Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1l9la- -CHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCC-HHHHHHHHHHHHHCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHC---- >P1;d1m12a1 CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-HHHHHHHCCCCHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHCCCCCC >P1;d1n69a- -CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHH-HHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHCCCCC- >P1;d1nkla- -CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCC >P1;d1of9a- CCCCCCCHHHHHHHHHHHCCC--CCCHHHHHHHHHHHCCC-CCCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCC-- >P1;d1qdma1 --CCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHC-CCCCCCC-CCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCCCCCCCCC---- >P1;d2doba1 C-HHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCC-HHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCCC >P1;d3bqpa- CCCCHHHHHHHHHHHHHHC--CCC-HHHHHHHHC-CHHHCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHCCCCCC >P1;d6vzda- -CCHHHHHHHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCC- PSA >P1;d1l9la- -b43260034005204720b-835-883037008601896a-782352066009636830080045827287005927---- >P1;d1m12a1 c65437005300810282377b39-4950472077027617-992480065016731950062057a3547600341922b4 >P1;d1n69a- -c96187136814631522666b733756176337306-8569a618622872376276237317-938156102668507- >P1;d1nkla- -a7426004500550162048b08-4740572048002727--b15b20470083438400200378360660054070084 >P1;d1of9a- 9a522a6117107405a1069--88296068307853991-a88257026315714296027217892906500650704-- >P1;d1qdma1 --87384032019710660163057-a400770-811b-----7337105500730461267----a4a035630928---- >P1;d2doba1 b-5516004800630673-89a37-6860477048506938-789175136007530550073069b4838600271711bb >P1;d3bqpa- b2a2270034003204861--a17-696038207-018605-9733940670076127502710251-6285005608015a >P1;d6vzda- -a771650257076326505-798136742763362056753487379057405460466175126c1a466206959408- Translating the sequences -C*HHHHHHHHHHHHHHH**-CCC-HHHHHHHHHHHHH*CC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHH*C---- *C*HHHHHHHHHHHHHHH***CCC-HHHHHHH****HH*CC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC**HHHHHCCCCC* -C*HHHHHHHHHHHHHHH***CCC*HHHHHHHHHHHHH-*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-CCCHHHHHHHCCCCC- -C*HHHHHHHHHHHHHHH***CCC-HHHHHHHHHHHHH*CC--**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHCCCCC* *C*****HHHHHHHHHHH***--C**HHHHHHHHHHH**C-****HHHHHHHHHH*HHHHHHHH**CCCHHHHHHHCCCC-- --***HHHHHHHHH*HHH*******-*******-****-----*HHHHHHHHHHHHHHHHH*----CCC*******CC---- *-*HHHHHHHHHHHHH**-**CCC-HHHHHHHHHHHHH*CC-****HHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCHHHHHHHCCCCC* *C**HHHHHHHHHHHHHH*--CCC-HHHHHHHH*-*HH*CC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-CHHHHHHHCCCCC* -C*HHHHHHHHHHHHHHH**-C***HHHHHHHHHHHH**CC***H***HHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHCCCCC- 47862.tem _________________________________ *C*HHHHHHHHHHHHHHH***CCC*HHHHHHHHHHHHH*CC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHCCCCC* Structural block scores 3 17 H 4.8 H 2.5 2.9 4.1 2.7 3.9 3.8 3.3 2.7 4.1 18 20 * 2.0 P 28.8 5.7 4.7 4.0 5.0 2.3 30.7 50.3 26.7 21 23 C 4.4 M 5.3 7.8 8.2 6.5 52.7 2.7 6.8 6.2 8.0 25 37 H 4.5 M 4.0 4.2 4.4 3.3 5.1 15.4 4.7 9.6 4.2 39 40 C 4.4 M 8.2 4.0 6.5 4.5 38.0 75.0 5.5 2.5 6.0 42 43 * 1.6 P 7.5 9.0 9.8 43.2 8.0 41.0 7.5 8.0 6.0 44 63 H 4.8 H 3.4 3.2 4.5 3.1 3.6 10.5 3.4 3.5 4.3 65 68 C 4.8 H 5.5 6.4 23.8 6.0 7.0 25.0 8.1 21.8 7.5 69 75 H 4.6 H 4.4 3.4 3.0 3.0 3.1 3.7 3.7 3.7 4.7 76 80 C 4.6 H 46.8 5.1 5.2 3.0 17.2 47.0 4.3 2.8 5.2 >>>>>>