Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1hw1a2
CHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CHHHHHHHHHCCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC

>P1;d2hs5a2
----------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHC-CHHHHHHHHHHHCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-
PSA

>P1;d1hw1a2
c495144517768a623720570165015200600630055--54a5037106607a16--782840051006004300300566720730450450005013700636701730390065035006691--60661047008405411872298

>P1;d2hs5a2
----------------697046006502830260059064a64816803700840473476742630040104003000401a4a63466-7821640370164a62-681017018203602720462719700730560054018612a928-


Translating the sequences
****************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CHHHHHHHHH******--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*
----------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******C*HHHHHHHHHHHHHH**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHH*-*HHHHHHHHHHH**CH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-

48008.tem
_________________________________
----------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CHHHHHHHHHHHHHHH--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-




Structural block scores
0	15	-	3.0	P	  5.8  75.0

16	40	H	4.5	M	  2.8  3.9

41	42	-	3.0	P	  75.0  5.0

44	58	H	4.1	M	  4.5  3.7

59	60	-	3.0	P	  75.0  6.5

61	62	C	5.0	H	  7.5  5.5

63	81	H	4.9	H	  1.9  1.5

82	83	C	5.0	H	  5.5  7.2

84	89	H	4.7	H	  4.2  5.9

91	104	H	4.6	H	  2.4  4.2

108	127	H	4.9	H	  3.4  3.2

128	129	C	5.0	H	  5.0  4.5

130	131	-	3.0	P	  75.0  5.0

132	151	H	4.8	H	  3.5  3.7

152	153	C	5.0	H	  5.5  5.0

>>>>>>