Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ez3a- CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--HHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------------------------------------------------------------------- >P1;d1fioa- -CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC >P1;d1hs7a- CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--C--------CCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCHHH---------------HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------------------------------------------------------------------- >P1;d1vcsa1 --------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------CHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC------------------------------------------------------------------------------------ >P1;d4dnda- --------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------HHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-HHHHCCC---------HHHHHHHHHHHH-CCHHHHCCCCCC----------------------------------------------------------------------------------- PSA >P1;d1ez3a- 8697177058306403830750470053036208601838a27--98246508-7147608710850573077136306834a7a856750640462274035307611651871165168649b4a--------------------------------------------------------------------------- >P1;d1fioa- -99955a04740740370065046008303400750292a7885135046405-83374058108502620250144027----------4a91774048015300700540261047126513452262148556a07aa60670269814774478468b4a9337456815632650571275048026205780647a >P1;d1hs7a- aab7067029207301620720550061004--9--------6357a007304640227056018504718006---------------54a81263069116306712850675376562b-------------------------------------------------------------------------------- >P1;d1vcsa1 --------b7539605610650563057028157--------97279124705-6305404611760463077248------------a53c714a4085149507604540660464------------------------------------------------------------------------------------ >P1;d4dnda- --------7708633970385167059128635838-------7486037415-57156026505804850870586-7b63826---------ab4178145007-53710664568a----------------------------------------------------------------------------------- Translating the sequences **HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH********C--HHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********--------------------------------------------------------------------------- -*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********HHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************************************************************************ **HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--*--------C**HHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHH**HHH---------------*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-------------------------------------------------------------------------------- --------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--------CHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHH*****------------**C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****------------------------------------------------------------------------------------ --------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------HHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-*******---------HHHHHHHHHHHH-**HHHH******----------------------------------------------------------------------------------- 47661.tem _________________________________ -*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**------CHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-**---------*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-------------------------------------------------------------------------------- Structural block scores 2 33 H 4.6 H 3.8 3.8 7.9 17.6 18.0 34 35 * 3.0 P 3.0 2.5 75.0 75.0 5.5 36 41 - 3.8 M 5.4 6.4 75.0 75.0 75.0 43 52 H 4.8 H 19.2 3.3 4.0 4.4 4.5 54 75 H 4.8 H 4.2 3.4 9.8 3.8 4.3 78 79 * 3.0 P 7.0 4.5 75.0 75.0 9.2 80 88 - 4.0 M 6.8 75.0 75.0 67.8 36.1 91 117 H 4.7 H 3.7 3.5 4.4 4.6 15.2 118 121 * 2.8 P 5.2 3.5 6.1 75.0 58.9 122 201 - 4.5 M 70.8 4.9 75.0 75.0 75.0 >>>>>>