Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3buxb2
CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----CCHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCC

>P1;d3vrna1
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCC
PSA

>P1;d3buxb2
3b506583046017106402520638609177582101610450461054006408-----c529700629203500640161053014107707750277a270165055104203800860493048033519

>P1;d3vrna1
--8827720660151056037517-------b9831075003500600340263277baa526a8991053208700750442066048116a---------873864256005203701750673048080515


Translating the sequences
**C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHC*******CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-----CCHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCC
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C-------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCC

47668.tem
_________________________________
--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCC




Structural block scores
0	1	-	3.0	P	  7.2  75.0

3	22	H	4.7	H	  3.0  3.6

24	30	-	3.0	P	  4.9  75.0

31	35	C	5.0	H	  4.6  6.5

36	55	H	4.8	H	  2.8  2.6

56	60	-	3.0	P	  75.0  8.9

61	62	C	5.0	H	  8.8  4.0

63	92	H	4.4	M	  3.0  4.2

93	101	-	3.0	P	  5.1  75.0

103	125	H	5.0	H	  3.3  3.8

127	129	H	5.0	H	  4.0  4.0

130	134	C	5.0	H	  4.2  3.8

>>>>>>