Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1exea- ------CCCCHHHHHHHHHCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECCCEEEECCCCCCCCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCEEEECHHHHHHHHHCCHHHHHC >P1;d1owfa- -----CCCHHHHHHHHHHHH-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECCE-E--EECCCCCC---EEEECCEEEEEEEECHHHHHHHHCCCCC---- >P1;d1owfb- ------CCHHHHHHHHHHHCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECCE-E--EECCCCCC---EEEECCEEEEEEEECHHHHHHHCC----CC-- >P1;d2ndpa- CCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCC-----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECCEEEE---CCC---CCCEEEECCEEEEEEEECHHHCCC----CCCCC-- >P1;d2np2a- ---CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECCCCC--CCCCCCCC---CCCCCCEEEEEEEECHHHHHHHHC----C--- >P1;d3c4ia- ------CCHHHHHHHHHHHH-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECCE-E--EECCCCCC---EEEECCEEEEEEEECHHHHHHHHCCCCCCC-- >P1;d4p3va- ------CCHHHHHHHHHHHH-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEECCC---------------------------CCCCCC-CHHHHHHCC--------- >P1;d6lmha- ---CCCCCHHHHHHHHHHHH-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECCCCCEEEECCCCCCEEEECCCCCEEEEEEEECHHHHHHHC--------- PSA >P1;d1exea- ------4947442524088437-----785205721342376174305696527389245040589615662778------b262863955525458439547882695767686b >P1;d1owfa- -----a66595325834686-----836696086505654461652189275163b4514220674b56-8--15489667---96537655444373887255767b699a---- >P1;d1owfb- ------385743176419729----84677503650576487374218867717693505222455757-4--15689588---6584a1662643744863567768----9f-- >P1;d2ndpa- 86896a69082506936b726c-----5695148637665780784068443273b846323066995777a---579---8b8646575848555424874548----76779-- >P1;d2np2a- ---a8946675505631892587b79474740587267456717641867561548650121138490789--26489528---74658655564354485366768a----7--- >P1;d3c4ia- ------48665506421875-----a1659703641577648177219747425493502322566933-6--67398387---3463935417225458846547797889ab-- >P1;d4p3va- ------495774257209a5-----a48683027406766771763176875165d7514232b---------------------------696622-79636767b--------- >P1;d6lmha- ---a9958875514531895-----95947403673663767168117787525185123220453947757957599687766795776563466630752765a8--------- Translating the sequences ------CC**HHHHHHHHH***-----C***HHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC*EECCCEEEE****CC*******------*******CC****EEEECHHHHHHH********** -----*CCHHHHHHHHHHH*-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC*-*--**CCC***---****CCEEEEEEEECHHHHHHH******---- ------CCHHHHHHHHHHH**----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC*-*--**CCC***---****CCEEEEEEEECHHHHHHH**----**-- ******CCHHHHH*********-----C***HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC****---CCC---*******CCEEEEEEEECHHH***----*****-- ---***CCHHHHHHHHHHH******CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC***--**CCC***---****CCEEEEEEEECHHHHHHH**----*--- ------CCHHHHHHHHHHH*-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC*-*--**CCC***---****CCEEEEEEEECHHHHHHH********-- ------CCHHHHHHHHHHH*-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEE***---------------------------******-CHHHHHH**--------- ---***CCHHHHHHHHHHH*-----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC*******CCC**********CCEEEEEEEECHHHHHHH*--------- 47729.tem _________________________________ ---***CCHHHHHHHHHHH***---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEEEEECC****-**CCC**********CCEEEEEEEECHHHHHHH********-- Structural block scores 0 2 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 7.3 75.0 75.0 75.0 75.0 3 5 * 3.7 M 75.0 53.5 75.0 8.5 9.2 75.0 75.0 9.5 6 7 C 5.0 H 6.5 6.0 5.5 7.5 5.0 6.0 6.5 6.5 8 18 H 4.8 H 4.4 5.3 4.9 5.2 5.0 4.5 5.3 5.1 19 21 * 2.8 P 4.7 52.0 28.7 6.8 5.0 51.7 51.7 51.7 22 24 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 8.5 75.0 75.0 75.0 25 27 C 4.7 H 52.3 5.7 6.0 51.7 6.7 5.8 7.5 7.7 28 47 H 4.9 H 3.8 4.7 4.8 5.3 5.0 5.0 4.7 4.7 48 51 C 5.0 H 6.5 5.8 7.0 4.8 6.0 5.5 6.5 6.8 52 54 E 4.9 H 4.0 3.3 4.7 4.0 3.3 3.7 4.0 2.7 55 57 C 5.0 H 6.3 6.8 5.7 7.8 6.3 5.7 8.5 4.7 58 65 E 4.6 H 4.4 3.2 3.1 4.4 2.5 3.2 21.7 2.6 66 67 C 4.7 H 3.5 8.2 6.0 7.0 4.5 6.0 75.0 6.5 68 71 * 2.7 P 4.8 41.0 40.2 7.9 24.8 39.8 75.0 6.5 73 74 * 2.3 P 7.5 3.0 3.0 75.0 4.0 6.5 75.0 6.0 75 77 C 4.5 M 75.0 7.0 7.7 7.0 7.0 6.7 75.0 7.7 78 87 * 2.7 P 26.4 26.7 26.9 27.4 26.2 25.9 75.0 6.8 88 89 C 4.7 H 7.0 6.5 5.8 6.0 7.0 6.0 75.0 6.5 90 97 E 4.5 M 4.8 4.4 4.8 5.1 4.6 3.8 22.6 4.9 99 105 H 4.8 H 6.1 5.7 6.0 15.9 5.9 6.0 6.3 6.1 106 113 * 3.1 M 6.8 25.4 43.2 32.6 50.1 8.8 67.1 66.6 114 115 - 4.7 H 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>