Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3kasa3
-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC------CCCCHHHHHHHHHCCCCCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC

>P1;d5o5ta3
CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEEEEEECHHHHHHHCCHH-HCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC---
PSA

>P1;d3kasa3
-861481274047007502726----820870a18079026036307600530674298076a5aa32750630166067302054255993571100617------86000520271074294b8b--4164940470132016002800730114a858

>P1;d5o5ta3
b74058109306710550463048257417528060a7036007405520570163388178957935830641155065203269004b26a3420040213568a5810001023105507-65a656910740450082007003400650475c---


Translating the sequences
-CC**HHHHHHHHHHHHHHHH*----******CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH*HHHHCCCCCCCCCCCCCCCC***------****HHHHHHHHHC****CC--***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC***
*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCCCCCCCCCCCCCEEE******EEEE*HHHHHHH*CHH-HCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCC---

47672.tem
_________________________________
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCEEE------EEEEHHHHHHHHHCHH-HCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---




Structural block scores
1	2	C	5.0	H	  7.0  5.5

3	21	H	4.7	H	  3.5  3.3

22	25	-	3.0	P	  75.0  4.8

26	31	H	3.0	P	  4.2  4.3

32	35	C	5.0	H	  4.9  3.5

36	58	H	5.0	H	  4.0  3.9

59	63	C	5.0	H	  5.7  6.0

64	81	H	4.7	H	  4.2  3.9

82	97	C	5.0	H	  3.6  3.9

98	100	E	3.0	P	  4.7  2.0

101	106	-	3.0	P	  75.0  5.6

107	110	E	3.0	P	  3.5  3.5

111	119	H	4.6	H	  2.7  1.3

121	122	H	3.0	P	  5.5  3.5

125	126	C	5.0	H	  9.8  7.8

127	128	-	3.0	P	  75.0  5.5

129	153	H	4.6	H	  2.9  2.8

154	157	C	5.0	H	  4.1  7.1

158	160	-	3.0	P	  7.0  75.0

>>>>>>