Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1dl2a- ------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCCCEECCC-CHHHCEEHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCHHHHHHHH-CHHHHHCCCCCCEECCCCCCCCC-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEECCC-CCCEEECCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECCC--CCCCEECCC---CCEEECHHH-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCCCEECCEEECCCCCC-EECCCCCHHHHHCHHHHHHHHCCC--CCCCC-----CEEECCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d1nxca- CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCEEECCCCEEECCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC---------CHHHHHHHHHHC--CCCCC-CCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------------CC-CHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCEEECC-CCEECCCCCHHHCEEHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCC-CHHHHHHCC----CHH-HCCCCEECCCCCCCCC-CEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHCEEECC--CCCEEECEEECC---EEEC-CCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC-------------CCCCCCCC--CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEC------CEECCCCCCCCC--CCCCCCCCHHHHHCHHHHHHHHCCCCCCCCC------CEEECCCCCEEECCC-------------- >P1;d1x9da- -------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC-CC---CCHHHHHHHHHHHHCC---------CHHHHHHHCCCC--CCCCC--CCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---C------C---HHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---CCCCCEEECCCCCEECC----CCEEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHC-CCHHHHHC-CHHHHHCCC-CCC---CCCCCCEEECCCCCEECCCEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEECCC-CCCEEECCEECCC----CCEEEHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----------HHHC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCCCCC-----------CCCCCCHHH-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHC-CCCCC-----CCCCCCCCCCCCCC---CCCCCCCHHHHCHHHHHHHHHCCCCCCCCC-----CEEECCCCCEEECC--------------- >P1;d2ri9a- ------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC--CCCC-CHHHHHHHHHHHHHC---------CHHHHHHHHHHHH-HCCCCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCEECCCCCCCC---CC--CEEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCCCCCEEECCCCCCCC-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCEECCCCCCCCCEECEEECC---EEECEEECHHHHHHHHHHHHHHHH-C----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCCCCCHHH--HHHHHHHCCEEE---ECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------CCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCHHHHCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCEEECCC-------------- PSA >P1;d1dl2a- ------------c176112600300000041017301140300037361604-0c84200100000000001015308525a30571044007005750604-07241301300010000000011004619------017461017103500620140062091200112010550802429-84b200000100000000000021145560052005004000641-6029624000001040560601b-110100440100000000011003--1810270025005001710134065-4614000016981b4a23120002000000000100020231760684830277005004300400020050040400012000237--9ca426075---0003034a1-23020201000000001001457400610350151036200254b469610000051004490-624240200000000000000017--a1503-----7100010000022066a509250827173 >P1;d1nxca- 491652370b7761592173035003100710-7204140003044360262a302605000000000001004---------058205602800--80609-2a3300011000000000000210004-------------30-710350063022007-0616002000206-2805026603c8000001010000002001621958402-304-00710480b----226-7000000306617035-4300005301000000000010254728504-00190071016301460a--760000041476---9153-0303000000000100a207a----------9651491034004001100540505000130306c-------------c2203047--c12302010100000000103344740161025007002610219------000000610176--2531210100000000000000004560021------500001000002126-------------- >P1;d1x9da- -------------438306401800410050044202030003046554444-05---0000000000002006---------159308503104--70607--834020120000000000002110---8------3---60026104500430130105---10021200004670424----62103002000000000000410a-44039203-02740290b-613---6000023020560703565300007-0100000000000005384650261046006003620146016-5610000205770----613010200000000000240905-----------9601-004600400110042050300022020338669-----------c00606791-3101020100000000121275640061015006103-30417-----40000006302743---442301000000000000000076b30407-----52000100000112--------------- >P1;d2ri9a- ------------8498206402600310071037302540001047355537--1030-000000000000005---------24a0045007105-9050771a6801022000000000000100035216b20b36a205501710460042032009-050200215060676836---95--9205002000000000000210855400730360052009075aa021160000230409604033-2601022901000000000110159306601620240050027303240823680000021378---937240403000000000000001-a----------376016002500500110062061500023000239713b92--7a2058000115---5010202010000000011028765115202700510471022a------000000430467a0383545020100000000000000863510025697070000100000220a-------------- Translating the sequences ------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC-*CCCCCC**HHHHHHHHHH************HHHHHHHHHH***CCCCC-CCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C------****HHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCCCCCEEECCCCCEECC*-C****EEHHHH*CCHHHHHHHHHHHCC**HHHHH**CHHHHH***-******CCCCCCEE*CCCCCCCC-C**CCCCCCHHHHHHHHHHHHH*C--CHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEECCC-CCCEEEC***CC******CEEE*HHHHHHHHHHHHHHCCCC**********CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEE*CCC--C********---CC***C***-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHHHH***C******C**CC***CCCC**-**CCCCC*HHHHCHHHHHHHHCCC--CCCCC-----CEEECCCCCEEECCC************** *************HHHHHHHHHHHHHHHHHH*-**CCCCCEEECCCCEEECC***CCCCCHHHHHHHHHHHH*C---------CHHHHHHHHHH*--CCCCC-CCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------------**-*HHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCEEECC-CCEECC**C****EEHHHH*CCHHHHHHHHHHHCCC***-***-CHHHHH*CC----***-*CCCCEE*CCCCCCCC-C**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC****-*HHHHHHHHHHHCEEECC--CCCEEEC*EECC---***C-***HHHHHHHHHHH***CCCC----------C**HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC***CCC-------------**CCC**C--**CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHHHHC**C------C**CCCCCCCCC--**CCCCCC*HHHHCHHHHHHHHCCCCCCCCC------CEEECCCCCEEECCC-------------- -------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC-*C---CCHHHHHHHHHHHH*C---------CHHHHHHH****--CCCCC--CCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---C------*---HHHHHHHHHHHHHHHHH*C*---CCCCCEEECCCCCEECC----***EEHHHH*CCHHHHHHHHHHHC-C*HHHHH*-CHHHHH*CC-***---CCCCCCEE*CCCCC**C*C**CCCC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEECCC-CCCEEEC*EECC*----*CEEE*HHHHHHHHHHHHHHCCCC-----------HHH*-*HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCC**C-----------CCC**C***-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHH*-*C**C-----*C**CCCCCCCCC*---CCCCCC*HHHHCHHHHHHHH*CCCCCCCCC-----CEEECCCCCEEECC--------------- ------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC--CCCC-CHHHHHHHHHHHH*C---------CHHHHHHHHHH**-*CCCC*CCC*EEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C**********HHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCEE*CCCCC**---*C--**EEHHHH*CCHHHHHHHHHHHCCC*HHHHH***HHHHH*CC*******CCCCCCEE*CCCCCCCC-C**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCEE*CCC*CCC*EEC*EECC---***CEEE*HHHHHHHHHHHHHH**-C----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCC**C***--*******CC***---*CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHHHHC**C------C**CCCCCCCC*****CCCCCC*HHHHCHHHHHHH*CCCCCCCCCC*****CEEECCCCCEEECCC-------------- 48225.tem _________________________________ ------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCEEECC-*CCCCCCHHHHHHHHHHHH*C---------CHHHHHHHHHH**-CCCCC-CCCEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C------****HHHHHHHHHHHHHHHHHHC*CCCCCCCCEEECCCCCEECC**C****EEHHHH*CCHHHHHHHHHHHCCC*HHHHH**CHHHHH*CC-******CCCCCCEE*CCCCCCCC-C**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCEEECCC-CCCEEEC*EECC*--***CEEE*HHHHHHHHHHHHHHCCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECCCC**C***--***-**CCC**C****CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHHHHC**C-----*C**CCCCCCCCC****CCCCCC*HHHHCHHHHHHHHCCCCCCCCCC-----CEEECCCCCEEECCC-------------- Structural block scores 0 11 - 4.3 M 75.0 5.2 75.0 75.0 13 34 H 4.8 H 2.0 6.0 2.6 3.0 35 39 C 5.0 H 1.2 1.8 1.0 2.2 40 42 E 5.0 H 1.0 1.0 1.0 0.3 43 46 C 5.0 H 3.2 2.8 3.8 3.5 47 49 E 5.0 H 4.3 2.7 4.3 5.0 50 51 C 5.0 H 2.0 4.0 4.0 5.0 54 59 C 4.4 M 4.4 2.2 38.3 13.2 60 71 H 4.9 H 0.2 0.1 0.2 0.0 74 82 - 4.3 M 4.6 75.0 75.0 75.0 84 93 H 4.8 H 2.8 3.6 3.4 3.1 94 95 * 2.2 P 2.5 37.5 39.5 2.5 97 101 C 4.9 H 3.0 4.6 4.0 4.2 103 105 C 4.8 H 3.0 5.2 28.7 5.8 106 108 E 4.8 H 2.7 1.0 2.0 3.0 109 127 H 5.0 H 0.4 0.3 0.4 0.3 128 130 * 2.7 P 3.7 26.3 75.0 3.3 132 137 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 5.7 138 141 * 3.2 M 3.0 75.0 57.0 4.6 142 159 H 4.8 H 2.1 10.1 2.0 2.2 162 169 C 4.7 H 1.8 1.9 28.6 1.2 170 172 E 4.8 H 1.0 0.7 0.7 3.7 173 177 C 4.9 H 3.6 18.2 3.4 5.4 178 179 E 4.3 M 1.0 2.5 2.0 4.5 180 181 C 4.3 M 3.0 1.0 3.0 75.0 182 183 * 3.5 M 42.0 6.0 75.0 42.0 185 188 * 1.9 P 4.4 5.9 21.0 40.2 189 190 E 5.0 H 0.0 0.0 1.5 2.5 191 194 H 5.0 H 0.2 0.2 0.5 0.5 196 197 C 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 198 208 H 5.0 H 0.4 1.1 0.5 0.3 209 211 C 4.5 M 4.7 7.3 29.8 6.0 213 217 H 4.3 M 1.4 16.0 2.8 2.0 218 219 * 2.2 P 2.5 39.5 39.0 4.5 221 225 H 5.0 H 0.8 2.4 3.0 1.4 227 228 C 4.3 M 2.5 5.8 5.8 3.5 230 235 * 2.3 P 4.2 39.2 39.2 4.2 236 241 C 4.8 H 0.7 13.7 1.3 1.3 242 243 E 5.0 H 0.5 0.0 1.5 1.5 245 252 C 4.8 H 3.7 3.5 3.2 3.1 255 256 * 1.0 P 0.5 1.5 1.5 3.0 257 262 C 4.9 H 1.5 1.3 13.7 2.3 263 275 H 5.0 H 0.2 0.2 0.1 0.2 276 280 C 4.6 H 30.8 4.0 4.0 3.6 281 297 H 4.8 H 2.3 7.1 2.8 2.6 299 301 E 4.8 H 2.7 3.7 3.7 3.0 302 304 C 4.8 H 3.7 28.5 2.3 3.3 306 308 C 5.0 H 3.7 4.3 4.0 4.7 309 311 E 4.8 H 1.3 0.0 0.0 0.0 314 315 E 4.3 M 3.5 2.5 2.5 2.0 316 317 C 5.0 H 8.5 6.5 7.0 7.5 319 320 - 4.3 M 7.8 75.0 75.0 75.0 321 323 * 1.9 P 5.2 5.0 52.0 6.3 325 327 E 4.3 M 0.7 26.0 1.3 2.7 329 342 H 4.8 H 0.2 1.0 0.6 0.2 343 346 C 4.5 M 1.8 4.9 3.5 21.6 347 356 - 4.3 M 4.3 75.0 75.0 75.0 358 376 H 4.8 H 1.9 2.3 5.8 2.1 377 385 C 5.0 H 1.0 1.7 1.3 1.8 386 388 E 4.3 M 0.7 2.0 1.3 1.0 389 392 C 4.7 H 3.0 23.4 3.5 3.5 393 394 * 3.5 M 75.0 75.0 6.0 4.0 396 398 * 3.5 M 9.0 75.0 75.0 7.5 399 400 - 4.3 M 4.0 75.0 75.0 75.0 401 403 * 3.5 M 4.0 75.0 75.0 6.5 405 406 * 3.5 M 75.0 7.2 75.0 6.5 407 409 C 4.5 M 0.0 1.7 4.2 0.0 410 411 * 1.0 P 1.5 2.0 3.0 1.0 413 416 * 3.2 M 22.6 40.9 23.0 57.5 417 423 C 5.0 H 1.3 1.1 1.0 0.7 424 436 H 5.0 H 0.2 0.6 0.5 0.4 437 438 C 5.0 H 4.5 4.0 6.0 7.5 440 455 H 4.9 H 2.3 2.2 6.6 2.6 457 458 * 1.0 P 1.0 1.5 2.5 2.0 460 464 - 4.3 M 6.9 75.0 75.0 75.0 467 468 * 1.0 P 0.0 0.0 0.0 0.0 469 477 C 4.7 H 1.6 2.3 2.4 2.7 478 481 * 2.9 P 22.5 39.2 57.0 5.4 482 487 C 4.9 H 2.3 1.3 2.3 3.2 489 492 H 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.2 494 501 H 4.9 H 0.0 0.0 0.0 0.0 502 511 C 4.7 H 17.8 9.3 3.9 2.5 512 516 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 5.4 518 520 E 5.0 H 0.3 0.0 0.7 0.0 521 525 C 5.0 H 0.2 0.2 0.2 0.2 526 528 E 5.0 H 0.7 0.7 0.3 0.7 529 531 C 4.8 H 2.7 3.0 26.0 4.2 532 545 - 4.3 M 4.7 75.0 75.0 75.0 >>>>>>