Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1aepa-
-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-

>P1;d1eq1a-
CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
PSA

>P1;d1aepa-
-------704710850581074018106605a065785028103710560275045008602710852aa611840360066037207700539-----61840073037005502620470184078199840650492027006403700360274047327a-

>P1;d1eq1a-
b39a78715244053036305501930b40471699a72154007200100730250062057015a0369027503702550351036039236503741c522450561044019008300521249839929405600690041026103302730741075a


Translating the sequences
-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHH******CCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C-
*******C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*****C****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC*

47857.tem
_________________________________
-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-




Structural block scores
0	6	-	3.0	P	  75.0  8.0

8	31	H	4.8	H	  3.6  3.5

32	36	C	5.0	H	  5.2  7.1

37	65	H	4.7	H	  3.2  2.5

66	69	C	5.0	H	  7.0  4.9

70	90	H	4.3	M	  3.2  3.1

91	93	C	5.0	H	  5.7  4.7

94	98	-	3.0	P	  75.0  4.2

100	127	H	4.6	H	  3.3  3.1

128	133	C	5.0	H	  5.2  6.7

134	163	H	4.8	H	  3.3  3.0

>>>>>>