Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d2p2wa- ---------------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------H-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCC--------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCC--CCHHHHHHHHHHHCCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHH-HHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHCCH-HHCCCCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCC----- >P1;d2r9ea- C-------------------------------------------------------------------CCCCHHHCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHHC-------C-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHC------- >P1;d3msua1 CCCCCCCCEEEEEEHHHCEEEEEEEECCCCCCCEECCHHHHHH-----------------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------H-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHCHHHHHHHHHHHHC-------CCCHHHHHHHHHHC----CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CC----- >P1;d5uqsa- ---------------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEC-CCEEEECCEEHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHCCC------CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHH-HHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHCHHHHHHHCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCCCC----------CCCHHHHHHHHHHC >P1;d6s6fa- ------------------------------------------------------------------------------CCCCCCCEEECCCCCCEEECCEEHHHHHH--------H-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--C---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCC-------CHHHHHHHHHH-HHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC-C-CCHHHHHHHHHHHHHHHH---CCCCCCHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHC------- >P1;d6wgya1 ------------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------CCCCHHHHHHHHHHCCCC---------CCCCCCCCCCCCCCCC--------CHHHHHHHHHHCHHHHHCCC------CHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHC-----CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-CCCHHHHCCCC---------CCHHHHCCCCC-----CCCCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC-----CCCHHHHCCHHHHHCCC---CCEEECHHHHHHHHHHHC-CC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHC PSA >P1;d2p2wa- ---------------------------------------------------------------------9669747b3922b1800701087040202922035006--------6-05002000000236508a74266046400620606a702a4058165a2200300330063a--------------------a9334200400010000000011015-9-5a02603---570100300020022----645--93081011000000003-1360023004300574602400350043036572000025004005505-------33a60690054-038493501003254072400005003500664248-----1510500340171027581-782201010000000220902--3500000000000000000023118--a28527899669477a789437874bb----- >P1;d2r9ea- a-------------------------------------------------------------------88658955a4a10516106041980304038430570287-------a-13002000000389306984178027202700905a5017203726493200400230052018438a0816---------876026300200010000000000002-8-2833308---53a100100030014----5607a51180010000000003-2270023004300554200300330053047672001023005105607-------5576057106610458668020022540421000051037205810464781-3710600240052038321a724201000000000200402252100000000000000000000002-423951677937945ab898558974------- >P1;d3msua1 9a698a86433465a86a0616051734a65b55434940584-----------------------a1357269789459071800213048030101744054005--------7-23032000000228408995276045400520305880273058356903002002200720186059794----------847333000100010000000010114-7-6710602---470210200000020a6884707833160020000000013-23700530063005a30004002200530488b2015033008106707-------4594196236646a----9450012960665000060045108600660682b4520200331165159----755201020000000100902--350000010000000000001204618828457558668749c8--------bb----- >P1;d5uqsa- ---------------------------------45027205820572477278777846c5779856572254b56b2762702007133-550030283306502940021ac18000000000000035106782062016100720a02a50462048167a4400500050053035304046148781676510430020001000000000010011024a46919925---8821003000400319------6940000000000000024083600220153005230003000300730377a103411600720760185086b074960372038-0074a68020034960551011050035005520461410-6002202700070057278490030301000000033080-52370000010000000000000000009-2842758----------a3769507846877 >P1;d6s6fa- ------------------------------------------------------------------------------b45918006027bb130102941038006--------8-030020010002483089a5167018403a20502760154017166a240020043005200724408--6---------4a414600010000000000001121159-6609051---b05100000010023----7705a21130000000000014-23600430043005534004003700430478a2043023006105509-------44940353046-10958380300129609950001410292065008439-2-951140032017005744---64101020000000500803--3400000100000000000002008--82962889997877ab8a8538875------- >P1;d6wgya1 ------------------------------------------------------------------5a57587a5ac6830a3900613497220302832036018--------762201400000022859---------720340462802244b--------52430034004501760904------50961849401610030000000000201155---9589053730581a400120001133-----a04742240020000000014-23600330033005232004001400230379a0935-02018206077---------7615730818c-----b07006943067300103002700640907-----33205600001622557---b72103120000000200-05--6a0051001000000000000201559--7527687357567a566654b938745778 Translating the sequences ---------------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------*-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHH***--------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCC--**HHHHHHHHHH*CCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHH-H***CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*CC-----CHHHHHHHHHHHHHHH***-**CCCCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--*CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHH***----- *-------------------------------------------------------------------*CCC***CCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH*-------*-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH***C***---------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHH*****CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*CC****-*HHHHHHHHHHHHHHH*****CCCCC*HHHHHHHHHH*CCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-**CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHH*------- *******************************************-----------------------***CCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------*-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH***C**----------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC****CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC****CHHHHHHHHHHHHC-------C**HHHHHHHH*H*----CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHH*HHH********CHHHHHHHHHHHHH**----*CCCCCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCCCCCCCCCCCCC--------**----- ---------------------------------***************************************CCCCCCCCCCCCCEEEEC-CCEEEECCEEHHHHHH**********CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH******************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C*CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHH*C*------CHHHHHHHHHHHHH*CCCC*CCHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHCC****CHHHHHHHHHHHH********CHHHHHHHHHH-H***CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*CC****-*HHHHHHHHHHHHHHH*****CCCCCHHH*HHHHHHHCCC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-CCCCCCC----------CCCHHH******** ------------------------------------------------------------------------------CCCCCCCEEE*CCCC*EEECCEEHHHHHH--------*-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH***C--*---------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHH***C-------CHHHHHHHHHH-H***CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*****-*-C*HHHHHHHHHHHHHH**---CCCCC*HHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--*CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHH*------- ------------------------------------------------------------------***CCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------**CCHHHHHHHHHHCCCC---------*****CCCCC******--------CHHHHHHHHHH*HHHH***C------********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**---*CCCCC*****CCCCHHHHHHHHHHC-----CCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-CCHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCC*-***HHHH***C---------**HHHH*****-----CCCC***CCCCCCCHHHHHHHHHHHH**CC-----C**HHHH**HHHHH***---*C***CHHHHHHHHHHHC-CC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**--CCCCCCCCCCCCCCCC************** 48256.tem _________________________________ ------------------------------------------------------------------***CCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEECCEEHHHHHH--------*-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH***C***---------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-C-CCCCCCC---CCCCHHHHHHHHHHC----CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCC-CCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHH*H***CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHH*CC****-CHHHHHHHHHHHHHHH***-*CCCCCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHH***----- Structural block scores 0 65 - 4.4 M 75.0 74.0 29.8 40.2 75.0 75.0 66 68 * 3.2 M 75.0 52.7 4.8 6.0 75.0 6.8 69 84 C 4.6 H 6.0 5.3 5.4 4.6 44.6 6.6 85 88 E 4.9 H 2.0 2.5 1.5 2.8 2.0 2.5 89 92 C 4.9 H 3.8 4.5 3.0 22.0 7.8 5.5 93 96 E 4.9 H 1.5 1.8 1.0 0.8 1.0 1.2 97 98 C 5.0 H 5.5 5.5 4.0 5.0 5.5 5.0 99 100 E 5.0 H 2.0 3.5 4.0 3.0 2.5 2.5 101 106 H 5.0 H 2.3 3.7 2.3 3.7 2.8 3.0 107 114 - 4.5 M 75.0 66.5 75.0 3.9 75.0 75.0 117 118 C 5.0 H 2.5 2.0 2.5 0.0 1.5 2.0 119 128 H 5.0 H 0.4 0.5 0.7 0.0 0.5 0.7 129 133 C 4.9 H 4.4 5.2 4.4 3.0 4.6 19.8 134 146 H 4.5 M 4.3 4.4 4.3 3.1 5.0 47.4 147 151 C 4.9 H 2.8 2.8 2.0 2.9 1.8 4.0 152 158 H 4.5 M 4.9 3.6 4.0 3.9 3.3 14.1 159 160 * 1.9 P 6.5 5.0 6.5 6.0 4.0 75.0 161 166 C 4.6 H 4.4 4.3 4.3 5.4 4.9 63.3 167 181 H 4.8 H 16.9 1.9 2.0 1.9 1.7 2.6 182 184 * 1.9 P 75.0 7.2 4.7 1.3 2.7 3.0 186 188 * 3.4 M 75.0 5.0 29.3 3.7 52.0 75.0 189 197 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 5.4 75.0 28.2 198 199 * 1.4 P 42.8 7.5 6.0 2.0 7.2 6.5 200 223 H 4.9 H 1.2 0.8 0.9 0.4 0.9 1.2 228 234 C 4.9 H 3.8 3.9 3.1 5.9 3.9 5.3 235 237 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.7 238 241 C 5.0 H 3.2 4.9 3.2 4.8 4.4 5.9 242 251 H 5.0 H 0.7 0.5 0.5 1.0 0.3 0.8 253 256 - 4.4 M 75.0 75.0 8.1 58.5 75.0 75.0 257 260 C 4.5 M 22.5 4.5 4.5 57.8 4.8 22.4 261 273 H 4.9 H 7.5 2.0 1.8 1.0 1.3 1.6 275 278 C 5.0 H 0.8 0.8 1.0 1.5 1.2 1.2 280 281 C 5.0 H 2.0 2.0 2.5 5.5 2.5 2.5 282 291 H 5.0 H 1.8 1.9 2.4 1.9 2.0 1.8 292 296 C 4.8 H 4.4 3.2 3.7 2.0 3.4 2.4 297 308 H 5.0 H 1.8 1.4 1.3 1.3 1.8 1.2 309 315 C 4.4 M 3.3 3.7 4.9 4.5 5.1 5.9 316 327 H 4.6 H 1.8 1.9 2.8 2.8 2.1 8.8 329 335 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 337 346 H 4.6 H 4.3 4.3 5.1 4.2 3.8 11.3 349 351 * 2.4 P 5.0 5.7 53.5 3.7 4.7 75.0 352 367 C 4.8 H 2.8 2.6 12.7 3.7 3.9 12.9 368 380 H 4.9 H 2.2 2.5 2.3 2.1 2.3 1.8 382 383 C 4.1 M 6.0 5.0 6.0 5.0 6.0 3.5 384 387 * 2.9 P 75.0 5.0 4.0 1.5 22.2 75.0 390 404 H 4.7 H 2.4 2.5 2.9 2.1 2.4 2.5 405 407 * 2.7 P 4.7 2.0 75.0 5.7 27.7 52.3 410 414 C 4.6 H 2.6 1.8 2.6 1.2 2.4 2.6 415 425 H 4.9 H 0.5 0.2 0.3 0.6 0.6 0.5 426 429 C 4.6 H 2.8 1.5 2.8 20.8 2.8 20.0 430 431 - 4.1 M 75.0 3.5 75.0 3.5 75.0 75.0 432 456 H 4.9 H 0.9 0.2 0.9 0.4 0.7 1.3 457 459 * 2.9 P 53.5 27.0 5.7 28.0 52.7 29.7 460 479 C 4.6 H 6.5 6.6 20.2 40.3 7.4 9.4 480 482 H 4.2 M 7.3 8.0 75.0 6.7 7.7 8.2 483 485 * 2.4 P 9.0 51.3 32.7 5.0 51.7 6.0 486 490 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 6.4 75.0 6.2 >>>>>>