Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ewqa1 CC----------------CCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------CCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEEEEHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEECCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >P1;d1wb9a1 CHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCHH---HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEEEEHHHHCCCCCCCEEEEECCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC PSA >P1;d1ewqa1 9d----------------8867265202030500633054136873a78a5447277415703775b304200720760220470044036570315201301300400460284087---------a190160560174036003990267166a400469318603811652580542188117403961806705054488301000045632b7029805611729641101176-47327404503641571054004602440354182025006200400000020015555a >P1;d1wb9a1 9a865786312714a6698b05045215000500221046113883a7884455276028203a---31a8026106507104500630374706050015005003103503720670b191038018305414a0251036004a903642790a0028913a6048237517b1962286015503860808406054388410103045c218502a8077224498111111650470076057069513710470054006502552a6066004000200000020215854b Translating the sequences C*----------------CCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH***HHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C---------****CCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEEEEHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEEC**-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC CH****************CCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH*HH---HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHC*********HHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEEEEHHHH**CCCCCEEEEECCCEEEEECHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C 48334.tem _________________________________ CH----------------CCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------HHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEEEEHHHHHHCCCCCEEEEECCCEEEEECHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC Structural block scores 2 17 - 3.0 P 75.0 5.6 18 20 C 5.0 H 7.3 6.5 21 25 H 5.0 H 4.4 3.2 26 30 C 5.0 H 1.0 1.2 31 42 H 5.0 H 3.0 2.1 43 47 C 5.0 H 7.1 7.3 48 63 H 4.9 H 5.1 4.7 64 66 - 3.0 P 7.8 75.0 67 76 H 4.8 H 2.5 3.8 77 80 C 5.0 H 2.5 3.2 81 89 H 5.0 H 2.4 2.3 90 94 C 5.0 H 4.2 4.8 95 116 H 4.7 H 2.4 2.1 118 126 - 3.0 P 75.0 3.7 127 130 H 3.0 P 5.1 3.0 131 133 C 5.0 H 2.3 3.3 134 143 H 5.0 H 3.2 3.1 144 163 C 5.0 H 4.3 4.4 164 191 H 5.0 H 4.0 4.5 192 196 C 5.0 H 4.2 4.0 197 201 E 5.0 H 3.6 3.6 202 204 C 5.0 H 6.3 6.7 205 211 E 5.0 H 0.7 1.3 212 217 H 4.3 M 5.8 5.6 218 222 C 5.0 H 3.8 4.1 223 227 E 5.0 H 4.0 4.4 228 230 C 5.0 H 5.7 7.0 231 235 E 5.0 H 1.4 1.0 237 238 H 3.0 P 6.5 5.5 240 298 H 4.9 H 2.7 3.0 >>>>>>