Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1nh2b-
CHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC----

>P1;d1nh2d1
CCCCHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

>P1;d1nvpb-
--CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHC-----
PSA

>P1;d1nh2b-
aa95865655504540783388278694667504552763376496----

>P1;d1nh2d1
e49663285a8077338706743868728886077415710461358677

>P1;d1nvpb-
--b67-745750574078238725879475950574166436837-----


Translating the sequences
C***HHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*----
C*CCHHHH*HHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*****
--CC*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHHHHHHH*-----

47396.tem
_________________________________
C*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*----




Structural block scores
2	3	C	4.0	M	  7.0  7.5  8.8

4	24	H	4.7	H	  5.1  5.3  8.4

25	28	C	4.8	H	  6.2  6.2  6.8

29	44	H	4.9	H	  4.9  4.2  4.9

46	49	-	4.0	M	  75.0  7.0  75.0

>>>>>>