Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d3uswa- CCHHHHHCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC---CHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-- >P1;d4fhrb1 --------CHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC PSA >P1;d3uswa- a08209919157006305b3623300100230897417502530799237506844871c6268a4286216705851b8---b37540671134b686075417825785884194079221507203707680043007607482002001518890233018008a72287067419939b1788506701250062015027694088-- >P1;d4fhrb1 --------73851171048362420000004271440070025037920130023005097166861561455077609c33051810060043074911530064048546a0064025311604202206590042016409573000003406a80271016018a95166056318818a287840660155017104501567607187 Translating the sequences ********CHHHHHHHHCCCCHHHHHHHH*CCCHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC---CHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHH*CCHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-- --------CHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC***CHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCHHHHHHHH**CCHHHHHHHH**CCHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC** 48029.tem _________________________________ --------CHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC---CHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-- Structural block scores 0 7 - 3.0 P 4.9 75.0 9 16 H 5.0 H 2.8 3.2 17 20 C 5.0 H 6.4 5.2 21 29 H 4.8 H 1.2 0.9 30 32 C 5.0 H 3.7 4.3 33 41 H 4.8 H 4.4 2.0 42 44 C 5.0 H 3.3 2.7 45 57 H 4.7 H 5.5 2.5 58 62 C 5.0 H 5.5 4.6 63 76 H 5.0 H 5.2 4.8 77 79 C 5.0 H 6.8 7.2 80 82 - 3.0 P 75.0 2.0 84 93 H 4.8 H 3.7 2.3 94 95 C 5.0 H 7.8 3.5 96 109 H 5.0 H 5.3 3.6 111 121 H 4.8 H 4.9 3.4 122 123 C 5.0 H 3.0 3.5 124 129 H 5.0 H 3.2 1.7 130 131 C 5.0 H 3.5 3.0 132 141 H 4.6 H 3.4 3.1 142 143 C 5.0 H 3.5 4.5 144 153 H 4.6 H 2.2 2.2 154 155 C 5.0 H 4.5 3.0 156 164 H 4.8 H 3.8 3.9 165 167 C 5.0 H 2.7 3.0 168 181 H 4.9 H 5.4 5.0 182 185 C 5.0 H 7.1 7.1 186 205 H 5.0 H 3.2 3.3 206 211 C 5.0 H 5.8 4.5 212 213 - 3.0 P 75.0 7.5 >>>>>>