Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1keaa- ------CCHHHHHHHH-HHHHHHHHHHCCC-CCHHHHC-------CCHHHHHHHHHHCCCCC--HHHHHHHHHHHHHHCC------------------CHHHHHHC---CHHHHHHHCHHH-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCC--CHHHHHCCCCCC------------HHHHHHHHHHCCCC-------CCCCCCHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCC----HHHHHHHHHHCCC----------------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHC-CCCCCCHHHHC------------ >P1;d1mpga1 -----------------C----CCCCCC--CCCCC-----------CHHHHHHHHHHCCCCC--HHHHC-CHHHHHHHHCCCC-----CCCCCCCCCCCHHHHHCC---CHHHHHHC--CC-C--HHHHHHHHHHHHHHHC----------CCCCCCCCC------------------CHHHHHHHHCC---------CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC------HHHHHHCC-------------------C----CCHHHHHHHHH-HHCC------------CHHHHHHHHHCCCCCCCCCC >P1;d1muna- ----------CCHHHH-HHHHHHHHHHHCCCCCHHHCC-------CCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHCC------------------CHHHHHHC---CHHHHHHHHCCC-CCC-HHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCC--CHHHHHCCCCCC------------HHHHHHHHHHHHCC-------CCCCCCHHHHHHHHHHCC---CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC----------------CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHC-CCCCCCHHHHHCCHHHCCCCCCC >P1;d1orna1 ----------CCCCCC-C-CCCCCC---CCCCCC---C-------CCHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHCCC--CHHHHCC------------------CHHHHHCC---CHHHHHHHHHHH-CCHHHHC-CCC-CHHHHHC-CCC--CCCC--CHHHHCCCCCCC------------HHHHHHHHHHHHCC-------CCCCCCHHHHHHHHHHC---CCCCC-------CCCHHHHHHHCCH----------------HHHHHHHHHHHHHHHHCCC----CCCCC-CCHHHCCCCCC------------ >P1;d1pu6a- ----------CCHHHH-HHHHHCCCCCCCC---CCCCC-------CCCCHHHHHHHHCCCC---CCCCC-CHHHHHHCCCCCC---------------CHHHHHCCCC-CCCCCC-CCHHH-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCHHHHHCCCCCC------------HHHHHHHHHHCCCC-------CCCCCC-CHHHHHCCCCCC-----------CHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHH-CCHHHHHHHCC--------------------------------- >P1;d1xg7a1 -------CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-CHHHHHHHHHCC-CCC----------------------CC-C-CHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCHHHCCCCHHHHHH-CHHHHHHHHHC-CCC-C---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCC--------------CCCC-CCC-CHHHHC--------------CCHHHHHHHHHHHHC------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC------- >P1;d1xqoa- CHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC----------------------CHHH-HHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHC-CCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC--CHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCCCCCC-------HHHHHHCCCCCCCCCC >P1;d2ofka- -----------------CCCCCC---CHHHHHHHHHCCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHCCCCC--HHHHHHCHHHHHHHC----------------HHHCHHHHHCCCHHHHC-CCC-CCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCHHHHHHHCCCCCCEE-CCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCCHHHHHHHHHHCCC----EECCC------CCCCCCC------------------------------------------------------------------------- >P1;d2xhia2 ----------------------------------------------CHHHHHHHHHCCCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECC---EEEECCCCHHHHCCC--CHHHHHHHC--CC-C---CHHHHHHHHHHHHHHCC-----CCHHHHHHHHCC------------------CHHHHHHHHCC---------CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-C------HHHHHHHHH---HHCCCCCCCCCCCCCH----HHHHHHHHHHHHHHCC------------CHHHHHHHHHHHHHCC---- >P1;d4aiaa1 -----------------CCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC--HHHHHHCHHHHHHHC----------------HHHCHHHHHCCCHHHHHHHCC-CCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCCHHHHHHHHHCCCCEECCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCCHHHHHHHHHHCCC----EECCC------CCCCCCCCC---C------------------------------------------------------------------- >P1;d4e9ea- -----------------CCCCCCCCCCCHHHHHCC-----------CHHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHHHHHHHHHHCC------------------CHHHHHCC---CHHHHHHHHCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------------------------CCCCHHH---------CCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCC------HHHHHHHHH---HHHHCCC------------------------------------------------------------- PSA >P1;d1keaa- ------a957723730-2710271075543-7120072-------85201000000023817--395048119a008407------------------30720270---638400830860-861780064015004202763b0--9016--649203902309------------42000000010084-------500004850010021000ca24a25484----9701800370026----------------c504100000300044012587052961-90193124486------------ >P1;d1mpga1 -----------------b----757a18--0511a-----------5002000400021928--b9727-0186026500754-----b86677161052750180---74640471--80-5--4810400140050037----------95034942c------------------62761066037---------0560a3200010002003033000031------a4047006-------------------c----27386047005-4255------------610310030164ab2818ab >P1;d1muna- ----------194a60-172018105670349120059-------35101000010014418--2840341065028405------------------60540080---749401820680-674-80064006005302862b1--7003--62840270260a------------52100000000334-------631005920200000032---186315579135600510760024----------------b003400100100033113868064971-10473150177a2277022874c >P1;d1orna1 ----------8b5160-1-403227---071208---2-------66310000000005918--2960200--7007407------------------50630371---648501730650-8627a00-402-0064028-3a3--8017--627403604409------------33000100010195-------31000272031000007---01669-------6500630274056----------------8514400120110025217----21691-30261130644------------ >P1;d1pu6a- ----------340150-0470485a11d15---71104-------7030100000002382---28405-007504747106b---------------6448005008-149700-10840-764770071026006401741830840375071810281a708------------35000000000033-------620001-303710659338-----------62470161014005634b50262198717101000200-00033136778--------------------------------- >P1;d1xg7a1 -------813-107802290033002502731800340263074320000000000002612585-30031006201a-50b----------------------71-7-205700370700654295028200b30870845047104-70370052029-193-6---54410020000000000000952140126000013950460057229--------------6610-202-106708--------------000000000031007------b17063077703630540271098------- >P1;d1xqoa- 65a803750141046183760072027-0110500160074092830020000000003719c5544006200710385608----------------------5018-301700550420758387027205500-9160605-----50740064018208274---24200000000000010014955230459000003520030030000092--516304752630092033006507--------------000000000010001000--535548203-------9301400231ab0538 >P1;d2ofka- -----------------409207---4851360018400642772-6001100000023c47--024005218503720----------------36031850180759506-129-5740-1554600400030051117027-8a43019101720a68264-228659704932930660083059-------47063064610030010000----01001------4a06214------------------------------------------------------------------------- >P1;d2xhia2 ----------------------------------------------7015100220014908--6941640284017210666656aa---625140060740148--902750492--90-9---50063004004102771-----a25810660493------------------61860282035---------0310a62000100040080230000-5------630060046---4380808809495439----6038101630283258------------6007306833561377---- >P1;d4aiaa1 -----------------376005518376127104740022367254001100000047b37--124005138102700----------------570307600806792065039-3770-1343700400140040045029-55a2018100720b661431815639415843b20350063069-------26063064720040010000----00000------6a06011a2---e------------------------------------------------------------------- >P1;d4e9ea- -----------------b27045053600004036-----------3302000000013817--2a60462047007605------------------40750371---636700730470-98357105102600421255----------------------------------------9183055---------044095201000200036205808084------860450072---0484287------------------------------------------------------------- Translating the sequences ------**********-*************-*******-------*CHHHHHHHHH*CCCCC--HHHHHH*HHHHHHHCC------------------CHHHHH*C---*HHHH*******-CC*HHHHHHHHHHHHHHH*****--****--*HHHH*C*****------------HHHHHHHHHH****-------CCCCC*HHHHHHHHH**C******C***----***HHHH******----------------******H***HHHH**************-***********------------ -----------------*----******--*****-----------CHHHHHHHHH*CCCCC--HHHH*-*HHHHHHH*C***-----**********CHHHHHCC---*HHHH***--CC-C--HHHHHHHHHHHHHHH*----------********C------------------*HHHHHHHH**---------CCCCC*HHHHHHHHH*CC******C**------**HHHH**-------------------*----**H***HHHH*-****------------******************** ----------******-*********************-------*CHHHHHHHHH**CCCC--HHHHHH*HHHHHHHCC------------------CHHHHH*C---*HHHH*****CC-CC*-HHHHHHHHHHHHHH*****--****--*HHHH*C*****------------HHHHHHHHHH****-------CCCCC*HHHHHHHHH*CC---***C**********HHHH******----------------******H***HHHH**************-*********************** ----------******-*-******---******---*-------*CHHHHHHHHH**CCCC--HHHH***--*HHHHCC------------------CHHHHHCC---*HHHH*******-CC*HHH*-***-*HHHHH*-***--****--*HHHH*C*****------------HHHHHHHHHH****-------CCCCC*HHHHHHHHH*C---****C-------***HHHH******----------------******H***HHHH*****----*****-***********------------ ----------******-*************---*****-------*C**HHHHHHH*CCCC---*****-*HHHHHH*CC***---------------CHHHHHCC**-******-*****-CC*HHHHHHHHHHHHHHH**************HHHH*C*****------------HHHHHHHHHH****-------CCCCC*-*HHHHH***CC*-----------*****HHHH****************************H-**HHHH*****--------------------------------- -------***-************************************HHHHHHHHH*CCCCC***-*HHH*HHHHH**-C**----------------------CC-*-*HHHH*****CC*CC*HHHHHH****HHH**********-*****HHHH*C-***-*---********HHHHHHHHHH***********CCCCC*HHHHHHHH**CC--------------****-***-******--------------******H***HHHH*------************************------- ***************************-*******************HHHHHHHHH*CCCCC**HHHHHH*HHHHHH*CC**----------------------C***-*HHHH*****CC*CC*HHHHHHHHHH*-*******-----*****HHHH********---********HHHHHHHHHH***********CCCCC*HHHHHHHHH*CC***--************HHHH********--------------******H***HHHH****--*********-------**************** -----------------******---*******************-CHHHHHHHHH*CCCCC--HHHHHH*HHHHHHHC----------------***CHHHHHCC****H*-***-**CC-CC*HHHHHHHHHHHHHHH****-*********HH***C****-************HHHHHHHHHH**-------**CCCCC*HHHHHHHHH*CC----**C**------*******------------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------CHHHHHHHHH*CCCCC--HHHHHH*HHHHHHH*C********---*******CHHHH*CC--**HHHH***--CC-C---*HHHHHHHHHHHHH***-----******HHHH*C------------------*HHHHHHHH**---------CCCCC*HHHHHHHHH*CC******C-*------**HHHH***---****************----**H***HHHH******------------****************---- -----------------******************************HHHHHHHH**CCCCC--HHHHHH*HHHHHHHC----------------***CHHHHHCC****HHHH**-**CC-CC*HHHHHHHHHHHHHHH****-*********HHHH*C*****************HHHHHHHHHH**-------**CCCCC*HHHHHHHHH*CC----**C**------*********---*------------------------------------------------------------------- -----------------******************-----------CHHHHHHHHH**CCCC--HHHHHH*HHHHHHHCC------------------CHHHHHCC---*HHHH*****CC-CC*HHHHHHHHHHHHHHH**----------------------------------------****H**---------CCCCC*HHHHHHHHH*CC******C**------**HHHH***---*******------------------------------------------------------------- 48150.tem _________________________________ ----------******-*****************************CHHHHHHHHH*CCCCC--HHHHHH*HHHHHHHCC**-------------***CHHHHHCC**-*HHHH*****CC-CC*HHHHHHHHHHHHHHH**************HHHH*C******---********HHHHHHHHHH****-----**CCCCC*HHHHHHHHH*CC******C**-----***HHHH********--------------******H***HHHH******-*******-*******************---- Structural block scores 0 9 - 4.6 H 48.1 75.0 75.0 75.0 75.0 53.7 4.5 75.0 75.0 75.0 75.0 10 15 * 3.3 M 3.7 75.0 5.1 5.2 2.2 15.2 2.7 75.0 75.0 75.0 75.0 17 45 * 2.6 P 23.1 46.3 20.7 37.8 28.6 2.7 5.4 13.4 75.0 3.6 30.4 47 55 H 4.9 H 0.3 0.7 0.3 0.4 0.4 0.0 0.2 0.2 1.2 0.2 0.6 57 61 C 4.8 H 4.2 4.4 3.6 4.6 18.0 2.2 4.0 5.7 4.4 6.5 4.0 62 63 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 64 69 H 4.5 M 4.8 18.6 3.5 3.2 15.7 14.3 3.2 1.8 5.0 2.0 4.8 71 77 H 4.8 H 4.6 4.0 3.6 24.0 3.9 2.8 2.7 3.7 3.4 3.0 3.4 78 79 C 4.4 M 3.5 0.0 2.5 3.5 4.0 40.0 5.5 37.5 0.5 37.5 2.5 80 81 * 3.6 M 75.0 6.0 75.0 75.0 3.0 5.8 4.0 75.0 6.0 75.0 75.0 82 94 - 4.7 H 75.0 32.7 75.0 75.0 70.1 75.0 75.0 75.0 21.8 75.0 75.0 95 97 * 3.9 M 75.0 2.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.0 1.3 4.0 75.0 99 103 H 4.6 H 2.2 3.0 1.8 2.4 3.2 75.0 75.0 3.0 2.4 2.6 3.0 104 105 C 4.7 H 3.5 4.0 4.0 4.0 2.5 4.0 2.5 4.0 6.0 4.0 4.0 106 107 * 3.8 M 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 41.0 4.5 6.0 75.0 6.5 75.0 110 113 H 4.6 H 3.8 3.5 4.2 4.2 5.0 3.0 2.0 20.5 3.5 2.8 4.0 114 118 * 1.7 P 3.8 32.4 3.4 3.4 16.8 3.4 2.8 19.6 33.0 19.4 2.8 119 120 C 4.2 M 3.0 4.0 4.0 2.5 2.0 0.0 1.0 2.0 4.5 3.5 3.5 122 123 C 4.8 H 7.0 40.0 6.5 7.0 6.5 4.5 6.5 3.0 42.0 2.0 8.5 125 139 H 4.7 H 2.6 2.0 7.3 12.4 2.7 4.2 8.5 1.7 6.7 1.8 2.4 140 153 * 2.5 P 25.0 55.1 24.6 30.1 4.1 8.4 28.7 9.1 29.8 8.8 65.0 154 157 H 4.5 M 3.8 5.0 3.5 3.2 2.5 1.8 2.5 2.5 4.0 2.2 75.0 160 165 * 2.8 P 14.8 75.0 15.6 15.3 16.9 28.2 3.8 16.2 75.0 3.8 75.0 166 168 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.3 75.0 4.0 75.0 169 176 * 3.9 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.0 1.0 4.9 75.0 4.6 75.0 177 186 H 4.7 H 0.7 10.9 0.8 0.8 0.8 0.0 0.1 3.5 10.8 3.0 39.6 187 190 * 2.1 P 3.0 40.0 2.5 3.8 1.5 3.5 4.8 41.0 39.5 41.2 40.0 191 195 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 1.6 2.8 75.0 75.0 75.0 75.0 196 197 * 3.9 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 7.0 5.5 75.0 4.0 75.0 198 202 C 5.0 H 1.0 4.3 2.0 0.8 1.6 0.2 0.0 3.0 2.9 3.0 3.4 204 212 H 4.9 H 1.9 0.6 1.4 1.4 11.1 4.0 1.4 1.2 0.8 1.6 0.6 214 215 C 4.8 H 0.0 1.5 2.5 41.0 3.0 5.5 0.0 0.0 4.0 0.0 4.5 216 221 * 2.9 P 6.9 1.0 40.0 27.2 63.8 75.0 27.7 50.2 0.8 50.0 3.8 223 224 * 2.6 P 6.0 2.0 3.0 75.0 75.0 75.0 4.5 0.5 40.0 0.0 6.0 225 229 - 4.3 M 60.8 75.0 5.0 75.0 46.6 75.0 3.6 75.0 75.0 75.0 75.0 230 232 * 1.7 P 5.3 29.8 3.7 3.7 3.7 4.3 3.0 29.8 28.0 30.5 29.7 233 236 H 4.2 M 2.2 2.8 1.5 2.2 2.0 19.2 2.8 2.2 1.5 1.8 2.2 237 244 * 2.7 P 21.0 57.0 21.1 21.8 2.9 12.4 3.0 66.1 30.2 41.0 29.8 245 258 - 4.4 M 75.0 70.5 75.0 75.0 4.3 75.0 75.0 75.0 5.4 75.0 50.3 259 264 * 2.9 P 3.8 51.5 3.1 3.7 0.5 0.0 0.0 75.0 51.0 75.0 75.0 266 268 * 2.5 P 0.0 4.7 0.3 1.0 25.0 0.0 0.0 75.0 3.0 75.0 75.0 269 272 H 4.5 M 0.8 2.8 0.2 0.5 1.8 1.0 0.2 75.0 2.5 75.0 75.0 273 278 * 3.0 P 2.7 16.0 3.2 15.3 17.7 63.7 25.2 75.0 4.7 75.0 75.0 280 286 * 3.7 M 4.3 75.0 5.0 24.1 75.0 4.1 3.9 75.0 75.0 75.0 75.0 288 306 * 3.4 M 34.1 14.8 3.6 33.2 75.0 15.1 30.0 75.0 15.3 75.0 75.0 307 310 - 4.2 M 75.0 7.8 7.9 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>