Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1kxpd1 CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCC---CCHHHHHHH---HHHHH--CCCC--CCCCC-CCC------CCCCCCC-----CCCCC---CCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---- >P1;d1kxpd2 -------CHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCC--CCCC-CCCC--CCCCHHHHHCC---CCHHHHHHHHHHHHCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >P1;d1kxpd3 ----------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---CCCHHHHHHHHHHHHCCC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- >P1;d6hn1a1 -----CCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCC-CCHHH--HHCCCHHHHHC-CCCHHHHHHHCCCCCCC----CCCCC---CCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC- >P1;d6hn1a2 -------C--HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH--CCHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHCCCC--CCCCCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCC-C >P1;d6hn1a3 -------C--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHC-CCCCHHHHHHHCCCCCCCCCC--CCCCCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--- PSA >P1;d1kxpd1 aa6b725817621921883859604410004202411a0618404400731050046006----bb26---772168437---82874--3879--b0500-619------893a548-----93918---3484a60275289559512540022000120616392045008401800470083b649810762366168237505---- >P1;d1kxpd2 -------14950244288295a3021020031001006070720130043007002600a2b6a----71186103700750173039--348506700749734400430270643--a03b-3891--71185850259---b3963116000200211-905174007103401820460294a7377307824560576165317804 >P1;d1kxpd3 ----------71531286194950374058517764692799527631761070034006a---a158a5087347526873---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- >P1;d6hn1a1 -----97580100031664845502020003000100306185035007400720440386495a30556362010510151-a5069--41890040185-71760061048415790----a0795---8361862075068666600141002101120605354005107612710760084b822620453166146604501874- >P1;d6hn1a2 -------8--94332157884530432000200000040728403400742060251408-----747a6078343700720055297--007507900a4-859610621560741--9419b16715560074950153056637800320001001130627172025018303610770085b725620390175077316837b9-7 >P1;d6hn1a3 -------8--9503325768334003400130020002060810040023004006500a46aa-628613383167106500520988540a30550077-479713310490920771939--9285b61624290092698534442030005001241607791084017403801850183b944510692067137515820d--- Translating the sequences **********HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----*CC*---**HHHHHHH---H*HHH--CC**--****C-C**------**CCCC*-----*CCCC---CCC*HHHH***HHCHHHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---- -------C**HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC***----*HHHHHHHHHHH***H*H**--CC***HH***C*C***HHHHHH*CCCC--****-CCCC--*CCC*HHHH**---C*HHHHHHHHHHHH**C-CCCHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***** ----------*********CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---*CC**HHHHHHHHHH***---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -----**C**HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C****CC***HHHHHHHHH***-**HHH--*****HH***C-C***HHHHHH*CCCC**----*CCCC---CCC*HHHH***HHCHHHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****- -------C--HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C-----CC**HHHHHHHHHHH***H*HHH--CC***HH***C-C***HHHHHH*CCCC--*****CCCC****CC***HH***HHCHHHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHH**HHHHHHHHHH*****-* -------C--HHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC***-****HHHHHHHHHHH***H*HHH**CC***HH***C-C***HHHHHH*CCCC******--CCC***CCC*HHH****HH*HHHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**--- 48552.tem _________________________________ -------C**HHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC****CC**HHHHHHHHHHH***H*HHH--CC***HH***C-C***HHHHHH*CCCC*-*****CCCC--*CCC*HHHH***HHCHHHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-- Structural block scores 0 6 - 4.4 M 7.5 75.0 75.0 55.9 75.0 75.0 8 9 * 3.4 M 4.0 6.5 75.0 4.0 75.0 75.0 10 18 H 4.5 M 4.4 3.9 3.8 2.3 4.7 4.4 20 34 H 5.0 H 2.7 1.9 4.7 1.5 1.5 1.5 35 39 C 5.0 H 3.7 2.6 5.6 1.8 2.2 1.6 40 57 H 5.0 H 2.6 1.9 3.9 2.8 2.9 1.8 58 60 C 4.3 M 27.0 4.2 5.5 5.7 27.7 4.8 61 64 * 3.4 M 59.1 25.8 58.9 7.1 75.0 25.5 65 66 C 4.2 M 6.8 75.0 3.0 1.5 5.5 4.0 67 68 * 1.9 P 40.5 41.0 9.2 5.0 8.8 7.0 69 79 H 4.7 H 17.7 3.1 5.0 2.3 4.1 3.5 80 82 * 2.4 P 75.0 2.0 28.3 27.0 0.7 1.7 85 87 H 4.3 M 6.3 4.0 75.0 5.0 6.0 5.7 88 89 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 90 91 C 4.2 M 5.5 3.5 75.0 2.5 0.0 2.0 92 94 * 2.2 P 30.3 4.3 75.0 5.7 4.0 4.5 95 96 H 4.2 M 43.2 6.5 75.0 2.0 8.0 5.0 97 99 * 1.9 P 1.7 2.3 75.0 3.0 3.5 2.3 103 105 * 2.2 P 28.3 3.7 75.0 4.7 6.7 7.7 106 111 H 4.3 M 63.8 1.5 75.0 1.8 2.5 2.0 113 116 C 4.5 M 5.6 3.2 75.0 4.2 3.0 2.8 119 123 * 3.4 M 61.8 20.0 75.0 62.1 6.9 19.4 124 127 C 4.5 M 5.2 5.2 75.0 5.2 3.8 23.5 128 129 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 8.2 131 133 C 4.4 M 5.0 3.3 75.0 5.7 2.3 3.0 135 138 H 4.3 M 4.6 3.8 75.0 4.0 3.8 2.8 139 141 * 2.2 P 4.7 29.7 75.0 4.0 2.7 5.7 142 143 H 4.3 M 8.5 75.0 75.0 7.0 5.5 8.5 145 157 H 4.5 M 2.7 2.4 75.0 2.1 1.8 1.9 158 159 * 1.9 P 0.5 1.5 75.0 1.0 1.0 1.5 160 164 C 4.5 M 3.0 18.0 75.0 2.6 3.6 3.6 165 182 H 4.5 M 3.1 2.7 75.0 3.1 2.9 3.7 184 187 C 4.5 M 7.1 7.6 75.0 7.9 7.9 7.9 188 206 H 4.4 M 4.4 4.5 75.0 3.3 3.9 4.0 207 209 * 2.7 P 51.7 5.3 75.0 5.3 9.2 29.5 210 211 - 4.1 M 75.0 2.0 75.0 39.5 41.0 75.0 >>>>>>