Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1b3qa1
CCCCCCC----------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------

>P1;d2c2aa1
-------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC

>P1;d5b1na-
----------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---
PSA

>P1;d1b3qa1
b9a8a48----------------8751554376087336615843782776-----------968925771874265045547606843-------

>P1;d2c2aa1
-------a768974776656554567478445705852770672276447828756a8185833a8468337724642670666346234846946

>P1;d5b1na-
----------------------c76669716854684674147545706827------------99489727744771765665168625805---


Translating the sequences
*******----------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC-----------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------
-------****************HHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHH**************CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C***
----------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C---

47384.tem
_________________________________
----------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*----------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C---




Structural block scores
0	21	-	4.0	M	  53.9  28.3  75.0

23	47	H	4.8	H	  4.9  5.0  5.3

48	50	C	4.0	M	  6.7  6.3  5.3

52	61	-	4.0	M	  75.0  6.7  75.0

62	63	C	4.0	M	  7.5  3.0  75.0

64	90	H	4.9	H	  10.1  5.0  5.8

93	95	-	4.0	M	  75.0  6.3  75.0

>>>>>>