Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1c3za- -----------CCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCHHHHCCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHHCCC----CCCCCHHHHHHHHC-C---CCCCHHHHHHHHHHHCCCCC--------------C---- >P1;d1ooha1 --------CCHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCHHHHHHHHCC--CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHHHCCC--HHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC---------- >P1;d1p28a1 ---------CHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHHHHHHHCCC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC-------------------- >P1;d2wcja- ------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHHCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCCCC >P1;d3cz1a- CCCCCCCCC-------HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCC----CCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-CCCCCH-HHHHHH----CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC---------- >P1;d3ogna- CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHH---C-CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHH----CC--HHHHHHHHHHHCCCC-CCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC---------- >P1;d3r1pa- -------------CHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHC----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCH-HHHCCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCC--------HHHHHHHHHHHHCC-------------------- >P1;d3r72a- ------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHC----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEC-C-EECH-HHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHHHHHC-CC-CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCCC---------- >P1;d3v2la1 ---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCC----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC----CCCH-HHHHHHHHHHCC--HHHHHHHHHHHHHCC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC---CCCCC---------- >P1;d4inwa- ------CHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHHHC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC-C >P1;d4pt1a- ---------CCCCHHHHCCCHHHHHHHHHCCC-CCCCCCC-------CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCC--CHHHH----CC--HHHHHHHC-CCHHHC-CCC----CHHHHHHHHHHHC-CCCCCHHHHCCHHHHHCC---- >P1;d6hhea- ---------------CHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHH--C-CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCH-HHHHHH----CC--HHHHHHHHHHHHHHC-CCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHCH--HHHHHHHHHCCC---- >P1;d6jpma- -------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCC--C--CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEC--CEECH-HHHHHHHHH-CC--HHHHHHHHHHHHHHC-CCC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHCH--HHCCCC---------- PSA >P1;d1c3za- -----------aa6a7776451593799040998139407a----7683837503310203054391058-807452-970486546c3----98267129207800-5---83952530002041314248--------------f---- >P1;d1ooha1 --------274a70572077227702661a068601740270--40819167401200110024241068-804060-650373047210--771251245005403-611673a610220020032106307--891201---------- >P1;d1p28a1 ---------16840270016104601c7290759105202536----40866301100000044080018-954033aa604600650052b6860562172135006702b5394405002301312483-------------------- >P1;d2wcja- ------73700000002104107601b709066a10750140017908064540020121006427015a-732034-8313710570-5707400940181146006536-a2a441200041141116203749010738305804945 >P1;d3cz1a- b88668857-------8365137503853a076820550481----806667300201010241371058-708053-9411a6----04--a92495178108600-9--0938742120151143129106--712443---------- >P1;d3ogna- 992326a8000571387265217502971907aa0074004---5-82363860040020103238014b-914042-952285----11--b80582156135805-927--3a732320020032107423--510103---------- >P1;d3r1pa- -------------a4a61382085028509075a40560380----60162930130020105349012b9562010-8724529700624196724001501521166--------7931385053103c-------------------- >P1;d3r72a- ------5327a8626650660076014728085820300351----60493560020011004516004b-4-a032-930362144124--782285036106603-a5-8077641420030030227334--950401---------- >P1;d3v2la1 ---------85751783477115501a718066930610467----71584860130010004416100----9072-930283047102--972042036005605-8407939762400030041008208---60311---------- >P1;d4inwa- ------449205400332063055007549048802600521046726084440010021015338113a-935044-8305610262-8087800750052248007708-85c4312110311031054018282109561005921-6 >P1;d4pt1a- ---------d0754208308009602871906-020411c-------81659501400121024070058-907053--30270----00--4504a613-105602-935----8113000202411-924712863141285085---- >P1;d6hhea- ---------------984572066017619064700550475--8-80165640030130115338004a-845040-452296----34--875363055037506-147--29612200040032038125--830775174205---- >P1;d6jpma- -------54759618852782274026618067810740381--7--1484840130011004327106a--28033-910783154-10--851281167117604-931--76881400030032116045--920201---------- Translating the sequences -----------*************HHH**CCC**HHHH***----*CCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCC-CCCCCH-HHHHHHHH**C----*****HHHHHHHHC-C---*CCCHHHHHHHHHHH****C--------------*---- --------*****HHHHHHHHHH**HHH*CCCHHHHHHHH**--**CCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCC-CCCCCH-HHHHHHHH**CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C****CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*--***CC*---------- ---------****HHHHHHHHHHHH*HHHCCCHHHHHHHH***----CCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCC-CCCCC**HHHHHHHH**CC***HHHHHHHHHHHHH*******CCCHHHHHHHHHHHHH**-------------------- ------*******HHHHHHHHHHHHHHHHCCC******HH******CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHH**-C**HHHHHHHHHHHHHH*****-*CCCHHHHHHHHHHHHHH********CC*********** *********-------HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH**----CCCCCHHHHHHHHHHHH*CCCCCC-CCCCCH-HHHHHH----CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C--**CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*--***CC*---------- *************HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH*---*-CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHH----CC--HHHHHHHHHHH***C-C**--CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*--***CC*---------- -------------*HHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH**----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC*CCCCCH-HHH**HHH**CC****HHHHHHHHHHHHC*C--------HHHHHHHHHHHH**-------------------- ------*******HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH**----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC**C-C-**CH-HHHHHHHH**CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C*-**CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*--***CC*---------- ---------****HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHH****----CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCC----CCCH-HHHHHHHH**CC--HHHHHHHHHHHHH*C-C****CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*---**CC*---------- ------*******HHHHHH**HHHHHHHHCCCHHHHHHHH******CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHH**-C**HHHHHHHHHHHHHH*****-*CCCHHHHHHHHHHHHHH********CC*********-* ---------****HHHH***HHHHHHHHHCCC-*******-------CCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCC*--*HHHH----CC--HHHHHHH*-**HHHC-C**----CHHHHHHHHHHH*-**C******CC*******---- ---------------*HHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH**--*-CCCCCHHHHHHHHHHHHH*CCCCC-CCCCCH-HHHHHH----CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C**--CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*--************---- -------******HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHH***--*--CCCCHHHHHHHHHHHHHCCC**C--C**CH-HHHHHHHH*-CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C**--CCC**HHHHHHHHHHHH*C*--***CC*---------- 47565.tem _________________________________ ------*******HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHH**--*-CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCCCH-HHHHHHHH**CC--HHHHHHHHHHHHHHC-C****CCCHHHHHHHHHHHHHH*C*--***CC*-----*---- Structural block scores 0 5 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 7.9 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6 12 * 2.9 P 56.6 25.8 34.9 2.4 45.7 4.4 75.0 5.9 35.7 4.0 35.8 75.0 15.9 13 28 H 4.6 H 6.0 3.8 3.1 2.5 17.6 4.1 4.6 3.6 4.3 2.7 3.6 13.2 4.3 29 31 C 5.0 H 4.3 5.5 5.3 5.0 5.8 5.3 5.3 5.3 4.7 4.3 5.0 5.0 4.7 32 39 H 4.5 M 5.1 3.5 3.0 3.8 3.8 4.0 4.2 2.6 3.6 3.6 11.9 3.1 3.8 40 41 * 1.8 P 42.8 3.5 4.0 2.0 4.5 39.5 4.0 3.0 6.5 1.5 75.0 6.0 4.5 42 43 - 4.5 M 75.0 75.0 40.5 0.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 46 50 C 4.9 H 5.6 5.0 18.6 3.6 5.2 4.4 3.0 4.4 5.0 4.0 19.0 4.0 18.4 51 63 H 5.0 H 2.5 1.7 1.5 1.9 1.6 2.0 2.1 1.8 2.1 1.6 2.2 2.1 1.9 64 69 C 4.7 H 4.3 3.5 2.8 4.2 4.0 4.6 4.6 3.8 13.8 4.4 3.3 4.2 4.4 71 75 C 4.7 H 4.8 3.6 4.2 3.0 4.0 3.6 2.8 18.5 33.2 4.2 4.2 4.2 17.6 78 85 H 4.8 H 5.4 3.5 4.1 3.5 22.7 22.6 5.5 3.5 3.6 3.1 29.6 22.2 4.2 86 87 * 2.8 P 9.2 4.5 2.5 3.5 75.0 75.0 0.0 2.5 4.0 4.0 75.0 75.0 39.5 88 89 C 4.7 H 39.0 0.5 2.5 40.0 2.0 1.0 4.0 3.0 1.0 41.5 0.0 3.5 0.5 90 91 - 4.1 M 75.0 75.0 6.8 3.5 75.0 75.0 2.5 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 92 105 H 4.8 H 9.7 3.1 3.7 3.2 5.0 4.5 3.1 3.9 3.1 3.4 8.6 4.1 3.9 109 112 * 2.9 P 58.2 3.8 4.6 23.6 39.8 39.8 75.0 22.0 5.0 22.8 39.5 40.2 38.5 113 115 C 4.7 H 5.7 6.5 5.3 5.5 6.0 6.8 75.0 6.7 6.3 7.2 52.7 5.7 7.0 116 129 H 4.8 H 1.9 1.4 2.4 1.9 2.6 1.8 8.8 2.0 2.0 1.6 7.1 1.8 2.1 133 134 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 1.5 75.0 75.0 135 137 * 2.3 P 75.0 6.0 75.0 3.3 3.3 2.0 75.0 4.7 27.0 3.7 5.7 3.7 3.7 138 139 C 4.4 M 75.0 1.0 75.0 3.5 4.0 0.5 75.0 2.0 2.0 4.5 2.5 7.0 1.0 141 145 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 4.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.4 4.6 2.8 75.0 147 150 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 21.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>