Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1utga-
--CCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHC-

>P1;d1zkra1
C-CCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHC

>P1;d1zkra2
CCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH-CCCHHHHHHHHHCCCCCCC
PSA

>P1;d1utga-
--6267663611521034758504721755917a973772265077238-46884147317623962727948-

>P1;d1zkra1
9-84685645434220507376007013766667742771486066138828984176337627751837a237

>P1;d1zkra2
8a9864353512300060669403700765b0787616633750571587833a-69428761766254aa488


Translating the sequences
--CCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHH**-CCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHC-
C-CCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHH*C
C*CCCHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*C*HH-***HHHHHHHHHCC***CC

48201.tem
_________________________________
C-CCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCC




Structural block scores
2	4	C	5.0	H	  4.7  6.0  7.7

5	16	H	4.9	H	  3.4  4.0  2.7

17	18	C	5.0	H	  5.5  3.5  3.0

19	28	H	4.9	H	  4.4  3.4  4.2

29	32	C	4.8	H	  5.5  6.0  5.9

33	48	H	4.9	H	  5.3  4.8  4.9

50	51	C	4.5	M	  5.0  5.0  5.5

52	66	H	4.7	H	  4.7  5.1  10.2

67	68	C	5.0	H	  4.5  5.5  4.5

69	71	H	4.0	M	  6.7  6.5  8.3

72	73	C	4.0	M	  41.5  5.0  8.0

>>>>>>