Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1dcea1 -----------------------------------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCC-------HHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHH--HHHHHHHHHHCC-CCHHHHHHHHHHHHHHC------CHHHHHHHHHHHHHHHH-HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >P1;d2h6fa1 CCCCCCCCCCCHHHCH-HHCCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH-----C--CCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------CHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC----------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCC----CHHHCHHHHHHHHHHCC-----------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------- >P1;d3sfxa- -------CCCCHHHCH-HHCCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCC-------------------CCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC----CC-CCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC---------CHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHC------------- >P1;d4l9pa- ---------CHHHHCH-HHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCC---CCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC------CHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH----CC-CHHHHHHHHHCCCC------------CCCHHHHHHHHHHHHHCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---- >P1;d4ydea- ------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC------CHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHCC----------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC----CC-CHHHHHHHHCCCEECC-------CCEECCHHHHHHHHHHHHHCC---------CHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCC------------- PSA >P1;d1dcea1 -----------------------------------------ac98a8ccb5881173057239586246300610360057505273005001400440496258953782278009203600742460940070031004329-----91628304600670198646171006013201832929-------4770163058119a461151005002500371309899--------------a9232034a1026005302920394182600050043006349791308049704810570--062038029836-80220010000000104------12812850371084048-206843a504803670381073155667a8 >P1;d2h6fa1 926083990520561a-70870a3373a448----a29a57----828542400010020047552435201400500041506384007001300932---------92726800700361037537182006004100431-----5--318503a00360095445091007002100641831a--------8037105600965160830070041002336419----------------------689116501630151056227050005003400586----10152790175038426-----------643023002000200322054a1a84760074036105500773158558503612620585158-------- >P1;d3sfxa- -------b2720774a-80770925549479----b3aa67----a36751510100020026582336201800260032426285008102300242---------b3516701610460495826352015002300451-----329605a00730083067545395005003200520284a2089a2096028104510765260730090021020519-------------------908--5599136600430062008204070007002700951----93-5135016005300842507b23aa0720032002010101444a---------559302710540165316855b5036237606------------- >P1;d4l9pa- ---------8715848-60781935a37473a89a82aa57----b35851420110030026682236101600240072416284006001600342---------8360870173037104732a1610070033004259---30691288005102600746351940070031002105007------3730270046109851608200900100200146697b43b4244a378944031791769306700920342065126060005003600300----41-5144039106701b------------070010010002010533-----b5a9048303600330266224936a5035127507884777987---- >P1;d4ydea- ------------7b29380970953917366----91aa27----8178723710110210377733451013004300635152820050013004517--------b380480061027105844a0720060023005102756c8907133016004400655450920060052004318009------2a60271047108852507200700210203458507----------------------89605700820250066326040008001500731----b2-512603a004600449-------547070120020004004637---------449504700530375215853b5056127609------------- Translating the sequences -----------------------------------------****CCC**HHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH*************HHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH***-----CCC*HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCC-------*HHHHHHHH*****CCCCHHHHHHHHHHHH**CCCCC*--------------CCC**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*HHHHHHHHHH**C****CC*CCHHHHHHHHHH--**********CC-CCHHHHHHHHHHHHH*C------***HHHHHHHHHHHHHH-*CHHHHHHHHHHHHHHHHHH********** *********C*HHHCH-HHCCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH-----C--CC**HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------*HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*CCCCC----------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH**C----C***CHHHHHHHHHHCC-----------CCCCHHHHHHHHHHHHH***********HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------- -------**C*HHHCH-HHCCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCHHHHHHHHHHH**CCCCHHHHHHHHHHHHHH**CC*******HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHH*CCC-------------------CCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC----CC-CCHHHHHHHHHHCC**********CCCCCHHHHHHHHHHHHHCC---------*HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH*------------- ---------C*HHHCH-HHCCCCCCCCCCCC****CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC*HHHHHHHHHH****---*CCCCC**HHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC------*HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCC***************CCC**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHH*----CC-C*HHHHHHHH**CC------------CCCHHHHHHHHHHHHHCC-----****HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH******---- ------------**C****CCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C*--------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC*HHHHHHHHHHHHH*****CCCC*HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC------*HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCC***CC----------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC----CC-C*HHHHHHH*******-------*C**CCHHHHHHHHHHHHHCC---------*HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH***------------- 48439.tem _________________________________ ---------C*HHHCH-HHCCCCCCCCCCCC----CCCCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHH*----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC------*HHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---------------CCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC----CC-CCHHHHHHHHHHCC**-------*CCCCCHHHHHHHHHHHHHCC------***HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------- Structural block scores 0 8 - 4.3 M 75.0 5.1 59.8 75.0 75.0 11 13 H 4.1 M 75.0 3.7 4.7 4.7 31.2 17 18 H 4.1 M 75.0 3.5 4.0 3.0 4.0 19 30 C 4.5 M 75.0 5.7 5.7 5.6 5.4 31 34 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 9.5 75.0 35 40 C 4.5 M 75.0 7.3 8.1 7.2 6.7 41 44 - 4.5 M 10.0 75.0 75.0 75.0 75.0 45 47 C 5.0 H 10.3 6.0 6.5 6.5 5.3 48 62 H 4.9 H 5.5 1.9 2.0 2.2 2.9 63 67 C 4.9 H 5.0 3.8 4.2 4.2 4.8 68 80 H 5.0 H 2.8 1.7 2.3 2.2 2.0 81 84 C 5.0 H 3.0 3.5 3.5 3.2 3.2 85 97 H 5.0 H 2.2 2.7 2.5 2.5 2.2 99 107 - 4.4 M 5.7 75.0 75.0 75.0 67.4 108 110 C 4.5 M 5.7 6.0 6.5 5.7 7.5 111 124 H 5.0 H 3.4 3.1 3.6 3.4 3.0 125 128 C 5.0 H 3.0 4.0 4.8 4.1 4.6 129 142 H 4.7 H 2.4 2.1 2.0 2.2 1.9 144 147 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 57.0 7.6 148 152 C 4.5 M 18.6 31.8 4.0 3.6 5.0 153 165 H 4.7 H 4.0 3.8 3.8 3.2 2.5 166 169 C 5.0 H 4.2 3.2 4.2 3.8 3.5 170 183 H 5.0 H 2.4 2.2 2.2 1.9 2.3 184 187 C 4.6 H 23.8 5.6 6.1 3.0 4.2 188 193 - 4.5 M 75.0 75.0 5.2 75.0 75.0 195 207 H 4.7 H 4.5 9.2 3.8 3.6 4.2 208 211 C 5.0 H 3.0 3.0 3.2 3.0 3.0 212 223 H 5.0 H 1.8 2.1 2.0 1.8 1.8 224 230 C 4.2 M 5.3 14.4 45.0 4.7 4.6 231 245 - 4.5 M 70.6 75.0 75.0 6.0 75.0 246 248 C 4.2 M 7.2 75.0 5.7 1.3 75.0 249 250 - 3.8 M 2.5 75.0 75.0 8.0 75.0 251 252 C 4.3 M 1.5 40.5 5.0 4.0 75.0 253 269 H 5.0 H 3.3 3.4 3.4 3.6 3.8 270 273 C 5.0 H 3.8 2.8 1.5 2.2 2.8 274 286 H 4.8 H 2.1 2.3 2.8 1.8 2.2 288 291 - 4.5 M 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 292 293 C 4.8 H 1.5 0.5 6.0 2.5 6.8 295 296 C 4.2 M 2.0 3.5 3.0 3.0 3.0 297 306 H 4.7 H 4.1 4.4 2.3 3.4 3.1 307 308 C 4.1 M 75.0 4.0 4.0 6.2 2.0 309 310 * 3.0 P 3.0 75.0 3.0 75.0 6.5 311 317 - 3.8 M 3.4 75.0 5.6 75.0 75.0 319 323 C 4.5 M 18.4 17.6 1.8 31.4 3.6 324 336 H 5.0 H 0.5 1.1 1.4 0.8 1.5 337 338 C 4.2 M 2.0 1.0 7.2 3.0 5.0 339 344 - 4.4 M 75.0 6.5 75.0 64.4 75.0 345 347 * 3.0 P 3.7 5.7 75.0 8.2 75.0 348 361 H 4.9 H 3.6 2.7 3.4 2.7 3.6 362 364 C 4.7 H 25.7 3.7 3.0 3.3 2.7 365 382 H 4.7 H 4.2 4.2 16.6 4.9 16.6 383 384 * 3.0 P 5.0 6.5 75.0 7.0 75.0 385 392 - 4.2 M 6.1 75.0 75.0 41.4 75.0 >>>>>>