Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d5gmza-
CCCCCCHHHCCCHHHHCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------CHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCCCCC

>P1;d6ygia-
CCHHHHHH-HCC---HHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC-
PSA

>P1;d5gmza-
8a7240870705583053044a00460860264057416a306388934711530260385188339727743763b------------66844883767177630360211000000013384820271065107135467a6178a337166a

>P1;d6ygia-
46795068-407---0430259104907501650372056327892a-66105403600620466287058237605526887b946995176255606755-65035010100101200435674016000304524845877279a326076-


Translating the sequences
CC****HH**CC***H**CCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------------*HHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHCCCCCCCCCC*
CCHHHHHH-HCC---HHHCC***CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH*CHHHHHHHHHHHHHHHHCC***CCCCCCCCCC-

47852.tem
_________________________________
CCHHHHHH-HCC---HHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCCCCC-




Structural block scores
0	1	C	5.0	H	  9.2  5.0

2	7	H	3.7	M	  4.7  5.8

10	11	C	5.0	H	  2.5  3.5

12	14	-	3.0	P	  5.3  75.0

15	17	H	3.7	M	  2.7  2.3

18	19	C	5.0	H	  2.0  1.0

20	22	H	3.0	P	  4.8  5.0

23	25	C	5.0	H	  3.3  4.3

26	42	H	5.0	H	  4.0  3.5

43	46	C	5.0	H	  7.0  7.4

49	76	H	4.8	H	  4.7  3.6

77	88	-	3.0	P	  75.0  7.0

89	101	H	4.8	H	  5.8  4.6

103	121	H	4.8	H	  1.5  1.7

123	138	H	4.9	H	  3.2  3.1

139	140	C	5.0	H	  5.0  4.5

141	143	H	3.0	P	  7.8  7.3

144	153	C	5.0	H	  5.2  5.2

>>>>>>