Motif    Start   End  Length   Motif
Motif1    20     24     5      [VS][LYA][HN][SC][L]
Motif2    32     35     4      [VI][RQG][AED][L]


Motif marked on the alignment

                             *****       ****                         
d1doqa  : -EQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGERSLEEIKEA
d1z3eb  : ---KEVLEMTIEELDLSVRSYNCLKRAGINTVQELANKTEEDMMKVRNLGRKSLEEVKAK
d3k4ga  : PEFDPILLRPVDDLELTVRSANCL-AEAIHYIGDLVQRTEVELL-TPNLG--SLTEI--V


                                                                      
d1doqa  : LEKKGFTLKE-------------
d1z3eb  : LEELGLGLR--------------
d3k4ga  : LASRGLSLGMRLENWPPASIADE