Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1a0aa- -------CCCCHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCC------------------------- >P1;d1am9a- ----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--C-------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------- >P1;d1an4a1 -----CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCC------------------------- >P1;d1mdya- CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------------------------- >P1;d1nlwa- --------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------C--CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHC----- >P1;d6g6ka1 ----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH--HHCCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >P1;d6g6kb- ----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---- PSA >P1;d1a0aa- -------787765796574656774661683569129b13a62a94695673257116626764797a6c------------------------- >P1;d1am9a- ----68877774677637765465466168326702--8-------73869304641564667557269867866777777898----------- >P1;d1an4a1 -----ca887787ca457666675796167329806084-96aaa9a974a7076417455756776979------------------------- >P1;d1mdya- b6a68976b768776264766664684577257416--603b55a79365530562177578a5788898------------------------- >P1;d1nlwa- --------789687874676557768725943a806-------e--a46585065416636676536767777-6457667766677787----- >P1;d6g6ka1 ----89675566655565656656477138403806--705866--905574068317756776685676557655775755565786578577b >P1;d6g6kb- ----------a99a5745665474467158426704--605b7---a07687068408736863874766556754567757677757978---- Translating the sequences -------****HHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHH*CC****CCCC**CCC**HHHHHHHHHHHHH******------------------------- ----*******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C--*-------CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH******************----------- -----********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC***-CCCC**CCC********HHHHHHHH*****------------------------- ***********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C--**CCCC**CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH****------------------------- --------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-------C--CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH*******-****************----- ----*******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C*--**CCCC--CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH***************************** ----------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--**CCC---CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH*************************---- 47459.tem _________________________________ ----*******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--**CCCC**CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH************************----- Structural block scores 0 3 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 8.5 75.0 75.0 75.0 4 10 * 2.4 P 36.3 7.1 18.3 7.8 46.3 6.6 65.8 11 32 H 4.9 H 5.7 5.2 6.4 5.7 6.2 5.0 5.7 34 35 C 4.4 M 1.5 1.0 3.0 3.5 3.0 3.0 2.0 36 37 - 4.2 M 10.2 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 38 39 * 2.5 P 2.0 41.5 39.5 3.0 75.0 3.5 3.0 40 43 C 4.4 M 7.2 75.0 9.0 6.1 59.9 6.2 24.6 44 45 * 3.7 M 6.5 75.0 9.8 8.8 75.0 75.0 75.0 46 48 C 5.0 H 6.7 6.0 8.8 6.0 6.8 4.7 5.8 50 65 H 4.7 H 4.9 4.9 5.5 5.4 4.8 5.5 5.6 66 89 * 2.9 P 64.0 24.0 63.8 63.9 9.3 5.9 6.1 90 94 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.7 61.6 >>>>>>