Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1fcya- ------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCC---------------------------CCCCC----CCCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEECC-----CCEEEC---CCCCEEEHHHHHHHCCH-----HHHHHHHH-HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----CCCCHHHHHHHC------------------- >P1;d1g2na- --------------CCCCCCHHHHHHHHHCCC----CCCCCCCCC---------------------------------CCCCCCHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHCCCCCCEEEEE-C--CEEEEHHHHHHH--CC---HHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-C--CCCCHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCCCCHHHHHHHHHCC------------------ >P1;d1nq7a- ------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHC---CCCCC-HHHHHHHHH-------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECC-----CCEEEEC----CEEEEHHHHHHH--CC---HHHHHHHHH-HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---C-CCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCHHHHHHHC------------------- >P1;d1osha1 -----------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HH-----HCC--C---HH----HHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHH-HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCC----C-CCHHHHHHHCC------------------ >P1;d1pzla- --------------CCCHHHHHCHHHHHHHHH----CCCC----C---------------------------------CCCCCC-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHH-CCCC----CEEECC-C--CCEEECCCHHHH--HH---HHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-C--CCCCHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----HHHHHHHCCCC---------------- >P1;d1xvpb- ---------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH-----CCC---HHHCCCC--------------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECC-----CCEEEC--C--CCEECHHHHHHHC-CC---HHHHHHHHH-HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHH--HCHHHHHHCC------------------- >P1;d2e2ra- --------------CCCCHHHHHHHHCCCC-------CCCCCCCC-------------------------------------C-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCC-CC--CCEEEEC---CEEECHHHHHHCC-----CHHHHHHHHH-HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCCHHHHHHHCCCC---------------- >P1;d2iz2a1 -------------CCCCCC-CHHHHHCCCH--HHHHHHHHHHHHH-------------------------------------CCCCCCCCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC-CHHHHHCCC-CHHHHHHH--HHHCCCC-CCCCCCC---CCC-CCCCCCCCC-----CCCCHHHHHH-HHHHHHHCCCC-CCCCC-CHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---CHHHHHHCHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHCC----CCCCCCCCCCCCCC------------------ >P1;d3a40x- ------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCC--CCCCCCCC--------------------------CCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEECC-----CCEEECCCHHH-EEC-HHHHHCCC-CC---HHHHHHHHH-HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--HHHHCCHHHHHHHC------------------- >P1;d3cjwa1 -------------CHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----------------------------------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----CCCC-----------------------CCCCHHHHHHHH-HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHCCHHHHHHCCHHHHHHHHCHHHHCC----CCHHHCHHHHHCCCCCCC------------- >P1;d3fc6b- -----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCCCC---------------------------CCHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEECC-----CCEEEECC--CEEEC-HHHHHCCC-CC---HHHHHHHHH-HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-C--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-C--C--CCCHHHHHHHCC------------------ >P1;d3ilza1 CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-------------------------CCCCCCCEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCEEE---CCCEEECHHHHHHCCCC-----HHHHHHHH-HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHC-CCCCH----HHCCHHHHHHCCCCCC--------------- >P1;d3ltxa- ---------------CHHHHHHHHHCCCCC-------CCCCCCCC-------------------------------------C-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCC-CCC-CEEEEEC---CEEEEHHHHHHCC-----CHHHHHHHHH-HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHC----CCCCCHHHHHHHHHC----------------- >P1;d3olla- -------------CCCHHHHHHHHHHHCCC-------CCCCCCC--------------------------------------C-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCC--CC-CEEEEEC---CEEEEHHHHHHCC----CHHHHHHHHHH-HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCC-CHHHHHHHHC----------------- >P1;d3plza- ---------------CCCHHHHHHHHCCCC--C-CC-CCCCCCC----------------------------------------------CHHHHH-CCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHCC---CCCCCC---CCC-CHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHH-HHC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCCCCHHHHHHCC------------------ >P1;d3v3ea- ----------------CCHHHHHHHHHHHHCCCCC--------------------CCCCCCCCCCCCCCCCC--------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHH-----HCEEECC---CCCEEEHHHHHHH--HC---C-HHHHHHH-HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC-CCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--C--CCCHHHHHHHHHHC-CC------------- >P1;d3vhva1 -------CHHHHHHCCC-CHHHHHHHHCCC-------CCCCCCCC-------------------------------------C-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHCC-CCEEEEC---CEEECHHHHHHCC-----CHHHHHHHHH-HHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCEEEC----CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH-HHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEECCCCCC >P1;d6kaxa- --------------CHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCEEECCHHHHHHHHHHHC-------------HHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEC-------CEEEECCC--CEEEEHHHHHHCCCCH---HHCCHHHHH-HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---CCHHHHHHHCCCC---------------- >P1;d7axea- -----------CCC-CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-CCC--CCCCCCHHHHHCCHHHCCEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCEECC-----CCEEEEC---CEEEEECCC------------CCCCHHHH-HHHHHC-CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCC-CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHCC-CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCC------CCCHHHHHHHCCC--CC------------- >P1;d7bjud- --------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------------CC------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEECC-----CCEECCC---C-CCCCHHHHHHCC-CC---C-CHHHHHH-HHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC-CCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---C--CCCHHHHHHCCC------------------ PSA >P1;d1fcya- ------------94891461075016005500332961c---------------------------3573b----4429935----7025a007320602262055036005403605904960052012300200100010200138-----641001---44000043100100010-----80055007-00470450804400000000000010719-----80654a4057225403700532045317---a5581145037118603901750561185047107----66028406601b------------------- >P1;d1g2na- --------------9b4704182035028697----912601203---------------------------------95060588--439533630621083037104103500306805460003003600010110210220-1830ba52530013-8--c22242850487--92---08103300530045048250450000000000003181a-----907247506702640382034206742-7--a3a9028402711420550083136215725----1015a504620352069------------------ >P1;d1nq7a- ------------77a3176106302700830022569509818---56406-a94177127-------------------------46333002210622042053034005406304704860172015500100100020010027-----5610013----620033600720--80---661065107-00660271904340100000000011918-----90643860561164024005510663---1-b59701550471375046017106710660385359204650193048118------------------- >P1;d1osha1 -----------8068a167217701510571637--------------------------------------------------------931752185032105004500460230780598015101260010010001001--12-----353--6---9a----618643751380b07780072117-00720071904530000010000012818-----9055553057216401600640083225---8387027204a208305504930771058147764----a-04930460170------------------ >P1;d1pzla- --------------7a1650071045004404----7526----a---------------------------------618618-----30726120601441061033005303204816890241014220010000510130-0729----410010-2--630023905608--82---16114200440052037270554000100001001090a-----a07657606603620442046306849-a--819b22860371262045007301520640576842a04----a201500061c---------------- >P1;d1xvpb- ---------85a28aa26721841250177103600650272-----701---910473a--------------------6616892748501402030120005103500541750460478016101330000011011031023a-----551130--2--5022237135205-03---780074118-00140361705510100001000000708-----805459503813650160041206227-975058702660490164036019402600651a----8037--3062048019------------------- >P1;d2e2ra- --------------793282044028012a-------72607268-------------------------------------9-489654110410030113107414600640470690596013100210000010020023--019-49--9400104---413046840480a-----03a1051027-00840381903420000000000050707-----51668a4067035304700650071518---8268118503801610370085026313611577----8070692035005195---------------- >P1;d2iz2a1 -------------a87147-0671585253--9715740371067-------------------------------------20775b81642400-4002310631461076082087079901-402640000-01010000--1023a05-6627091---814-180105042-----45713a4157-01750491602-00000-1001004280a-----908469204702670473046107422591a---702750470263046-056006303731678----5059a330708444------------------ >P1;d3a40x- ------c9a6690786257017502500561046817307704--70622c0d--------------------------b568a4035501002010122121073037004301006706880163003300000100031410239-----54013088961-205-56022100-17---880174129-00260261a03420100000000001708-----a085594056016401700310061506-7992770375047116403702821461066047388--05820292046006------------------- >P1;d3cjwa1 -------------89a2780065038002590a----------------------------------------------------------ba3932710240060002002302403a08580011004300000000000127051-----632a-----------------------a26461163014-0054037290351000000000000260b-----b066594057037303400312067525---b5780285038126203805571015000583149----45044305710665a6bb------------- >P1;d3fc6b- -----------9059a269108601501650475047329803--720a4867---------------------------939a046---300201130221306104300540420480778006101330010010011023045c-----75102218--62506-47214400-13---771052107-00740371807610000000000010706-----a095573066127502600521064435-a--47711440271274048037107701820674-7--1--802940370128------------------ >P1;d3ilza1 9aa9579296620689148207500500560042a-------------------------86377545605a91057283604693400570253107114410520340065062045059-0262002300100100110200259-----340001---10401043600310120-----71045007-0045058090430000000000000291a-----b065-96057026503600310014271---b26801530471064036018-0481014-18377----9312930360047887--------------- >P1;d3ltxa- ---------------a27711730664003-------81507076-------------------------------------a-666735200510060002007303600520330570699016200330000000010022--027-311-8001005---3030559206505-----0460052007-004504629045310000000000600a8-----71815a3167045504801760067215---96990255038018505600-4018113402858----709048304610623----------------- >P1;d3olla- -------------72738600530470235-------8172643--------------------------------------b-890736400411060225205403600560110570685116101440010010030022--018--56-8401105---8030636306308----90370042018-0044037180745000000000006081794a4baa629731770281047006400565947a7638623520370296045006311710360275----a1070-9204710655----------------- >P1;d3plza- ---------------a32a20440171147--8-44-9069526----------------------------------------------821242-00211005214600660220560777016301430001011023011--00440b---603010---062-627601861b--951370154127-107-0493701530000010000024808-----a0754a20470167036104600653274-----a02a-0372264047005532812461365a----30491820371051------------------ >P1;d3v3ea- ----------------a7a2163026015402079--------------------9715496068738076c--------------4065a20430061048007304500540450470286025300130001000100012050c-----6210001---8000014110110--04---a-0053006-0052037190542100010022002-62b-----9064494045038505711881578689-----b65466159237506602630271065026273--1--81285036005551-88------------- >P1;d3vhva1 -------a787677792-64162068122a-------71609167-------------------------------------9-571544201101140104106314800760340870386026101100010010011012--0164170-7401102---4030667106405-----1292036027-00440360705350000000000001026----930644a3057015602610762058-----e7476213300400040061066017310702542-b75708039305810550164356a515311124c >P1;d6kaxa- --------------aa38611750351037305110850682189a245054481055006824-------------6a2067d255100110532057125117204500620350690598028101110000000012001057-------70003360--5010218004604710---140134006-00270271706020000000000000706-----c0565980570389024004320873---169398024404711740471045005104605761b609---0475046016804---------------- >P1;d7axea- -----------908-725611830230075103670680-d15--40b9aaa7596001923403032379a7396303968a8421---4113030204120064025006304205804770161013300000010010110329-----6110505---7010414eb------------73b23115-001503-2a04730000000000000709-----90756-606-127602600521072407-688277017503700950350186342055016136------1018203701728--89------------- >P1;d7bjud- --------a15716980680185028517a2328------------------------------b7------------------------c317600510130052025005903009704860262013400100020100140449-----6420509---8-300337115608-03---7-2075107-0035057170551100000000000-709-----b066492056016602500401022638349708432850370286056117426711740587a---4--602740291182------------------ Translating the sequences ------------******HHHHHHHHH************---------------------------*****----*******----******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C*EE*---****E**HHHHH*****-----HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*---**CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C*----**CCHHHHHHHC------------------- --------------******HHHHHHH*****----*********---------------------------------********--****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-********C*EE**-*--**E**HHHHH**--**---*HHHHHHHH**HHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-*--**CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHH**----********HHHHHHHC*------------------ ------------******HHHHHHHHH****************---*****-*********-------------------------******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC**HH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C*EE**----**E**HHHHH**--**---*HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---*-**CCHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*******CCHHHHHHHC------------------- -----------*******HHHHHHHHH*******--------------------------------------------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--**-----*C*--*---**----*HHHHH************HHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*---**CCHHHHHH*HHHHHH*HHHHHHHHHHHHHH*C*----*-CCHHHHHHHC*------------------ --------------****HHHH*HHHH*****----****----*---------------------------------******-----***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC**HH*CCHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHH**-****----C*EE**-*--**E*****HH**--**---*HHHHHHHH**HHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C-*--**CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*****----HHHHHHHC***---------------- ---------*********HHHHHHHHH***************-----***---*******--------------------************HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC**HH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C*EE*--*--**E**HHHHH***-**---*HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C-*****CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHH**----****--*CHHHHHH*C------------------- --------------****HHHHHHHH****-------********-------------------------------------*-********HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--***-**--C*EE***---**E**HHHHH***-----**HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*---**CCHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C----***CCHHHHHHHC***---------------- -------------******-*HHHHH****--*************-------------------------------------**************-HHHHHHHHHHHHHHHCCCC***CC****-*HHHHH***-*HHHHHH*--*******-C******---***-*********-----****HHHHHH-HHHHHH**CCC-*****-*HHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC****---CHHHHHH*HHHHHH*-*HHHHHHHHHHHH*C----***CC*******C*------------------ ------************HHHHHHHHH****************--********--------------------------*************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C*EE******-*E*-HHHHH***-**---*HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*-****CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C*--****CCHHHHHHHC------------------- -------------*****HHHHHHHH*******----------------------------------------------------------****HHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C**-----------------------****HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*---**CCHHHHHH**HHHHHH**HHHHHHHH*HHH*C*----****H*HHHHHC******------------- -----------*******HHHHHHHHH****************--********---------------------------*******---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC***CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******-----*C*EE***--***E*-HHHHH***-**---*HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*-*--*CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*--*--*CCHHHHHHHC*------------------ ******************HHHHHHHHH********-------------------------********************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC**HH*CC*-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH******-----*C*EE*---****E**HHHHH*****-----HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*---**CCHHHHHH*HHHHHHHHH*-*HHHHH*-***C*----**CCHHHHHH*C****--------------- ---------------***HHHHHHH*****-------********-------------------------------------*-********HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--***-***-C*EE***---**E**HHHHH***-----**HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*---**CCHHHHHH*HHHHHHHH*-*HHHHHHHHHH*C----***CCHHHHHHH***----------------- -------------*****HHHHHHHHH***-------*******--------------------------------------*-********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--***--**-C*EE***---**E**HHHHH***----***HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCC*****CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C********HHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*----****C-*HHHHHH***----------------- ---------------***HHHHHHHH****--*-**-*******----------------------------------------------**HHHH-**HHHHHHHHHHHHH*CCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--******---******---***-*HHHHH****--****HHHHHHHH-HH*-****CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC**-----C***-***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C----***CC*HHHHHHC*------------------ ----------------**HHHHHHHHH********--------------------*****************--------------******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C*EE**---***E**HHHHH**--**---*-HHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCC-CCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-----CCHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*--*--*CCHHHHHHH****-**------------- -------**********-*HHHHHHHH***-------********-------------------------------------*-********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--*******-C*EE***---**E**HHHHH***-----**HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCC***C----*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-----*****HHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-******CCHHHHHHH******************** --------------****HHHHHHHHH*************************************-------------***************HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC***CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-------C*EE****--**E**HHHHH******---*H**HHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---****CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C****---CCHHHHHHHC***---------------- -----------***-***HHHHHHHHH************-***--******************************************---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C**HH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----*C*EE**---***E*****------------****HHHH-HHHHH*-*CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCC*-***-*HHHHHHHHHHHHHHHC*-****CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHH**HHHHHHH*C------*CCHHHHHHHC**--**------------- --------**********HHHHHHHHH*******------------------------------**------------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC***CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******-----*C*E***---*-****HHHHH***-**---*-*HHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCC-CCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC********HHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C---*--*CCHHHHHH*C*------------------ 48508.tem _________________________________ -----------*******HHHHHHHHH******************--***----------------------------**************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******-**-*C*EE***--***E**HHHHH***-**--**HHHHHHHH-HHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC******CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*******CCHHHHHHHC***---------------- Structural block scores 0 10 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 62.5 75.0 75.0 44.9 75.0 75.0 7.5 75.0 75.0 75.0 75.0 50.7 75.0 75.0 56.0 11 17 * 2.2 P 15.7 36.6 15.8 5.6 35.6 7.1 35.1 25.8 5.3 26.6 5.9 4.3 45.6 25.3 45.1 56.1 16.1 36.7 15.1 5.3 18 26 H 4.8 H 2.9 2.6 2.8 3.4 2.4 3.3 3.1 12.7 3.0 3.3 3.3 3.0 3.9 2.8 3.3 3.4 3.8 3.2 2.7 4.1 27 44 * 2.6 P 27.6 19.8 12.0 47.4 35.7 15.1 32.0 12.1 11.6 51.5 11.9 43.2 31.2 35.6 24.4 43.2 32.0 3.7 16.0 47.7 45 46 - 4.4 M 75.0 75.0 40.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 4.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.2 2.0 75.0 47 49 * 4.1 M 75.0 75.0 3.3 75.0 75.0 2.7 75.0 75.0 3.3 75.0 4.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.0 10.3 75.0 50 77 - 4.5 M 55.0 75.0 50.2 75.0 75.0 57.5 75.0 75.0 67.9 75.0 67.7 30.0 75.0 75.0 75.0 33.0 75.0 36.9 4.7 70.3 78 91 * 2.9 P 25.0 15.1 44.2 65.1 29.6 15.1 30.1 25.1 9.6 70.5 30.0 3.9 30.0 30.2 65.0 44.8 29.4 3.9 20.1 65.4 92 111 H 4.9 H 2.7 2.7 2.0 2.6 2.2 1.6 2.1 6.0 1.8 2.6 1.7 2.5 1.9 2.3 5.6 2.5 2.1 2.8 1.9 2.1 112 115 C 4.5 M 3.2 2.0 3.2 2.8 2.0 4.2 3.8 4.0 1.0 2.2 2.5 3.2 2.0 2.0 2.5 3.2 3.2 2.5 2.2 3.0 116 117 H 4.5 M 2.5 3.0 2.0 3.5 2.0 2.0 3.0 4.0 3.0 1.5 2.0 2.0 2.5 2.5 2.5 2.0 4.0 3.0 2.5 4.5 119 120 C 5.0 H 2.0 2.5 2.0 2.5 3.5 2.0 2.5 3.5 3.0 4.0 3.5 2.5 3.0 3.0 3.5 1.0 1.5 2.5 2.0 2.0 121 142 H 4.9 H 1.5 1.4 1.8 1.6 1.9 1.7 1.3 8.5 1.9 1.0 1.6 4.8 1.6 1.7 1.9 1.4 1.4 1.5 1.5 1.7 143 148 * 2.2 P 14.5 14.8 14.2 38.2 14.5 15.2 27.2 25.5 15.0 15.0 16.6 15.2 26.8 26.8 25.8 15.8 26.5 27.2 15.0 16.0 150 151 * 4.0 M 75.0 11.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 2.0 40.0 5.8 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 156 157 E 4.5 M 0.0 0.0 0.0 75.0 0.0 2.0 0.0 4.5 2.0 42.8 1.0 0.0 0.5 0.5 1.5 0.0 0.5 0.0 2.5 2.5 158 160 * 2.4 P 50.3 26.3 26.3 52.0 25.3 50.0 1.7 3.3 5.3 75.0 3.7 50.3 1.7 2.0 0.3 25.3 1.0 4.0 26.7 28.0 161 162 - 4.4 M 39.5 41.5 75.0 42.0 38.5 38.5 75.0 75.0 7.5 75.0 75.0 38.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 37.5 75.0 75.0 163 165 * 2.5 P 1.3 29.8 27.7 53.5 28.0 26.7 26.7 28.0 26.0 75.0 4.3 1.3 26.0 27.7 27.0 2.7 26.3 26.7 2.7 28.7 167 168 * 2.0 P 2.0 3.0 1.5 40.5 1.0 2.0 2.0 38.0 40.0 75.0 40.5 2.0 2.5 3.0 40.5 0.5 3.0 1.0 2.5 1.5 169 173 H 4.5 M 1.0 3.8 3.2 4.4 4.6 3.8 4.4 2.8 3.0 75.0 3.6 2.4 4.4 3.6 3.2 1.4 4.0 2.6 36.0 3.4 174 176 * 1.8 P 0.0 30.0 25.7 4.3 27.7 2.3 6.2 2.0 0.3 75.0 1.3 0.7 3.3 3.7 5.0 25.3 3.0 3.3 75.0 4.7 178 179 * 3.2 M 37.5 5.5 4.0 4.0 5.0 1.5 75.0 75.0 4.0 75.0 2.0 37.5 75.0 75.0 75.0 2.0 75.0 0.5 75.0 1.5 180 181 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.2 75.0 75.0 75.0 42.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 182 183 * 2.8 P 75.0 37.5 40.5 7.0 38.0 41.0 1.5 4.5 41.5 5.0 41.0 75.0 2.0 1.5 2.0 42.8 1.5 38.0 75.0 41.0 184 191 H 4.8 H 3.1 2.5 3.2 3.2 2.2 3.6 3.3 4.8 4.0 2.8 2.9 3.0 2.5 2.8 3.4 11.1 3.6 2.2 4.2 12.1 193 198 H 4.8 H 2.5 2.2 2.3 1.5 1.7 1.3 2.5 2.8 1.7 2.0 2.3 2.3 2.2 1.8 14.5 1.7 1.8 1.8 1.5 2.2 199 200 * 1.1 P 2.5 5.0 4.0 4.0 4.5 3.5 4.5 5.0 3.5 4.5 4.0 4.0 4.0 4.0 6.0 4.0 3.0 4.0 38.5 4.0 201 203 C 5.0 H 4.0 3.0 4.3 4.3 4.0 4.0 4.0 2.7 4.5 4.0 5.0 4.3 4.3 5.0 2.7 4.7 4.0 4.3 4.8 4.0 204 215 H 4.9 H 0.3 0.4 0.7 0.8 0.9 0.7 0.5 12.7 0.6 0.5 0.6 0.2 0.8 0.8 0.8 1.0 0.7 0.2 0.8 0.6 216 221 C 4.8 H 3.0 3.9 3.3 3.3 3.4 2.5 3.2 4.1 2.7 3.2 2.3 3.8 4.1 3.7 3.7 16.1 1.5 2.2 2.7 15.2 222 226 - 4.9 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.8 75.0 75.0 61.8 75.0 75.0 75.0 227 230 C 5.0 H 4.8 4.5 4.8 4.8 5.9 4.2 4.5 5.2 5.9 5.9 6.1 5.6 4.2 7.2 5.6 4.8 3.2 5.9 5.2 5.9 231 252 H 4.9 H 3.4 3.6 3.3 3.1 3.7 3.1 3.7 3.7 2.9 3.4 3.3 6.1 4.0 3.7 3.4 4.5 7.0 4.0 9.7 2.8 254 259 * 3.0 P 41.2 40.9 40.4 40.2 40.8 16.8 40.5 29.2 18.0 41.1 40.8 39.9 40.8 6.2 51.8 64.0 41.8 28.2 17.7 5.2 260 261 C 4.5 M 6.5 9.8 8.0 7.5 10.2 7.5 7.0 41.0 7.0 7.5 7.0 7.0 9.0 7.0 42.8 8.8 6.5 8.5 7.0 6.0 262 267 H 4.9 H 2.3 2.7 2.5 2.5 3.5 3.0 3.0 3.0 3.2 3.0 2.0 2.2 2.5 2.5 15.1 4.5 1.5 2.3 2.7 3.5 269 289 H 4.8 H 3.7 6.5 3.4 3.8 2.9 6.6 2.8 6.5 3.3 3.0 3.6 9.8 6.3 3.0 3.4 3.3 2.3 3.0 3.0 3.9 292 298 * 3.3 M 45.6 13.9 4.4 55.6 24.4 34.7 45.0 44.3 24.7 45.4 45.1 45.6 45.1 34.8 43.9 44.6 16.2 35.9 64.4 55.0 299 300 C 4.5 M 1.0 2.0 0.5 2.0 75.0 1.5 3.0 9.8 1.0 2.0 1.0 1.5 2.0 37.5 5.0 1.5 1.5 2.0 0.5 1.0 301 307 H 4.8 H 3.6 2.6 3.7 3.3 2.6 3.0 2.7 3.6 3.0 2.9 3.4 3.0 3.1 3.3 3.0 3.1 3.7 3.3 3.0 3.4 309 311 * 3.2 M 75.0 53.0 75.0 50.0 6.5 75.0 5.0 51.3 75.0 7.2 52.7 7.7 26.7 28.3 50.3 3.7 2.0 4.0 28.3 50.7 312 327 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 62.8 75.0 70.8 75.0 75.0 75.0 66.6 4.4 75.0 66.7 75.0 >>>>>>