75.0 4.4 61.4 75.0 61.4 60.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 134 137 * 2.4 P 5.5 6.4 4.5 57.8 5.4 75.0 23.8 6.4 24.5 5.5 23.1 39.8 6.6 5.2 58.9 22.5 59.1 138 144 E 4.8 H 2.9 3.6 4.0 4.6 3.7 75.0 3.1 4.3 2.6 3.9 3.3 3.4 3.9 3.9 3.7 4.1 3.4 146 147 C 4.3 M 3.5 4.5 0.5 3.0 37.5 75.0 1.5 3.5 2.5 3.0 3.5 2.0 3.0 2.5 3.0 2.5 3.0 149 158 - 4.6 H 75.0 27.6 41.2 75.0 75.0 75.0 40.1 75.0 15.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>