Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1irxa1 CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCCC--------HHHHHHHHCCCC >P1;d1j09a1 ------CHHHHHHHHHHHHH-HCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------CHHHHHHHHHHHHH--------HCCCCCHHHHHCHHHCCC-----CCCCCHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHCCH-HHHHHHHHHHHC------ >P1;d2cfoa2 ------CHHHHHHHHHHHHC--CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--C---------CCCHHHHHHHHHHHHH--------HCCCHHHHHHHHHHHHCC-----CCCCCHHHHH-HHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHC >P1;d2o5ra2 ------CC-CCCC-CHHHHH-C--CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------CHHHHHHHHHHHCC--------CCCCHHHHHHHCHHHCC------CCCCC-------CCCCC-CHHHHHC-CCCCCC-CCC-CCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHC-CHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCH-HHHHHHHHHHCC------ >P1;d3afha2 ------CHHHHHHHHHHHHH--HCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--C----------CCHHHHHHHHHHHCC--------CCCCHHHHHHHHHHHHCC-----CCCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCH-HHHHHHHHHHHHHHCC-- >P1;d4g6za2 ------CHHHHHHHHHHHHH--HCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC----C---------CCCCCCHHHHHHHHC---------CCCCHHHHHHHHHHHCCC-----CCCCC----------------------------------------------------------------------CHHHHHCCCCCCC--------------- >P1;d4gria2 ------CHHHHHHHHHHHHH--HCCHHHHHHHHHHHHCC-CCCCCCCC---------HHHHHHHHHHHHHHHC--------CC-CCCHHHHHCHHHHC--------CCCCCCC----------CCCCCCC----------------CCCCCCC---------CCCHHHHHCCC-CCCCHHHHHHHHC------CHHHHHCCCCCC-- >P1;d6b1pa2 --------CCCHHHHHHHCCC--------------------------CCCCCCCCCC-CCCCCCHHHHH------------CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-------------------CCCCCCCCC---------------CCCC-------HHHHHHHHHHHCCC--CCCCCCHHHHCC--------CCCCCCCC---- >P1;d7k86a2 ------CC-CCHHHHHHHHH--HCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--C---------CCC---HHHHHHHHCC--------CCCCHHHHHHHHHHHCCC-----CCCCCHHHHHHHC-CCCHHHHHHHHHHHHHCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHH-HHHC-CHHHHHHHCC--- PSA >P1;d1irxa1 56a3177247506203311873da9648704873888185210002020001001085075740051016073056a06a5137205700750360177603893309148923b2a05960550063007105749a15186048106500953a0777302100130003469317002000008--------382015002265 >P1;d1j09a1 ------87867355403503-6516175006501530683a0917--------------67910430040025--------302426100650300026-----90735870573078---137207501530682a605681036105a00863929385012001000003180060140011082-75005003521a------ >P1;d2cfoa2 ------79976275445603--7374770065015205a291a04--5---------a825600440081016--------403537402940420066-----90a06a6048-1016840340032017501b7890769405700550064092a5a50340010000030863700300300021820650046018305768 >P1;d2o5ra2 ------79-8957-506913-7--9285116503640693a080a--------------76720260052016--------30342640081030016------21954-------70598-4800720-8208c1-713-8404520750096291869704-001400013870081940031083-930340074029------ >P1;d3afha2 ------7a968464404602--83825400660482079394704--a----------277810240040015--------514315401710300016-----80a05860246004591055005402740681b5154930550043017782177800310010000021a0080340031063-8301600430065258-- >P1;d4g6za2 ------88888475425604--718367017505640772b08----9---------b50617054003211---------702516400460050059-----5b629----------------------------------------------------------------------9417911b54a49--------------- >P1;d4gria2 ------7a977675425604--64857501740254014-80077907---------a923730450042027--------30-52550192032004--------801953c----------3706937----------------d5591cc---------a5343200003-800602401510a------b51680001579-- >P1;d6b1pa2 --------b97396437805a--------------------------905a507309-1b29502a414------------a05527400730160255237858-------------------98452075c---------------b658-------a7158302100007--96070703600a--------65002a02---- >P1;d7k86a2 ------a8-96185446605--549295025703720663a0829--7---------114---1530050016--------505526300550220057-----07a15a7028620-7882460052037302819-172a402600750085293b267015002000004490070120010075-9501-0056038307--- Translating the sequences *******HHHHHHHHHHH*****C*HHHHHHHH******CCCCCC*************CCHHHHHHHHHH***************HHHHHHHHHHH*********CCCC**************HHHHH*******C**CC***HHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHH**C--------HHHH******** ------CHHHHHHHHHHHHH-**CCHHHHHHHHHHHHH*CCCCCC--------------CHHHHHHHHHHH**--------*CCC**HHHHH*HHH*CC-----CCCCC*********---**HHHHH*******C**CC***HHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHH*C*-******HHHH**------ ------CHHHHHHHHHHHH*--*CCHHHHHHHHHHHHH*CCCCCC--C---------*CCHHHHHHHHHHH**--------*CCCHHHHHHHHHHH*CC-----CCCCC*****-********HHHHH*******C**CC***HHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHH**********HHHH******** ------C*-****-*HHHHH-*--CHHHHHHHHHHHHH*CCCCCC--------------CHHHHHHHHHHH**--------CCCCHHHHHHH*HHH*C------CCCCC-------*****-*HHHHH*-*****C-*CC-**HHHHHHHHHH**CCCHHHH*-*HHHHH*CCCCCCCHHHHHHH*C*-******HHHH**------ ------CHHHHHHHHHHHHH--*CCHHHHHHHHHHHHH**CCCCC--C----------CCHHHHHHHHHHH**--------CCCCHHHHHHHHHHH*CC-----CCCCC**************HHHHH*******C**CC***HHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHH*C*-******HHHH******-- ------CHHHHHHHHHHHHH--*CCHHHHHHHHHHHHH*CCCC----C---------*CC***HHHHHHHH*---------CCCCHHHHHHHHHHH*CC-----CCCCC----------------------------------------------------------------------*HHHHH*C*****--------------- ------CHHHHHHHHHHHHH--*CCHHHHHHHHHHHH**-CCCCC**C---------***HHHHHHHHHHH**--------CC-C**HHHHH*HHH*C--------CCC****----------*******----------------*******---------***HHHHH*CC-CCCCHHHHHHH*C------**HHHH******-- --------***HHHHHHH***--------------------------C*********-CC****HHHHH------------CCCCHHHHHHHHHHH*CC*****C-------------------*********---------------****-------HHHHHHHHHHH*CC--CCC***HHHH*C--------********---- ------C*-**HHHHHHHHH--*CCHHHHHHHHHHHHH*CCCCCC--C---------*CC---HHHHHHHH**--------CCCCHHHHHHHHHHH*CC-----CCCCC********-*****HHHHH*******C*-CC***HHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHH***-****-*HHHH*****--- 48163.tem _________________________________ ------CHHHHHHHHHHHHH--*CCHHHHHHHHHHHHH*CCCCCC--C---------*CCHHHHHHHHHHH**--------CCCCHHHHHHHHHHH*CC-----CCCCC**************HHHHH*******C**CC***HHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHH*C*-******HHHH******-- Structural block scores 0 5 - 4.7 H 5.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7 19 H 4.5 M 3.2 4.3 5.2 16.3 4.9 5.3 5.6 11.3 10.5 20 21 - 4.2 M 5.0 40.5 75.0 41.0 75.0 75.0 75.0 42.8 75.0 23 24 C 4.5 M 9.8 3.5 5.0 42.0 5.5 4.5 6.0 75.0 6.5 25 37 H 4.6 H 5.5 3.0 3.2 3.6 3.4 3.9 3.2 75.0 3.7 39 44 C 4.6 H 1.3 5.1 4.4 5.3 4.5 28.6 16.2 75.0 5.4 45 46 - 4.4 M 1.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 48 56 - 4.4 M 1.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.4 75.0 58 59 C 4.5 M 3.5 40.5 5.0 41.0 4.5 2.5 5.5 6.2 2.5 60 70 H 4.7 H 2.6 2.5 2.5 2.7 2.4 2.6 2.5 17.0 21.7 71 72 * 1.9 P 5.0 3.5 3.5 3.5 3.0 38.0 4.5 75.0 3.5 73 80 - 4.7 H 5.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 81 84 C 4.5 M 3.2 2.2 3.0 2.5 3.2 3.5 20.8 5.1 3.8 85 95 H 4.8 H 3.0 2.1 3.2 2.2 2.0 2.4 2.6 2.7 2.3 97 98 C 4.5 M 7.0 4.0 6.0 40.5 3.5 7.0 39.5 5.0 6.0 99 103 - 4.4 M 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 104 108 C 4.6 H 3.2 4.8 5.1 4.2 4.7 6.7 31.8 61.6 4.7 109 122 * 3.0 P 5.4 19.6 9.0 45.2 3.6 75.0 55.7 75.0 10.0 123 127 H 4.2 M 2.8 4.2 1.8 3.4 2.8 75.0 5.0 20.2 2.6 128 134 * 2.3 P 2.9 3.3 3.6 15.1 3.9 75.0 55.0 25.2 3.3 136 137 * 3.2 M 9.8 8.2 8.5 41.0 8.2 75.0 75.0 75.0 42.0 138 139 C 4.4 M 3.0 2.5 3.5 2.0 3.0 75.0 75.0 75.0 4.0 140 142 * 2.9 P 5.0 5.0 6.3 29.0 5.3 75.0 75.0 75.0 5.5 143 152 H 4.3 M 3.3 3.4 2.8 3.2 2.5 75.0 28.4 48.0 2.8 153 154 * 2.7 P 4.0 4.5 2.0 4.0 7.5 75.0 75.0 75.0 3.5 155 157 C 4.4 M 5.8 6.7 7.2 6.0 3.3 75.0 75.0 75.0 7.8 158 169 H 4.5 M 2.0 1.7 2.4 8.8 1.7 75.0 27.3 9.4 1.9 171 177 C 4.6 H 4.7 2.6 3.9 3.9 3.1 75.0 13.1 24.6 3.4 178 184 H 4.8 H 0.3 1.0 0.9 2.6 1.6 15.1 1.9 3.3 0.6 189 194 * 2.9 P 75.0 2.8 3.5 3.2 3.0 41.4 52.8 75.0 15.0 195 198 H 4.5 M 3.2 2.5 2.5 2.8 1.8 75.0 3.8 2.8 2.8 199 204 * 2.6 P 1.7 51.9 4.0 51.8 4.3 75.0 3.7 27.4 16.0 205 206 - 4.4 M 5.5 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>