Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1em9a- CEEECC-CCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC---HHHHHHHHHHCC-CCCCHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC-----CCCCHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHC-C----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------ >P1;d1g03a- CEECCCCCCCEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCC---CHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----H-CC--------CCCCCCCCHHHHHC-----------CHHH-------CHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCCCCC >P1;d1u7ka- CEECCCC-CCEECCCCHHHHHHHHH---CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHCCCC--CC----CCCC--------C-CHH--HHHHHCCCCCCC-----CCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------- >P1;d2eiaa2 ----------------CCCHHHHHHHHHHCCCCC---HHHHHHHHHHCC-C-CCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC-----CCCCCCCCCHHHHCCC----CCCHHHHCC-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--- >P1;d2wlva- CEEEEC-CEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCC-C---CCHHHHHHHHCC-C-CCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCCCCCCCCCCCCHHHHCCC----CCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------ >P1;d2xgva- CEEECC--CEEECCCC-CCHHHHC-CHHHHCCCC---HHHHHHHHHHCC-C-CCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CC----------------CCCCCHHHHCCC----CCCHHHHHC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC------ >P1;d2xgya- CCC--------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC---HHHHHHHHHHCC-C-CCHHHHHHHHHHCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--CCCC-----C--CCCCCCHHHHCCC----CCCC-CCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------- >P1;d4ph2a- CEEEECC-EEEECCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC---HHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCC--------CCCHHHCCHHHHHC-----------CCC-------CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC------- PSA >P1;d1em9a- 11675b-944126505784277026119758161---860273047108-55000300340054006-99316405810383066116606864927000b8ab-----450647102052ba07b516300540-2----9200710170015003300643------ >P1;d1g03a- 32344995858655a8584184138318823701---641140046005783160200410186006-8832630385066217812a7----6-08--------95a10876534003-----------28b5-------8600521182005003800b510806aa >P1;d1u7ka- 0061d8b-72534607784067158---813507743a50272057008724011500260052006-b9126801720181042--b6----8751--------9-779--41671014a61b-----06355----8a05840540170023065019--------- >P1;d2eiaa2 ----------------5a4586027105751004---840281038106-6-2104503500730354ab22640461059208625975738c15870-----3787a02210400104----303780064-----86048016202500250045016737b8--- >P1;d2wlva- 20457d-9735155077931760283048760-4---840164038208-8-000400330094047187028104600763176248647--------785a46bb4135030500007----60718200701328ab41500600160034004302752------ >P1;d2xgva- 20147b--b4634708-a427704-109844012---860193037205-6-00050026016305a3793275077106530851585-97----------------a14060420205----438782244-----6603600520261036005504769------ >P1;d2xgya- 135--------267079c3275037119555004---650083017107-5-000200240083079--a42760443065216724783652--8aa5-----a--2953320630305----b176-5015-----9705a01830240025006513--------- >P1;d4ph2a- 00486cb-74544806983157148605928215---a70071037007714000600650064006-8a2282048507741781497----a709--------b0739757057005-----------53a-------26b10620062004005b179a------- Translating the sequences CEE**C-***EECCCC*HHHHHHHHHHHH*CCCC---HHHHHHHHHH*C-C*CCHHHHHHHHH**CC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******CC*******-----CCCCHHHHCCC***************-*----HHHHHHHHHHHHHHHH******------ CEE**C****EECCCC*HHHHHHHHHHHH*CCCC---*HHHHHHHHH*C*C*CCHHHHHHHHH**CC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*----*-CC--------**C*CCCCHHHH*C-----------****-------*HHHHHHHHHHHHHHH************ CEE**C*-**EECCCC*HHHHHHHH---**CCCC***HHHHHHHHHH***C*CCHHHHHHHHH**CC-HHHHHHHHHHHHH****--**----**CC--------*-C**--*HHHHCCC****-----*****----***HHHHHHHHHHHHH******--------- ----------------***HHHHHHHHHH*CCCC---HHHHHHHHHH*C-C-CCHHHHHHHHH**CC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******CC**-----***C*CCCCHHHHCCC----*********-----***HHHHHHHHHHHHHHHH*********--- CEE**C-***EECCCC*HHHHHHHHHHHH*CC-C---**HHHHHHHH*C-C-CCHHHHHHHHH**CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--------********C*CCCCHHHHCCC----*******************HHHHHHHHHHHHHH******------ CEE**C--**EECCCC-**HHHH*-*HHH*CCCC---HHHHHHHHHH*C-C-CCHHHHHHHHH**CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-**----------------*CCCCHHHHCCC----*********-----***HHHHHHHHHHHHHHHH******------ C**--------*CCCC*HHHHHHHHHHHH*CCCC---HHHHHHHHHH*C-C-CCHHHHHHHHH**CC--*HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****--CC**-----*--C*CCCCHHHHCCC----****-****-----***HHHHHHHHHHHHHHHH***--------- CEE**C*-**EECCCC*HHHHHHHHHH***CCCC---HHHHHHHHHH*****CCHHHHHHHHH**CC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*----**CC--------**C***CCHHHH*C-----------***-------*HHHHHHHHHHHHH********------- 47943.tem _________________________________ CEE**C****EECCCC*HHHHHHHHHHHH*CCCC---HHHHHHHHHH*C*C*CCHHHHHHHHH**CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******CC**-----***C*CCCCHHHHCCC----**********----***HHHHHHHHHHHHHHHH******------ Structural block scores 1 2 E 4.4 M 3.5 2.5 3.0 75.0 2.0 0.5 4.0 2.0 3 4 * 2.3 P 6.0 4.0 7.2 75.0 6.0 5.5 75.0 7.0 6 9 * 3.1 M 23.0 6.8 23.9 75.0 23.5 41.4 75.0 24.4 10 11 E 4.5 M 1.5 7.0 4.0 75.0 3.0 4.5 38.5 4.5 12 15 C 4.7 H 4.0 7.1 4.2 75.0 4.2 4.8 5.0 4.5 17 28 H 4.7 H 4.5 4.8 22.7 4.6 4.2 10.6 4.6 4.8 30 33 C 4.9 H 4.0 2.8 3.8 1.2 21.2 1.8 2.2 4.0 34 36 - 4.7 H 75.0 75.0 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 37 46 H 4.9 H 3.8 2.6 3.9 3.5 3.6 3.9 3.1 3.5 52 53 C 5.0 H 0.0 3.5 0.5 1.5 0.0 0.0 0.0 0.0 54 62 H 5.0 H 1.7 1.8 2.1 2.7 2.1 2.2 1.8 2.6 63 64 * 1.0 P 2.0 3.0 1.0 1.5 2.0 1.5 1.5 2.0 65 66 C 5.0 H 3.0 3.0 3.0 4.0 5.5 7.8 8.0 3.0 68 87 H 4.8 H 4.0 4.5 11.2 4.7 4.0 4.5 7.8 4.9 88 94 * 3.0 P 5.6 55.4 45.9 6.2 45.3 45.9 24.9 46.4 95 96 C 4.5 M 4.5 4.0 3.0 6.5 75.0 75.0 9.2 4.5 97 98 * 3.9 M 0.0 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 7.8 75.0 99 103 - 4.3 M 8.3 75.0 75.0 75.0 6.9 75.0 75.0 75.0 104 106 * 3.4 M 75.0 29.7 53.0 6.0 9.7 75.0 53.5 28.8 109 112 C 4.5 M 3.8 5.2 40.8 1.2 2.8 2.8 3.2 7.0 113 116 H 5.0 H 3.0 3.0 3.8 1.0 1.2 1.5 2.2 3.0 117 119 C 4.6 H 2.3 26.0 1.7 1.7 2.3 2.3 2.7 26.7 120 123 - 4.3 M 6.0 75.0 7.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 124 133 * 2.4 P 4.2 47.6 39.4 10.6 3.1 11.7 18.6 54.4 134 137 - 4.5 M 38.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 75.0 138 140 * 2.7 P 75.0 75.0 6.2 4.7 8.7 4.0 5.3 50.7 141 156 H 4.8 H 2.2 2.6 3.1 2.4 1.9 2.4 2.9 2.7 157 162 * 1.8 P 2.7 4.2 39.2 3.7 3.2 5.2 39.0 19.0 163 168 - 4.5 M 75.0 5.8 75.0 41.9 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>